2659: Send anonymous token as a reader token with all requests.

2659: Finally understood the mystery behind the "anonymous tests are failing when run with all other tests".
There is a permission link fixture for anonymous group. I needed to create read permission link for anonymous user.
(Tom thinks) the groups permission cache may be getting out of sync somehow.

2659: Expect redirect to login page when show method is executed in jobs controller etc when no anonymous configuration is set.
Something is overriding the configured value from application.default.yml when the test is executed along with all other tests!

2659: fix test assertion

2659: enable anonymous user config in test environment.

2659: add a "you are not logged in" warning in 404 page.

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-share-projects

2659: skip require_thread_api_token filter only when anonymous config enabled.

2659: Do not require login for project tab_counts method as well.
Remove anonymous login tests for /users and /groups pages since we are no longer doing session establishment for anonymous user login.
These are like any other un-shared pages and show login page to user.

2659: load @prov_svg outside of the 'if current_user' block so that an anonymous user can see the provenance graph when accessing publicly accessible collection.

2659: prevent nil exception when a content hash link is clicked by anonymous user

2659: anonymous token handling in api client updated

2659: no need for permit_anonymous_browsing_for_public_data filter; instead, directly use the anonymous token in arvados_api_client.

2659: is_anonymous helper method is not needed anymore.

2659: do not include "You are viewing public data" in topnav when anonymous user is accessing a shared project.

Documentation cleanup: CLI SDK:

- merge some information from the wiki.
- reorganize things a bit.

No issue #

2659: instead of setting up a session as anonymous user, just use anonymous token to serve publicly accessible resources.

2659: add some more text assertions; several of the same tests are failing quite consistently when run with the entire test suite.

2659: remove most of the user-based tests since they are covered in other test files to make the test cases  as minimal as possible.

2659: slightly improved test flows

2659: add completed job fixture in publicly accessible project and test assertions for re-run job button for it.

2659: (1) Update link_to_if_arvados_object method to display an object name as link for User type only when the user is active.
Otherwise, an anonymous user will always see 404 when such a link is clicked.
(2) In the unlikely event of an anonymous user traversing to /users or /groups pages, there will be an 'Add a new xxx' link,
which is undesirable (even though they do eventually fail when accessed). Hence, hide them for inactive users.
(3) Add test assertions for both the updates.

2659: It appears that a job's log file is stored in a user's Home project, instead of the project in which the job originated from.
Due to this, when an anonymous user accesses the job from the publicly accessible project, the Log tab is failing.
Hence, display job -> Log tab for active users only.

2659: show job cancel button only when user is_active.

2659: more asserts in dashboard testing

2659: trailing white space

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-share-projects

2659: Collection show_files shows selection dropdown (which has only create new collection from selected files option) when user is active.
Also, dashboard displays the 'Run a pipeline' selector for active users. Upated anonymous user test to verify dashboard access.

5037: Fix tearDown error handling in PySDK Websockets test.

I accidentally broke this in 51f9e6cb.  That version would crash if
the test failed to assign self.ws.  Refactor to be more robust in that
case.  No issue #.

2659: hide job re-run button when user is inactive and add fixtures and tests for anonymous user to access tabs in publicly accessible project.

2659: show tab buttons, selection actions etc only when the current_user is_active to allow clean anonymous user experience.

2659: when an anonymous user is accessing public data, offer "Log in" button instead of "Log out" button.

2659: add text message "You are viewing public data" to top nav when anonymous user is accessing a public project. also add anonymous access tests.

2659: add permit_anonymous_browsing_for_public_data

Merge branch '5037-python-sdk-thread-safe' refs #5037

5037: Mention where this cache is, instead of describing what a cache is.

5037: Remove unnecessary cache=False from arv-copy.

5037: Fix race condition in PySDK Websockets test.

This might just be bad luck, but for some reason when testing Tom's
changes I ran into a situation where this test failed because it
started processing the Websocket event about the new human before it
assigned self.h, so the assertion failed.  Fix the race condition by
asserting against a thread-aware Queue.

5037: Add test for new PySDK API cache behavior.

Merge branch '4562-crunch-tools-docs-wip'

Closes #4562, #5015.

4562: Add Crunch tools overview to the documentation.

5037: Remove connection pool. Now, api(cache=False) refers only to the discovery document cache.

closes #3686
Merge branch '3686-sharing-repositories'

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

3686: correct one test assertion and refine some other assertions.

