8491: move files from arvados-dev into their new places
authorTom Clegg <tom@curoverse.com>
Tue, 8 Mar 2016 21:37:42 +0000 (16:37 -0500)
committerTom Clegg <tom@curoverse.com>
Fri, 11 Mar 2016 18:40:48 +0000 (13:40 -0500)
58 files changed:
Makefile [new file with mode: 0644]
build/COPYING [deleted file]
build/README [deleted file]
build/agpl-3.0.txt [deleted file]
build/create-plot-data-from-log.sh [moved from build/jenkins/create-plot-data-from-log.sh with 100% similarity]
build/git/hooks/coding-standards.sh [deleted file]
build/install/easy-docker-install.sh [deleted file]
build/jenkins/run-cwl-tests.sh [deleted file]
build/jenkins/run-deploy.sh [deleted file]
build/jenkins/run-diagnostics-suite.sh [deleted file]
build/jenkins/run-performance-suite.sh [deleted file]
build/jenkins/run-tapestry-tests.sh [deleted file]
build/jenkins/run_upload_packages.py [deleted file]
build/libcloud-pin [moved from build/jenkins/libcloud-pin with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/.gitignore [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/.gitignore with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/Makefile [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/Makefile with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/README [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/README with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/build-all-build-containers.sh [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/build-all-build-containers.sh with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/centos6/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/centos6/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/debian7/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/debian7/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/debian8/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/debian8/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/ubuntu1204/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/ubuntu1204/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-build-dockerfiles/ubuntu1404/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-build-dockerfiles/ubuntu1404/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-test-dockerfiles/centos6/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-test-dockerfiles/centos6/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-test-dockerfiles/centos6/localrepo.repo [moved from build/jenkins/package-test-dockerfiles/centos6/localrepo.repo with 100% similarity]
build/package-test-dockerfiles/debian7/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-test-dockerfiles/debian7/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-test-dockerfiles/debian8/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-test-dockerfiles/debian8/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-test-dockerfiles/ubuntu1204/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-test-dockerfiles/ubuntu1204/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-test-dockerfiles/ubuntu1404/Dockerfile [moved from build/jenkins/package-test-dockerfiles/ubuntu1404/Dockerfile with 100% similarity]
build/package-testing/common-test-packages.sh [moved from build/jenkins/package-testing/common-test-packages.sh with 100% similarity]
build/package-testing/deb-common-test-packages.sh [moved from build/jenkins/package-testing/deb-common-test-packages.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-package-arvados-api-server.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-package-arvados-api-server.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-package-arvados-node-manager.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-package-arvados-node-manager.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-package-arvados-sso-server.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-package-arvados-sso-server.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-package-arvados-workbench.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-package-arvados-workbench.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-package-python27-python-arvados-fuse.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-package-python27-python-arvados-fuse.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-package-python27-python-arvados-python-client.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-package-python27-python-arvados-python-client.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-packages-centos6.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-packages-centos6.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-packages-debian7.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-packages-debian7.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-packages-debian8.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-packages-debian8.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-packages-ubuntu1204.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-packages-ubuntu1204.sh with 100% similarity]
build/package-testing/test-packages-ubuntu1404.sh [moved from build/jenkins/package-testing/test-packages-ubuntu1404.sh with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/README.md [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/README.md with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/arvados-api-server.sh [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/arvados-api-server.sh with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/arvados-sso-server.sh [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/arvados-sso-server.sh with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/arvados-workbench.sh [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/arvados-workbench.sh with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/postinst.sh [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/postinst.sh with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/postrm.sh [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/postrm.sh with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/prerm.sh [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/prerm.sh with 100% similarity]
build/rails-package-scripts/step2.sh [moved from build/jenkins/rails-package-scripts/step2.sh with 100% similarity]
build/run-build-docker-images.sh [moved from build/jenkins/run-build-docker-images.sh with 100% similarity]
build/run-build-docker-jobs-image.sh [moved from build/jenkins/run-build-docker-jobs-image.sh with 100% similarity]
build/run-build-packages-all-targets.sh [moved from build/jenkins/run-build-packages-all-targets.sh with 100% similarity]
build/run-build-packages-one-target.sh [moved from build/jenkins/run-build-packages-one-target.sh with 100% similarity]
build/run-build-packages-sso.sh [moved from build/jenkins/run-build-packages-sso.sh with 100% similarity]
build/run-build-packages.sh [moved from build/jenkins/run-build-packages.sh with 100% similarity]
build/run-library.sh [moved from build/jenkins/run-library.sh with 100% similarity]
build/run-tests.sh [moved from build/jenkins/run-tests.sh with 100% similarity]

diff --git a/Makefile b/Makefile
new file mode 100644 (file)
index 0000000..921eb02
--- /dev/null
+++ b/Makefile
@@ -0,0 +1,7 @@
+export WORKSPACE?=$(shell pwd)
+test:
+       build/run-tests.sh ${TEST_FLAGS}
+packages:
+       build/run-build-packages-all-targets.sh ${PACKAGES_FLAGS}
+test-packages:
+       build/run-build-packages-all-targets.sh --test-packages ${PACKAGES_FLAGS}
diff --git a/build/COPYING b/build/COPYING
deleted file mode 100644 (file)
index af63e41..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
-This code is licenced under the GNU Affero General Public License version 3
-(see agpl-3.0.txt)
diff --git a/build/README b/build/README
deleted file mode 100644 (file)
index b076f0b..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,30 +0,0 @@
-Welcome to Arvados!
-
-This is the arvados-dev source tree. It contains scripts that can be useful
-if you want to hack on Arvados itself.
-
-If you are interested in using Arvados or setting up your own Arvados
-installation, you most likely do not need this source tree.
-
-For the Arvados source code, check out the git repository at
-  https://github.com/curoverse/arvados
-
-The main Arvados web site is 
-  https://arvados.org
-
-The Arvados public wiki is located at 
-  https://arvados.org/projects/arvados/wiki
-
-The Arvados public bug tracker is located at 
-  https://arvados.org/projects/arvados/issues
-
-For support see 
-  http://doc.arvados.org/user/getting_started/community.html
-
-Installation documentation is located at 
-  http://doc.arvados.org/install
-
-If you wish to build the documentation yourself, follow the instructions in
-doc/README to build the documentation, then consult the "Install Guide".
-
-See COPYING for information about Arvados Free Software licenses.
diff --git a/build/agpl-3.0.txt b/build/agpl-3.0.txt
deleted file mode 100644 (file)
index dba13ed..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,661 +0,0 @@
-                    GNU AFFERO GENERAL PUBLIC LICENSE
-                       Version 3, 19 November 2007
-
- Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc. <http://fsf.org/>
- Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
- of this license document, but changing it is not allowed.
-
-                            Preamble
-
-  The GNU Affero General Public License is a free, copyleft license for
-software and other kinds of works, specifically designed to ensure
-cooperation with the community in the case of network server software.
-
-  The licenses for most software and other practical works are designed
-to take away your freedom to share and change the works.  By contrast,
-our General Public Licenses are intended to guarantee your freedom to
-share and change all versions of a program--to make sure it remains free
-software for all its users.
-
-  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
-price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
-have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
-them if you wish), that you receive source code or can get it if you
-want it, that you can change the software or use pieces of it in new
-free programs, and that you know you can do these things.
-
-  Developers that use our General Public Licenses protect your rights
-with two steps: (1) assert copyright on the software, and (2) offer
-you this License which gives you legal permission to copy, distribute
-and/or modify the software.
-
-  A secondary benefit of defending all users' freedom is that
-improvements made in alternate versions of the program, if they
-receive widespread use, become available for other developers to
-incorporate.  Many developers of free software are heartened and
-encouraged by the resulting cooperation.  However, in the case of
-software used on network servers, this result may fail to come about.
-The GNU General Public License permits making a modified version and
-letting the public access it on a server without ever releasing its
-source code to the public.
-
-  The GNU Affero General Public License is designed specifically to
-ensure that, in such cases, the modified source code becomes available
-to the community.  It requires the operator of a network server to
-provide the source code of the modified version running there to the
-users of that server.  Therefore, public use of a modified version, on
-a publicly accessible server, gives the public access to the source
-code of the modified version.
-
-  An older license, called the Affero General Public License and
-published by Affero, was designed to accomplish similar goals.  This is
-a different license, not a version of the Affero GPL, but Affero has
-released a new version of the Affero GPL which permits relicensing under
-this license.
-
-  The precise terms and conditions for copying, distribution and
-modification follow.
