services/crunch-run/crunchrun.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "bytes"
   5         "context"
   6         "encoding/json"
   7         "errors"
   8         "flag"
   9         "fmt"
  10         "io"
  11         "io/ioutil"
  12         "log"
  13         "os"
  14         "os/exec"
  15         "os/signal"
  16         "path"
  17         "path/filepath"
  18         "sort"
  19         "strings"
  20         "sync"
  21         "syscall"
  22         "time"
  23
  24         "git.curoverse.com/arvados.git/lib/crunchstat"
  25         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvados"
  26         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvadosclient"
  27         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/keepclient"
  28         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/manifest"
  29
  30         dockertypes "github.com/docker/docker/api/types"
  31         dockercontainer "github.com/docker/docker/api/types/container"
  32         dockernetwork "github.com/docker/docker/api/types/network"
  33         dockerclient "github.com/docker/docker/client"
  34 )
  35
  36 // IArvadosClient is the minimal Arvados API methods used by crunch-run.
  37 type IArvadosClient interface {
  38         Create(resourceType string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  39         Get(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  40         Update(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  41         Call(method, resourceType, uuid, action string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  42         CallRaw(method string, resourceType string, uuid string, action string, parameters arvadosclient.Dict) (reader io.ReadCloser, err error)
  43         Discovery(key string) (interface{}, error)
  44 }
  45
  46 // ErrCancelled is the error returned when the container is cancelled.
  47 var ErrCancelled = errors.New("Cancelled")
  48
  49 // IKeepClient is the minimal Keep API methods used by crunch-run.
  50 type IKeepClient interface {
  51         PutHB(hash string, buf []byte) (string, int, error)
  52         ManifestFileReader(m manifest.Manifest, filename string) (keepclient.Reader, error)
  53 }
  54
  55 // NewLogWriter is a factory function to create a new log writer.
  56 type NewLogWriter func(name string) io.WriteCloser
  57
  58 type RunArvMount func(args []string, tok string) (*exec.Cmd, error)
  59
  60 type MkTempDir func(string, string) (string, error)
  61
  62 // ThinDockerClient is the minimal Docker client interface used by crunch-run.
  63 type ThinDockerClient interface {
  64         ContainerAttach(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerAttachOptions) (dockertypes.HijackedResponse, error)
  65         ContainerCreate(ctx context.Context, config *dockercontainer.Config, hostConfig *dockercontainer.HostConfig,
  66                 networkingConfig *dockernetwork.NetworkingConfig, containerName string) (dockercontainer.ContainerCreateCreatedBody, error)
  67         ContainerStart(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerStartOptions) error
  68         ContainerStop(ctx context.Context, container string, timeout *time.Duration) error
  69         ContainerWait(ctx context.Context, container string) (int64, error)
  70         ImageInspectWithRaw(ctx context.Context, image string) (dockertypes.ImageInspect, []byte, error)
  71         ImageLoad(ctx context.Context, input io.Reader, quiet bool) (dockertypes.ImageLoadResponse, error)
  72         ImageRemove(ctx context.Context, image string, options dockertypes.ImageRemoveOptions) ([]dockertypes.ImageDeleteResponseItem, error)
  73 }
  74
  75 // ThinDockerClientProxy is a proxy implementation of ThinDockerClient
  76 // that executes the docker requests on dockerclient.Client
  77 type ThinDockerClientProxy struct {
  78         Docker *dockerclient.Client
  79 }
  80
  81 // ContainerAttach invokes dockerclient.Client.ContainerAttach
  82 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerAttach(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerAttachOptions) (dockertypes.HijackedResponse, error) {
  83         return proxy.Docker.ContainerAttach(ctx, container, options)
  84 }
  85
  86 // ContainerCreate invokes dockerclient.Client.ContainerCreate
  87 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerCreate(ctx context.Context, config *dockercontainer.Config, hostConfig *dockercontainer.HostConfig,
  88         networkingConfig *dockernetwork.NetworkingConfig, containerName string) (dockercontainer.ContainerCreateCreatedBody, error) {
  89         return proxy.Docker.ContainerCreate(ctx, config, hostConfig, networkingConfig, containerName)
  90 }
  91
  92 // ContainerStart invokes dockerclient.Client.ContainerStart
  93 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerStart(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerStartOptions) error {
  94         return proxy.Docker.ContainerStart(ctx, container, options)
  95 }
  96
  97 // ContainerStop invokes dockerclient.Client.ContainerStop
  98 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerStop(ctx context.Context, container string, timeout *time.Duration) error {
  99         return proxy.Docker.ContainerStop(ctx, container, timeout)
 100 }
 101
 102 // ContainerWait invokes dockerclient.Client.ContainerWait
 103 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerWait(ctx context.Context, container string) (int64, error) {
 104         return proxy.Docker.ContainerWait(ctx, container)
 105 }
 106
 107 // ImageInspectWithRaw invokes dockerclient.Client.ImageInspectWithRaw
 108 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageInspectWithRaw(ctx context.Context, image string) (dockertypes.ImageInspect, []byte, error) {
 109         return proxy.Docker.ImageInspectWithRaw(ctx, image)
 110 }
 111
 112 // ImageLoad invokes dockerclient.Client.ImageLoad
 113 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageLoad(ctx context.Context, input io.Reader, quiet bool) (dockertypes.ImageLoadResponse, error) {
 114         return proxy.Docker.ImageLoad(ctx, input, quiet)
 115 }
 116
 117 // ImageRemove invokes dockerclient.Client.ImageRemove
 118 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageRemove(ctx context.Context, image string, options dockertypes.ImageRemoveOptions) ([]dockertypes.ImageDeleteResponseItem, error) {
 119         return proxy.Docker.ImageRemove(ctx, image, options)
 120 }
 121
 122 // ContainerRunner is the main stateful struct used for a single execution of a
 123 // container.
