Adding unit tests for GetBlock. (refs #2291)

Allow disabling of output for rake config:check via a QUIET environment
variable.

Do not print secrets in the config:check rake task.

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Include first link of a given type even on reruns of the setup method.

Merge branch '2209-test-limit-offset'

closes #2209

Merge branch '2290-user-activity'

closes #2290

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Raise error if both uuid and user.email are omitted in input parameters

Avoid reusing per-task work directories.

Indicate which outputs are marked "persistent" on pipeline provenance graphs.

Make sure persistence links get added for persistent components, even
when reusing jobs that are not marked persistent or belong to other
users.

Propagate output_is_persistent flag from pipeline to job.

Add output_is_persistent flags to example pipeline template.

Add output_is_persistent attribute to job model.

Add tests for limit and offset parameters. refs #2075 refs #2209

Accept ...&filters=&... in query string as "none" instead of "unparseable JSON".

Raise ArgumentError when required openid_prefix is not passed.

Raise exceptions on errors such as 'All users' group does not exist and a vm for the vm_uuid param does not exist. Add additional functional tests and update previous tests accordingly.

Fix tabs in the test class

Make sure oid_login_perm exists when setup is executed for an existing user

Include all the newly created link objects in the response from the setup method. Update all functional tests to verify links found in teh response.

Repo name and VM are optional to the setup method

Render 404 if no user is found for the uuid provided

Expect openid_prefix from the clients instead of managing it on the api server.

API server: strip all arvados-specific settings from the .example
environment files. These are now all configured via
application(.defaults).yml

Fix link, this fixes bug 2403

Fix textile formatting.

Fix up README, convert to textile.

Initial checkin: simple Keep server handling block reads only. (refs #2291)

workbench: Add basic smoke test.

This visits all the link on a user's front page and makes sure they
all return 200.

It's easy to extend this to crawl the entire site, checking for
success.  I've included the code for that.  We need to squash some
bugs and check the timing before we start doing that, though.

This overlaps api_client_authorizations_test, so I deleted that.

workbench: Add ids to other navbar dropdowns.

This makes them easier to click in integration tests.

Fixed paging so that it won't fail if the necessary methods are missing on the results object.

Add negative functional tests where a non-admin user invokes create or setup actions

Typo.

One more print statement

Remove print statement

Pass openid_prefix to setup method only when -o option is used

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Strip all arvados-specific settings from the .example environment files.
These are now all configured via application(.defaults).yml

Fixed pipeline templates page that was broken by paging merge.

some more refactoring and attention to coding standards

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed syntax error typo.  We need tests for crunch-dispatcher.rb!

All functional tests passing with refactored code.

workbench: Add developer docs.

This adds a new README with information that's useful for people who
want to develop Workbench.  Right now it's just information about how
to run and write tests.  We can add to this as we go.

Some of this information was pulled from the installation guide.  I
also deleted Rails' stock README while I was at it.

Merge branch '1750-use-supported-discovery-doc'

refs #1750

Expiring pipeline tokens works.

Working on re-using token per pipeline and expiring token when the pipeline is done.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '2316-no-clear-tmp-flag'

closes #2316
refs #2372

Merge branch 'master' into 2316-no-clear-tmp-flag

Remove old schema#show method used by Workbench before
14ea55f217bbd7061fafc1fe69f4f453ad7c3e59.

Use the supported discovery document instead of the old schema#show shim.

workbench: Bundle integration env bugfix.

The previous version did not unpack arguments correctly.

When running with WEBrick, auto-generate a new self-signed SSL
certificate for each run, rather than hardcoding a path to a certificate
and key file.

workbench: Expound Bundle+integration interaction.

Unsurprisingly, I don't write my best code and comments when I'm
frantically trying to fix the build.

workbench: Make SERVER_PID_PATH a constant.

workbench: Tweak integration test environment.

RUBYLIB and RUBYOPT seem to be necessary on the build server.

workbench: Improve API server integration launch.

The previous version sometimes tried (and failed) to find the server
pid before rails wrote it.  This provides some limited retry, and
avoids spawning a subshell too.

workbench: Improve integration test environment.

Removing too much from the environment causes builds to fail in
Jenkins.  Instead of using a whitelist of environment variables, use a
blacklist of variables that Bundle modifies.

Fixes bug loading API tokens page.
Added test using our new workbench testing framework to make sure it doesn't happen again.

All tests passing

Merge branch '2288-integration-tests'

testing setup method implementation

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

setup-new-user script using the setup method.

Use setup method instead of create method to setup a new user

workbench: Fix typo in application.default.yml.

workbench: Make integration test settings default.

We know that these settings should work out of the box, given the
settings in the API server's `rails` script.  Making them the default
makes it easier to get the tests running.

Use flock() to prevent sharing crunch-tmp with another job in local dev mode.

Update the functional tests to use the setup method

Introduce a new setup method in the users controller

Merge branch '2193-fix-permissions-cache' (no functional changes, only unit tests)

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2051-nondeterministic-jobs

Merge branch '2278-crunch-dispatcher-monitor-processes'

Silly git staging.

- Made a note about intentionally not setting "success"
- Changed if c[:job][:success] == false to elsif
- Changed == nil to .nil?
- Removed whitespace

Enforces that repository, script, script_version, script_parameters are provided.

Documentation fixes based on running linkchecker.

Added documentation for jobs and pipelines, and updated docs to reflect that "repository" has been split out from "script_version" and is now required.

Use rails configuration for default openid prefix.

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Replace tabs with spaces as per our coding standards

Clear rails cache on startup.

Remove -n aka just probe option from the setup-new-user script as per Ward's core review recommendation.

* Added migration to break script_version into separate "repository" and "script_version" fields
* Added "no_reuse" which tells API server not to reuse old jobs but does not taint the job by setting the "nondeterministic" flag
* arv-run-pipeline-instance now creates jobs directly and relies on API server to determine when it is appropriate to re-use old jobs

Update comments in the tests

When create is invoked with user object as input, check if object exists for the given uuid or email.

workbench: Document integration test dependencies.

This adds appropriate notes to the installation guide, and suggestions
to application.yml.example.

workbench: Add basic login integration tests.

workbench: Add VM integration tests.

This is the "start test" that Ward suggested I implement to start off.
It's easy but not trivial: it requires JavaScript support and filling
out a form.

workbench: Use Poltergeist for integration tests.

This is faster and will enable us to run integration tests on the
build server.

PhantomJS (http://phantomjs.org/) has to be installed in the $PATH for
this to work.

workbench: Add integration test helper module.

This provide a base test class that provides the Capybara DSL and a
couple of convenience methods.  It also specifies a test runner class
that sets up the API server consistently, with the proper environment.

When using user_param, the user object is not expected. If passed, it will be discarded.

workbench: Add Capybara gem for integration tests.

Added tests for permissions to reuse jobs, tests for excluding commits.

More asserts for links

remove hard coded uuids from tests