Fix preview pane disappearing on narrow displays. closes #4918

Merge branch '5074-ruby-sdk-discovery-cache-wip'

Closes #5074, #5091.

5074: CLI SDK uses Google API client extensions from Ruby SDK.

5074: Improve discovery document caching in Ruby SDK.

* Report a warning if there's an error reading or parsing a cached
  discovery document.
* Cache discovery documents to a tempfile and rename, to reduce the
  chances that we'll write corrupted caches due to I/O errors.
* Make this extension a separate module that can be loaded by users
  like the CLI SDK.
* Tighten exception handling throughout.

3686: add unit and controller tests for repository updates

3686: update the repository row to offer an exclusive Share link than make the repo name clickable.

3686: verify repositories testing uses hard coded repo info.

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

closes #4902
Merge branch '4902-use-fixture-to-rerun-pipelines'

Merge branch 'master' into 4902-use-fixture-to-rerun-pipelines

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

refs #4878
Merge branch '4878-rerun-job'

4878: add back the tab buttons partial.

Merge branch '4878-rerun-job-bcs-wip'

Closes #4878, #5067.

4878: Refactor Workbench "Re-run job" button for more code reuse.

* Avoid adding new routes: add the modal directly to the job show
  page, and submit the new work with the existing job creation route.
* Fix id references; e.g., for labels.

4902: re-run pipeline instance tests use fixtures instead of creating a new pipeline to be re-run.

4878: update the popup display to not display radio button when only "use same" option is available.

Merge branch 'master' into 4878-rerun-job

refs #4523
Merge branch '4523-search-index'

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

4523: a little bit simpler script

Merge branch 'master' into 4523-search-index

Merge branch '5087-fix-crunch-sigpipe-wip'

Closes #5087, #5089.

5087: crunch-job installer feeds tar incrementally.

When the input we give to tar is large enough (greater than 4-5MiB),
writing it all in one shot causes tar to die, and crunch-job to get
SIGPIPE.  Prevent this by feeding the input to tar in a series of
smaller writes.

4878: show only the re-run popup option

Merge branch 'master' into 4878-rerun-job

Wording tweaks for doc.arvados.org.

No issue #

Merge branch '4340-arv-ws-fix-ssl-warning'

Closes #4340

Merge branch 'master' into 4340-arv-ws-fix-ssl-warning

A few tweaks based on review feedback.

refs #4340

Merge branch '5010-trash-button-for-collections'

Fixes #5010.

5010: fixed integration test

Fixed a failing integration test that checked for the presence of a
collection in the Home project after being deleted.  Removed the
assertion that checked the Home project post-deletion.

3686: improve manage account page test to click on the repository link.

3686: enhance manage account test to also verify a writable repository.

3686: repository.editable_attributes returns an empty array when the user is not an admin.

3686: when a repository is manageable by a user, make repository name a link in manage_account page. In addition, do not offer Attributes tab in repository page if the user is not an admin.

arv-ws should prefer system's CA certificates (if available).

closes #4340

Merge branch '0000-workbench-user-profile-wording-changes'

No issue #

Merge branch 'master' into 0000-workbench-user-profile-wording-changes

refs #4926 Merge branch '4926-getting-started'

more typos

minor typos

5010: updated functional tests for new trash behavior

Renamed "project admin can remove items from the project" to "project
admin can remove collections from the project" and updated it to verify
that the target collection has actually been made inaccessible to API
queries.

Added "project admin can remove items from project other than
collections" test to verify that objects which don't support expires_at
continue to exhibit the old behavior.

4878: now the test works!

4878: add integration test for Re-run job with options.

Merge branch 'master' into 4878-rerun-job

4878: rerun job with options popup

Merge branch '4889-crunch-deadlock'

Fixes #4889.

4889: improve error message, unit test

Per review in #4889-17:

Updated the CopyPipeToChan error message to be more descriptive, for the
benefit of anyone reading log output.

Corrected the test to confirm that the error message is received even if
the child process does not close the stderr log (which matches the usage
patterns in production).

Merge branch 'master' into 0000-workbench-user-profile-wording-changes

4926: typos & rewording

4889: added CopyPipeToChan unit test

Added TestCopyPipeToChanLongLines test to confirm that when
CopyPipeToChan attempts to read a line too long for bufio.Scanner, that
it generates an error message on the output channel.

Merge branch 'master' into 4523-search-index

4523: add a new migration script that invokes search_index migration down and up methods when a search_index with description is found (due to an earlier migration of search_index with descriptions).

refs #4523
Merge branch '4523-search-index'