 124 type ContainerRunner struct {
 125         Docker    ThinDockerClient
 126         ArvClient IArvadosClient
 127         Kc        IKeepClient
 128         arvados.Container
 129         ContainerConfig dockercontainer.Config
 130         dockercontainer.HostConfig
 131         token       string
 132         ContainerID string
 133         ExitCode    *int
 134         NewLogWriter
 135         loggingDone   chan bool
 136         CrunchLog     *ThrottledLogger
 137         Stdout        io.WriteCloser
 138         Stderr        io.WriteCloser
 139         LogCollection *CollectionWriter
 140         LogsPDH       *string
 141         RunArvMount
 142         MkTempDir
 143         ArvMount       *exec.Cmd
 144         ArvMountPoint  string
 145         HostOutputDir  string
 146         CleanupTempDir []string
 147         Binds          []string
 148         OutputPDH      *string
 149         SigChan        chan os.Signal
 150         ArvMountExit   chan error
 151         finalState     string
 152
 153         statLogger   io.WriteCloser
 154         statReporter *crunchstat.Reporter
 155         statInterval time.Duration
 156         cgroupRoot   string
 157         // What we expect the container's cgroup parent to be.
 158         expectCgroupParent string
 159         // What we tell docker to use as the container's cgroup
 160         // parent. Note: Ideally we would use the same field for both
 161         // expectCgroupParent and setCgroupParent, and just make it
 162         // default to "docker". However, when using docker < 1.10 with
 163         // systemd, specifying a non-empty cgroup parent (even the
 164         // default value "docker") hits a docker bug
 165         // (https://github.com/docker/docker/issues/17126). Using two
 166         // separate fields makes it possible to use the "expect cgroup
 167         // parent to be X" feature even on sites where the "specify
 168         // cgroup parent" feature breaks.
 169         setCgroupParent string
 170
 171         cStateLock sync.Mutex
 172         cStarted   bool // StartContainer() succeeded
 173         cCancelled bool // StopContainer() invoked
 174
 175         enableNetwork string // one of "default" or "always"
 176         networkMode   string // passed through to HostConfig.NetworkMode
 177 }
 178
 179 // SetupSignals sets up signal handling to gracefully terminate the underlying
 180 // Docker container and update state when receiving a TERM, INT or QUIT signal.
 181 func (runner *ContainerRunner) SetupSignals() {
 182         runner.SigChan = make(chan os.Signal, 1)
 183         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGTERM)
 184         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGINT)
 185         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGQUIT)
 186
 187         go func(sig chan os.Signal) {
 188                 <-sig
 189                 runner.stop()
 190                 signal.Stop(sig)
 191         }(runner.SigChan)
 192 }
 193
 194 // stop the underlying Docker container.
 195 func (runner *ContainerRunner) stop() {
 196         runner.cStateLock.Lock()
 197         defer runner.cStateLock.Unlock()
 198         if runner.cCancelled {
 199                 return
 200         }
 201         runner.cCancelled = true
 202         if runner.cStarted {
 203                 timeout := time.Duration(10)
 204                 err := runner.Docker.ContainerStop(context.TODO(), runner.ContainerID, &(timeout))
 205                 if err != nil {
 206                         log.Printf("StopContainer failed: %s", err)
 207                 }
 208         }
 209 }
 210
 211 // LoadImage determines the docker image id from the container record and
 212 // checks if it is available in the local Docker image store.  If not, it loads
 213 // the image from Keep.