-
-                       TERMS AND CONDITIONS
-
-  0. Definitions.
-
-  "This License" refers to version 3 of the GNU Affero General Public License.
-
-  "Copyright" also means copyright-like laws that apply to other kinds of
-works, such as semiconductor masks.
-
-  "The Program" refers to any copyrightable work licensed under this
-License.  Each licensee is addressed as "you".  "Licensees" and
-"recipients" may be individuals or organizations.
-
-  To "modify" a work means to copy from or adapt all or part of the work
-in a fashion requiring copyright permission, other than the making of an
-exact copy.  The resulting work is called a "modified version" of the
-earlier work or a work "based on" the earlier work.
-
-  A "covered work" means either the unmodified Program or a work based
-on the Program.
-
-  To "propagate" a work means to do anything with it that, without
-permission, would make you directly or secondarily liable for
-infringement under applicable copyright law, except executing it on a
-computer or modifying a private copy.  Propagation includes copying,
-distribution (with or without modification), making available to the
-public, and in some countries other activities as well.
-
-  To "convey" a work means any kind of propagation that enables other
-parties to make or receive copies.  Mere interaction with a user through
-a computer network, with no transfer of a copy, is not conveying.
-
-  An interactive user interface displays "Appropriate Legal Notices"
-to the extent that it includes a convenient and prominently visible
-feature that (1) displays an appropriate copyright notice, and (2)
-tells the user that there is no warranty for the work (except to the
-extent that warranties are provided), that licensees may convey the
-work under this License, and how to view a copy of this License.  If
-the interface presents a list of user commands or options, such as a
-menu, a prominent item in the list meets this criterion.
-
-  1. Source Code.
-
-  The "source code" for a work means the preferred form of the work
-for making modifications to it.  "Object code" means any non-source
-form of a work.
-
-  A "Standard Interface" means an interface that either is an official
-standard defined by a recognized standards body, or, in the case of
-interfaces specified for a particular programming language, one that
-is widely used among developers working in that language.
-
-  The "System Libraries" of an executable work include anything, other
-than the work as a whole, that (a) is included in the normal form of
-packaging a Major Component, but which is not part of that Major
-Component, and (b) serves only to enable use of the work with that
-Major Component, or to implement a Standard Interface for which an
-implementation is available to the public in source code form.  A
-"Major Component", in this context, means a major essential component
-(kernel, window system, and so on) of the specific operating system
-(if any) on which the executable work runs, or a compiler used to
-produce the work, or an object code interpreter used to run it.
-
-  The "Corresponding Source" for a work in object code form means all
-the source code needed to generate, install, and (for an executable
-work) run the object code and to modify the work, including scripts to
-control those activities.  However, it does not include the work's
-System Libraries, or general-purpose tools or generally available free
-programs which are used unmodified in performing those activities but
-which are not part of the work.  For example, Corresponding Source
-includes interface definition files associated with source files for
-the work, and the source code for shared libraries and dynamically
-linked subprograms that the work is specifically designed to require,
-such as by intimate data communication or control flow between those
-subprograms and other parts of the work.
-
-  The Corresponding Source need not include anything that users
-can regenerate automatically from other parts of the Corresponding
-Source.
-
-  The Corresponding Source for a work in source code form is that
-same work.
-
-  2. Basic Permissions.
-
-  All rights granted under this License are granted for the term of
-copyright on the Program, and are irrevocable provided the stated
-conditions are met.  This License explicitly affirms your unlimited
-permission to run the unmodified Program.  The output from running a
-covered work is covered by this License only if the output, given its
-content, constitutes a covered work.  This License acknowledges your
-rights of fair use or other equivalent, as provided by copyright law.
-
-  You may make, run and propagate covered works that you do not
-convey, without conditions so long as your license otherwise remains
-in force.  You may convey covered works to others for the sole purpose
-of having them make modifications exclusively for you, or provide you
-with facilities for running those works, provided that you comply with
-the terms of this License in conveying all material for which you do
-not control copyright.  Those thus making or running the covered works
-for you must do so exclusively on your behalf, under your direction
-and control, on terms that prohibit them from making any copies of
-your copyrighted material outside their relationship with you.
-
-  Conveying under any other circumstances is permitted solely under
-the conditions stated below.  Sublicensing is not allowed; section 10
-makes it unnecessary.
-
-  3. Protecting Users' Legal Rights From Anti-Circumvention Law.
-
-  No covered work shall be deemed part of an effective technological
-measure under any applicable law fulfilling obligations under article
-11 of the WIPO copyright treaty adopted on 20 December 1996, or
-similar laws prohibiting or restricting circumvention of such
-measures.
-
-  When you convey a covered work, you waive any legal power to forbid
-circumvention of technological measures to the extent such circumvention
-is effected by exercising rights under this License with respect to
-the covered work, and you disclaim any intention to limit operation or
-modification of the work as a means of enforcing, against the work's
-users, your or third parties' legal rights to forbid circumvention of
-technological measures.
-
-  4. Conveying Verbatim Copies.
-
-  You may convey verbatim copies of the Program's source code as you
-receive it, in any medium, provided that you conspicuously and
-appropriately publish on each copy an appropriate copyright notice;
-keep intact all notices stating that this License and any
-non-permissive terms added in accord with section 7 apply to the code;
-keep intact all notices of the absence of any warranty; and give all
-recipients a copy of this License along with the Program.
-
-  You may charge any price or no price for each copy that you convey,
-and you may offer support or warranty protection for a fee.
-
-  5. Conveying Modified Source Versions.
-
-  You may convey a work based on the Program, or the modifications to
-produce it from the Program, in the form of source code under the
-terms of section 4, provided that you also meet all of these conditions:
-
-    a) The work must carry prominent notices stating that you modified
-    it, and giving a relevant date.
-
-    b) The work must carry prominent notices stating that it is
-    released under this License and any conditions added under section
-    7.  This requirement modifies the requirement in section 4 to
-    "keep intact all notices".
-
-    c) You must license the entire work, as a whole, under this
-    License to anyone who comes into possession of a copy.  This
-    License will therefore apply, along with any applicable section 7
-    additional terms, to the whole of the work, and all its parts,
-    regardless of how they are packaged.  This License gives no
-    permission to license the work in any other way, but it does not
-    invalidate such permission if you have separately received it.
-
-    d) If the work has interactive user interfaces, each must display
-    Appropriate Legal Notices; however, if the Program has interactive
-    interfaces that do not display Appropriate Legal Notices, your
-    work need not make them do so.
-
-  A compilation of a covered work with other separate and independent
-works, which are not by their nature extensions of the covered work,
-and which are not combined with it such as to form a larger program,
-in or on a volume of a storage or distribution medium, is called an
-"aggregate" if the compilation and its resulting copyright are not
-used to limit the access or legal rights of the compilation's users
-beyond what the individual works permit.  Inclusion of a covered work
-in an aggregate does not cause this License to apply to the other
-parts of the aggregate.
-
-  6. Conveying Non-Source Forms.
-
-  You may convey a covered work in object code form under the terms
-of sections 4 and 5, provided that you also convey the
-machine-readable Corresponding Source under the terms of this License,
-in one of these ways:
-
-    a) Convey the object code in, or embodied in, a physical product
-    (including a physical distribution medium), accompanied by the
-    Corresponding Source fixed on a durable physical medium
-    customarily used for software interchange.
-
-    b) Convey the object code in, or embodied in, a physical product
-    (including a physical distribution medium), accompanied by a
-    written offer, valid for at least three years and valid for as
-    long as you offer spare parts or customer support for that product
-    model, to give anyone who possesses the object code either (1) a
-    copy of the Corresponding Source for all the software in the
-    product that is covered by this License, on a durable physical
-    medium customarily used for software interchange, for a price no
-    more than your reasonable cost of physically performing this
-    conveying of source, or (2) access to copy the
-    Corresponding Source from a network server at no charge.
-
-    c) Convey individual copies of the object code with a copy of the
-    written offer to provide the Corresponding Source.  This
-    alternative is allowed only occasionally and noncommercially, and
-    only if you received the object code with such an offer, in accord
-    with subsection 6b.
-
-    d) Convey the object code by offering access from a designated
-    place (gratis or for a charge), and offer equivalent access to the
-    Corresponding Source in the same way through the same place at no
-    further charge.  You need not require recipients to copy the
-    Corresponding Source along with the object code.  If the place to
-    copy the object code is a network server, the Corresponding Source
-    may be on a different server (operated by you or a third party)
-    that supports equivalent copying facilities, provided you maintain
-    clear directions next to the object code saying where to find the
-    Corresponding Source.  Regardless of what server hosts the
-    Corresponding Source, you remain obligated to ensure that it is
-    available for as long as needed to satisfy these requirements.
