Merge branch 'master' into 1979-workbench-ui

Hide loading indicator after refreshing dashboard tables.

refs #1976

Merge top nav menus into brand dropdown, move breadcrumbs into top
nav, and lighten up the top nav.

refs #1979

Merge branch '1977-provenance-report'

Move can_read permission logic into ArvadosModel.readable_by scope,
and use that in collections.provenance instead of plain where().

refs #1977
refs #2037

Add tests for permissions enforcement in collections.provenance.

refs #2037
refs #1977

Ensure permissions can be propagated via group owner_uuid attribute.

Closes #1945
Closes #2022

Hide this/other/both legend if only one pipeline_instance is shown.

Merge branch '1976-pipeline-progress'

Conflicts:
apps/workbench/app/views/pipeline_instances/show.html.erb

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb
apps/workbench/app/views/jobs/show.html.erb

Fix build.sh bugs.

Fix breadcrumbs crash if link has no tail_kind or head_kind.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Tweaked text a little to make tail/subject head/object correspondence a little clearer.

Ensure util.mkdir_dash_p() fails if its target is a non-directory, and
succeeds if the target directory exists after an mkdir() race with
another process.

Show "loading" indicator in nav bar while waiting for AJAX requests.

refs #1976
closes #2040

Refresh dashboard with AJAX every 60 seconds.

refs #1976
closes #2004

Use AJAX/remote requests when deleting objects. Add delete button to
pipeline_instances index.

refs #1976

Improve progress view on pipeline_instances.show page and add AJAX
auto-refresh.

refs #1976
refs #2004

Add arv-mount.

Add StreamFileReader.seek() method.

Fix scoping for error classes.

Fix crash when component has missing attributes (e.g., no job was run).

refs #1978

Add basic select-and-compare interface to pipeline_instances#index.

refs #1978

Merge branch 'master' into 1978-compare-pipelines

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb
apps/workbench/app/views/pipeline_instances/compare.html.erb

Remove extra breadcrumbs bar.

Allow controller to override page name for breadcrumbs.

Add breadcrumbs bar to #index and #show pages.

Use generic index page for /users

Show condensed data about pipeline instances side by side on "compare"
page.

refs #1978

Add pipeline_instances/compare page

Fix "show all pipeline templates" link target on dashboard page.

Fixed bug in vertical scrolling by setting padding to size of graph or max size instead of dynamic size based on screen position.

Fix some arv unit tests.

Tweak to account for width of scrolbar

Working on javascript magic to resize svg div so scrolling works nicely.  Seems to work pretty well except when the svg div is the last thing on the page.

Refactored code for managing divs containing svg (manages scrollbars, zoom buttons).

Color-coded graphical pipeline comparison, alternate approach to Tom's

Further improvements to provenance graphs, added ability to select a few jobs and shows the graph for those jobs.

Merge branch '2036-fix-python-sdk' of git.clinicalfuture.com:arvados into 2036-fix-python-sdk

Conflicts:
sdk/python/arvados/__init__.py
sdk/python/arvados/api.py
sdk/python/arvados/collection.py
sdk/python/arvados/keep.py

Resolving scoping problems. Python unit tests now pass. (fixes #2036)

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Now renders collections using up to the first three files in the collection

Very nice provenance diagram for pipelines.

Add functional test for "skip script_version validation when not
changing that attribute".

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1977-provenance-report

Started refactoring

Skip "specified commit exists" validation when updating an existing
job without modifying script_version.

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Fix jobs.cancelled_by_*_changed? calls to jobs.cancelled_by_*_uuid_changed?

Missed in 64f3cccd176b214b2e9a571c54973c4e546c606a

Merge commit '2728f59' into 1977-provenance-report

Working on visualization of pipelines

Remove +K@foo parts from collection uuids in jobs' script_parameters
and other job fields cached in PipelineInstances.

refs #1881

Fix regular expressions in database migration.

refs #1881

Fixed bugs in creating graph from API provenance report.

Show condensed data about pipeline instances side by side on "compare"
page.

refs #1978

Python SDK uses ~/.config/arvados/settings.conf like other SDKs.

Also: Update ~/.config/arvados/settings.conf when docker images are restarted.

Workbench is able to put together a graph from the provenance document served by the API server.  Needs more testing.

Updating dependencies.

Updating dependencies to satisfy RubyGems.

API server /collections/uuid/provenance endpoint works.

Merge commit 'e17169e05c2e69d5bb46792bc33ef3c92f9c5237' into 1977-provenance-report

Clean up /arvados/v1/../../discovery/v1/ hack before sending request
to server.

Add pipeline_instances/compare page

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Work in progress

Provenance graph now uses full width of window

Initial work adding provenance query to API server

Left navbar uses bootstrap "nav-header" class for section headers.

Hooked into bootstrap/jquery to resize svg box when tab is shown.

Adjusts scrollbar to maintain center of image when zooming

Merge branch '1946-request-body-vs-parameters'

closes #1946

Remove request body object from parameters lists in *.create and
*.update -- mark it required in the request body instead.

refs #1946

Add version string to arv (assume "gem install" makes the version
apparent in the executable path).

Do not add body object to discovery parameters.

Fix up dependencies, pin google-api-client at 0.6.x

Add Gemfile.lock

Send parameters in the request body instead of query parameters if
discovery document specifies request.properties.(key).$ref.

refs #1946

Use javascript to set the size of the svg box so that the horizontal scrollbar stays on screen.
Use javascript to enlarge/shrink the svg image ("zoom in" and "zoom out" buttons).

Add tests, fix dependencies so "bundle exec rake test" runs.

Fix crash when no config file exists, and fix config access from Model
class.

refs #1943

Remove Keep prototype (moved to branch 1747-keep-prototype-ruby).

refs #1747

Performance fix to only visit a node once.
Fix to not add blank/nil nodes.
Only adds nodes for script inputs that are collections.

Do not offer to let non-admin users create new keepDisks and nodes.

Change underscores to camelcase in "kind" strings as documented.

Add virtualMachine test fixture.

Replace Admin menu with System menu (users can see those things too).

Always use symbol keys for object attribute names and string keys
inside serialized hashes, rather than HashWithIndifferentAccess.

This ensures serialized attributes go into the database as plain
hashes with string keys, even when Rails was responsible for
unserializing the data coming from the client.

refs #1944
refs #1987

Ensure we always respond with json (except the redirect at the root
URI).

closes #1739

Do not run ec2 commands in test mode.

Update tests to match recent permission changes; dry up "404 if no
object found" logic; fix status codes in some error responses.

Follows both jobs and links to show provenance for a collection
Collapses similar jobs into a single node by script name and version
Node hrefs work except for git hashes.

Use discovery document to build infix->kind map instead of using a
hard-coded list.

Provide UUID prefix used for each schema in discovery document.

Fix crash on error pages by removing before_filters that assume there
is a current_user.

Change underscores to camelcase in "kind" strings as documented.

Checkpoint, draws a somewhat useful graph, needs a lot of work though.

Add /keep_disks page to Admin menu.

Fix keep_disks.ping to accept a correct ping_secret in lieu of a
sufficiently authorized token.