 214 func (runner *ContainerRunner) LoadImage() (err error) {
 215
 216         runner.CrunchLog.Printf("Fetching Docker image from collection '%s'", runner.Container.ContainerImage)
 217
 218         var collection arvados.Collection
 219         err = runner.ArvClient.Get("collections", runner.Container.ContainerImage, nil, &collection)
 220         if err != nil {
 221                 return fmt.Errorf("While getting container image collection: %v", err)
 222         }
 223         manifest := manifest.Manifest{Text: collection.ManifestText}
 224         var img, imageID string
 225         for ms := range manifest.StreamIter() {
 226                 img = ms.FileStreamSegments[0].Name
 227                 if !strings.HasSuffix(img, ".tar") {
 228                         return fmt.Errorf("First file in the container image collection does not end in .tar")
 229                 }
 230                 imageID = img[:len(img)-4]
 231         }
 232
 233         runner.CrunchLog.Printf("Using Docker image id '%s'", imageID)
 234
 235         _, _, err = runner.Docker.ImageInspectWithRaw(context.TODO(), imageID)
 236         if err != nil {
 237                 runner.CrunchLog.Print("Loading Docker image from keep")
 238
 239                 var readCloser io.ReadCloser
 240                 readCloser, err = runner.Kc.ManifestFileReader(manifest, img)
 241                 if err != nil {
 242                         return fmt.Errorf("While creating ManifestFileReader for container image: %v", err)
 243                 }
 244
 245                 response, err := runner.Docker.ImageLoad(context.TODO(), readCloser, false)
 246                 if err != nil {
 247                         return fmt.Errorf("While loading container image into Docker: %v", err)
 248                 }
 249                 response.Body.Close()
 250         } else {
 251                 runner.CrunchLog.Print("Docker image is available")
 252         }
 253
 254         runner.ContainerConfig.Image = imageID
 255
 256         return nil
 257 }
 258
 259 func (runner *ContainerRunner) ArvMountCmd(arvMountCmd []string, token string) (c *exec.Cmd, err error) {
 260         c = exec.Command("arv-mount", arvMountCmd...)
 261
 262         // Copy our environment, but override ARVADOS_API_TOKEN with
 263         // the container auth token.
 264         c.Env = nil
 265         for _, s := range os.Environ() {
 266                 if !strings.HasPrefix(s, "ARVADOS_API_TOKEN=") {
 267                         c.Env = append(c.Env, s)
 268                 }
 269         }
 270         c.Env = append(c.Env, "ARVADOS_API_TOKEN="+token)
 271
 272         nt := NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("arv-mount"))
 273         c.Stdout = nt
 274         c.Stderr = nt
 275
 276         err = c.Start()
 277         if err != nil {
 278                 return nil, err
 279         }
 280
 281         statReadme := make(chan bool)
 282         runner.ArvMountExit = make(chan error)
 283
 284         keepStatting := true
 285         go func() {
 286                 for keepStatting {
 287                         time.Sleep(100 * time.Millisecond)
 288                         _, err = os.Stat(fmt.Sprintf("%s/by_id/README", runner.ArvMountPoint))
 289                         if err == nil {
 290                                 keepStatting = false
 291                                 statReadme <- true
 292                         }
 293                 }
 294                 close(statReadme)
 295         }()
 296
 297         go func() {
 298                 runner.ArvMountExit <- c.Wait()
 299                 close(runner.ArvMountExit)
 300         }()
 301
 302         select {
 303         case <-statReadme:
 304                 break
 305         case err := <-runner.ArvMountExit:
 306                 runner.ArvMount = nil
 307                 keepStatting = false
 308                 return nil, err
 309         }
 310
 311         return c, nil
 312 }
 313
 314 func (runner *ContainerRunner) SetupArvMountPoint(prefix string) (err error) {
 315         if runner.ArvMountPoint == "" {
 316                 runner.ArvMountPoint, err = runner.MkTempDir("", prefix)
 317         }
 318         return
 319 }
 320
 321 func (runner *ContainerRunner) SetupMounts() (err error) {
 322         err = runner.SetupArvMountPoint("keep")
 323         if err != nil {
 324                 return fmt.Errorf("While creating keep mount temp dir: %v", err)
 325         }
 326
 327         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, runner.ArvMountPoint)
 328
 329         pdhOnly := true
 330         tmpcount := 0
 331         arvMountCmd := []string{"--foreground", "--allow-other", "--read-write"}
 332
 333         if runner.Container.RuntimeConstraints.KeepCacheRAM > 0 {
 334                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--file-cache", fmt.Sprintf("%d", runner.Container.RuntimeConstraints.KeepCacheRAM))
 335         }
 336
 337         collectionPaths := []string{}
 338         runner.Binds = nil
 339         needCertMount := true
 340
 341         var binds []string
 342         for bind, _ := range runner.Container.Mounts {
 343                 binds = append(binds, bind)
 344         }
 345         sort.Strings(binds)
 346
 347         for _, bind := range binds {
 348                 mnt := runner.Container.Mounts[bind]
 349                 if bind == "stdout" || bind == "stderr" {
 350                         // Is it a "file" mount kind?
