Merge branch '5011-thread-safe-test' refs #5011

Merge branch '5200-anonymous-download'

Closes #5200

Merge branch 'master' into 5200-anonymous-download

Merge branch '5037-nonocache' closes #5037

Merge branch '5030-hide-graph-until-data' closes #5030

5011: Fix unreliable test.

The collection writer was (sometimes) consuming the last 200 response
even though it could write 3 copies without it. This shouldn't fail
the test: the only reason we count the PUT calls is to verify all
three of the 200 responses were consumed (i.e., none of the 500
responses were counted toward the achieved replication level). To
verify this without being sensitive to extra requests, we simply
arrange for the three 200 responses to be the last ones available.

5011: Use a threadsafe wrapper to feed side effects to mocks.

5200: Fix overly sensitive fuse test. (Do not fail every time a fixture is added.)

5200: Do not fail tests if application.yml is missing: defaults are enough to pass tests.

5200: Enable anonymous file view/download.

Merge branch '4839-worker-state' closes #4839

Merge branch '4904-arv-web' closes #4904

Merge branch 'master' into 4904-arv-web

4904: Remove extraneous ciddir and cidfilepath.  Explicit non-zero exit code
when an ArgumentError is caught.

4839: Use node[crunch_worker_state], not node[info][slurm_state], to make shutdown decisions.

Node Manager daemon tests avoid checking monitor.is_alive().

Checking is_alive() creates race conditions, because we might check
the actor's live state before it's had a chance to process a stop
message in its queue.  We just had a build fail because of this:
<https://ci.curoverse.com/job/arvados-api-server/1299/>.  Always check
that a monitor is alive by sending it a real message.  No issue #.

Fix undependable test (incorrectly assumed a particular job would be on the first page of /jobs). No issue #

Merge branch '4951-request-vm-TC' refs #4951

4951: Empty out ActionMailer::Base.deliveries so we can count deliveries caused by the current test.

4951: Rearrange js to make use of Rails built-ins. Add generic AJAX error handler.

4951: Add localStorage to browser dependency checks.

4951: fix comment in test

4951: update test to also verify that an email was sent when request shell access button was clicked.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

closes #5185
Merge branch '5185-collections-tab-zero-size-issue'

5185: remove the unnecessary test because another test is covering the description column check already.

5185: do not display description at all in Project -> Data collections tab because of concerns such as the description may be too big or has textile etc.

4951: button_to cannot be used to submit; instead change to link_to

5185: in project data collections tab, show description when available; otherwise display modified time.

closes #4951
Merge branch '4951-request-vm'

Merge branch 'master' into 4904-arv-web

Conflicts:
sdk/python/arvados/events.py

4904: Detach from Docker container to get cid from stdout instead of fiddling
with cid file.  Poll "docker ps" to check if the container is still running.  Fixed bugs.
Updated documentation.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

closes #5110
Merge branch '5110-workbench-full-text-search'

5110: update a comment in test; this comment was reflecting ui from before project tabs.

5110: update couple more tests to do a single visit to page than visit home and then visit page.

Merge branch 'master' into 5110-workbench-full-text-search

4904: Refactor arv-web main() into ArvWeb class.  Add CollectionDirectory.change_collection to FUSE.

4951: Incorporate review feedback. Always show the request button, along with the "sent" message if applicable. Include timestamp in sent message. Some text updates as well.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

Merge branch '4958-old-browser-alert' closes #4958

4958: Merge branch 'master' into 4958-old-browser-alert

4958: Tweak wording. Fix margins.

4958: Test WebSocket support.

4958: Rename test file.

Fix javascript errors when closing modal. refs #5183

5183: Disable animation on modal. (It seems to cause intermittent test failures.) refs #5183

Merge branch '5160-share-with-anonymous-group-wip'

Closes #5160, #5163.

5160: Workbench hides anonymous sharing when browsing disabled.

This commit updates Workbench to filter out the anonymous group from
the group sharing modal when anonymous browsing is disabled.  That
helps avoid situations where users think their work is publicly
sharable, but that's been disabled by the administrator.

5160: Make anonymous group fixture match database seed.

Refer to /services/api/app/models/database_seeds.rb.

5160: Fix typo in Workbench default config comments.

5160: All users have API read permission to anonymous group.

