make bootstrap tabs really work

fix commit-id -> redmine link

add Collections#show page

limit data page to 1-3000 collections

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to Oj for faster JSON handling.

add some nil checks

Be careful with the shovel (<<) operator. It modifies the object on the
left hand side. And if that object is just a copy (i.e. reference to) of
another object, bad things like on-the-fly modification of the
orvos_login_base configuration value occur...

This fixes the multiplication of return_to parameters on every call to
the login url.

Do not show a 'Log out' link when the user is not logged in.

fix "home" link

Fix test for :orvos_api_token in Thread.current, and log errors if it is
not there.

Throw an error when the uuid used for find() is invalid.

Do not assume uuid_or_hash is a string when using it in string
concatenation.

Remove some unneeded stuff from the ant deploy file.

add jobs and jobsteps

add deploy files for ant install

support user and API client using different URIs for same API endpoint

allow current_user => nil for pages that do not require login

move logout link to right

add table/graph nav pills

add tabular /collections

add Log out button, hide admin-only nav links if not admin

add bootstrap

spice up collections graph a little

add User resource, restrict generic resource pages to admin users

do find_object_by_uuid after setting up api token

fix unsupported where() style in find_object_by_uuid

basic d3 graph at /collections

improve error handling and reporting

bit more robust in error display

tweak eager loading

Rename leftover Metadatum references to Link.

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

fix use of OrvosBase#new when unpacking lists

handle non-db-column API response fields a bit better

start pipeline after importing

fix up factory_jobs status page

move development.rb to .example

handle invalid token more gracefully

give up on assets for static d3 example

Revert "move html into app/assets"

This reverts commit d338c25fb8ae1085054088b1c00c7a0d9e49e367.

move html into app/assets

host d3 js locally

add example graph of user/project/permission metadata

use Accept header instead of post arg to ask for json

set format=json explicitly when calling api

use factory_jobs#index as front page, disallow robots

send tokenless user through orvos login instead of giving up

add Logs resource

Fix for

  app/models/orvos_api_client.rb:4:in `+': can't convert nil
  into String (TypeError)

pass api_token through to orvos

add error pages

delete collections/index view

fix query encoding in API calls

reorganize API helper a bit, refactor pipeline status page as /factory_jobs

add import script

add OrvosBase#dup, offload some filtering to server

cache metadata

use new metadata access

easier access to metadata, and objects connected by metadata

Moved to orvos-app-0

rename metadata attributes to head/tail

fix error reporting

fix missing find_object_by_uuid

beginnings of upload->pipeline status page

add uploaded_datasets#create API. refs #1247 refs #1248

fix serialized fields, improve error handling

stub Project

stub Specimen

stub Metadatum, Pipeline, PipelineInvocation

add a little error checking for save() and save!()

make Collection.new.save work

add back pg gem

stub Orvos::Base, add collection example

Capistrano fixes

And the matching Gemfile.lock change.

Add passenger to Gemfile (we run it standalone)

Add pg gem

Add therubyracer gem

Add rvm-capistrano

Initial commit.