13690: Add/fix links
authorPeter Amstutz <pamstutz@veritasgenetics.com>
Mon, 30 Jul 2018 14:35:37 +0000 (10:35 -0400)
committerPeter Amstutz <pamstutz@veritasgenetics.com>
Mon, 30 Jul 2018 14:35:37 +0000 (10:35 -0400)
* Fix CWL user guide link
* Link from "Developing Workflows" to Composer tutorial
* More detail about what goes in "Docker Repository" field

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <pamstutz@veritasgenetics.com>

doc/user/composer/composer.html.textile.liquid
doc/user/tutorials/writing-cwl-workflow.html.textile.liquid

index 821fd34483ef1718c0bd89094a42948b5470f74f..e8ef0b68858fa723265978638fce920ddfc803d8 100644 (file)
@@ -48,7 +48,7 @@ h3. 6. Create a new Command Line Tool
 
 h3. 7. Set Docker image, base command, and input port for "sort" tool
 
-You may need to "upload a Docker image":{{site.baseurl}}/user/topics/arv-docker.html (@arv-keepdocker debian:8@)
+The "Docker Repository" is the name:tag of a "Docker image uploaded Arvados.":{{site.baseurl}}/user/topics/arv-docker.html (Use @arv-keepdocker --pull debian:8@)  You can also find prepackaged bioinformatics tools on various sites, such as http://dockstore.org and http://biocontainers.pro/ .
 
 !(screenshot)c6.png!
 
index 6cd7ee1518d46dac2f95431f69b0bd8086b06ace..2f1f80ca0b428c0576bf454aa97a5341e8a8fa3a 100644 (file)
@@ -15,10 +15,14 @@ SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
 
 h2. Developing workflows
 
-For an introduction and and detailed documentation about writing CWL, see the "CWL User Guide":http://commonwl.org/v1.0/UserGuide.html and the "CWL Specification":http://commonwl.org/v1.0 .
+For an introduction and and detailed documentation about writing CWL, see the "CWL User Guide":https://www.commonwl.org/user_guide and the "CWL Specification":http://commonwl.org/v1.0 .
 
 See "Best Practices for writing CWL":{{site.baseurl}}/user/cwl/cwl-style.html and "Arvados CWL Extensions":{{site.baseurl}}/user/cwl/cwl-extensions.html for additional information about using CWL on Arvados.
 
+h2. Using Composer
+
+You can create new workflows in the browser using "Arvados Composer":{{site.baseurl}}/user/composer/composer.html
+
 h2. Registering a workflow to use in Workbench
 
 Use @--create-workflow@ to register a CWL workflow with Arvados.  This enables you to share workflows with other Arvados users, and run them by clicking the <span class="btn btn-sm btn-primary"><i class="fa fa-fw fa-gear"></i> Run a process...</span> button on the Workbench Dashboard and on the command line by UUID.