services/crunch-dispatch-slurm/crunch-dispatch-slurm.go

   1 package main
   2
   3 // Dispatcher service for Crunch that submits containers to the slurm queue.
   4
   5 import (
   6         "flag"
   7         "fmt"
   8         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvados"
   9         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvadosclient"
  10         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/config"
  11         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/dispatch"
  12         "github.com/coreos/go-systemd/daemon"
  13         "io"
  14         "io/ioutil"
  15         "log"
  16         "math"
  17         "os"
  18         "os/exec"
  19         "strings"
  20         "time"
  21 )
  22
  23 // Config used by crunch-dispatch-slurm
  24 type Config struct {
  25         Client arvados.Client
  26
  27         SbatchArguments []string
  28         PollPeriod      arvados.Duration
  29
  30         // crunch-run command to invoke. The container UUID will be
  31         // appended. If nil, []string{"crunch-run"} will be used.
  32         //
  33         // Example: []string{"crunch-run", "--cgroup-parent-subsystem=memory"}
  34         CrunchRunCommand []string
  35 }
  36
  37 func main() {
  38         err := doMain()
  39         if err != nil {
  40                 log.Fatal(err)
  41         }
  42 }
  43
  44 var (
  45         theConfig     Config
  46         squeueUpdater Squeue
  47 )
  48
  49 const defaultConfigPath = "/etc/arvados/crunch-dispatch-slurm/crunch-dispatch-slurm.yml"
  50
  51 func doMain() error {
  52         flags := flag.NewFlagSet("crunch-dispatch-slurm", flag.ExitOnError)
  53         flags.Usage = func() { usage(flags) }
  54
  55         configPath := flags.String(
  56                 "config",
  57                 defaultConfigPath,
  58                 "`path` to JSON or YAML configuration file")
  59
  60         // Parse args; omit the first arg which is the command name
  61         flags.Parse(os.Args[1:])
  62
  63         err := readConfig(&theConfig, *configPath)
  64         if err != nil {
  65                 return err
  66         }
  67
  68         if theConfig.CrunchRunCommand == nil {
  69                 theConfig.CrunchRunCommand = []string{"crunch-run"}
  70         }
  71
  72         if theConfig.PollPeriod == 0 {
  73                 theConfig.PollPeriod = arvados.Duration(10 * time.Second)
  74         }
  75
  76         if theConfig.Client.APIHost != "" || theConfig.Client.AuthToken != "" {
  77                 // Copy real configs into env vars so [a]
  78                 // MakeArvadosClient() uses them, and [b] they get
  79                 // propagated to crunch-run via SLURM.
  80                 os.Setenv("ARVADOS_API_HOST", theConfig.Client.APIHost)
  81                 os.Setenv("ARVADOS_API_TOKEN", theConfig.Client.AuthToken)
  82                 os.Setenv("ARVADOS_API_HOST_INSECURE", "")
  83                 if theConfig.Client.Insecure {
  84                         os.Setenv("ARVADOS_API_HOST_INSECURE", "1")
  85                 }
  86                 os.Setenv("ARVADOS_KEEP_SERVICES", strings.Join(theConfig.Client.KeepServiceURIs, " "))
  87                 os.Setenv("ARVADOS_EXTERNAL_CLIENT", "")
  88         } else {
  89                 log.Printf("warning: Client credentials missing from config, so falling back on environment variables (deprecated).")
  90         }
  91
  92         arv, err := arvadosclient.MakeArvadosClient()
  93         if err != nil {
  94                 log.Printf("Error making Arvados client: %v", err)
  95                 return err
  96         }
  97         arv.Retries = 25
  98
  99         squeueUpdater.StartMonitor(time.Duration(theConfig.PollPeriod))
 100         defer squeueUpdater.Done()
 101
 102         dispatcher := dispatch.Dispatcher{
 103                 Arv:            arv,
 104                 RunContainer:   run,
 105                 PollInterval:   time.Duration(theConfig.PollPeriod),
 106                 DoneProcessing: make(chan struct{})}
 107
 108         if _, err := daemon.SdNotify(false, "READY=1"); err != nil {
 109                 log.Printf("Error notifying init daemon: %v", err)
 110         }
 111
 112         err = dispatcher.RunDispatcher()
 113         if err != nil {
 114                 return err
 115         }
 116
 117         return nil
 118 }
 119
 120 // sbatchCmd
 121 func sbatchFunc(container arvados.Container) *exec.Cmd {
 122         memPerCPU := math.Ceil(float64(container.RuntimeConstraints.RAM) / (float64(container.RuntimeConstraints.VCPUs) * 1048576))
 123
 124         var sbatchArgs []string
 125         sbatchArgs = append(sbatchArgs, "--share")
 126         sbatchArgs = append(sbatchArgs, theConfig.SbatchArguments...)