-
-    e) Convey the object code using peer-to-peer transmission, provided
-    you inform other peers where the object code and Corresponding
-    Source of the work are being offered to the general public at no
-    charge under subsection 6d.
-
-  A separable portion of the object code, whose source code is excluded
-from the Corresponding Source as a System Library, need not be
-included in conveying the object code work.
-
-  A "User Product" is either (1) a "consumer product", which means any
-tangible personal property which is normally used for personal, family,
-or household purposes, or (2) anything designed or sold for incorporation
-into a dwelling.  In determining whether a product is a consumer product,
-doubtful cases shall be resolved in favor of coverage.  For a particular
-product received by a particular user, "normally used" refers to a
-typical or common use of that class of product, regardless of the status
-of the particular user or of the way in which the particular user
-actually uses, or expects or is expected to use, the product.  A product
-is a consumer product regardless of whether the product has substantial
-commercial, industrial or non-consumer uses, unless such uses represent
-the only significant mode of use of the product.
-
-  "Installation Information" for a User Product means any methods,
-procedures, authorization keys, or other information required to install
-and execute modified versions of a covered work in that User Product from
-a modified version of its Corresponding Source.  The information must
-suffice to ensure that the continued functioning of the modified object
-code is in no case prevented or interfered with solely because
-modification has been made.
-
-  If you convey an object code work under this section in, or with, or
-specifically for use in, a User Product, and the conveying occurs as
-part of a transaction in which the right of possession and use of the
-User Product is transferred to the recipient in perpetuity or for a
-fixed term (regardless of how the transaction is characterized), the
-Corresponding Source conveyed under this section must be accompanied
-by the Installation Information.  But this requirement does not apply
-if neither you nor any third party retains the ability to install
-modified object code on the User Product (for example, the work has
-been installed in ROM).
-
-  The requirement to provide Installation Information does not include a
-requirement to continue to provide support service, warranty, or updates
-for a work that has been modified or installed by the recipient, or for
-the User Product in which it has been modified or installed.  Access to a
-network may be denied when the modification itself materially and
-adversely affects the operation of the network or violates the rules and
-protocols for communication across the network.
-
-  Corresponding Source conveyed, and Installation Information provided,
-in accord with this section must be in a format that is publicly
-documented (and with an implementation available to the public in
-source code form), and must require no special password or key for
-unpacking, reading or copying.
-
-  7. Additional Terms.
-
-  "Additional permissions" are terms that supplement the terms of this
-License by making exceptions from one or more of its conditions.
-Additional permissions that are applicable to the entire Program shall
-be treated as though they were included in this License, to the extent
-that they are valid under applicable law.  If additional permissions
-apply only to part of the Program, that part may be used separately
-under those permissions, but the entire Program remains governed by
-this License without regard to the additional permissions.
-
-  When you convey a copy of a covered work, you may at your option
-remove any additional permissions from that copy, or from any part of
-it.  (Additional permissions may be written to require their own
-removal in certain cases when you modify the work.)  You may place
-additional permissions on material, added by you to a covered work,
-for which you have or can give appropriate copyright permission.
-
-  Notwithstanding any other provision of this License, for material you
-add to a covered work, you may (if authorized by the copyright holders of
-that material) supplement the terms of this License with terms:
-
-    a) Disclaiming warranty or limiting liability differently from the
-    terms of sections 15 and 16 of this License; or
-
-    b) Requiring preservation of specified reasonable legal notices or
-    author attributions in that material or in the Appropriate Legal
-    Notices displayed by works containing it; or
-
-    c) Prohibiting misrepresentation of the origin of that material, or
-    requiring that modified versions of such material be marked in
-    reasonable ways as different from the original version; or
-
-    d) Limiting the use for publicity purposes of names of licensors or
-    authors of the material; or
-
-    e) Declining to grant rights under trademark law for use of some
-    trade names, trademarks, or service marks; or
-
-    f) Requiring indemnification of licensors and authors of that
-    material by anyone who conveys the material (or modified versions of
-    it) with contractual assumptions of liability to the recipient, for
-    any liability that these contractual assumptions directly impose on
-    those licensors and authors.
-
-  All other non-permissive additional terms are considered "further
-restrictions" within the meaning of section 10.  If the Program as you
-received it, or any part of it, contains a notice stating that it is
-governed by this License along with a term that is a further
-restriction, you may remove that term.  If a license document contains
-a further restriction but permits relicensing or conveying under this
-License, you may add to a covered work material governed by the terms
-of that license document, provided that the further restriction does
-not survive such relicensing or conveying.
-
-  If you add terms to a covered work in accord with this section, you
-must place, in the relevant source files, a statement of the
-additional terms that apply to those files, or a notice indicating
-where to find the applicable terms.
-
-  Additional terms, permissive or non-permissive, may be stated in the
-form of a separately written license, or stated as exceptions;
-the above requirements apply either way.
-
-  8. Termination.
-
-  You may not propagate or modify a covered work except as expressly
-provided under this License.  Any attempt otherwise to propagate or
-modify it is void, and will automatically terminate your rights under
-this License (including any patent licenses granted under the third
-paragraph of section 11).
-
-  However, if you cease all violation of this License, then your
-license from a particular copyright holder is reinstated (a)
-provisionally, unless and until the copyright holder explicitly and
-finally terminates your license, and (b) permanently, if the copyright
-holder fails to notify you of the violation by some reasonable means
-prior to 60 days after the cessation.
-
-  Moreover, your license from a particular copyright holder is
-reinstated permanently if the copyright holder notifies you of the
-violation by some reasonable means, this is the first time you have
-received notice of violation of this License (for any work) from that
-copyright holder, and you cure the violation prior to 30 days after
-your receipt of the notice.
-
-  Termination of your rights under this section does not terminate the
-licenses of parties who have received copies or rights from you under
-this License.  If your rights have been terminated and not permanently
-reinstated, you do not qualify to receive new licenses for the same
-material under section 10.
-
-  9. Acceptance Not Required for Having Copies.
-
-  You are not required to accept this License in order to receive or
-run a copy of the Program.  Ancillary propagation of a covered work
-occurring solely as a consequence of using peer-to-peer transmission
-to receive a copy likewise does not require acceptance.  However,
-nothing other than this License grants you permission to propagate or
-modify any covered work.  These actions infringe copyright if you do
-not accept this License.  Therefore, by modifying or propagating a
-covered work, you indicate your acceptance of this License to do so.
-
-  10. Automatic Licensing of Downstream Recipients.
-
-  Each time you convey a covered work, the recipient automatically
-receives a license from the original licensors, to run, modify and
-propagate that work, subject to this License.  You are not responsible
-for enforcing compliance by third parties with this License.
-
-  An "entity transaction" is a transaction transferring control of an
-organization, or substantially all assets of one, or subdividing an
-organization, or merging organizations.  If propagation of a covered
-work results from an entity transaction, each party to that
-transaction who receives a copy of the work also receives whatever
-licenses to the work the party's predecessor in interest had or could
-give under the previous paragraph, plus a right to possession of the
-Corresponding Source of the work from the predecessor in interest, if
-the predecessor has it or can get it with reasonable efforts.
-
-  You may not impose any further restrictions on the exercise of the
-rights granted or affirmed under this License.  For example, you may
-not impose a license fee, royalty, or other charge for exercise of
-rights granted under this License, and you may not initiate litigation
-(including a cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that
-any patent claim is infringed by making, using, selling, offering for
-sale, or importing the Program or any portion of it.
-
-  11. Patents.
-
-  A "contributor" is a copyright holder who authorizes use under this
-License of the Program or a work on which the Program is based.  The
-work thus licensed is called the contributor's "contributor version".
-
-  A contributor's "essential patent claims" are all patent claims
-owned or controlled by the contributor, whether already acquired or
-hereafter acquired, that would be infringed by some manner, permitted
-by this License, of making, using, or selling its contributor version,
-but do not include claims that would be infringed only as a
-consequence of further modification of the contributor version.  For
-purposes of this definition, "control" includes the right to grant
-patent sublicenses in a manner consistent with the requirements of
-this License.
-
-  Each contributor grants you a non-exclusive, worldwide, royalty-free
-patent license under the contributor's essential patent claims, to
-make, use, sell, offer for sale, import and otherwise run, modify and
-propagate the contents of its contributor version.
