19070: Still trying to fix test_with_arvbox
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4 title: Upgrading to Containers API
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8 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
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10 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
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13 The "containers" API is the recommended way to submit compute work to Arvados.  It supersedes the "jobs" API, which is end-of-life in Arvados 2.0.
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15 h2. Benefits over the "jobs" API
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17 * Simpler and more robust execution with fewer points of failure
18 * Automatic retry for containers that fail to run to completion due to infrastructure errors
19 * Scales to thousands of simultaneous containers
20 * Able to support alternate schedulers/dispatchers in addition to slurm
21 * Improved logging, different streams logs/metrics stored in different files in the log collection
22 * Records more upfront detail about the compute node, and additional metrics (such as available disk space over the course of the container run)
23 * Better behavior when deciding whether to reuse past work -- pick the oldest container that matches the criteria
24 * Can reuse running containers between workflows, cancelling a workflow will not cancel containers that are shared with other workflows
25 * Supports setting time-to-live on intermediate output collections for automatic cleanup
26 * Supports "secret" inputs, suitable for passwords or access tokens, which are hidden from the API responses and logs, and forgotten after use
27 * Does not require "git" for dispatching work
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29 h2. Differences from the "jobs" API
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31 Containers cannot reuse jobs (but can reuse other containers)
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33 Uses the service "crunch-dispatch-slurm":{{site.baseurl}}/install/crunch2-slurm/install-dispatch.html instead of @crunch-dispatch.rb@
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35 Non-CWL Arvados "pipeline templates" are not supported with containers.  Pipeline templates should be rewritten in CWL and registered as "Workflows".
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37 The containers APIs is incompatible with the jobs API, code which integrates with the "jobs" API must be updated to work with containers
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39 Containers have network access disabled by default
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41 The keep mount only exposes collections which are explicitly listed as inputs
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43 h2. Migrating to "containers" API
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45 Run your workflows using @arvados-cwl-runner --api=containers@ (only necessary if both the jobs and containers APIs are enabled, if the jobs API is disabled, it will use the containers API automatically)
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47 Register your workflows so they can be run from workbench using @arvados-cwl-runner --api=containers --create-workflow@
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49 Read "Migrating running CWL on jobs API to containers API":{{site.baseurl}}/user/cwl/cwl-style.html#migrate
50
51 Use @arv:APIRequirement: {}@ in the @requirements@ section of your CWL file to enable network access for the container (see "Arvados CWL Extensions":{{site.baseurl}}/user/cwl/cwl-extensions.html)
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53 For examples on how to manage container requests with the Python SDK, see "Python cookbook":{{site.baseurl}}/sdk/python/cookbook.html