 127         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--job-name=%s", container.UUID))
 128         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--mem-per-cpu=%d", int(memPerCPU)))
 129         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--cpus-per-task=%d", container.RuntimeConstraints.VCPUs))
 130         if container.SchedulingParameters.Partitions != nil {
 131                 sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--partition=%s", strings.Join(container.SchedulingParameters.Partitions, ",")))
 132         }
 133
 134         return exec.Command("sbatch", sbatchArgs...)
 135 }
 136
 137 // scancelCmd
 138 func scancelFunc(container arvados.Container) *exec.Cmd {
 139         return exec.Command("scancel", "--name="+container.UUID)
 140 }
 141
 142 // Wrap these so that they can be overridden by tests
 143 var sbatchCmd = sbatchFunc
 144 var scancelCmd = scancelFunc
 145
 146 // Submit job to slurm using sbatch.
 147 func submit(dispatcher *dispatch.Dispatcher,
 148         container arvados.Container, crunchRunCommand []string) (submitErr error) {
 149         defer func() {
 150                 // If we didn't get as far as submitting a slurm job,
 151                 // unlock the container and return it to the queue.
 152                 if submitErr == nil {
 153                         // OK, no cleanup needed
 154                         return
 155                 }
 156                 err := dispatcher.Unlock(container.UUID)
 157                 if err != nil {
 158                         log.Printf("Error unlocking container %s: %v", container.UUID, err)
 159                 }
 160         }()
 161
 162         // Create the command and attach to stdin/stdout
 163         cmd := sbatchCmd(container)
 164         stdinWriter, stdinerr := cmd.StdinPipe()
 165         if stdinerr != nil {
 166                 submitErr = fmt.Errorf("Error creating stdin pipe %v: %q", container.UUID, stdinerr)
 167                 return
 168         }
 169
 170         stdoutReader, stdoutErr := cmd.StdoutPipe()
 171         if stdoutErr != nil {
 172                 submitErr = fmt.Errorf("Error creating stdout pipe %v: %q", container.UUID, stdoutErr)
 173                 return
 174         }
 175
 176         stderrReader, stderrErr := cmd.StderrPipe()
 177         if stderrErr != nil {
 178                 submitErr = fmt.Errorf("Error creating stderr pipe %v: %q", container.UUID, stderrErr)
 179                 return
 180         }
 181
 182         // Mutex between squeue sync and running sbatch or scancel.
 183         squeueUpdater.SlurmLock.Lock()
 184         defer squeueUpdater.SlurmLock.Unlock()
 185
 186         log.Printf("sbatch starting: %+q", cmd.Args)
 187         err := cmd.Start()
 188         if err != nil {
 189                 submitErr = fmt.Errorf("Error starting sbatch: %v", err)
 190                 return
 191         }
 192
 193         stdoutChan := make(chan []byte)
 194         go func() {
 195                 b, _ := ioutil.ReadAll(stdoutReader)
 196                 stdoutReader.Close()
 197                 stdoutChan <- b
 198                 close(stdoutChan)
 199         }()
 200
 201         stderrChan := make(chan []byte)
 202         go func() {
 203                 b, _ := ioutil.ReadAll(stderrReader)
 204                 stderrReader.Close()
 205                 stderrChan <- b
 206                 close(stderrChan)
 207         }()
 208
 209         // Send a tiny script on stdin to execute the crunch-run command
 210         // slurm actually enforces that this must be a #! script
 211         io.WriteString(stdinWriter, execScript(append(crunchRunCommand, container.UUID)))
 212         stdinWriter.Close()
 213
 214         stdoutMsg := <-stdoutChan
 215         stderrmsg := <-stderrChan
 216
 217         err = cmd.Wait()
 218
 219         if err != nil {
 220                 submitErr = fmt.Errorf("Container submission failed: %v: %v (stderr: %q)", cmd.Args, err, stderrmsg)
 221                 return
 222         }
 223
 224         log.Printf("sbatch succeeded: %s", strings.TrimSpace(string(stdoutMsg)))
 225         return
 226 }
 227
 228 // If the container is marked as Locked, check if it is already in the slurm
 229 // queue.  If not, submit it.
