Merge branch '10467-client-disconnect' refs #10467

Merge branch '10686-gce-list-image-project' refs #10686

10686: Specify explicit project when listing images to fix problem with default
behavior listing debian-cloud images.

Merge branch '10681-cwl-name-flag' closes #10681

Merge branch '10684-ssl-ro' refs #10684

10684: Use read-only bind mounts for certs and crunchrunner.

10681: Add --name flag to set name on pipeline instances and container
requests.

closes #10300
Merge branch '10300-pipeline-display-error'

10300: old pipeline display is failing due to min_nodes in runtime_constraints being a string; convert to integer to be able to view it.

README.md: add link to the Go Report Card for Arvados.

No issue #

closes #10215
Merge branch '10215-arvados-cwl-runner-version'

Merge branch 'master' into 10215-arvados-cwl-runner-version

closes #10604
Merge branch '10604-crunch2-user-guide'

10604: rename tutorial-pipeline-workbench.html as tutorial-workbench-workbench.html

Merge branch 'master' into 10604-crunch2-user-guide

Merge branch '10519-cr-fiddlesticks' closes #10519

Merge branch '10658-crunch-run-missing-files' closes #10658

Merge branch '10649-squeue-stderr' closes #10649

Fix typo in comment.

No issue #

10215: if version arg is used, just display version info and exit.

10519: added a test to check Run button when an empty workflow is used with no required inputs.

Bump package iteration on arvados-docker-cleaner for dependency fix.  no issue #

Pin websocket-client backport dependency to 0.37.0 to avoid tertiary dependency
problems on debian7 and ubuntu1204.  no issue #

Merge branch 'master' into 10519-cr-fiddlesticks

refs #10293
Merge branch '10293-cr-log-and-output-in-wb'

Merge branch '5737-fix-broken-test-with-231'
refs #5737

10293: update test assertion to expect output collection name, instead of pdh.

5737: Updated test so it pass on both 2.1 and 2.3 ruby versions.

Merge branch 'master' into 10293-cr-log-and-output-in-wb

Use regex to determine whether to print help text for arvbash.sh. refs #10655

Merge branch '10655-arvbash' closes #10655

Merge branch '10647-dev-jobs-image' closes #10647

10604: add crunch1 only note to arv-copy documentation.

Update arvbox to work with passenger 5.0, refs #5737

10519: Don't fiddlesticks on uncomitted container request page if workflow or
cwl.input.json are missing.

Fix bug done.done() not returning output value.  refs #10293

10293: update container_work_unit to look for output_uuid and log_uuid for a container_request, rather than using those from the associated container.

10658: Put container into cancelled state on error during docker load or mount
setup.

10658: Flush logs even when maintaining container in queued state.

10649: Make errors emitted by squeue and scancel show up in logs.

10655: Add arvbash to tools/

10604: add pages to write and run workflows.

Merge branch '5737-ruby231'
refs #5737

5737: Merge branch 'master' into 5737-ruby231

Merge branch '10651-cwl-submit-runner-ram' refs #10651

Merge branch 'origin-10293-cwl-cr-output' closes #10293

10293: Update test_done to test more stuff and remove redundant test_done_use_existing_collection.

10651: Check --submit-runner-ram has a valid value.  Add tests.

10293: Fix error message when wrong --api provided.

10651: Add --submit-runner-ram to specify amount of RAM that should be
allocated for workflow runner job or container.

10293: Avoid noisy and unhelpful error when cwl.output.json is missing.

10293: Improve error messages for --api and unsupported InitialWorkDirRequirement.

10293: Don't try to json decode empty output file to reduce spurious errors.

10293: Override workflow runner done() to get container from container request.

10293: Bug fixes

* Now polling state on self.poll_api.container_requests() table
* Runner object puts "self" into processes table
* Don't report spurious ApiError when not running in container

10604: Update the "Running a pipeline using Workbench" to talk about "workflows"

10647: Get necessary version of cwltool from sdk/cwl/setup.py instead of
listing it in two places.

10647: Image tag is most recent git hash of python sdk or arvados-cwl-runner.

10647: Script + Dockerfile to build arvados/jobs image from local git checkout, for development.

5737: Merge branch 'master' into 5737-ruby231

closes #10518
Merge branch '10518-crunch2-only-wb'

Merge branch '10599-run-build-packages' closes #10599

10599: Add run-build-packages-one-target.sh --only-build, run-build-packages looks for $ONLY_BUILD in its environment.

10518: update API groups_controller.contents method to exclude classes with index disabled and update user guide to use "Run a process" instead of "Run a pipeline"

5737: Fixed unused variable declarations.

5737: Fixed several warning messages from running tests.

5737: Fixed a bug in container reuse test code.

Merge branch '10630-no-json-debug-dump' refs #10630

10630: Bump cwltool version to completely skip debug statements that make
expensive json.dumps() calls.

10467: Update var names in parameterized test func.

10467: Add "context canceled" tests for PUT and HEAD.

5737: Fixes to remove ruby warnings when running collection api integration tests

Merge branch '10586-writer-pool-deadlock' refs #10586

10467: Add "client disconnect" test.

5737: Fixes to remove ruby warnings when running websocket integration tests.

10586: Add extra notify_all() as deadlock insurance.

10586: Fix misuse of "!=" to mean "is not".

10586: Do not pile on more errors in the service.finished() case.

5737: Explicitly passing PID file path to passenger so that the tests pass again.

5737: Removed minitest: it wasn't really running the tests.

Install upgraded setuptools in arvbox, refs #10583

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

10586: Suppress stack traces for expected http errors.

10586: Fix deadlock in KeepWriterThreadPool.

Previously, an unhandled exception in KeepWriterThread (including
KeepService.put()) would terminate the thread without calling
queue.task_done(), which would cause queue.join() to deadlock.

Additionally, this commit moves all of the "wait until work is needed"
logic from KeepWriterThread into KeepWriterQueue.

Update arvados-cwl-runner with compatible dependencies, refs #10583

refs #10290
Merge branch '10290-scheduling-parameters-doc'

10290: scheduling_parameters documentation

Merge branch '10484-count-clients' closes #10484

Update cwltool version with compatible dependencies, refs #10583

10535: Fix race-to-deadlock bugs in tests.test_events: use threading.Event, not threading.Condition. refs #10535

refs #10524
Merge branch '10524-crunch2-workbench'

10524: update test assertions

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

10293: done_outputs in a try/except block

Merge branch '10583-cwl-salad-ver' refs #10583

10583: Bump versions.

10293: invoke output_callback in a try/except block

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

closes #10524
Merge branch '10524-crunch2-workbench'

Merge branch '9897-log-block-prefetch-worker-exceptions' closes #9897