-
-  In the following three paragraphs, a "patent license" is any express
-agreement or commitment, however denominated, not to enforce a patent
-(such as an express permission to practice a patent or covenant not to
-sue for patent infringement).  To "grant" such a patent license to a
-party means to make such an agreement or commitment not to enforce a
-patent against the party.
-
-  If you convey a covered work, knowingly relying on a patent license,
-and the Corresponding Source of the work is not available for anyone
-to copy, free of charge and under the terms of this License, through a
-publicly available network server or other readily accessible means,
-then you must either (1) cause the Corresponding Source to be so
-available, or (2) arrange to deprive yourself of the benefit of the
-patent license for this particular work, or (3) arrange, in a manner
-consistent with the requirements of this License, to extend the patent
-license to downstream recipients.  "Knowingly relying" means you have
-actual knowledge that, but for the patent license, your conveying the
-covered work in a country, or your recipient's use of the covered work
-in a country, would infringe one or more identifiable patents in that
-country that you have reason to believe are valid.
-
-  If, pursuant to or in connection with a single transaction or
-arrangement, you convey, or propagate by procuring conveyance of, a
-covered work, and grant a patent license to some of the parties
-receiving the covered work authorizing them to use, propagate, modify
-or convey a specific copy of the covered work, then the patent license
-you grant is automatically extended to all recipients of the covered
-work and works based on it.
-
-  A patent license is "discriminatory" if it does not include within
-the scope of its coverage, prohibits the exercise of, or is
-conditioned on the non-exercise of one or more of the rights that are
-specifically granted under this License.  You may not convey a covered
-work if you are a party to an arrangement with a third party that is
-in the business of distributing software, under which you make payment
-to the third party based on the extent of your activity of conveying
-the work, and under which the third party grants, to any of the
-parties who would receive the covered work from you, a discriminatory
-patent license (a) in connection with copies of the covered work
-conveyed by you (or copies made from those copies), or (b) primarily
-for and in connection with specific products or compilations that
-contain the covered work, unless you entered into that arrangement,
-or that patent license was granted, prior to 28 March 2007.
-
-  Nothing in this License shall be construed as excluding or limiting
-any implied license or other defenses to infringement that may
-otherwise be available to you under applicable patent law.
-
-  12. No Surrender of Others' Freedom.
-
-  If conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
-otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
-excuse you from the conditions of this License.  If you cannot convey a
-covered work so as to satisfy simultaneously your obligations under this
-License and any other pertinent obligations, then as a consequence you may
-not convey it at all.  For example, if you agree to terms that obligate you
-to collect a royalty for further conveying from those to whom you convey
-the Program, the only way you could satisfy both those terms and this
-License would be to refrain entirely from conveying the Program.
-
-  13. Remote Network Interaction; Use with the GNU General Public License.
-
-  Notwithstanding any other provision of this License, if you modify the
-Program, your modified version must prominently offer all users
-interacting with it remotely through a computer network (if your version
-supports such interaction) an opportunity to receive the Corresponding
-Source of your version by providing access to the Corresponding Source
-from a network server at no charge, through some standard or customary
-means of facilitating copying of software.  This Corresponding Source
-shall include the Corresponding Source for any work covered by version 3
-of the GNU General Public License that is incorporated pursuant to the
-following paragraph.
-
-  Notwithstanding any other provision of this License, you have
-permission to link or combine any covered work with a work licensed
-under version 3 of the GNU General Public License into a single
-combined work, and to convey the resulting work.  The terms of this
-License will continue to apply to the part which is the covered work,
-but the work with which it is combined will remain governed by version
-3 of the GNU General Public License.
-
-  14. Revised Versions of this License.
-
-  The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions of
-the GNU Affero General Public License from time to time.  Such new versions
-will be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
-address new problems or concerns.
-
-  Each version is given a distinguishing version number.  If the
-Program specifies that a certain numbered version of the GNU Affero General
-Public License "or any later version" applies to it, you have the
-option of following the terms and conditions either of that numbered
-version or of any later version published by the Free Software
-Foundation.  If the Program does not specify a version number of the
-GNU Affero General Public License, you may choose any version ever published
-by the Free Software Foundation.
-
-  If the Program specifies that a proxy can decide which future
-versions of the GNU Affero General Public License can be used, that proxy's
-public statement of acceptance of a version permanently authorizes you
-to choose that version for the Program.
-
-  Later license versions may give you additional or different
-permissions.  However, no additional obligations are imposed on any
-author or copyright holder as a result of your choosing to follow a
-later version.
-
-  15. Disclaimer of Warranty.
-
-  THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY
-APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT
-HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY
-OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
-THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
-PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM
-IS WITH YOU.  SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF
-ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
-
-  16. Limitation of Liability.
-
-  IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
-WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MODIFIES AND/OR CONVEYS
-THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY
-GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE
-USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF
-DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD
-PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS),
-EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
-SUCH DAMAGES.
-
-  17. Interpretation of Sections 15 and 16.
-
-  If the disclaimer of warranty and limitation of liability provided
-above cannot be given local legal effect according to their terms,
-reviewing courts shall apply local law that most closely approximates
-an absolute waiver of all civil liability in connection with the
-Program, unless a warranty or assumption of liability accompanies a
-copy of the Program in return for a fee.
-
-                     END OF TERMS AND CONDITIONS
-
-            How to Apply These Terms to Your New Programs
-
-  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
-possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
-free software which everyone can redistribute and change under these terms.
-
-  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
-to attach them to the start of each source file to most effectively
-state the exclusion of warranty; and each file should have at least
-the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
-
-    <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
-    Copyright (C) <year>  <name of author>
-
-    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
-    it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by
-    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
-    (at your option) any later version.
-
-    This program is distributed in the hope that it will be useful,
-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU Affero General Public License for more details.
-
-    You should have received a copy of the GNU Affero General Public License
-    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
-
-Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
-
-  If your software can interact with users remotely through a computer
-network, you should also make sure that it provides a way for users to
-get its source.  For example, if your program is a web application, its
-interface could display a "Source" link that leads users to an archive
-of the code.  There are many ways you could offer source, and different
-solutions will be better for different programs; see section 13 for the
-specific requirements.
-
-  You should also get your employer (if you work as a programmer) or school,
-if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if necessary.
-For more information on this, and how to apply and follow the GNU AGPL, see
-<http://www.gnu.org/licenses/>.
diff --git a/build/git/hooks/coding-standards.sh b/build/git/hooks/coding-standards.sh
deleted file mode 100755 (executable)
index d4e4c71..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,128 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env ruby
-
-# This script can be installed as a git update hook.
-
-# It can also be installed as a gitolite 'hooklet' in the
-# hooks/common/update.secondary.d/ directory.
-
-# NOTE: this script runs under the same assumptions as the 'update' hook, so
-# the starting directory must be maintained and arguments must be passed on.
-
-$refname = ARGV[0]
-$oldrev  = ARGV[1]
-$newrev  = ARGV[2]
-$user    = ENV['USER']
-
-def blacklist bl
-  all_revs = `git rev-list #{$oldrev}..#{$newrev}`.split("\n")
-  all_revs.each do |rev|
-    bl.each do |b|
-      if rev == b
-        puts "Revision #{b} is blacklisted, you must remove it from your branch (possibly using git rebase) before you can push."
