3531: Add tests for sort order on "jobs and pipelines" tab.

3531: Remove debug limit.

3531: Use dropdown caret instead of down arrow on selection dropdown.

3531: Fix horizontal alignment of selectable and non-selectable things.

3296: after profile is filled in by user, bring the user back to profile page with message saying all set and provide button to take to the desired target. for improved ui experience.

3531: Refactor project tab infinite-scroll. Sort jobs and pipelines
together by date, instead of sorting first by type.

3212: Support arv-run-pipeline-instance --no-reuse --submit

3296: Remove session cache of user record to prevent synchronization problems.

3551: gitignore python/sdk/tests/tmp

3551: Make keepproxy tests pass when permission signatures are enabled
in keepstore.

3551: Use keep{store,proxy} from the working dir to build keep containers
instead of running "apt-get install keep".

3551: Fix source tree layout.

* Move $GOPATH out of the source tree. ($GOPATH is a workspace. Go
  knows how to import source trees into $GOPATH/src/.) This avoids
  replicating the Go workspace structure inside our source tree, and
  allows Go programs to import our libraries the normal way.

* Add Go SDK documentation page showing how to import.

* Rename keep to keepstore.

* In Python tests, we assume keepproxy and keepstore binaries are
  already installed in $GOPATH/bin/ rather than guessing how you want
  them to be built.

* Delete go.sh wrappers. Dependencies are already installed
  automatically by Go. GOPATH is left alone.

3296: fix test

3296: good tests do add value.

3296: update tests

3296: profile notification email setting is now on server

3296: send email when profile is created by user. add tests to profile mailer.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: use update method and remove unnecessary update_profile method

Fix repositories.get_all_permissions, add tests. closes #3546

3373: split-fastq: Fix loop

3373: split-fastq: Fix regex again

3489: Indicate initially selected project in chooser. closes #3544

3373: Fix wrong regex group

3373: Fix syntax error in split-fastq

3373: more run-command cleanup, global p -> taskp, tweaked logging levels

Merge branch '2769-disable-delete-flag' closes #2769

3373: arv-run-pipeline-instance: removed .to_json where objects are supplied to :body_object and will be serialized anyway.

Fix excessive API calls in collection chooser. refs #3489

3373: Switch run-command to use python logging instead of print.

3373: split-fastq: merge loops to capture both single and paired fastq files.
Will now error out if there are fastq files in subdirectories instead of
ignoring them silently.  Added comment about splitfastq() function.

3373: decompress-all: cleaned up code a bit.  Fail properly with error message on bad input.

2769: Add -never-delete command line flag.

Add "wait_for_ajax" to avoid race condition. No issue #

3296: add integration tests for topnav. also, enable profile as default test setting

Merge branch '3527-infer-docker-hash-wip'

Closes #3527, #3529.

3527: Support using a Docker image from any stream in a Collection.

This makes Docker image detection more consistent between crunch-job
and the API server, and is more user-friendly.

3527: Find Docker images natively inside Collections.

We previously relied on the docker_image_hash link to treat a
Collection as a Docker image.  This was safer and simpler, but it
creates obstacles for project sharing.  When we have a Collection
locator that we want to treat as a Docker image, we now check that it
has a single file with a single 64-hexdigit tar file in it, and use
that as the hash if so.  This should still prevent clear mistakes
while removing some of the obstacles to sharing.

Hide preview pane on narrow screens. closes #3496

Update tests and user setup methods. refs #3525

Merge branch '3499-home-project' closes #3499

Merge branch '3525-manage-own-repo' refs #3525

3499: Remove "not in any project" warning.

3499: Do not show Home in breadcrumbs when viewing dashboard page.

3499: Do not show "Sharing" tab on Home project.

3499: Show "Home" in "My projects" panel on dashboard.

3499: Do not show "Move" and "Delete" buttons on Home project.

3499: Merge branch 'master' into 3499-home-project

3499: Update arv-put usage message to reflect new behavior.

3499: Reconcile Python tests to new arv-put "home project" behavior.

3499: Fix Python SDK tests to accept signed blob locators.

