Merge branch 'master' into 5110-workbench-full-text-search

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

5037: Remove git tags from SDK version restrictions.

5037: Merge branch 'master' into 5037-nonocache

Fix typo.

refs #4754

Also add minitest and friends to the performance group.

Refs #4754

Revert "We need tmp/cache to exist before we can run performance tests"

refs #4754

This reverts commit c882575c856e01313cf2caf2e4ead1f27bfb33ae.

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

We need tmp/cache to exist before we can run performance tests

refs #4754

Make sure the performance testing gems are available when workbench is
run in the performance rails environment.

refs #4754

5110: full text search seems to treat '_' characters as spaces. Thus, when searched for 'pipeline_1', objects matching 'pipeline'
are also fetched since '1' is a common word and ignored. Hence, update the test to use more specific search filters.

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

4523: add search test looking for '_' which is ignored by full text search.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

5176: Update Gemfiles with current arvados gem.

Refs #5176.  Closes #5181.

Merge branch '5176-escape-filenames'

Closes #5176, #5180.

5176: Update API Collections test to accommodate new fixtures.

5110: append :* to search filter to enable prefix matching; server no longer does this and expects clients to append it as needed.

5176: Update Gemfile.lock.

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

4523: update tests to include :* in the filters sent rather than expect server to append it.

5176: Update bundles.

5176: Fix broken fixtures, add tests.

refs #4926 #5072 Merge branch '4926-fix-imagesizes'

Merge branch '4464-api-project-contents-wip'

Refs #4464.  Closes #5140.

4464: Simplify API collection list method docs.

4464: API group contents no longer include manifests.

This change achieves symmetry with the collections list method, which
doesn't return manifests unless you expressly request them.  We don't
have a good way to support the select parameter in group contents at
all right now, so this commit also makes that clear through the
discovery document, and documents the limitation.  This change should
help avoid performance problems like witnessed in #4464.

Some refactoring/clean-up to help support this change:

* Extract out a method that generates the full hash response to list
  @objects.  Reuse that code in the groups contents method.
* The collections controller had code to generate a list of a model's
  selectable attributes.  Move that to ArvadosModel and reuse it in
  the groups contents method.
* Make signatures consistent across all definitions of apply_filters
  and apply_where_limit_order_params.  The latter simply passes
  arguments to the former, so it can have the same signature, and it
  should respect the provided model_class argument the same way.  Same
  for the override in the users controller.

4464: Document API group contents parameters.

4464: Remove API group contents include_linked parameter.

With Tom's permission.

5176: Add more Ruby SDK tests for empty manifests.

I wrote these while trying to diagnose other issues in the branch.
They didn't reveal anything directly, but it seems like a waste to
write tests and not commit them, so here they are.

5175: Avoid egg_info name conflicts with pip.

pip does its own subclassing of egg_info.  Installing with pip fails
if setup.py includes an egg_info class that is passed in as the
cmdclass for the egg_info command.  Avoid using that name to avoid
conflicts with pip.  Refs #5175.

4523: update full text search record_filter to not append :* for prefix matching; instead expect client to append it as needed.

Merge branch '5175-pep-440' refs #5175

5715: Sort imports.

5175: Revert change to find_packages(), it gets confused by run_test_server.py.

5175: Include README for Node Manager packages.

5175: Do not add +sha1 tag to Python packages ever.

PEP 440 is clear that the local version tag is for distributors who
are patching an upstream release.  That's not us; we are the upstream
release.  "Local version identifiers SHOULD NOT be used for upstream
projects," so just don't do it.

This also lets us sidestep the issue of trying to parse sys.argv
behind setuptools' back.

Developers who want to keep their development builds distinct should
tag packages themselves with -b .devN.

4523: Add tests for some edge cases.

4523: Fix up whitespace.

4523: Remove unneeded else.

5176: Add spaces-in-filenames tests.

5176: Fix handling of escape sequences in manifest filenames.

5110: clean up pipeline instances integration tests a bit. and remove a few of the tests in
"scroll pipeline instances page for with search filter" that are neither searching nor scrolling.

5175: Do not add +sha1 tag unless --sha1-tag flag given.

