doc/user/tutorials/tutorial-firstscript.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 navmenu: Tutorials
   5 title: "Writing a Crunch script"
   6 ...
   7
   8 This tutorial demonstrates how to write a script using Arvados Python SDK.  The Arvados SDK supports access to advanced features not available using the @run-command@ wrapper, such as scheduling parallel tasks across nodes.
   9
  10 {% include 'tutorial_expectations' %}
  11
  12 This tutorial uses @$USER@ to denote your username.  Replace @$USER@ with your user name in all the following examples.
  13
  14 Start by creating a directory called @$USER@ .  Next, create a subdirectory called @crunch_scripts@ and change to that directory:
  15
  16 <notextile>
  17 <pre><code>~$ <span class="userinput">mkdir -p tutorial/crunch_scripts</span>
  18 ~$ <span class="userinput">cd tutorial/crunch_scripts</span></code></pre>
  19 </notextile>
  20
  21 Next, using @nano@ or your favorite Unix text editor, create a new file called @hash.py@ in the @crunch_scripts@ directory.
  22
  23 notextile. <pre>~/tutorial/crunch_scripts$ <code class="userinput">nano hash.py</code></pre>
  24
  25 Add the following code to compute the MD5 hash of each file in a collection:
  26
  27 <notextile> {% code 'tutorial_hash_script_py' as python %} </notextile>
  28
  29 Make the file executable:
  30
  31 notextile. <pre><code>~/tutorial/crunch_scripts$ <span class="userinput">chmod +x hash.py</span></code></pre>
  32
  33 Next, create a submission job record.  This describes a specific invocation of your script:
  34
  35 <notextile>
  36 <pre><code>~/tutorial/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;~/the_job &lt;&lt;EOF
  37 {
  38  "repository":"",
  39  "script":"hash.py",
  40  "script_version":"$HOME/tutorial",
  41  "script_parameters":{
  42    "input":"c1bad4b39ca5a924e481008009d94e32+210"
  43  }
  44 }
  45 EOF</span>
  46 </code></pre>
  47 </notextile>
  48
  49 You can now run your script on your local workstation or VM using @arv-crunch-job@:
  50
  51 <notextile>
  52 <pre><code>~/tutorial/crunch_scripts</span>$ <span class="userinput">arv-crunch-job --job "$(cat ~/the_job)"</span>
  53 2014-08-06_15:16:22 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  check slurm allocation
  54 2014-08-06_15:16:22 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  node localhost - 1 slots
  55 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  start
  56 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  script hash.py
  57 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  script_version /home/peter/peter
  58 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  script_parameters {"input":"c1bad4b39ca5a924e481008009d94e32+210"}
  59 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  runtime_constraints {"max_tasks_per_node":0}
  60 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  start level 0
  61 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  status: 0 done, 0 running, 1 todo
  62 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 0 job_task qr1hi-ot0gb-lptn85mwkrn9pqo
  63 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 0 child 14478 started on localhost.1
  64 2014-08-06_15:16:23 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  status: 0 done, 1 running, 0 todo
  65 2014-08-06_15:16:24 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 0 stderr crunchstat: Running [stdbuf --output=0 --error=0 /home/$USER/tutorial/crunch_scripts/hash.py]
  66 2014-08-06_15:16:24 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 0 child 14478 on localhost.1 exit 0 signal 0 success=true
  67 2014-08-06_15:16:24 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 0 success in 1 seconds
  68 2014-08-06_15:16:24 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 0 output
  69 2014-08-06_15:16:25 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  wait for last 0 children to finish
  70 2014-08-06_15:16:25 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  status: 1 done, 0 running, 1 todo
  71 2014-08-06_15:16:25 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  start level 1
  72 2014-08-06_15:16:25 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  status: 1 done, 0 running, 1 todo
  73 2014-08-06_15:16:25 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 1 job_task qr1hi-ot0gb-e3obm0lv6k6p56a
  74 2014-08-06_15:16:25 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 1 child 14504 started on localhost.1
  75 2014-08-06_15:16:25 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  status: 1 done, 1 running, 0 todo
  76 2014-08-06_15:16:26 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 1 stderr crunchstat: Running [stdbuf --output=0 --error=0 /home/$USER/tutorial/crunch_scripts/hash.py]
  77 2014-08-06_15:16:35 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 1 child 14504 on localhost.1 exit 0 signal 0 success=true
  78 2014-08-06_15:16:35 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 1 success in 10 seconds
  79 2014-08-06_15:16:35 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473 1 output 50cafdb29cc21dd6eaec85ba9e0c6134+56+Aef0f991b80fa0b75f802e58e70b207aa184d24ff@53f4bbd3
  80 2014-08-06_15:16:35 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  wait for last 0 children to finish
  81 2014-08-06_15:16:35 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  status: 2 done, 0 running, 0 todo
  82 2014-08-06_15:16:35 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  Freeze not implemented
  83 2014-08-06_15:16:35 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  collate
  84 2014-08-06_15:16:36 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  output d6338df28d6b8e5d14929833b417e20e+107+Adf1ce81222b6992ce5d33d8bfb28a6b5a1497898@53f4bbd4
  85 2014-08-06_15:16:37 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  finish
  86 2014-08-06_15:16:38 qr1hi-8i9sb-qyrat80ef927lam 14473  log manifest is 7fe8cf1d45d438a3ca3ac4a184b7aff4+83
  87 </code></pre>
  88 </notextile>
  89
  90 Although the job runs locally, the output of the job has been saved to Keep, the Arvados file store.  The "output" line (third from the bottom) provides the "Keep locator":/user/topics/tutorial-keep-get.html to which the script's output has been saved.  Copy the output identifier and use @arv-ls@ to list the contents of your output collection, and @arv-get@ to download it to the current directory:
  91
  92 <notextile>
  93 <pre><code>~/tutorial/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv-ls d6338df28d6b8e5d14929833b417e20e+107+Adf1ce81222b6992ce5d33d8bfb28a6b5a1497898@53f4bbd4</span>
  94 ./md5sum.txt
  95 ~/tutorial/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv-get d6338df28d6b8e5d14929833b417e20e+107+Adf1ce81222b6992ce5d33d8bfb28a6b5a1497898@53f4bbd4/ .</span>
  96 ~/tutorial/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat md5sum.txt</span>
  97 44b8ae3fde7a8a88d2f7ebd237625b4f c1bad4b39ca5a924e481008009d94e32+210/./var-GS000016015-ASM.tsv.bz2
  98 </code></pre>
  99 </notextile>
 100
 101 Running locally is convenient for development and debugging, as it permits a fast iterative development cycle.  Your job run is also recorded by Arvados, and will show up in the "Recent jobs and pipelines" panel on the "Workbench dashboard":https://{{site.arvados_workbench_host}}.  This provides limited provenance, by recording the input parameters, the execution log, and the output.  However, running locally does not allow you to scale out to multiple nodes, and does not store the complete system snapshot required to achieve reproducibilty; to that you need to "submit a job to the Arvados cluster":/user/tutorials/tutorial-submit-job.html