 230 //
 231 // If the container is marked as Running, check if it is in the slurm queue.
 232 // If not, mark it as Cancelled.
 233 func monitorSubmitOrCancel(dispatcher *dispatch.Dispatcher, container arvados.Container, monitorDone *bool) {
 234         submitted := false
 235         for !*monitorDone {
 236                 if squeueUpdater.CheckSqueue(container.UUID) {
 237                         // Found in the queue, so continue monitoring
 238                         submitted = true
 239                 } else if container.State == dispatch.Locked && !submitted {
 240                         // Not in queue but in Locked state and we haven't
 241                         // submitted it yet, so submit it.
 242
 243                         log.Printf("About to submit queued container %v", container.UUID)
 244
 245                         if err := submit(dispatcher, container, theConfig.CrunchRunCommand); err != nil {
 246                                 log.Printf("Error submitting container %s to slurm: %v",
 247                                         container.UUID, err)
 248                                 // maybe sbatch is broken, put it back to queued
 249                                 dispatcher.Unlock(container.UUID)
 250                         }
 251                         submitted = true
 252                 } else {
 253                         // Not in queue and we are not going to submit it.
 254                         // Refresh the container state. If it is
 255                         // Complete/Cancelled, do nothing, if it is Locked then
 256                         // release it back to the Queue, if it is Running then
 257                         // clean up the record.
 258
 259                         var con arvados.Container
 260                         err := dispatcher.Arv.Get("containers", container.UUID, nil, &con)
 261                         if err != nil {
 262                                 log.Printf("Error getting final container state: %v", err)
 263                         }
 264
 265                         switch con.State {
 266                         case dispatch.Locked:
 267                                 log.Printf("Container %s in state %v but missing from slurm queue, changing to %v.",
 268                                         container.UUID, con.State, dispatch.Queued)
 269                                 dispatcher.Unlock(container.UUID)
 270                         case dispatch.Running:
 271                                 st := dispatch.Cancelled
 272                                 log.Printf("Container %s in state %v but missing from slurm queue, changing to %v.",
 273                                         container.UUID, con.State, st)
 274                                 dispatcher.UpdateState(container.UUID, st)
 275                         default:
 276                                 // Container state is Queued, Complete or Cancelled so stop monitoring it.
 277                                 return
 278                         }
 279                 }
 280         }
 281 }
 282
 283 // Run or monitor a container.
 284 //
 285 // Monitor status updates.  If the priority changes to zero, cancel the
 286 // container using scancel.
 287 func run(dispatcher *dispatch.Dispatcher,
 288         container arvados.Container,
 289         status chan arvados.Container) {
 290
 291         log.Printf("Monitoring container %v started", container.UUID)
 292         defer log.Printf("Monitoring container %v finished", container.UUID)
 293
 294         monitorDone := false
 295         go monitorSubmitOrCancel(dispatcher, container, &monitorDone)
 296
 297         for container = range status {
 298                 if container.State == dispatch.Locked || container.State == dispatch.Running {
 299                         if container.Priority == 0 {
 300                                 log.Printf("Canceling container %s", container.UUID)
 301
 302                                 // Mutex between squeue sync and running sbatch or scancel.
 303                                 squeueUpdater.SlurmLock.Lock()
 304                                 cmd := scancelCmd(container)
 305                                 msg, err := cmd.CombinedOutput()
 306                                 squeueUpdater.SlurmLock.Unlock()
 307
 308                                 if err != nil {
 309                                         log.Printf("Error stopping container %s with %v %v: %v %v",
 310                                                 container.UUID, cmd.Path, cmd.Args, err, string(msg))
 311                                         if squeueUpdater.CheckSqueue(container.UUID) {
 312                                                 log.Printf("Container %s is still in squeue after scancel.",
 313                                                         container.UUID)
 314                                                 continue
 315                                         }
 316                                 }
 317
 318                                 err = dispatcher.UpdateState(container.UUID, dispatch.Cancelled)
 319                         }
 320                 }
 321         }
 322         monitorDone = true
 323 }
 324
 325 func readConfig(dst interface{}, path string) error {
 326         err := config.LoadFile(dst, path)
 327         if err != nil && os.IsNotExist(err) && path == defaultConfigPath {
 328                 log.Printf("Config not specified. Continue with default configuration.")
 329                 err = nil
 330         }
 331         return err
 332 }