-        exit 1
-      end
-    end
-  end
-end
-
-blacklist ['26d74dc0524c87c5dcc0c76040ce413a4848b57a']
-
-# Only enforce policy on the master branch
-exit 0 if $refname != 'refs/heads/master'
-
-puts "Enforcing Policies... \n(#{$refname}) (#{$oldrev[0,6]}) (#{$newrev[0,6]})"
-
-$regex = /\[ref: (\d+)\]/
-
-$broken_commit_message = /Please enter a commit message to explain why this merge is necessary/
-$wrong_way_merge_master = /Merge( remote-tracking)? branch '([^\/]+\/)?master' into/
-$merge_master = /Merge branch '[^']+'((?! into)| into master)/
-$pull_merge = /Merge branch 'master' of /
-$refs_or_closes_or_no_issue = /(refs #|closes #|fixes #|no issue #)/i
-
-# enforced custom commit message format
-def check_message_format
-  all_revs    = `git rev-list --first-parent #{$oldrev}..#{$newrev}`.split("\n")
-  merge_revs  = `git rev-list --first-parent --min-parents=2 #{$oldrev}..#{$newrev}`.split("\n")
-  # single_revs = `git rev-list --first-parent --max-parents=1 #{$oldrev}..#{$newrev}`.split("\n")
-  broken = false
-  no_ff = false
-
-  merge_revs.each do |rev|
-    message = `git cat-file commit #{rev} | sed '1,/^$/d'`
-    if $wrong_way_merge_master.match(message)
-      puts "\n[POLICY] Only non-fast-forward merges into master are allowed. Please"
-      puts "reset your master branch:"
-      puts "  git reset --hard origin/master"
-      puts "and then merge your branch with the --no-ff option:"
-      puts "  git merge your-branch --no-ff\n"
-      puts "Remember to add a reference to an issue number in the merge commit!\n"
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\nOffending commit: #{rev}\n"
-      puts "\nOffending commit message:\n"
-      puts message
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\n\n"
-      broken = true
-      no_ff = true
-    elsif $pull_merge.match(message)
-      puts "\n[POLICY] This appears to be a git pull merge of remote master into local"
-      puts "master.  In order to maintain a linear first-parent history of master,"
-      puts "please reset your branch and remerge or rebase using the latest master.\n"
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\nOffending commit: #{rev}\n"
-      puts "\nOffending commit message:\n\n"
-      puts message
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\n\n"
-      broken = true
-    elsif not $merge_master.match(message) and not
-      puts "\n[POLICY] This does not appear to be a merge of a feature"
-      puts "branch into master.  Merges must follow the format"
-      puts "\"Merge branch 'feature-branch'\".\n"
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\nOffending commit: #{rev}\n"
-      puts "\nOffending commit message:\n\n"
-      puts message
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\n\n"
-      broken = true
-    end
-  end
-
-  all_revs.each do |rev|
-    message = `git cat-file commit #{rev} | sed '1,/^$/d'`
-    if $broken_commit_message.match(message)
-      puts "\n[POLICY] Rejected broken commit message for including boilerplate"
-      puts "instruction text.\n"
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\nOffending commit: #{rev}\n"
-      puts "\nOffending commit message:\n\n"
-      puts message
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\n\n"
-      broken = true
-    end
-
-    # Do not test when the commit is a no_ff merge (which will be rejected), because
-    # this test will complain about *every* commit in the merge otherwise, obscuring
-    # the real reason for the rejection (the no_ff merge)
-    if not no_ff and not $refs_or_closes_or_no_issue.match(message)
-      puts "\n[POLICY] All commits to master must include an issue using \"refs #\" or"
-      puts "\"closes #\", or specify \"no issue #\"\n"
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\nOffending commit: #{rev}\n"
-      puts "\nOffending commit message:\n\n"
-      puts message
-      puts "\n******************************************************************\n"
-      puts "\n\n"
-      broken = true
-    end
-  end
-
-  if broken
-    exit 1
-  end
-end
-
-check_message_format
diff --git a/build/install/easy-docker-install.sh b/build/install/easy-docker-install.sh
deleted file mode 100755 (executable)
index fe6e186..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,87 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env bash
-
-# This script is intended to make Arvados installation easy. It will download the
-# latest copy of the Arvados docker images as well as the arvdock command. It
-# then uses arvdock to spin up Arvados on this computer.
-#
-# The latest version of this script is available at http://get.arvados.org, so that this
-# command does the right thing:
-#
-#  $ \curl -sSL http://get.arvados.org | bash
-#
-# Prerequisites: working docker installation. Run this script as a user who is a member 
-# of the docker group.
-
-COLUMNS=80
-
-fail () {
-    title "$*"
-    exit 1
-}
-
-title () {
-  printf "\n%*s\n\n" $(((${#title}+$COLUMNS)/2)) "********** $1 **********"
-}
-
-docker_pull () {
-  $DOCKER pull $*
-
-  ECODE=$?
-
-  if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
-    title "$DOCKER pull $* failed"
-    exit $ECODE
-  fi
-}
-
-main () {
-
-  \which which >/dev/null 2>&1 || fail "Error: could not find 'which' command."
-
-  # find the docker binary
-  DOCKER=`which docker.io`
-  
-  if [[ "$DOCKER" == "" ]]; then
-    DOCKER=`which docker`
-  fi
-
-  if [[ "$DOCKER" == "" ]]; then
-    fail "Error: you need to have docker installed. Could not find the docker executable."
-  fi
-
-  echo
-  echo "If necessary, this command will download the latest Arvados docker images."
-  echo "The download can take a long time, depending on the speed of your internet connection."
-  echo "When the images are downloaded, it will then start an Arvados environment on this computer."
-  echo
-  docker_pull arvados/workbench
-  docker_pull arvados/doc
-  docker_pull arvados/keep
-  docker_pull arvados/shell
-  docker_pull arvados/sso
-  docker_pull arvados/compute
-  docker_pull arvados/keep
-  docker_pull arvados/keepproxy
-  docker_pull arvados/api
-  docker_pull crosbymichael/skydns
-  docker_pull crosbymichael/skydock
-
-  # Now download arvdock and start the containers
-  echo
-  echo Downloading arvdock
-  echo
-  \curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/curoverse/arvados/master/docker/arvdock -o arvdock
-  chmod 755 arvdock
-
-  echo
-  echo Starting the docker containers
-  echo
-  ./arvdock start
-
-  echo To stop the containers, run
-  echo
-  echo ./arvdock stop
-  echo 
-}
-
-main
diff --git a/build/jenkins/run-cwl-tests.sh b/build/jenkins/run-cwl-tests.sh
deleted file mode 100755 (executable)
index 53c0538..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,218 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-read -rd "\000" helpmessage <<EOF
-$(basename $0): Test cwl tool and (optionally) upload to PyPi and Docker Hub.
-
-Syntax:
-        WORKSPACE=/path/to/common-workflow-language $(basename $0) [options]
-
-Options:
-
---upload-pypi          Upload package to pypi (default: false)
---upload-docker        Upload packages to docker hub (default: false)
---debug                Output debug information (default: false)
-
-WORKSPACE=path         Path to the common-workflow-language source tree
-
-EOF
-
-EXITCODE=0
-CALL_FREIGHT=0
-
-DEBUG=0
-UPLOAD_PYPI=0
-UPLOAD_DOCKER=0
-
-VENVDIR=
-
-leave_temp=
-
-declare -A leave_temp
-
-set -e
-
-clear_temp() {
-    leaving=""
-    for var in VENVDIR
-    do
-        if [[ -z "${leave_temp[$var]}" ]]
-        then
-            if [[ -n "${!var}" ]]
-            then
-                rm -rf "${!var}"
-            fi
-        else
-            leaving+=" $var=\"${!var}\""
-        fi
-    done
-    if [[ -n "$leaving" ]]; then
-        echo "Leaving behind temp dirs: $leaving"
-    fi
-}
-
-fatal() {
-    clear_temp
-    echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
-    exit 1
-}
-
-trap clear_temp INT EXIT
-
-# Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
-for tmpdir in VENVDIR
-do
-    if [[ -n "${!tmpdir}" ]]; then
-        leave_temp[$tmpdir]=1
-    else
-        eval $tmpdir=$(mktemp -d)
-    fi
-done
-
-
-while [[ -n "$1" ]]
-do
-    arg="$1"; shift
-    case "$arg" in
-        --help)
-            echo >&2 "$helpmessage"
-            echo >&2
-            exit 1
-            ;;
-        --debug)
-            DEBUG=1
-            ;;
-        --upload-pypi)
-            UPLOAD_PYPI=1
-            ;;
-        --upload-docker)
-            UPLOAD_DOCKER=1
-            ;;
-        --leave-temp)
-            leave_temp[VENVDIR]=1
-            ;;
-        *=*)
-            eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
-            ;;
-        *)
-            echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
-            exit 1
-            ;;
-    esac
-done
-
-# Sanity check
-if ! [[ -n "$WORKSPACE" ]]; then
-  echo >&2 "$helpmessage"
-  echo >&2
-  echo >&2 "Error: WORKSPACE environment variable not set"
-  echo >&2
-  exit 1
-fi
-
-if [[ "$DEBUG" != 0 ]]; then
-  echo "Workspace is $WORKSPACE"
-fi
-
-virtualenv --setuptools "$VENVDIR" || fatal "virtualenv $VENVDIR failed"
-. "$VENVDIR/bin/activate"
-
-handle_python_package () {
-  # This function assumes the current working directory is the python package directory
-  if [[ "$UPLOAD_PYPI" != 0 ]]; then
-    # Make sure only to use sdist - that's the only format pip can deal with (sigh)
-    if [[ "$DEBUG" != 0 ]]; then
-      python setup.py sdist upload
-    else
-      python setup.py -q sdist upload
-    fi
-  else
-    # Make sure only to use sdist - that's the only format pip can deal with (sigh)
-    if [[ "$DEBUG" != 0 ]]; then
-      python setup.py sdist
-    else
-      python setup.py -q sdist
-    fi
-  fi
-}
-
-# Make all files world-readable -- jenkins runs with umask 027, and has checked
-# out our git tree here
-chmod o+r "$WORKSPACE" -R
-
-# Now fix our umask to something better suited to building and publishing
-# gems and packages
-umask 0022
-
-if [[ "$DEBUG" != 0 ]]; then
-  echo "umask is" `umask`
-fi
-
-# Python packages
-if [[ "$DEBUG" != 0 ]]; then
-  echo
-  echo "Python packages"
-  echo
