Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fix makefile brittleness.

* `clean' should remove any empty */generated directories (so
  base/generated will be marked as a target to rebuild)

* Dockerfiles should use && instead of ; whenever possible so
  `docker build' will properly fail if a critical step cannot
  be completed.

Do not set is_active flag for new users. They do that themselves now,
after accepting user agreements.

refs #1699

Merge branch '1675-preactivation'

closes #1722
closes #1785

Request activation if is_active==false but no user agreements seem to
be required.

refs #1699

Support pre-activation by creating a new user record and OpenID
permission link.

refs #1785
refs #1722

Allow authentication from multiple OpenIDs using permission links with
matching email and OpenID prefix.

refs #1722

Merge branch '1694-user-agreement'

Fix makefile syntax for `realclean' target.

Divert processing when user agreements are needed, instead of just
omitting page content from layout.

closes #1699

Support user agreement viewing and signing in Workbench.

refs #1699

Store correct collection uuid in signature/click link.

closes #1706

Do not self-activate, or show user agreements to, an uninvited user:
i.e., one who is neither invited by default according to site policy,
nor a member of the "All users" group.

refs #1706

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Add `make realclean' target for removing cached Docker images from a build.

Replaces shelling out to 'curl' with httpclient library.

Account status is now part of the "notifications" area

Added system status box

New two-column dashboard layout suggested by Adam

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1692-redesign-dashboard

Updated Gemfile to include all dependencies of 'arv' command line tool so bundler
can auto-install them.

Added pip requirements.txt to automatically install python dependencies for Arvados Python SDK.

Fixed more broken links, normalized styles. (refs #1608)

Displays contents of manifest instead of manifest locator.

Normalize API documentation names, fix links, etc. (refs #1608)

Dashboard now consists of recent collections, jobs, and pipeline instances.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1692-redesign-dashboard

Fix return_to on generic "Create" button.

(was "return_to=./", causing a redirect to "http://host:port./")

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1692-redesign-dashboard

Tweaked text about ssh keys

Bolded the links so they are more obvious.

Add --yaml output format choice to arv.

* Added "Docs" menu to top navbar
* Fixed layout issues with navbar, had to remove "responsive" navbar elements
* Tweaked text of "workbench" user guide page

Merge branch '1678-new-user-orientation-pete-wfh' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1678-new-active-user-orientation

Conflicts:
apps/workbench/app/views/users/home.html.erb

Floated Dax to the left instead of the right.

Merge branch '1636-inactive-user' into 1678-new-active-user-orientation

Wizards that check for uploading collections, running a crunch job,
and running a pipeline and link to documentation if the user hasn't
done it yet.

Merge remote-tracking branch 'remotes/origin/1636-inactive-user' into 1678-new-user-orientation-pete-wfh

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Starting working on wizard for jobs/pipelines

Allow self-activation after signing required user agreements.

Merge branch '1608-api-documentation'

Adding REST method documentation stubs (resolves #1608)

* Added method documentation pages for all REST method endpoints.
* Updated left navbar for all pages.
* Moved schema pages to doc/api/schema.

Fix exception when no authorized_key hash provided in create request.

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1678-new-active-user-orientation

Merge branch '1608-api-documentation' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1608-api-documentation

Fix bug in default argument types.

Reorganizing API documentation to support new navbar (refs #1651).

Add site.navbar.api to _config.yml, and add matching "navmenu" fields to API documentation pages.

Reorganize navbars.

Move top and left-side navbars to their own _include pages.
Define navbar sections in _config.yml.

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Do not ignore attributes received with create request.

Redirect to a suitable page when HTML response requested for create/update.

Added dax image to repo

* A couple of tweaks in response to Tom's feedback
* Additional styling
* Added Dax

Undo `docker build' hack fixed in docker 0.7; add git repo to support JobsController.

`docker build' bug #1875 supposedly fixed in https://github.com/dotcloud/docker/commit/751250015bbecd9d8c4158b7a8398b3dc2eccde4

* User is now taken to a "welcome" page where they click button to log in
* Simplified inactive user page and rewrote copy to be more friendly.

Fix bug in default argument types.

Reorganizing API documentation to support new navbar (refs #1651).

Add site.navbar.api to _config.yml, and add matching "navmenu" fields to API documentation pages.

Reorganize navbars.

Move top and left-side navbars to their own _include pages.
Define navbar sections in _config.yml.

Specify apiVersion when instantiating Arvados client. closes #1773

Specify api_version when instantiating Arvados client. refs #1773

Use arvados.api('v1') accessor instead of arvados.service. refs #1773

Merge branch '1608-api-documentation' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1608-api-documentation

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Remove extra `shift' screwing up argument processing.

Update favicon to Dax

Add Python SDK doc page. closes #1754

Accept an API version argument to arvados.api(). refs #1772

Updated documentation for clarity.

Fix up usage error message

Updated table headings, removed redundant fields.

Merge branch '1495-crunch-documentation'

* mailto:arvados@clinicalfuture.com is now arvados@curoverse.com
* git clone in install guide now clones from github

* Fixed template so subsections only show up in userguide
* Removed obsolete tutorial files
* Copy edits

* Finished trait search tutorial
* Finished GATK tutorial
* Noted that arv ls -s print size in kilobytes

* Almost done with trait search tutorial
* Working on GATK tutorial
* Added section on putting directories into Keep

Add new user activation + setup script. closes #1738

Return API response objects as Models (with save() etc) instead of Hashes

closes #1756

Propagate API errors as exceptions

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Working on traits document

Change arv-put default behavior: write a manifest, even for a single file.

refs #1646

Return empty-block locator in data_locators() for zero-byte stream

Remove extra trailing newline in --raw mode output

Fix some typos and long lines

* Fixed links
* Added bootstrap and jquery snapshots

Reorganized user manual into sections

Reorganization, added parallel jobs and new pipeline tutorial.

Added skeleton doc files for all API resources.

Add example ruby client: list idle/busy worker nodes and age of last ping

closes #1729

Obey ARVADOS_API_HOST_INSECURE if host came from ARVADOS_API_HOST env var

Set jobs.log_tail_follow default buffer size in discovery document.

refs #1743

Fix parsing of buffer_size parameter in jobs.log_tail_follow

refs #1743

Stream API responses for jobs.log_tail_follow and users.log_stream