3499: Improve Python SDK's ability to read apiserver's config files.

Use a hardcoded secret in the default "test" configuration, rather
than generating a random string with erb. Otherwise, the Python test
suite can't figure out what blob signing key the test server actually
ends up using.

Merge branch '3036-mutable-collections' refs #3504

3036: Merge branch 'master' into 3036-mutable-collections

3036: Remove unnecessary code path.

3525: Users can manage permissions on their own repositories

3499: arv-put collections in home project if no --project-uuid specified.

Merge branch 'master' into 3373-improve-gatk3-snv-pipeline

3438: Show input title when choosing Collections for pipeline instances.

Closes #3438.

"Writing a crunch script" now shows how to run locally, "Running on an Arvados cluster" shows how to commit to git and create a pipeline template.

3482: crunch-job logs locator of job output sans permission hints.

This makes crunch-job log a locator that's consistent with the output
locator that it sets for the job in the database.  Closes #3482.

3296: improve config parameter explanation

Re-disable preview pane in project sharing popup.

This was the original behavior, but was lost in a later merge.
No issue #.

3436: Don't show Projects pulldown on project sharing popups.

Closes #3436.

3296: profile config edge cases

3296: add profile also in the notification email

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: add "message" to profile config

3499: Merge branch 'master' into 3499-home-project

3499: Show Home at root of projects tree. closes #3517

3499: Show home project at /projects/{user_uuid}. closes #3515

3499: Update breadcrumbs. closes #3513

3499: groups/{user_uuid}/contents returns home project contents. closes #3514

3388: Workbench only lists user groups when sharing a project with groups.

This ensures that projects aren't included in the listing, which is
not useful and confusing.  Closes #3388.

3296: some cleanup

3296: remove skip_profile and add params[:partial] handling

3427: Restore arv-put's resume functionality.

The refactoring in 0d1a48e accidentally introduced a bug where arv-put
wipes its resume cache clean before building the uploader.  Because
the refactor always arranges `resume_cache = None` when the user
doesn't want to resume, we can fix the bug by just skipping the wipe.
Closes #3427.

3296: profile path routing

Merge branch '3463-make-sharing-dialog-with-users-more-useful' closes #3463

Merge branch '3444-no-folders' closes #3444

3444: Update documentation referring to obsolete group_class=folder

Merge branch '3372-update-pipeline-template-schema-docs' refs #3372

Add documentation to PipelineTemplate schema for title, description, link_name of pipeline template script_parameters.

3444: Remove support for obsolete group_class=folder

Merge branch 'master' into 3373-improve-gatk3-snv-pipeline

3296: check profile if request method is get.

Disable chunking

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

Merge branch '3415-py-sdk-api-errors-wip'

Refs #3415.  Closes #3478.

Addition of button that copies the current collection to a specified project (refs #3114, #3476)
Not positioned anywhere yet: I just slapped it onto the top of the page.

Chunking fastq seems to work, but is very slow.

3415: API exceptions from Python SDK include more error information.

The apiclient module doesn't give us a lot of opportunities to
customize error handling.  Request objects can have response
callbacks, but they only get access to the response headers, not body,
which we need to pass along JSON errors.  After that, apiclient.http
imports apiclient.errors.HttpError directly, and raises that directly
whenever there's a permanent error in an HTTP response.

arvados.api already makes a few monkeypatches to apiclient, and this
commit adds one more: it customizes HttpError's __new__ method to
return a new customized subclass instead.  This is pretty evil,
because it will mess with any other instantiations of HttpError in
client programs.  Its only mitigating grace is that the new subclass
is fully API-compatible with the original.

3296: When invoking sudo operations, skip profile check. Profile check is problematic when an admin user does "login as" a different user who has no profile set because after login as that user, the profile page is displayed and needs to be filled. To address this, send an additional "skip_profile" parameter when doing a "login as" or any other sudo operations.

3296: save button placement

3296: display read-only email, first name, last name, and identity url in the profile page.

arvados.LOCATOR

import string

Fix syntax error

Check for None

Working on split-fastq to actually split the fastq file.