 351                         if mnt.Kind != "file" {
 352                                 return fmt.Errorf("Unsupported mount kind '%s' for %s. Only 'file' is supported.", mnt.Kind, bind)
 353                         }
 354
 355                         // Does path start with OutputPath?
 356                         prefix := runner.Container.OutputPath
 357                         if !strings.HasSuffix(prefix, "/") {
 358                                 prefix += "/"
 359                         }
 360                         if !strings.HasPrefix(mnt.Path, prefix) {
 361                                 return fmt.Errorf("%s path does not start with OutputPath: %s, %s", strings.Title(bind), mnt.Path, prefix)
 362                         }
 363                 }
 364
 365                 if bind == "stdin" {
 366                         // Is it a "collection" mount kind?
 367                         if mnt.Kind != "collection" && mnt.Kind != "json" {
 368                                 return fmt.Errorf("Unsupported mount kind '%s' for stdin. Only 'collection' or 'json' are supported.", mnt.Kind)
 369                         }
 370                 }
 371
 372                 if bind == "/etc/arvados/ca-certificates.crt" {
 373                         needCertMount = false
 374                 }
 375
 376                 if strings.HasPrefix(bind, runner.Container.OutputPath+"/") && bind != runner.Container.OutputPath+"/" {
 377                         if mnt.Kind != "collection" {
 378                                 return fmt.Errorf("Only mount points of kind 'collection' are supported underneath the output_path: %v", bind)
 379                         }
 380                 }
 381
 382                 switch {
 383                 case mnt.Kind == "collection" && bind != "stdin":
 384                         var src string
 385                         if mnt.UUID != "" && mnt.PortableDataHash != "" {
 386                                 return fmt.Errorf("Cannot specify both 'uuid' and 'portable_data_hash' for a collection mount")
 387                         }
 388                         if mnt.UUID != "" {
 389                                 if mnt.Writable {
 390                                         return fmt.Errorf("Writing to existing collections currently not permitted.")
 391                                 }
 392                                 pdhOnly = false
 393                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.UUID)
 394                         } else if mnt.PortableDataHash != "" {
 395                                 if mnt.Writable {
 396                                         return fmt.Errorf("Can never write to a collection specified by portable data hash")
 397                                 }
 398                                 idx := strings.Index(mnt.PortableDataHash, "/")
 399                                 if idx > 0 {
 400                                         mnt.Path = path.Clean(mnt.PortableDataHash[idx:])
 401                                         mnt.PortableDataHash = mnt.PortableDataHash[0:idx]
 402                                         runner.Container.Mounts[bind] = mnt
 403                                 }
 404                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.PortableDataHash)
 405                                 if mnt.Path != "" && mnt.Path != "." {
 406                                         if strings.HasPrefix(mnt.Path, "./") {
 407                                                 mnt.Path = mnt.Path[2:]
 408                                         } else if strings.HasPrefix(mnt.Path, "/") {
 409                                                 mnt.Path = mnt.Path[1:]
 410                                         }
 411                                         src += "/" + mnt.Path
 412                                 }
 413                         } else {
 414                                 src = fmt.Sprintf("%s/tmp%d", runner.ArvMountPoint, tmpcount)
 415                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-tmp")
 416                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, fmt.Sprintf("tmp%d", tmpcount))
 417                                 tmpcount += 1
 418                         }
 419                         if mnt.Writable {
 420                                 if bind == runner.Container.OutputPath {
 421                                         runner.HostOutputDir = src
 422                                 } else if strings.HasPrefix(bind, runner.Container.OutputPath+"/") {
 423                                         return fmt.Errorf("Writable mount points are not permitted underneath the output_path: %v", bind)
 424                                 }
 425                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", src, bind))
 426                         } else {
 427                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s:ro", src, bind))
 428                         }
 429                         collectionPaths = append(collectionPaths, src)
 430
 431                 case mnt.Kind == "tmp" && bind == runner.Container.OutputPath:
 432                         runner.HostOutputDir, err = runner.MkTempDir("", "")
 433                         if err != nil {
 434                                 return fmt.Errorf("While creating mount temp dir: %v", err)
 435                         }
 436                         st, staterr := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 437                         if staterr != nil {
 438                                 return fmt.Errorf("While Stat on temp dir: %v", staterr)
 439                         }
 440                         err = os.Chmod(runner.HostOutputDir, st.Mode()|os.ModeSetgid|0777)
 441                         if staterr != nil {
 442                                 return fmt.Errorf("While Chmod temp dir: %v", err)
 443                         }
 444                         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, runner.HostOutputDir)
 445                         runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", runner.HostOutputDir, bind))
 446
 447                 case mnt.Kind == "tmp":
 448                         runner.Binds = append(runner.Binds, bind)
 449
 450                 case mnt.Kind == "json":
 451                         jsondata, err := json.Marshal(mnt.Content)
 452                         if err != nil {
 453                                 return fmt.Errorf("encoding json data: %v", err)
 454                         }
 455                         // Create a tempdir with a single file
 456                         // (instead of just a tempfile): this way we
 457                         // can ensure the file is world-readable
 458                         // inside the container, without having to
 459                         // make it world-readable on the docker host.