-fi
-
-cd "$WORKSPACE"
-
-if test -d cwltool ; then
-    (cd cwltool
-     git fetch
-     git reset --hard origin/master
-    )
-else
-    git clone git@github.com:common-workflow-language/cwltool.git
-    (cd cwltool
-     git config user.email "sysadmin@curoverse.com"
-     git config user.name "Curoverse build bot"
-    )
-fi
-
-(cd cwltool
- python setup.py install
- python setup.py test
- ./build-node-docker.sh
-)
-
-./run_test.sh RUNNER=cwltool/cwltool/main.py DRAFT=draft-2
-./run_test.sh RUNNER=cwltool/cwltool/main.py DRAFT=draft-3
-
-(cd cwltool
- handle_python_package
-)
-
-(cd cwltool/cwl-runner
- handle_python_package
-)
-
-(cd cwltool
- ./build-cwl-docker.sh
-)
-
-if [[ "$UPLOAD_DOCKER" != 0 ]]; then
-    docker push commonworkflowlanguage/cwltool_module
-    docker push commonworkflowlanguage/cwltool
-    docker push commonworkflowlanguage/nodejs-engine
-fi
-
-if test -d common-workflow-language.github.io ; then
-    (cd common-workflow-language.github.io
-     git fetch
-     git reset --hard origin/master
-    )
-else
-    git clone git@github.com:common-workflow-language/common-workflow-language.github.io.git
-    (cd common-workflow-language.github.io
-     git config user.email "sysadmin@curoverse.com"
-     git config user.name "Curoverse build bot"
-    )
-fi
-
-python -mcwltool --outdir=$PWD/common-workflow-language.github.io site/cwlsite.cwl site/cwlsite-job.json
-
-(cd common-workflow-language.github.io
- git add --all
- git diff-index --quiet HEAD || git commit -m"Build bot"
- git push
-)
diff --git a/build/jenkins/run-deploy.sh b/build/jenkins/run-deploy.sh
deleted file mode 100755 (executable)
index 1b06c65..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,266 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-DEBUG=0
-SSH_PORT=22
-
-function usage {
-    echo >&2
-    echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
-    echo >&2
-    echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
-    echo >&2
-    echo >&2 "$0 options:"
-    echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
-    echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
-    echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
-    echo >&2
-    echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
-    echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
-    echo >&2 '    --scopes "[\"GET /arvados/v1/virtual_machines\",'
-    echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services\",'
-    echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services/\",'
-    echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups\",'
-    echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups/\",'
-    echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/links\",'
-    echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/collections\",'
-    echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/collections\",'
-    echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/links\"]"'
-    echo >&2
-}
-
-# NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
-TEMP=`getopt -o hdp: \
-    --long help,debug,port: \
-    -n "$0" -- "$@"`
-
-if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
-# Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
-eval set -- "$TEMP"
-
-while [ $# -ge 1 ]
-do
-    case $1 in
-        -p | --port)
-            SSH_PORT="$2"; shift 2
-            ;;
-        -d | --debug)
-            DEBUG=1
-            shift
-            ;;
-        --)
-            shift
-            break
-            ;;
-        *)
-            usage
-            exit 1
-            ;;
-    esac
-done
-
-IDENTIFIER=$1
-
-if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
-  usage
-  exit 1
-fi
-
-EXITCODE=0
-
-COLUMNS=80
-
-PUPPET_AGENT='
-now() { date +%s; }
-let endtime="$(now) + 600"
-while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
-    puppet agent --test --detailed-exitcodes
-    agent_exitcode=$?
-    if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
-        break
-    else
-        sleep 10s
-    fi
-done
-exit ${agent_exitcode:-99}
-'
-
-title () {
-  date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
-  printf "$date $1\n"
-}
-
-function run_puppet() {
-  node=$1
-  return_var=$2
-
-  title "Running puppet on $node"
-  TMP_FILE=`mktemp`
-  if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
-    ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
-  else
-    ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
-  fi
-
-  ECODE=${PIPESTATUS[0]}
-  RESULT=$(cat $TMP_FILE)
-
-  if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
-    # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
-    # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
-    # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
-    #   was already running
-    echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
-    if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
-      title "Command output follows:"
-      echo $RESULT
-    fi
-  fi
-  if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
-    title "Connection timed out"
-    ECODE=0
-  fi
-  if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
-    ECODE=0
-  fi
-  rm -f $TMP_FILE
-  eval "$return_var=$ECODE"
-}
-
-function run_command() {
-  node=$1
-  return_var=$2
-  command=$3
-
-  title "Running '$command' on $node"
-  TMP_FILE=`mktemp`
-  if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
-    ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
-  else
-    ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
-  fi
-
-  ECODE=$?
-  RESULT=$(cat $TMP_FILE)
-
-  if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
-    # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
-    #   a shell node that is down.
-    title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
-    if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
-      title "Command output follows:"
-      echo $RESULT
-    fi
-  fi
-  if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
-    title "Connection timed out"
-    ECODE=0
-  fi
-  rm -f $TMP_FILE
-  eval "$return_var=$ECODE"
-}
-
-title "Updating API server"
-SUM_ECODE=0
-run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
-SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
-if [ ! "$IDENTIFIER" = "c97qk" ]
-then
-  run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "dpkg -L arvados-mailchimp-plugin 2>/dev/null && apt-get install arvados-mailchimp-plugin --reinstall || echo"
-  SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
-fi
-
-if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
-  title "ERROR: Updating API server FAILED"
-  EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
-  exit $EXITCODE
-fi
-
-title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
-if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
-  . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
-else
-  title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
-fi
-if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
-  title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
-  exit 1
-fi
-
-title "Locating Arvados Standard Docker images project"
-
-JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
-DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
-
-if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
-  title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
-
-  DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
-  ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
-  if [[ "$?" != "0" ]]; then
-    title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
-    exit 1
-  fi
-fi
-
-title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
-GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER cat /usr/local/arvados/src/git-commit.version`
-
-if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
-  title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
-  exit 1
-else
-  title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
-fi
-
-run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
-
-if [[ "$?" == "0" ]]; then
-  title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
-else
-  title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
-  ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
-  if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
-    title "'git pull' failed exiting..."
-    exit 1
-  fi
-fi
-
-title "Gathering list of shell and Keep nodes"
-SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
-KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
-
-title "Updating workbench"
-SUM_ECODE=0
-if [[ `host workbench.$ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` != `host $ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` ]]; then
-  # Workbench runs on a separate host. We need to run puppet there too.
-  run_puppet workbench.$IDENTIFIER ECODE
-  SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
-fi
-
-if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
-  title "ERROR: Updating workbench FAILED"
-  EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
-  exit $EXITCODE
-fi
-
-for n in manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
-  ECODE=0
-  if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
-    # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
-    node=$n
-  else
-    # e.g. shell
-    node=$n.$ARVADOS_API_HOST
-  fi
-
-  # e.g. keep.qr1hi
-  node=${node%.arvadosapi.com}
-
-  title "Updating $node"
-  run_puppet $node ECODE
-  if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
-    title "ERROR: Updating $node node FAILED: exit code $ECODE"
-    EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
-    exit $EXITCODE
-  fi
-done
diff --git a/build/jenkins/run-diagnostics-suite.sh b/build/jenkins/run-diagnostics-suite.sh
deleted file mode 100755 (executable)
index 015a053..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,86 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-EXITCODE=0
-
-INSTANCE=$1
-REVISION=$2
-
-if [[ "$INSTANCE" == '' ]]; then
-  echo "Syntax: $0 <instance> [revision]"
-  exit 1
-fi
-
-if [[ "$REVISION" == '' ]]; then
-  # See if there's a configuration file with the revision?
