fix sub R1 R2

refer template directly

write template

open for writing

fix config copy

fixed syntax error

Fixed +x

First try at bcbio-nextgen script

Improve output messages a bit

fix find

More clever find

more status messages

Improve error messages

Set success/failed flag explicitly based on return code.

Make sure set return code non-zero.

Always initialize arvados.api() so it doesn't silently fail when
ARVADOS_API_HOST isn't set.  Improve error handing in arv-mount.  no issue #

Add dockerfile to build arvados/jobs-bwa-samtools image. no issue #

Merge branch '3099-spinner-assets' closes #3099

3099: Use appropriate tr>td markup if infinite scroll container is a table.
Remove unused class.

Update required arvados-cli package to get fix 55e1aaf (Fix 'arv' to handle
missing/non-writable $HOME). no issue #

Merge branch 'arv-crunch-HOME-envvar' no issue #

Set $HOME to /tmp/crunch-job for docker.

Merge branch '3118-docker-fixes'

refs #3118

Merge branch '2891-improve-workbench-errors'

Closes #3079, #3080, #2891, #3092.

Merge branch 'master' into 3118-docker-fixes

2891: Workbench details the requested item on its 404 page.

2891: Trying to show a non-UUID in Workbench renders 404.

2891: Workbench reliably reloads model columns after failure.

ArvadosBase @columns could get stuck as [] if the API server wasn't
available during Workbench's first API request.  This change ensures
that it keeps trying to reload column information until it receives
good data.

2891: Workbench renders login exceptions earlier.

These changes are designed to ensure that if there are any problems
getting information from the current API token (other than expected
401 Unauthorized responses), those problems are raised early and
propagated up to the exception handler.  This helps better ensure that
thread state is consistent when we get to later stages of request
processing.

2891: Workbench current_user copes when API server is unreachable.

2891: Workbench converts API HTTP errors to API exceptions.

2891: Guard against API server errors in Workbench layout.

The goal here is to generally avoid situations like #3031 where
trouble talking to the API server prevents us from even rendering an
error page.  Previous commits made us smarter about logged in status.
This guards against other API errors.

Clean redundant conditional from Workbench layout.

2891: Workbench displays more info about API errors.

2891: Add Workbench test for expired API token.

2891: Add index link to Workbench 404 responses.

2891: Workbench returns 404 when API object doesn't exist.

2891: Workbench API client raises structured exceptions.

These changes will make it easier for the rest of the Workbench code
to cope with these errors more gracefully—even if that just means
friendlier reporting of the error.

2891: API server assigns error tokens.

These unique tokens are both logged and sent along with the response,
making it easier to cross-reference what the client does with what
happens on the API server.

2891: API server ApplicationController style updates.

This ports over some of the niceties we've recently implemented in the
Workbench ApplicationController.

2891: Fix bug in Workbench error page test.

docker: arvdoc: start up doc and workbench last so it's less likely the
user will overlook the URL hint that is printed out.

docker: arvdock: whitespace cleanup

docker: usability improvements for arvdock.

Set $HOME to $TASK_WORK for tasks.  no issue #

Fix 'arv' to handle missing/non-writable $HOME.  no issue #

closes #3076
Merge branch '3076-topnav-help'

Merge branch 'master' into 3076-topnav-help

closes #3088
Merge branch '3088-project-chooser-on-run-pipeline-template'

3088: address review feedback -- change the icon positioning on the Run button.

Merge branch 'master' into 3088-project-chooser-on-run-pipeline-template

refs #2659
Merge branch '2659-anonymous-server-side'

Merge branch 'master' into 3088-project-chooser-on-run-pipeline-template

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-server-side

2659: look for scopes and expires_at when getting anonymous token. also, update create anonymous user to check for group link even when the user exists.

docker: remove warehouse container; add new keep container.

refs #3120

Add 'run-command' generic crunch command wrapper.  refs #2342

2659: remove the share_the_aproject_with_all_groups fixture in links.

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-server-side

docker: bump up passenger version. This is highly unsatisfactory, and needs
proper fixing.

docker: fix up the link between workbench and the API server, work around the
lack of ERB parsing in application.yml

docker: a bunch of tweaks to bring the docker setup up to snuff with the latest
version of our codebase.

docker: arvdock: support new Debian docker.io packages

docker: more changes to support new Debian docker.io packages

docker: build_tools/build.rb: improve language around Google account.

docker: build_tools/build.rb: support new Debian docker.io packages

docker: build_tools/build.rb: exit with non-zero exit code when something goes
wrong.

Fix tests broken by adding zero-length block manifests containing a zero length
file.  refs #3084

Handle empty directories in arv-put.  refs #3087

Handle zero-length streams that contain zero-length files.  refs #3084

Merge branch 'master' into 3076-topnav-help

Merge branch 'master' into 3088-project-chooser-on-run-pipeline-template

3099: Fix up loading spinners.

* Work around Rails asset pipeline bug by avoiding "-" in image filenames.
* Always use asset helpers: src="/assets/foo.gif" only works in dev mode.
* Center loading spinners.
* Use a "spinner" class to identify spinners in "remove spinner" code.

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-server-side

2659: split server side implementation into a separate branch to facilitate better testing.

Update required arvados gem to depend on version of arv-run-pipeline-instance
that supports runtime constraints.  no issue #

Merge branch 'pete-fixes' closes #3096

Fixed render_pipeline_component_attribute test if dataclass derives from ArvadosBase.

Merge branch 'pete-fixes' of git.curoverse.com:arvados into pete-fixes

Fixed get_n_objects_of_class datatype assertion for 'dataclass'

3088: so sweet to have a test AND one that fails when code is updated.

3088: the other right

3088: show project chooser for run this pipeline on a template

Remove import from __future__

Remove spurious 'puts'

3088: set the owner uuid on the newly created pipeline instance to the selected project.

:none dispatcher only runs one job at a time.

3088: Run this pipeline on a template shows project chooser

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into pete-fixes

Fixed logging statements to format correctly.

"Combine selected" actually works again.

fuse test fixes

Use logging module instead of "if DEBUG:"

Remove spurious 'puts'

Fixed regex for extracting just hash and size part of locator

Add -> indirection to  $self->{'noVerifyHostname'}

Use /tmp/crunch-src for docker jobs and $ENV{CRUNCH_SRC} for non-docker.  Removed umask.

Refactored "save temp file rescue behavior into function

Refactored arv-normalize calls into function.

Reused variable 'n' for two different things.  Oops.