 460                         tmpdir, err := runner.MkTempDir("", "")
 461                         if err != nil {
 462                                 return fmt.Errorf("creating temp dir: %v", err)
 463                         }
 464                         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, tmpdir)
 465                         tmpfn := filepath.Join(tmpdir, "mountdata.json")
 466                         err = ioutil.WriteFile(tmpfn, jsondata, 0644)
 467                         if err != nil {
 468                                 return fmt.Errorf("writing temp file: %v", err)
 469                         }
 470                         runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s:ro", tmpfn, bind))
 471                 }
 472         }
 473
 474         if runner.HostOutputDir == "" {
 475                 return fmt.Errorf("Output path does not correspond to a writable mount point")
 476         }
 477
 478         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; needCertMount && wantAPI != nil && *wantAPI {
 479                 for _, certfile := range arvadosclient.CertFiles {
 480                         _, err := os.Stat(certfile)
 481                         if err == nil {
 482                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:/etc/arvados/ca-certificates.crt:ro", certfile))
 483                                 break
 484                         }
 485                 }
 486         }
 487
 488         if pdhOnly {
 489                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-pdh", "by_id")
 490         } else {
 491                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-id", "by_id")
 492         }
 493         arvMountCmd = append(arvMountCmd, runner.ArvMountPoint)
 494
 495         token, err := runner.ContainerToken()
 496         if err != nil {
 497                 return fmt.Errorf("could not get container token: %s", err)
 498         }
 499
 500         runner.ArvMount, err = runner.RunArvMount(arvMountCmd, token)
 501         if err != nil {
 502                 return fmt.Errorf("While trying to start arv-mount: %v", err)
 503         }
 504
 505         for _, p := range collectionPaths {
 506                 _, err = os.Stat(p)
 507                 if err != nil {
 508                         return fmt.Errorf("While checking that input files exist: %v", err)
 509                 }
 510         }
 511
 512         return nil
 513 }
 514
 515 func (runner *ContainerRunner) ProcessDockerAttach(containerReader io.Reader) {
 516         // Handle docker log protocol
 517         // https://docs.docker.com/engine/reference/api/docker_remote_api_v1.15/#attach-to-a-container
 518
 519         header := make([]byte, 8)
 520         for {
 521                 _, readerr := io.ReadAtLeast(containerReader, header, 8)
 522
 523                 if readerr == nil {
 524                         readsize := int64(header[7]) | (int64(header[6]) << 8) | (int64(header[5]) << 16) | (int64(header[4]) << 24)
 525                         if header[0] == 1 {
 526                                 // stdout
 527                                 _, readerr = io.CopyN(runner.Stdout, containerReader, readsize)
 528                         } else {
 529                                 // stderr
 530                                 _, readerr = io.CopyN(runner.Stderr, containerReader, readsize)
 531                         }
 532                 }
 533
 534                 if readerr != nil {
 535                         if readerr != io.EOF {
 536                                 runner.CrunchLog.Printf("While reading docker logs: %v", readerr)
 537                         }
 538
 539                         closeerr := runner.Stdout.Close()
 540                         if closeerr != nil {
 541                                 runner.CrunchLog.Printf("While closing stdout logs: %v", closeerr)
 542                         }
 543
 544                         closeerr = runner.Stderr.Close()
 545                         if closeerr != nil {
 546                                 runner.CrunchLog.Printf("While closing stderr logs: %v", closeerr)
 547                         }
 548
 549                         if runner.statReporter != nil {
 550                                 runner.statReporter.Stop()
 551                                 closeerr = runner.statLogger.Close()
 552                                 if closeerr != nil {
 553                                         runner.CrunchLog.Printf("While closing crunchstat logs: %v", closeerr)
 554                                 }
 555                         }
 556
 557                         runner.loggingDone <- true
 558                         close(runner.loggingDone)
 559                         return
 560                 }
 561         }
 562 }
 563
 564 func (runner *ContainerRunner) StartCrunchstat() {
 565         runner.statLogger = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("crunchstat"))
 566         runner.statReporter = &crunchstat.Reporter{
 567                 CID:          runner.ContainerID,
 568                 Logger:       log.New(runner.statLogger, "", 0),
 569                 CgroupParent: runner.expectCgroupParent,
 570                 CgroupRoot:   runner.cgroupRoot,
 571                 PollPeriod:   runner.statInterval,
 572         }
 573         runner.statReporter.Start()
 574 }
 575
 576 type infoCommand struct {
 577         label string
 578         cmd   []string
 579 }
 580
 581 // Gather node information and store it on the log for debugging
 582 // purposes.