-  CONFIG_PATH=/home/jenkins/configuration/$INSTANCE.arvadosapi.com-versions.conf
-  if [[ -f $CONFIG_PATH ]]; then
-    echo "Loading git revision from $CONFIG_PATH"
-    . $CONFIG_PATH
-    REVISION=$ARVADOS_GIT_REVISION
-  fi
-fi
-
-if [[ "$REVISION" != '' ]]; then
-  echo "Git revision is $REVISION"
-else
-  echo "No valid git revision found, proceeding with what is in place."
-fi
-
-# Sanity check
-if ! [[ -n "$WORKSPACE" ]]; then
-  echo "WORKSPACE environment variable not set"
-  exit 1
-fi
-
-title () {
-    txt="********** $1 **********"
-    printf "\n%*s%s\n\n" $((($COLUMNS-${#txt})/2)) "" "$txt"
-}
-
-timer_reset() {
-    t0=$SECONDS
-}
-
-timer() {
-    echo -n "$(($SECONDS - $t0))s"
-}
-
-source /etc/profile.d/rvm.sh
-echo $WORKSPACE
-
-title "Starting diagnostics"
-timer_reset
-
-cd $WORKSPACE
-
-if [[ "$REVISION" != '' ]]; then
-  git checkout $REVISION
-fi
-
-cp -f /home/jenkins/diagnostics/arvados-workbench/$INSTANCE-application.yml $WORKSPACE/apps/workbench/config/application.yml
-
-cd $WORKSPACE/apps/workbench
-
-HOME="$GEMHOME" bundle install --no-deployment
-
-if [[ ! -d tmp ]]; then
-  mkdir tmp
-fi
-
-RAILS_ENV=diagnostics bundle exec rake TEST=test/diagnostics/pipeline_test.rb
-
-ECODE=$?
-
-if [[ "$REVISION" != '' ]]; then
-  git checkout master
-fi
-
-if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
-  title "!!!!!! DIAGNOSTICS FAILED (`timer`) !!!!!!"
-  EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
-  exit $EXITCODE
-fi
-
-title "Diagnostics complete (`timer`)"
-
-exit $EXITCODE
diff --git a/build/jenkins/run-performance-suite.sh b/build/jenkins/run-performance-suite.sh
deleted file mode 100755 (executable)
index 2944bda..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,88 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-EXITCODE=0
-
-INSTANCE=$1
-REVISION=$2
-
-if [[ "$INSTANCE" == '' ]]; then
-  echo "Syntax: $0 <instance> [revision]"
-  exit 1
-fi
-
-if [[ "$REVISION" == '' ]]; then
-  # See if there's a configuration file with the revision?
-  CONFIG_PATH=/home/jenkins/configuration/$INSTANCE.arvadosapi.com-versions.conf
-  if [[ -f $CONFIG_PATH ]]; then
-    echo "Loading git revision from $CONFIG_PATH"
-    . $CONFIG_PATH
-    REVISION=$ARVADOS_GIT_REVISION
-  fi
-fi
-
-if [[ "$REVISION" != '' ]]; then
-  echo "Git revision is $REVISION"
-else
-  echo "No valid git revision found, proceeding with what is in place."
-fi
-
-# Sanity check
-if ! [[ -n "$WORKSPACE" ]]; then
-  echo "WORKSPACE environment variable not set"
-  exit 1
-fi
-
-title () {
-    txt="********** $1 **********"
-    printf "\n%*s%s\n\n" $((($COLUMNS-${#txt})/2)) "" "$txt"
-}
-
-timer_reset() {
-    t0=$SECONDS
-}
-
-timer() {
-    echo -n "$(($SECONDS - $t0))s"
-}
-
-source /etc/profile.d/rvm.sh
-echo $WORKSPACE
-
-title "Starting performance test"
-timer_reset
-
-cd $WORKSPACE
-
-if [[ "$REVISION" != '' ]]; then
-  git checkout $REVISION
-fi
-
-cp -f /home/jenkins/diagnostics/arvados-workbench/$INSTANCE-application.yml $WORKSPACE/apps/workbench/config/application.yml
-
-cd $WORKSPACE/apps/workbench
-
-HOME="$GEMHOME" bundle install --no-deployment
-
-if [[ ! -d tmp ]]; then
-  mkdir tmp
-fi
-
-mkdir -p tmp/cache
-
-RAILS_ENV=performance bundle exec rake test:benchmark
-
-ECODE=$?
-
-if [[ "$REVISION" != '' ]]; then
-  git checkout master
-fi
-
-if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
-  title "!!!!!! PERFORMANCE TESTS FAILED (`timer`) !!!!!!"
-  EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
-  exit $EXITCODE
-fi
-
-title "Performance tests complete (`timer`)"
-
-exit $EXITCODE
diff --git a/build/jenkins/run-tapestry-tests.sh b/build/jenkins/run-tapestry-tests.sh
deleted file mode 100755 (executable)
index 851a81d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,54 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-EXITCODE=0
-
-COLUMNS=80
-
-title () {
-  printf "\n%*s\n\n" $(((${#title}+$COLUMNS)/2)) "********** $1 **********"
-}
-
-source /etc/profile.d/rvm.sh
-
-# This shouldn't really be necessary... but the jenkins/rvm integration seems a
-# bit wonky occasionally.
-rvm use ree
-
-echo $WORKSPACE
-
-# Tapestry
-title "Starting tapestry tests"
-cd "$WORKSPACE"
-
-# There are a few submodules
-git submodule init && git submodule update
-
-# Use sqlite for testing
-sed -i'' -e "s:mysql:sqlite3:" Gemfile
-
-# Tapestry is not set up yet to use --deployment
-#bundle install --deployment
-bundle install
-
-rm -f config/database.yml
-rm -f config/environments/test.rb
-cp $HOME/tapestry/test.rb config/environments/
-cp $HOME/tapestry/database.yml config/
-
-export RAILS_ENV=test
-
-bundle exec rake db:drop
-bundle exec rake db:create
-bundle exec rake db:setup
-bundle exec rake test
-
-ECODE=$?
-
-if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
-  title "!!!!!! TAPESTRY TESTS FAILED !!!!!!"
-  EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
-fi
-
-title "Tapestry tests complete"
-
-exit $EXITCODE
diff --git a/build/jenkins/run_upload_packages.py b/build/jenkins/run_upload_packages.py
deleted file mode 100755 (executable)
index 04e6c80..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,273 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python3
-
-import argparse
-import functools
-import glob
-import logging
-import os
-import pipes
-import shutil
-import subprocess
-import sys
-import time
-
-class TimestampFile:
-    def __init__(self, path):
-        self.path = path
-        self.start_time = time.time()
-
-    def last_upload(self):
-        try:
-            return os.path.getmtime(self.path)
-        except EnvironmentError:
-            return -1
-
-    def update(self):
-        os.close(os.open(self.path, os.O_CREAT | os.O_APPEND))
-        os.utime(self.path, (time.time(), self.start_time))
-
-
-class PackageSuite:
-    NEED_SSH = False
-
-    def __init__(self, glob_root, rel_globs):
-        logger_part = getattr(self, 'LOGGER_PART', os.path.basename(glob_root))
-        self.logger = logging.getLogger('arvados-dev.upload.' + logger_part)
-        self.globs = [os.path.join(glob_root, rel_glob)
-                      for rel_glob in rel_globs]
-
-    def files_to_upload(self, since_timestamp):
-        for abs_glob in self.globs:
-            for path in glob.glob(abs_glob):
-                if os.path.getmtime(path) >= since_timestamp:
-                    yield path
-
-    def upload_file(self, path):
-        raise NotImplementedError("PackageSuite.upload_file")
-
-    def upload_files(self, paths):
-        for path in paths:
-            self.logger.info("Uploading %s", path)
-            self.upload_file(path)
-
-    def post_uploads(self, paths):
-        pass
-
-    def update_packages(self, since_timestamp):
-        upload_paths = list(self.files_to_upload(since_timestamp))
-        if upload_paths:
-            self.upload_files(upload_paths)
-            self.post_uploads(upload_paths)
-
-
-class PythonPackageSuite(PackageSuite):
-    LOGGER_PART = 'python'
-
-    def __init__(self, glob_root, rel_globs):
-        super().__init__(glob_root, rel_globs)
-        self.seen_packages = set()
-
-    def upload_file(self, path):
-        src_dir = os.path.dirname(os.path.dirname(path))
-        if src_dir in self.seen_packages:
-            return
-        self.seen_packages.add(src_dir)
-        # NOTE: If we ever start uploading Python 3 packages, we'll need to
-        # figure out some way to adapt cmd to match.  It might be easiest
-        # to give all our setup.py files the executable bit, and run that
-        # directly.
