* Updated ssh-access documentation for workbench dashboard changes
* Fixed problem where links within the document were cut off by top menu bar

Replaces shelling out to 'curl' with httpclient library.

Account status is now part of the "notifications" area

Added system status box

New two-column dashboard layout suggested by Adam

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1692-redesign-dashboard

Updated Gemfile to include all dependencies of 'arv' command line tool so bundler
can auto-install them.

Added pip requirements.txt to automatically install python dependencies for Arvados Python SDK.

Fixed more broken links, normalized styles. (refs #1608)

Displays contents of manifest instead of manifest locator.

Normalize API documentation names, fix links, etc. (refs #1608)

Dashboard now consists of recent collections, jobs, and pipeline instances.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1692-redesign-dashboard

Fix return_to on generic "Create" button.

(was "return_to=./", causing a redirect to "http://host:port./")

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1692-redesign-dashboard

Tweaked text about ssh keys

Bolded the links so they are more obvious.

Add --yaml output format choice to arv.

* Added "Docs" menu to top navbar
* Fixed layout issues with navbar, had to remove "responsive" navbar elements
* Tweaked text of "workbench" user guide page

Merge branch '1678-new-user-orientation-pete-wfh' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1678-new-active-user-orientation

Conflicts:
apps/workbench/app/views/users/home.html.erb

Floated Dax to the left instead of the right.

Merge branch '1636-inactive-user' into 1678-new-active-user-orientation

Wizards that check for uploading collections, running a crunch job,
and running a pipeline and link to documentation if the user hasn't
done it yet.

Merge remote-tracking branch 'remotes/origin/1636-inactive-user' into 1678-new-user-orientation-pete-wfh

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Starting working on wizard for jobs/pipelines

Merge branch '1608-api-documentation'

Adding REST method documentation stubs (resolves #1608)

* Added method documentation pages for all REST method endpoints.
* Updated left navbar for all pages.
* Moved schema pages to doc/api/schema.

Fix exception when no authorized_key hash provided in create request.

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1678-new-active-user-orientation

Merge branch '1608-api-documentation' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1608-api-documentation

Fix bug in default argument types.

Reorganizing API documentation to support new navbar (refs #1651).

Add site.navbar.api to _config.yml, and add matching "navmenu" fields to API documentation pages.

Reorganize navbars.

Move top and left-side navbars to their own _include pages.
Define navbar sections in _config.yml.

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Do not ignore attributes received with create request.

Redirect to a suitable page when HTML response requested for create/update.

Added dax image to repo

* A couple of tweaks in response to Tom's feedback
* Additional styling
* Added Dax

Undo `docker build' hack fixed in docker 0.7; add git repo to support JobsController.

`docker build' bug #1875 supposedly fixed in https://github.com/dotcloud/docker/commit/751250015bbecd9d8c4158b7a8398b3dc2eccde4

* User is now taken to a "welcome" page where they click button to log in
* Simplified inactive user page and rewrote copy to be more friendly.

Fix bug in default argument types.

Reorganizing API documentation to support new navbar (refs #1651).

Add site.navbar.api to _config.yml, and add matching "navmenu" fields to API documentation pages.

Reorganize navbars.

Move top and left-side navbars to their own _include pages.
Define navbar sections in _config.yml.

Specify apiVersion when instantiating Arvados client. closes #1773

Specify api_version when instantiating Arvados client. refs #1773

Use arvados.api('v1') accessor instead of arvados.service. refs #1773

Merge branch '1608-api-documentation' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1608-api-documentation

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Remove extra `shift' screwing up argument processing.

Update favicon to Dax

Add Python SDK doc page. closes #1754

Accept an API version argument to arvados.api(). refs #1772

Updated documentation for clarity.

Fix up usage error message

Updated table headings, removed redundant fields.

Merge branch '1495-crunch-documentation'

* mailto:arvados@clinicalfuture.com is now arvados@curoverse.com
* git clone in install guide now clones from github

* Fixed template so subsections only show up in userguide
* Removed obsolete tutorial files
* Copy edits

* Finished trait search tutorial
* Finished GATK tutorial
* Noted that arv ls -s print size in kilobytes

* Almost done with trait search tutorial
* Working on GATK tutorial
* Added section on putting directories into Keep

Add new user activation + setup script. closes #1738

Return API response objects as Models (with save() etc) instead of Hashes

closes #1756

Propagate API errors as exceptions

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Working on traits document

Change arv-put default behavior: write a manifest, even for a single file.

refs #1646

Return empty-block locator in data_locators() for zero-byte stream

Remove extra trailing newline in --raw mode output

Fix some typos and long lines

* Fixed links
* Added bootstrap and jquery snapshots

Reorganized user manual into sections

Reorganization, added parallel jobs and new pipeline tutorial.

Added skeleton doc files for all API resources.

Add example ruby client: list idle/busy worker nodes and age of last ping

closes #1729

Obey ARVADOS_API_HOST_INSECURE if host came from ARVADOS_API_HOST env var

Set jobs.log_tail_follow default buffer size in discovery document.

refs #1743

Fix parsing of buffer_size parameter in jobs.log_tail_follow

refs #1743

Stream API responses for jobs.log_tail_follow and users.log_stream

 * Mostly done on "Debug a Crunch Script"

Handle unexpected server responses better, clean up usage/help code

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1495-crunch-documentation

* split out sections into their own documents
* defined typeface conventions and applied them some existing
  documents
* finished writing/documenting/testing tutorial hash crunch script
* split out first crunch script into a standalone runnable python file

Remove TMP/src.commit too, when removing TMP/src.

Fix left nav link order

Store crunch-job log in a collection instead of just raw data blocks.

Fix gatk_tbz locator.

Revert "Rename annotation DepthOfCoverage to Coverage"

This reverts commit 6d21143f763a0a3a5098acb5698cb549f37a6db5.

Rename annotation DepthOfCoverage to Coverage

GATK 2.6-4-g3e5ff60 says:

Annotation DepthOfCoverage is no longer available in the GATK; it has
been deprecated since version 2.4 (renamed to Coverage)

Add input parameter tables and source code link for each crunch example.

closes #1656

Fix reference to picard source distribution -> binary distribution.

refs #1656

Remove unused module import.

Use git@git.[...] not git://git.[...] as default repository fetch_url.

closes #1691

Formatting tweaks, mosting changing <pre> to textiles block code (bc.) mark.