3550: Merge branch 'master' into 3550-local-pipeline

Conflicts:
sdk/cli/bin/arv-run-pipeline-instance

closes #2761
Merge branch '2761-diagnostic-suite'

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

Merge branch 'update-go-sdk-documentation'

Updating Go SDK Documentation,
no issue #

no issue # - fix couple more places where description is failing on nil template name.

3411: fix failing tests

The FuseSharedTest requires "pipeline_with_template.pipelineInstance" on
my machine, but not on Jenkins. Puzzling.

No issue # -- bug fix

Merge branch '3411-expire-collections'

Refs #3411.

3411: added new collection fixtures owned by active_user

no issue # : fix nil issue in pipeline_templates page

3550: Fix race conditions: avoid setting running/success/finished_at
attributes until output and log have been saved.

Merge branch '3411-expire-collections'

Closes #3411.

3550: Fix running local job repeatedly on subsequent loop iterations.

3550: Add missing .andand

3411: code review feedback

* Ensure each functional test issues only one request to the controller
* $application_config['default_trash_lifetime'] -> Rails.configuration.default_trash_lifetime

2761: added some comments

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

3550: Add missing .andand

Merge branch '3605-node-info-field' refs #3605

Fix test

Merge branch '3705-keep-blockworklist'

Closes #3705.

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: minor updates to diagnostics test config explanation.

3705: use %v to format interface types

Fix arv-run-pipeline-instance to not crash when template is null.  no issue #

3705: drop unnecessary 'items' from BlockWorkList

3705: use helper functions in tests

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: update config

3705: drop unnecessary current_list pointer

no issue # remove pipeline instance fixture to address failing test.
Merge branch '2875-pipeline-description'

2875: remove pipeline instance fixture and use an existing one.

Merge branch '3877-log-memory-leak' closes #3877

2761: add diagnostics section to config

Combined all examples into one big, runable source file with syntax coloring.

Found and fixed some bugs in example code.
Added example of requesting manifest text.
Turned references to source directories into links.
syntax-colored import statemtns.

3411: code review

Feedback from code review:

* Dropped unnecessary lambda from Collection.default_scope.
* Set owner_uuid of new collection test fixtures to user 'active',
  removed unnecessary permission link test fixtures.
* Removed permit_unsigned_manifests from unit tests
* Added tests for :show and :update to expired and unexpired
  collections.
* Added rake config:check test to make sure default_trash_lifetime is at
  least 24 hours.

Make sure to run apt-get update before trying to install
openjdk-7-jre-headless into the java-bwa-samtools arvados docker image.

no issue #

Merge branch '3878-arv-mount-block-cache' closes #3878

3878: Remove raise debugging exception.

Moved file.

3550: Fix crash when --template loaded from local JSON file has no uuid.

3550: Remove extraneous "to" in usage message.

3411: set default collection expiration policy

* Added default_scope to Collections restricting them to collections that
  have not yet expired

* Added a default_trash_lifetime setting in application.default.yml,
  exposed in the discovery doc setting 'defaultTrashLifetime' (default:
  2 weeks)

* Added test fixtures to exercise fetching expired collections and
  collections that expire in the future.

3878: Fix block cache sharing across threads so arv-mount uses a bounded amount
of memory to store block.  Also fixes bug in cache management code and cleans
some exception handler error reporting.

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

closes #2875
Merge branch '2875-pipeline-description'

2875: minor text update

2875: collection description is now textile and also the display is updated.

2875: remove junk migration lines

3877: Fix memory leak after "log truncated" decision. Clean up code.

3705: update for code review

* Changed the type of the NextItem channel from *list.Element to
  interface{} (i.e. a list.Element.Value)
* Better comments
* Cleaner testing framework
* TestBlockWorkListReaderBlocks to exercise the case where readers block
  when the list is exhausted, and resume when new data is supplied.

3705: describe BlockWorkList flow more explicitly

Updated file comments to describe the overall data flow for a
BlockWorkList manager and worker more explicitly.

3550: Update docs to match new flag name. Add note about job re-use.

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

Conflicts:
apps/workbench/config/application.default.yml

no issue # fix failing test to use selenium driver

2875: integration tests to verify description on pipeline templates, instances, and jobs.

3550: Merge branch 'master' into 3550-local-pipeline

3550: Clarify help message, mention that there are limitations.

Updated Gemfile to pull in changes from commit:ac594f1 refs #3187

2875: render template description as textile attribte in show recent page

2875: add description option

2875: add initial description to pipeline instance when created using arv-run-pipeline-instance script

Merge branch 'master' into 2875-pipeline-description

closes #3654
Merge branch '3654-combine-selections'

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

2875: initial description on pipeline instance when the template has no name.

Merge branch 'master' into 2875-pipeline-description

2875: set initial description on the new pipeline instance created by running a template.

Bug fix: manifests with extra spaces

Extend the regular expression to match manifest_text to permit more than
a single space in manifest entries (seen in e.g. 91534558193f42a2f7f8aca872e5a78d+15723)

No issue #

3654: disable search icon collection show page rather than hide it when it is not applicable.

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

Merge branch 'master' into 2875-pipeline-description

Conflicts:
services/api/app/models/pipeline_instance.rb
services/api/db/structure.sql

2875: add new partial to display name and description.

3605: Provide "info" field to all requesters.  Filters out any keys with text
"secret" to non-admin users.  Also fix fiddlesticks on workbench viewing
details for node.

Merge branch '3187-start-finish-timestamps-tasks-pipelines' refs #3187

Fixed typo Y% -> %Y

3654: update tests to match the selection dropdown text changes.

2875: add description to jobs and pipeline_instances.

Included included file.

Moved code to seperate file for syntax coloring.
Switched to using arv.List instead of arv.Call.

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

3654: move the checkbox to the left of the row in collection show page. also, fixed a bug where the newly added selection dropdown shows up in the collection file chooser popup.

3187: Update the task start time when the task actually starts.

Fallout from #3036: the test for the checkbox value on acceptance of the
user agreement was expecting a keep hash, rather than an Arvados UUID.

This fixes accepting the user agreement (if one or more are present).

refs #3036

3654: add a default name to newly created combined collection

3705: replace pullmgr with a BlockWorkList

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

Clean up manifest whitespace in split-fastq.

The previous code was generating two spaces between the stream name
and block list, because it had the space from as_manifest() as well as
its own join.  This yielded an invalid manifest.

No issue #.

2761: update comment

2761: input selection revisited

Merge branch 'master' into 3187-start-finish-timestamps-tasks-pipelines

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: file path needs lookup in prevew panel

3705: add BlockWorkList and unit tests

Prevent PySDK CollectionReader from sending UUIDs to Keep.

No issue #.  I tickled this while I was working on #3147.  Ward saw
the apparent symptom come up in a Job log, so I'm pushing the fix at
his request.  I have a test prepared in my branch, along with a bunch
of test infrastructure.

2761: test in staging.

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: wait for the pipeline run to complete or until wait time exceeds.

3846: Improve timeout handling in PySDK KeepClient.

* Catch socket errors (including timeouts) and treat them as
  transient with regard to retry logic.
* Increase the default timeout to 5 minutes.  Given how long it can
  take to PUT 64MiB to a proxy and wait for two servers to return
  success, this seems like a reasonable default.  Future improvements
  could set different timeouts based on the request type and whether
  or not we're talking to a proxy.

Closes #3846.

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: test updates to be able to handle multiple inputs