Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Merge branch '2061-update-docs'

Rename to "arvdock" per code review.

Finished updating tutorials for latest sprint

Correct comments to account for new verbs.

Renamed run.sh -> arvctl, added per-service "stop" and "restart" commands (fixes #2099)

Fix regular expression for collection UUIDs to it can also handle with UUIDs like

  8764db1235674a08afabcdef709f6c49+2986

Hack to fix job log links (because crunch still produces identifiers with +K@qr1hi)

The list-inactive-users.rb script has been moved to the puppet tree for
now.

Fix git_dir path in CommitAncestor model. Fixes #2089

Fill in missing example locators for crunch wrappers.

Allow passing hashes as resource attributes. This lets crunch-job keep
jobs.tasks_summary up to date.

Show first 200 items on index page, not 1000.

Apply usual parameter encoding logic to method[request] parameter too.

Amends fbd62569bca926fc12917eb60eada82a6d8a83b0

Fixes:

encountered object 'Arvados::ResourceProxy=HASH(0x31fb2f8)', but neither allow_blessed nor convert_blessed settings are enabled at arvados/sdk/perl/lib/Arvados/Request.pm line 42.

Replace weird "loading" animation with a nice plain glyphicon.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Handle the situation where config.workbench_address is unset more
gracefully: do not try to redirect and blow up, instead send a
json-encoded error message.

Look in method[request][properties][$ref] for resource object
argument.

Fixes #2084

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Update docserver build process for zenweb (refs #1786)

Can now click through to group pages on groups table

Fixed bug with incoming links not showing in metadata tab.  Resolves #2080

Updating documentation

Dismiss "paste your SSH key here" notification when key successfully saved.

fixes #2079

Merge branch '2072-workbench-docker'

Added missing workbench configuration directives to Docker (fixes #2072)

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2061-update-docs

Fixed bug with notification triggering on wrong condition.  Also removed old "notifications" partial.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2061-update-docs

Merge branch '2070-read-remote-arvados'

closes #2070

Return log buffer "(not available)" instead of crashing if redis is down.

Updated theme to bootstrap 3 to match workbench.  Started updating ssh keys tutorial.

Fix up incorrect dependency on google-api-client

Fix comment - location of arvados configuration file has changed.

Added "vendor" to doc generation ignore list for deployment situations

Started updating docs page to bootstrap 3.0

Removed mkpydoc.sh which is obsoleted by Rakefile task

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Python documentation step will now report a warning if epydoc isn't in PATH.
Fixed liquid include errors.

Fix Gemfile(.lock) in sdk/cli

Update api/production.rb.in with changes from services/api.

Merge branch '2008-show-log-buffer'

closes #2008

Fix dashboard auto-refresh, and show last line of log_buffer (if any)
for jobs whose logs have not yet been written to Keep.

Include log buffer in Job API response.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1786-replace-jekyll-with-zenweb

Jekyll is dead, long live Zenweb!

When retrieving a blob, if local Keep servers don't have it and the
locator has +K@xyzzy, try GET http://keep.xyzzy.arvadosapi.com/hash.

Retrieve manifest_text from API server. If that fails, emit a warning
and fall back to reading directly from Keep.

This gives the API server an opportunity to provide additional
metadata, like hints about where the data blobs are stored.

Merge branch 'master' into 1786-replace-jekyll-with-zenweb

Merge branch '1979-workbench-ui-TC'

Fix top nav behavior when window is narrow.

Fill col-sm-3 space with left nav, and move it to the bottom when
window is narrow.

Fixed/refactored "smart-sizing" to adjust the content area to the size of the window so that the content area scrolls but the page as a whole shouldn't scroll.

Clean up groups/index and add delete buttons.

Merge branch '1979-workbench-ui-TC'

refs #1979
refs #1976
closes #2005
closes #2006
refs #2008

Add section headings to API examples.

Add space under tab row.

Fix up tab titles.

Fix up collections#index search box with bootstrap3 styles.

Fix up collections search box on dashboard.

Fix up pipeline_instances#index and #compare.

Remove extra divider in notifications list.

Rearrange thread_with_api_token around_filters so current_user is
available even when using thread_with_optional_api_token.

This makes notifications show up on users#home when accessed via root
url.

Highlight "Dashboard" instead "Users" in left nav when on
dashboard. Also bring back "System" nav links.

Clean up collections index and show->files tables.

Use .badge-alert to highlight notification badges.

Remove extra breadcrumb separator in "no breadcrumbs" mode.

Expand graph border to tab pane width.

Fix progress bars on pipeline_instances#show

Fix up job/pipeline progress bars on dashboard.

Add progress bars to pipeline instances table on dashboard.

refs #2006

Conflicts:
apps/workbench/app/assets/stylesheets/application.css.scss

Merge branch '1979-workbench-ui-PA'

badges.css.scss doesn't actually require bootstrap

Lock to a version of the arvados-cli gem that's been pushed to the world.

Added css to put back badge styles that went away in bootstrap 3

Missing from previous commit

Harmonized all sections to use the new content template and layout

Fixed up some glyphicons

Editable fields works again

Updating bootstrap-editable to bootstrap3-x-editable
Almost works, just need to figure one thing out.

* Left nav correctly highlights current section
* Refactored pipeline instances and job pages to use tabs
* Uses javascript to adjust height of tab pane so that scrollbars show up in the right place
* Fixed some glyphicons broken by bootstrap 3

Fixed search box for chrome

Make the config_uuid field match what we expect in our tests.

Menubar and left nav redesign in progress.

Call super in pipeline_instances#show to make preview/js/json
rendering work.

refs #1977

Fix handling of pipeline components with no job/output yet.

refs #1977

Reworked top menu.  Started upgrading to bootstrap 3.

Skip repeated find() calls for the same object during a single page
request.

Fix script_parameters comparison on pipeline_instances.compare.

refs #1978

Added stroke-linecap: round to make lines look nicer.

Merge branch '1977-provenance-report' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1977-provenance-report

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

* Added used_by query for collections
* Fixed svg div javascript/layouts after Tom's changes
* Added hover css effect for graph lines
* Added graph to pipeline instance comparison page

Merge branch '1979-workbench-ui'

Remove old views/collections/show template.

refs #1979

Fix (and add test for) 404 at repositories.get_all_permissions.

Merge branch '1977-provenance-report' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1977-provenance-report

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Can now use 'contains' to query individual columns in where() queries, not just any: contains.

Move show-object content into tabs.

refs #1979

Use object type or friendly_link_name as browser title.

refs #1979

Move all index content into Recent and Help tabs.

refs #1979