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[arvados.git] / doc / user / topics / tutorial-gatk-variantfiltration.html.textile.liquid
index d01703e96e205a1974efe099ac26c05ec9ca11cb..4e9a1ebbbefeedfa61099b5159d40c2eedf1f8f7 100644 (file)
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 title: "Using GATK with Arvados"
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-h1. Using GATK with Arvados
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 This tutorial demonstrates how to use the Genome Analysis Toolkit (GATK) with Arvados. In this example we will install GATK and then create a VariantFiltration job to assign pass/fail scores to variants in a VCF file.
 
 *This tutorial assumes that you are "logged into an Arvados VM instance":{{site.baseurl}}/user/getting_started/ssh-access.html#login, and have a "working environment.":{{site.baseurl}}/user/getting_started/check-environment.html*