sdk/python/bin/arv-normalize

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import argparse
   4 import hashlib
   5 import os
   6 import re
   7 import string
   8 import sys
   9 import logging
  10
  11 logger = logging.getLogger(os.path.basename(sys.argv[0]))
  12
  13 parser = argparse.ArgumentParser(
  14     description='Read manifest on standard input and put normalized manifest on standard output.')
  15
  16 parser.add_argument('--extract', type=str, help="The file to extract from the input manifest")
  17
  18 args = parser.parse_args()
  19
  20 import arvados
  21
  22 r = sys.stdin.read()
  23
  24 cr = arvados.CollectionReader(r)
  25
  26 if args.extract:
  27     i = args.extract.rfind('/')
  28     if i == -1:
  29         stream = '.'
  30         fn = args.extract
  31     else:
  32         stream = args.extract[:i]
  33         fn = args.extract[(i+1):]
  34     for s in cr.all_streams():
  35         if s.name() == stream:
  36             if fn in s.files():
  37                 sys.stdout.write(s.files()[fn].as_manifest())
  38 else:
  39     sys.stdout.write(cr.manifest_text())