services/api/lib/salvage_collection.rb

   1 module SalvageCollection
   2   # Take two input parameters: a collection uuid and reason
   3   # Get "src_collection" with the given uuid
   4   # Create a new collection with:
   5   #   src_collection.manifest_text as "invalid_manifest_text.txt"
   6   #   Locators from src_collection.manifest_text as "salvaged_data"
   7   # Update src_collection:
   8   #   Set src_collection.manifest_text to: ""
   9   #   Append to src_collection.name: " (reason; salvaged data at new_collection.uuid)"
  10   #   Set portable_data_hash to "d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e+0"
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  12   require File.dirname(__FILE__) + '/../config/environment'
  13   include ApplicationHelper
  14   require 'tempfile'
  15   require 'shellwords'
  16
  17   def salvage_collection_arv_put cmd
  18     new_manifest = %x(#{cmd})
  19     if $?.success?
  20       new_manifest
  21     else
  22       raise "Error during arv-put: #{$?} (cmd was #{cmd.inspect})"
  23     end
  24   end
  25
  26   # Get all the locators (and perhaps other strings that look a lot
  27   # like a locators) from the original manifest, even if they don't
  28   # appear in the correct positions with the correct space delimiters.
  29   def salvage_collection_locator_data manifest
  30     locators = []
  31     size = 0
  32     manifest.scan /(^|[^[:xdigit:]])([[:xdigit:]]{32})((\+\d+)(\+|\b))?/ do |_, hash, _, sizehint, _|
  33       if sizehint
  34         locators << hash.downcase + sizehint
  35         size += sizehint.to_i
  36       else
  37         locators << hash.downcase
  38       end
  39     end
  40     locators << 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e+0' if !locators.any?
  41     return [locators, size]
  42   end
  43
  44   def salvage_collection uuid, reason='salvaged - see #6277, #6859'
  45     act_as_system_user do
  46       if !ENV['ARVADOS_API_TOKEN'].present? or !ENV['ARVADOS_API_HOST'].present?
  47         raise "ARVADOS environment variables missing. Please set your admin user credentials as ARVADOS environment variables."
  48       end
  49
  50       if !uuid.present?
  51         raise "Collection UUID is required."
  52       end
  53
  54       src_collection = Collection.find_by_uuid uuid
  55       if !src_collection
  56         raise "No collection found for #{uuid}."
  57       end
  58
  59       src_manifest = src_collection.manifest_text || ''
  60
  61       # create new collection using 'arv-put' with original manifest_text as the data
  62       temp_file = Tempfile.new('temp')
  63       temp_file.write(src_manifest)
  64
  65       temp_file.close
  66
  67       new_manifest = salvage_collection_arv_put "arv-put --as-stream --use-filename invalid_manifest_text.txt #{Shellwords::shellescape(temp_file.path)}"
  68
  69       temp_file.unlink
  70
  71       # Get the locator data in the format [[locators], size] from the original manifest
  72       locator_data = salvage_collection_locator_data src_manifest
  73
  74       new_manifest += (". #{locator_data[0].join(' ')} 0:#{locator_data[1]}:salvaged_data\n")
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  76       new_collection = Collection.new
  77       new_collection.name = "salvaged from #{src_collection.uuid}, #{src_collection.portable_data_hash}"
  78       new_collection.manifest_text = new_manifest
  79
  80       created = new_collection.save!
  81       raise "New collection creation failed." if !created
  82
  83       $stderr.puts "Salvaged manifest and data for #{uuid} are in #{new_collection.uuid}."
  84       puts "Created new collection #{new_collection.uuid}"
  85
  86       # update src_collection collection name, pdh, and manifest_text
  87       src_collection.name = (src_collection.name || '') + ' (' + (reason || '') + '; salvaged data at ' + new_collection.uuid + ')'
  88       src_collection.manifest_text = ''
  89       src_collection.portable_data_hash = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e+0'
  90       src_collection.save!
  91       $stderr.puts "Collection #{uuid} emptied and renamed to #{src_collection.name.inspect}."
  92     end
  93   end
  94 end