-        # We also must run `sdist` before `upload`: `upload` uploads any
-        # distributions previously generated in the command.  It doesn't
-        # know how to upload distributions already on disk.  We write the
-        # result to a dedicated directory to avoid interfering with our
-        # timestamp tracking.
-        cmd = ['python2.7', 'setup.py']
-        if not self.logger.isEnabledFor(logging.INFO):
-            cmd.append('--quiet')
-        cmd.extend(['sdist', '--dist-dir', '.upload_dist', 'upload'])
-        subprocess.check_call(cmd, cwd=src_dir)
-        shutil.rmtree(os.path.join(src_dir, '.upload_dist'))
-
-
-class GemPackageSuite(PackageSuite):
-    LOGGER_PART = 'gems'
-
-    def upload_file(self, path):
-        cmd = ['gem', 'push', path]
-        push_proc = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE)
-        repushed = any(line == b'Repushing of gem versions is not allowed.\n'
-                       for line in push_proc.stdout)
-        # Read any remaining stdout before closing.
-        for line in push_proc.stdout:
-            pass
-        push_proc.stdout.close()
-        if (push_proc.wait() != 0) and not repushed:
-            raise subprocess.CalledProcessError(push_proc.returncode, cmd)
-
-
-class DistroPackageSuite(PackageSuite):
-    NEED_SSH = True
-    REMOTE_DEST_DIR = 'tmp'
-
-    def __init__(self, glob_root, rel_globs, target, ssh_host, ssh_opts):
-        super().__init__(glob_root, rel_globs)
-        self.target = target
-        self.ssh_host = ssh_host
-        self.ssh_opts = ['-o' + opt for opt in ssh_opts]
-        if not self.logger.isEnabledFor(logging.INFO):
-            self.ssh_opts.append('-q')
-
-    def _build_cmd(self, base_cmd, *args):
-        cmd = [base_cmd]
-        cmd.extend(self.ssh_opts)
-        cmd.extend(args)
-        return cmd
-
-    def _paths_basenames(self, paths):
-        return (os.path.basename(path) for path in paths)
-
-    def _run_script(self, script, *args):
-        # SSH will use a shell to run our bash command, so we have to
-        # quote our arguments.
-        # self.__class__.__name__ provides $0 for the script, which makes a
-        # nicer message if there's an error.
-        subprocess.check_call(self._build_cmd(
-                'ssh', self.ssh_host, 'bash', '-ec', pipes.quote(script),
-                self.__class__.__name__, *(pipes.quote(s) for s in args)))
-
-    def upload_files(self, paths):
-        cmd = self._build_cmd('scp', *paths)
-        cmd.append('{self.ssh_host}:{self.REMOTE_DEST_DIR}'.format(self=self))
-        subprocess.check_call(cmd)
-
-
-class DebianPackageSuite(DistroPackageSuite):
-    FREIGHT_SCRIPT = """
-cd "$1"; shift
-DISTNAME=$1; shift
-freight add "$@" "apt/$DISTNAME"
-freight cache "apt/$DISTNAME"
-rm "$@"
-"""
-    TARGET_DISTNAMES = {
-        'debian7': 'wheezy',
-        'debian8': 'jessie',
-        'ubuntu1204': 'precise',
-        'ubuntu1404': 'trusty',
-        }
-
-    def post_uploads(self, paths):
-        self._run_script(self.FREIGHT_SCRIPT, self.REMOTE_DEST_DIR,
-                         self.TARGET_DISTNAMES[self.target],
-                         *self._paths_basenames(paths))
-
-
-class RedHatPackageSuite(DistroPackageSuite):
-    CREATEREPO_SCRIPT = """
-cd "$1"; shift
-REPODIR=$1; shift
-rpmsign --addsign "$@" </dev/null
-mv "$@" "$REPODIR"
-createrepo "$REPODIR"
-"""
-    REPO_ROOT = '/var/www/rpm.arvados.org/'
-    TARGET_REPODIRS = {
-        'centos6': 'CentOS/6/os/x86_64/'
-        }
-
-    def post_uploads(self, paths):
-        repo_dir = os.path.join(self.REPO_ROOT,
-                                self.TARGET_REPODIRS[self.target])
-        self._run_script(self.CREATEREPO_SCRIPT, self.REMOTE_DEST_DIR,
-                         repo_dir, *self._paths_basenames(paths))
-
-
-def _define_suite(suite_class, *rel_globs, **kwargs):
-    return functools.partial(suite_class, rel_globs=rel_globs, **kwargs)
-
-PACKAGE_SUITES = {
-    'python': _define_suite(PythonPackageSuite,
-                            'sdk/pam/dist/*.tar.gz',
-                            'sdk/python/dist/*.tar.gz',
-                            'sdk/cwl/dist/*.tar.gz',
-                            'services/nodemanager/dist/*.tar.gz',
-                            'services/fuse/dist/*.tar.gz',
-                        ),
-    'gems': _define_suite(GemPackageSuite,
-                          'sdk/ruby/*.gem',
-                          'sdk/cli/*.gem',
-                          'services/login-sync/*.gem',
-                      ),
-    }
-for target in ['debian7', 'debian8', 'ubuntu1204', 'ubuntu1404']:
-    PACKAGE_SUITES[target] = _define_suite(
-        DebianPackageSuite, os.path.join('packages', target, '*.deb'),
-        target=target)
-for target in ['centos6']:
-    PACKAGE_SUITES[target] = _define_suite(
-        RedHatPackageSuite, os.path.join('packages', target, '*.rpm'),
-        target=target)
-
-def parse_arguments(arguments):
-    parser = argparse.ArgumentParser(
-        prog="run_upload_packages.py",
-        description="Upload Arvados packages to various repositories")
-    parser.add_argument(
-        '--workspace', '-W', default=os.environ.get('WORKSPACE'),
-        help="Arvados source directory with built packages to upload")
-    parser.add_argument(
-        '--ssh-host', '-H',
-        help="Host specification for distribution repository server")
-    parser.add_argument('-o', action='append', default=[], dest='ssh_opts',
-                         metavar='OPTION', help="Pass option to `ssh -o`")
-    parser.add_argument('--verbose', '-v', action='count', default=0,
-                        help="Log more information and subcommand output")
-    parser.add_argument(
-        'targets', nargs='*', default=['all'], metavar='target',
-        help="Upload packages to these targets (default all)\nAvailable targets: " +
-        ', '.join(sorted(PACKAGE_SUITES.keys())))
-    args = parser.parse_args(arguments)
-    if 'all' in args.targets:
-        args.targets = list(PACKAGE_SUITES.keys())
-
-    if args.workspace is None:
-        parser.error("workspace not set from command line or environment")
-    for target in args.targets:
-        try:
-            suite_class = PACKAGE_SUITES[target].func
-        except KeyError:
-            parser.error("unrecognized target {!r}".format(target))
-        if suite_class.NEED_SSH and (args.ssh_host is None):
-            parser.error(
-                "--ssh-host must be specified to upload distribution packages")
-    return args
-
-def setup_logger(stream_dest, args):
-    log_handler = logging.StreamHandler(stream_dest)
-    log_handler.setFormatter(logging.Formatter(
-            '%(asctime)s %(name)s[%(process)d] %(levelname)s: %(message)s',
-            '%Y-%m-%d %H:%M:%S'))
-    logger = logging.getLogger('arvados-dev.upload')
-    logger.addHandler(log_handler)
-    logger.setLevel(max(1, logging.WARNING - (10 * args.verbose)))
-
-def build_suite_and_upload(target, since_timestamp, args):
-    suite_def = PACKAGE_SUITES[target]
-    kwargs = {}
-    if suite_def.func.NEED_SSH:
-        kwargs.update(ssh_host=args.ssh_host, ssh_opts=args.ssh_opts)
-    suite = suite_def(args.workspace, **kwargs)
-    suite.update_packages(since_timestamp)
-
-def main(arguments, stdout=sys.stdout, stderr=sys.stderr):
-    args = parse_arguments(arguments)
-    setup_logger(stderr, args)
-    ts_file = TimestampFile(os.path.join(args.workspace, 'packages',
-                                         '.last_upload'))
-    last_upload_ts = ts_file.last_upload()
-    for target in args.targets:
-        build_suite_and_upload(target, last_upload_ts, args)
-    ts_file.update()
-
-if __name__ == '__main__':
-    main(sys.argv[1:])