 583 func (runner *ContainerRunner) LogNodeInfo() (err error) {
 584         w := runner.NewLogWriter("node-info")
 585         logger := log.New(w, "node-info", 0)
 586
 587         commands := []infoCommand{
 588                 infoCommand{
 589                         label: "Host Information",
 590                         cmd:   []string{"uname", "-a"},
 591                 },
 592                 infoCommand{
 593                         label: "CPU Information",
 594                         cmd:   []string{"cat", "/proc/cpuinfo"},
 595                 },
 596                 infoCommand{
 597                         label: "Memory Information",
 598                         cmd:   []string{"cat", "/proc/meminfo"},
 599                 },
 600                 infoCommand{
 601                         label: "Disk Space",
 602                         cmd:   []string{"df", "-m", "/", os.TempDir()},
 603                 },
 604                 infoCommand{
 605                         label: "Disk INodes",
 606                         cmd:   []string{"df", "-i", "/", os.TempDir()},
 607                 },
 608         }
 609
 610         // Run commands with informational output to be logged.
 611         var out []byte
 612         for _, command := range commands {
 613                 out, err = exec.Command(command.cmd[0], command.cmd[1:]...).CombinedOutput()
 614                 if err != nil {
 615                         return fmt.Errorf("While running command %q: %v",
 616                                 command.cmd, err)
 617                 }
 618                 logger.Println(command.label)
 619                 for _, line := range strings.Split(string(out), "\n") {
 620                         logger.Println(" ", line)
 621                 }
 622         }
 623
 624         err = w.Close()
 625         if err != nil {
 626                 return fmt.Errorf("While closing node-info logs: %v", err)
 627         }
 628         return nil
 629 }
 630
 631 // Get and save the raw JSON container record from the API server
 632 func (runner *ContainerRunner) LogContainerRecord() (err error) {
 633         w := &ArvLogWriter{
 634                 ArvClient:     runner.ArvClient,
 635                 UUID:          runner.Container.UUID,
 636                 loggingStream: "container",
 637                 writeCloser:   runner.LogCollection.Open("container.json"),
 638         }
 639         // Get Container record JSON from the API Server
 640         reader, err := runner.ArvClient.CallRaw("GET", "containers", runner.Container.UUID, "", nil)
 641         if err != nil {
 642                 return fmt.Errorf("While retrieving container record from the API server: %v", err)
 643         }
 644         defer reader.Close()
 645         // Read the API server response as []byte
 646         json_bytes, err := ioutil.ReadAll(reader)
 647         if err != nil {
 648                 return fmt.Errorf("While reading container record API server response: %v", err)
 649         }
 650         // Decode the JSON []byte
 651         var cr map[string]interface{}
 652         if err = json.Unmarshal(json_bytes, &cr); err != nil {
 653                 return fmt.Errorf("While decoding the container record JSON response: %v", err)
 654         }
 655         // Re-encode it using indentation to improve readability
 656         enc := json.NewEncoder(w)
 657         enc.SetIndent("", "    ")
 658         if err = enc.Encode(cr); err != nil {
 659                 return fmt.Errorf("While logging the JSON container record: %v", err)
 660         }
 661         err = w.Close()
 662         if err != nil {
 663                 return fmt.Errorf("While closing container.json log: %v", err)
 664         }
 665         return nil
 666 }
 667
 668 // AttachStreams connects the docker container stdin, stdout and stderr logs
 669 // to the Arvados logger which logs to Keep and the API server logs table.