Merge branch '4523-full-text-search' into 5110-workbench-full-text-search

4523: update full text search to append ':*' for each word to support a collection file search such as dir_name_part space file_name_part.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

Conflicts:
services/api/test/unit/collection_test.rb

4958: Add tests.

4958: Avoid squishing dax's aspect ratio when window is narrow.

4958: Detect old browsers and recommend upgrading.

We use a plain .js file in /public instead of the asset pipeline, and
don't rely on any JS libraries. This gives the error alert a much
better chance of working in a browser that can't even parse our
compiled/minified application.js.

5030: Hide cpu/mem/io graph until data points arrive.

5030: Move log graph javascript into its own file.

5037: Use a newer Python SDK (with no connection cache) instead of cache=False.

Merge branch '5011-arv-put-replication' closes #5011

5011: Fix comment about when local_store_* methods get used.

4926: Fixed images to be consistently 900x500

Merge branch '3021-leave-api-running' refs #3021

5110: use full text search operator '@@' instead of 'ilike'

4523: slightly modified full text search condition.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

5011: Merge branch 'master' into 5011-arv-put-replication

4951: remove unused id from link

5011: Make docstring less scary.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

4951: localStorage lookup much simplified and handled during page loading.

3021: Bugfix for arvados_fuse.TagsDirectory to correctly merge tag list updates
with existing TagsDirectory entries.

3021: Use bind(0.0.0.0, 0) instead of grep /proc/net/tcp to find a port number.

Relax version limit of python-daemon dependencies.

We imposed this limit in 9c2e673ba96ba5d11e56a4aba67157e64dfe01e2.
The issues seem to be ironed out as of version 2.0.4.  See:

* <http://lists.alioth.debian.org/pipermail/python-daemon-devel/2015-January/000114.html>
* <https://bitbucket.org/pypa/setuptools/issue/338/__future__-imports-are-not-effective-in>

No issue #.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

4951: actually add test assertion to verify that request access button was no longer displayed after a request was made.

4951: add test assertion to verify that request access button was no longer displayed after a request was made.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

3021: Merge branch 'master' into 3021-leave-api-running

Conflicts:
sdk/python/tests/test_websockets.py

3021: We use passenger in dev and test environments, too.

3021: Make sure any unexpected openssl output ends up on stderr.

3021: Reduce race potential by resetting database after fuse unmounts.

3021: Remove unused variable.

3021: Use kwargs to pass options through make_mount(). Dry up FuseTagsUpdateTest.

Merge branch '5141-workbench-numeric-inputs-wip'

Closes #5141, #5143.

5141: Workbench permits float values for number pipeline inputs.

Previously, when a pipeline input had the number dataclass, we
rendered the input form with type=number.  However, the Arvados number
dataclass is meant to allow all numeric types.  The HTML 5 number
input type only permits integers.

Unfortunately, X-Editable does not have any built-in validation for a
broader range of numeric types.  This commit simply removes any
validation.

3021: Give up earlier if ARVADOS_TEST_API_HOST is set but reset() fails.

3021: Reset env vars in any reset(), not just in start().

Avoid optional disk cache usage if it is owned by a different user. refs #2659.

5135: Workbench consistently orders modal buttons.

Primary buttons should be first from the right, following Bootstrap
conventions and Tom's edict.  Closes #5135.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

Conflicts:
services/api/db/structure.sql

4523: preparing to merge master

3021: Set env var to empty string instead of removing it. Unsetenv isn't worth introducing a dependency on Go 1.4.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

5011: Add forward compatibility, so we don't need backward compatibility later.

4951: when a request for shell access is made, remember this in html5 localStorage so that on future revisits of the page (in the same browser) we can show an info message to that effect rather than showing the request button again.

5011: Add tests and comments for redundancy vs. replication_desired attrs.

5011: Fix up docstring.

Merge branch '4472-save-partial-output' closes #4472

5011: Dry up three different solutions for mocking keep_services().accessible().

5011: Merge branch 'master' into 5011-arv-put-replication

3021: In start(), if a stale server is already running (but we can't reset() it), kill it.

3021: Check whether a randomly selected port is available before using it.

3021: Don't worry about env vars, run_test_server.py does that.