Workbench makes public data available to everyone by including the
anonymous user API token as a reader token for every request.
However, model-level validations do not respect reader tokens.  As a
consequence, users cannot make their project public by sharing it with
the anonymous group.  They can't create the necessary link, because
the validation can't confirm that the creator can see the anonymous
group.

There are a few ways we could've tackled this, but granting all users
permission to see the anonymous group seems like the most reliable,
since it works within our existing permissions infrastructure as much
as possible.

Merge branch 'master' into 5110-workbench-full-text-search

refs #4523 : Add postgres full text search support
Merge branch '4523-full-text-search'

5110: update comment

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

Merge branch 'master' into 5110-workbench-full-text-search

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

5037: Remove git tags from SDK version restrictions.

5037: Merge branch 'master' into 5037-nonocache

Fix typo.

refs #4754

Also add minitest and friends to the performance group.

Refs #4754

Revert "We need tmp/cache to exist before we can run performance tests"

refs #4754

This reverts commit c882575c856e01313cf2caf2e4ead1f27bfb33ae.

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

We need tmp/cache to exist before we can run performance tests

refs #4754

Make sure the performance testing gems are available when workbench is
run in the performance rails environment.

refs #4754

5110: full text search seems to treat '_' characters as spaces. Thus, when searched for 'pipeline_1', objects matching 'pipeline'
are also fetched since '1' is a common word and ignored. Hence, update the test to use more specific search filters.

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

4523: add search test looking for '_' which is ignored by full text search.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

5176: Update Gemfiles with current arvados gem.

Refs #5176.  Closes #5181.

Merge branch '5176-escape-filenames'

Closes #5176, #5180.

5176: Update API Collections test to accommodate new fixtures.

5110: append :* to search filter to enable prefix matching; server no longer does this and expects clients to append it as needed.

5176: Update Gemfile.lock.

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

4523: update tests to include :* in the filters sent rather than expect server to append it.

5176: Update bundles.

5176: Fix broken fixtures, add tests.

refs #4926 #5072 Merge branch '4926-fix-imagesizes'

Merge branch '4464-api-project-contents-wip'

Refs #4464.  Closes #5140.

4464: Simplify API collection list method docs.

4464: API group contents no longer include manifests.

This change achieves symmetry with the collections list method, which
doesn't return manifests unless you expressly request them.  We don't
have a good way to support the select parameter in group contents at
all right now, so this commit also makes that clear through the
discovery document, and documents the limitation.  This change should
help avoid performance problems like witnessed in #4464.

Some refactoring/clean-up to help support this change:

* Extract out a method that generates the full hash response to list
  @objects.  Reuse that code in the groups contents method.
* The collections controller had code to generate a list of a model's
  selectable attributes.  Move that to ArvadosModel and reuse it in
  the groups contents method.
* Make signatures consistent across all definitions of apply_filters
  and apply_where_limit_order_params.  The latter simply passes
  arguments to the former, so it can have the same signature, and it
  should respect the provided model_class argument the same way.  Same
  for the override in the users controller.

4464: Document API group contents parameters.

4464: Remove API group contents include_linked parameter.

With Tom's permission.

5176: Add more Ruby SDK tests for empty manifests.

I wrote these while trying to diagnose other issues in the branch.
They didn't reveal anything directly, but it seems like a waste to
write tests and not commit them, so here they are.

5175: Avoid egg_info name conflicts with pip.

pip does its own subclassing of egg_info.  Installing with pip fails
if setup.py includes an egg_info class that is passed in as the
cmdclass for the egg_info command.  Avoid using that name to avoid
conflicts with pip.  Refs #5175.

4523: update full text search record_filter to not append :* for prefix matching; instead expect client to append it as needed.

Merge branch '5175-pep-440' refs #5175

5715: Sort imports.

5175: Revert change to find_packages(), it gets confused by run_test_server.py.

5175: Include README for Node Manager packages.

5175: Do not add +sha1 tag to Python packages ever.

PEP 440 is clear that the local version tag is for distributors who
are patching an upstream release.  That's not us; we are the upstream
release.  "Local version identifiers SHOULD NOT be used for upstream
projects," so just don't do it.

This also lets us sidestep the issue of trying to parse sys.argv
behind setuptools' back.

Developers who want to keep their development builds distinct should
tag packages themselves with -b .devN.

4523: Add tests for some edge cases.

4523: Fix up whitespace.

4523: Remove unneeded else.

5176: Add spaces-in-filenames tests.

5176: Fix handling of escape sequences in manifest filenames.