closes #10677
Merge branch '10677-container-request-rerun'

Merge branch '10690-config-dump' refs #10690

Merge branch '8460-websocket-go' refs #8460

10690: Add "rake config:dump" task to Workbench and API server.

We should not hardcode dependencies in our packages for secondary
dependencies of our dependencies. If you catch my drift.

pyasn1-modules is a dependency of oauth2client which is a dependency of
google-api-python-client. Which is a dependency of
arvados-python-client.

Pinning a dependency on pyasn1-modules=0.0.5 in arvados-python-client
does not make sense. It also does not appear to be necessary at all. And
it currently breaks the CentOS7 package build.

refs #10713

Revert "8654: Pin pyasn1_modules to version that is compatible with pyasn1==0.1.7."

This reverts commit 436105d3e249ad8dc55fb618d0d2c0d8ed29b395.

8460: Merge branch 'master' into 8460-websocket-go

Tidy up queue usage. No issue #

8460: Tolerate None where dicts are expected in events.

8460: Rearrange erb so it is also syntactically valid YAML.

Bump schema-salad version to fix rdflib-jsonld dependency. refs #10576

8460: Use new ws server for integration tests only if ARVADOS_TEST_EXPERIMENTAL_WS is set.

8460: Move context-aware-logger code to ctxlog pkg.

8460: Add some docs/comments.

Bump libcloud for ex_get_license() bugfix. refs #10686

Merge branch '10576-cwl-keep-fetcher' closes #10576

10576: Tweak Docker docs and add pipeline deprecation notice.

10576: Fix formatting in cwl-run-options.  Fix dangling refs tutorial-pipeline-workbench.html

Merge branch 'master' into 10576-cwl-keep-fetcher

Conflicts:
sdk/cwl/setup.py

10576: Add ability to run pipeline templates containing CWL from command line.
Split out command line documentation from running CWL tutorial.

10576: Add retries to arvcontainer.  Add command line options to documentation.

8460: Fix deadlock at shutdown by closing event stream before unmounting.

If llfuse shuts down while a thread is in a "with
llfuse.lock_released" block, the llfuse lock cannot be reacquired, so
the "with" block waits forever instead of exiting. The event listener
thread lands in this state easily because handling a "collection
updated" event makes network requests in a lock_released block.

This deadlock bug started occurring frequently in
tests.test_token_expiry.TokenExpiryTest when using arvados-ws.

10677: Add a Re-run button to container_request#show page.

10576: Integrate CWL extensions page, reorganize running and developing docs.

10576: Add CWL extensions page.

Nodemanager also logs libcloud package version, refs #10587

Merge branch '10587-node-manager-report-version' refs #10587

10587: Print arvados-node-manager package version on startup.

8460: Add event_at and props.{new,old}.{pdh,owner} to websocket v0. Fix fuse crash when event_at or props.*.* is missing.

8460: Add object_kind field.

8460: Merge branch 'master' into 8460-websocket-go

8460: Fix copy-paste errors; use html entity instead of literal utf8 bullet.

Merge branch '10276-remove-data-manager' closes #10276

10576: CWL tutorial documentation refactor WIP.

10276: Remove data manager (superseded by keep-balance).

10576: Set name default to name of workflow when running single command line
tools from workflow records.

Merge branch 'master' into 10576-cwl-keep-fetcher

Conflicts:
sdk/cwl/arvados_cwl/runner.py
sdk/cwl/tests/test_submit.py

10576: Bugfix, set self.uuid on ArvadosContainer.

Merge branch '10587-python-cli-version'
Closes #10587

10576: Set template_uuid when creating container request from workflow.  Set
default container request name from workflow name.

Merge branch '10674-wb-workflow-defaults' closes #10674

10674: Add test checking that "Run" button is disabled because required inputs
have not been filled in.

10585: Merge branch 'master' into 10587-python-cli-version

10674: Extend pipeline/workflow creation test to check that parameter with default value is filled in.

Merge branch '10681-cwl-wf-name-flag' closes #10681

10681: Add tests for workflow and template update.  Refactor slightly to reduce repetition.

Merge branch '10467-client-disconnect' refs #10467

10681: Apply --name flag to creating and updating workflows and pipeline templates.

Merge branch '10686-gce-list-image-project' refs #10686

10686: Specify explicit project when listing images to fix problem with default
behavior listing debian-cloud images.

Merge branch '10681-cwl-name-flag' closes #10681

Merge branch '10684-ssl-ro' refs #10684

10684: Use read-only bind mounts for certs and crunchrunner.

10587: Added setuptools dependency to install_requires lists on arvados-cwl-runner, arvados-python-client, arvados-fuse and arvados-node-manager.

10576: Fix tests for cwl.input.json part of container request record and not
placed in keep.

10587: Added setuptools dependency to fpm package building on arvados-python-client, arvados-fuse & arvados-node-manager.

10681: Add --name flag to set name on pipeline instances and container
requests.

10587: Removed use of multiprocessing module on --version tests. Added a common stderr/stdout redirector context manager for code reuse.

closes #10300
Merge branch '10300-pipeline-display-error'

8460: Tweak logging keys, more similar to keepstore.

10576: Fill in cwl.input.json as a "json" mount instead of creating a new collection.

Merge branch 'master' into 10576-cwl-keep-fetcher

10674: Initialize defaults when creating container request from workflow.

10587: Added tests to Python commands to check for the --version argument.

10576: Bump cwltool, schema-salad and rdflib-jsonld package versions.

10300: old pipeline display is failing due to min_nodes in runtime_constraints being a string; convert to integer to be able to view it.

10576: Bump cwltool and schema-salad versions.

README.md: add link to the Go Report Card for Arvados.

No issue #

closes #10215
Merge branch '10215-arvados-cwl-runner-version'

Merge branch 'master' into 10215-arvados-cwl-runner-version

8460: Add install doc page.

8460: Add json mime type.

8460: Fix binary path.

closes #10604
Merge branch '10604-crunch2-user-guide'

10604: rename tutorial-pipeline-workbench.html as tutorial-workbench-workbench.html

Merge branch 'master' into 10604-crunch2-user-guide

Merge branch '10519-cr-fiddlesticks' closes #10519

Merge branch '10658-crunch-run-missing-files' closes #10658

Merge branch '10649-squeue-stderr' closes #10649

Fix typo in comment.

No issue #

10576: Running jobs from keep: and arv: prefixes WIP.  Tests passing, needs some integration testing.

8460: golint fixes.

8460: Log entry at startup.

8460: Cancel context before returning from handler.

8460: Merge branch 'master' into 8460-websocket-go

8460: Add simple /status.json

10215: if version arg is used, just display version info and exit.

10576: Add resolver to execute from keep references and arvados workflow
records.  Add test for keep references in workflow default input.

8460: status.json -> debug.json

8460: Rename pg -> event_source.go

10576: Tests & fixes for keep ref url join.

10576: Working on fetch & url join for keep references.

10519: added a test to check Run button when an empty workflow is used with no required inputs.

Bump package iteration on arvados-docker-cleaner for dependency fix.  no issue #

Pin websocket-client backport dependency to 0.37.0 to avoid tertiary dependency
problems on debian7 and ubuntu1204.  no issue #

Merge branch 'master' into 10519-cr-fiddlesticks

refs #10293
Merge branch '10293-cr-log-and-output-in-wb'

Merge branch '5737-fix-broken-test-with-231'
refs #5737

10293: update test assertion to expect output collection name, instead of pdh.

5737: Updated test so it pass on both 2.1 and 2.3 ruby versions.

Merge branch 'master' into 10293-cr-log-and-output-in-wb