 670 func (runner *ContainerRunner) AttachStreams() (err error) {
 671
 672         runner.CrunchLog.Print("Attaching container streams")
 673
 674         // If stdin mount is provided, attach it to the docker container
 675         var stdinRdr keepclient.Reader
 676         var stdinJson []byte
 677         if stdinMnt, ok := runner.Container.Mounts["stdin"]; ok {
 678                 if stdinMnt.Kind == "collection" {
 679                         var stdinColl arvados.Collection
 680                         collId := stdinMnt.UUID
 681                         if collId == "" {
 682                                 collId = stdinMnt.PortableDataHash
 683                         }
 684                         err = runner.ArvClient.Get("collections", collId, nil, &stdinColl)
 685                         if err != nil {
 686                                 return fmt.Errorf("While getting stding collection: %v", err)
 687                         }
 688
 689                         stdinRdr, err = runner.Kc.ManifestFileReader(manifest.Manifest{Text: stdinColl.ManifestText}, stdinMnt.Path)
 690                         if os.IsNotExist(err) {
 691                                 return fmt.Errorf("stdin collection path not found: %v", stdinMnt.Path)
 692                         } else if err != nil {
 693                                 return fmt.Errorf("While getting stdin collection path %v: %v", stdinMnt.Path, err)
 694                         }
 695                 } else if stdinMnt.Kind == "json" {
 696                         stdinJson, err = json.Marshal(stdinMnt.Content)
 697                         if err != nil {
 698                                 return fmt.Errorf("While encoding stdin json data: %v", err)
 699                         }
 700                 }
 701         }
 702
 703         stdinUsed := stdinRdr != nil || len(stdinJson) != 0
 704         response, err := runner.Docker.ContainerAttach(context.TODO(), runner.ContainerID,
 705                 dockertypes.ContainerAttachOptions{Stream: true, Stdin: stdinUsed, Stdout: true, Stderr: true})
 706         if err != nil {
 707                 return fmt.Errorf("While attaching container stdout/stderr streams: %v", err)
 708         }
 709
 710         runner.loggingDone = make(chan bool)
 711
 712         if stdoutMnt, ok := runner.Container.Mounts["stdout"]; ok {
 713                 stdoutFile, err := runner.getStdoutFile(stdoutMnt.Path)
 714                 if err != nil {
 715                         return err
 716                 }
 717                 runner.Stdout = stdoutFile
 718         } else {
 719                 runner.Stdout = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stdout"))
 720         }
 721
 722         if stderrMnt, ok := runner.Container.Mounts["stderr"]; ok {
 723                 stderrFile, err := runner.getStdoutFile(stderrMnt.Path)
 724                 if err != nil {
 725                         return err
 726                 }
 727                 runner.Stderr = stderrFile
 728         } else {
 729                 runner.Stderr = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stderr"))
 730         }
 731
 732         if stdinRdr != nil {
 733                 go func() {
 734                         _, err := io.Copy(response.Conn, stdinRdr)
 735                         if err != nil {
 736                                 runner.CrunchLog.Print("While writing stdin collection to docker container %q", err)
 737                                 runner.stop()
 738                         }
 739                         stdinRdr.Close()
 740                         response.CloseWrite()
 741                 }()
 742         } else if len(stdinJson) != 0 {
 743                 go func() {
 744                         _, err := io.Copy(response.Conn, bytes.NewReader(stdinJson))
 745                         if err != nil {
 746                                 runner.CrunchLog.Print("While writing stdin json to docker container %q", err)
 747                                 runner.stop()
 748                         }
 749                         response.CloseWrite()
 750                 }()
 751         }
 752
 753         go runner.ProcessDockerAttach(response.Reader)
 754
 755         return nil
 756 }
 757
 758 func (runner *ContainerRunner) getStdoutFile(mntPath string) (*os.File, error) {
 759         stdoutPath := mntPath[len(runner.Container.OutputPath):]
 760         index := strings.LastIndex(stdoutPath, "/")
 761         if index > 0 {
 762                 subdirs := stdoutPath[:index]
 763                 if subdirs != "" {
 764                         st, err := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 765                         if err != nil {
 766                                 return nil, fmt.Errorf("While Stat on temp dir: %v", err)
 767                         }
 768                         stdoutPath := path.Join(runner.HostOutputDir, subdirs)
 769                         err = os.MkdirAll(stdoutPath, st.Mode()|os.ModeSetgid|0777)
 770                         if err != nil {
 771                                 return nil, fmt.Errorf("While MkdirAll %q: %v", stdoutPath, err)
 772                         }
 773                 }
 774         }
 775         stdoutFile, err := os.Create(path.Join(runner.HostOutputDir, stdoutPath))
 776         if err != nil {
 777                 return nil, fmt.Errorf("While creating file %q: %v", stdoutPath, err)
 778         }
 779
 780         return stdoutFile, nil
 781 }
 782
 783 // CreateContainer creates the docker container.
 784 func (runner *ContainerRunner) CreateContainer() error {
 785         runner.CrunchLog.Print("Creating Docker container")
 786
 787         runner.ContainerConfig.Cmd = runner.Container.Command
 788         if runner.Container.Cwd != "." {
 789                 runner.ContainerConfig.WorkingDir = runner.Container.Cwd
 790         }
 791
 792         for k, v := range runner.Container.Environment {
 793                 runner.ContainerConfig.Env = append(runner.ContainerConfig.Env, k+"="+v)
 794         }
 795
 796         runner.HostConfig = dockercontainer.HostConfig{
 797                 Binds:  runner.Binds,
 798                 Cgroup: dockercontainer.CgroupSpec(runner.setCgroupParent),
 799                 LogConfig: dockercontainer.LogConfig{
 800                         Type: "none",
 801                 },
 802         }
 803
 804         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; wantAPI != nil && *wantAPI {
 805                 tok, err := runner.ContainerToken()
 806                 if err != nil {
 807                         return err
 808                 }
 809                 runner.ContainerConfig.Env = append(runner.ContainerConfig.Env,
 810                         "ARVADOS_API_TOKEN="+tok,
 811                         "ARVADOS_API_HOST="+os.Getenv("ARVADOS_API_HOST"),
 812                         "ARVADOS_API_HOST_INSECURE="+os.Getenv("ARVADOS_API_HOST_INSECURE"),
 813                 )
 814                 runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode(runner.networkMode)
 815         } else {
 816                 if runner.enableNetwork == "always" {
 817                         runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode(runner.networkMode)
 818                 } else {
 819                         runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode("none")
 820                 }
 821         }
 822
 823         _, stdinUsed := runner.Container.Mounts["stdin"]
 824         runner.ContainerConfig.OpenStdin = stdinUsed
 825         runner.ContainerConfig.StdinOnce = stdinUsed
 826         runner.ContainerConfig.AttachStdin = stdinUsed
 827         runner.ContainerConfig.AttachStdout = true
 828         runner.ContainerConfig.AttachStderr = true
 829
 830         createdBody, err := runner.Docker.ContainerCreate(context.TODO(), &runner.ContainerConfig, &runner.HostConfig, nil, runner.Container.UUID)
 831         if err != nil {
 832                 return fmt.Errorf("While creating container: %v", err)
 833         }
 834
 835         runner.ContainerID = createdBody.ID
 836
 837         return runner.AttachStreams()
 838 }
 839
 840 // StartContainer starts the docker container created by CreateContainer.
 841 func (runner *ContainerRunner) StartContainer() error {
 842         runner.CrunchLog.Printf("Starting Docker container id '%s'", runner.ContainerID)
 843         runner.cStateLock.Lock()
 844         defer runner.cStateLock.Unlock()
 845         if runner.cCancelled {
 846                 return ErrCancelled
 847         }
 848         err := runner.Docker.ContainerStart(context.TODO(), runner.ContainerID,
 849                 dockertypes.ContainerStartOptions{})
 850         if err != nil {
 851                 return fmt.Errorf("could not start container: %v", err)
 852         }
 853         runner.cStarted = true
 854         return nil
 855 }
 856
 857 // WaitFinish waits for the container to terminate, capture the exit code, and
 858 // close the stdout/stderr logging.
 859 func (runner *ContainerRunner) WaitFinish() error {
 860         runner.CrunchLog.Print("Waiting for container to finish")
 861
 862         waitDocker, err := runner.Docker.ContainerWait(context.TODO(), runner.ContainerID)
 863         if err != nil {
 864                 return fmt.Errorf("container wait: %v", err)
 865         }
 866
 867         runner.CrunchLog.Printf("Container exited with code: %v", waitDocker)
 868         code := int(waitDocker)
 869         runner.ExitCode = &code
 870
 871         waitMount := runner.ArvMountExit
 872         select {
 873         case err := <-waitMount:
 874                 runner.CrunchLog.Printf("arv-mount exited before container finished: %v", err)
 875                 waitMount = nil
 876                 runner.stop()
 877         default:
 878         }
 879
 880         // wait for stdout/stderr to complete
 881         <-runner.loggingDone
 882
 883         return nil
 884 }
 885
 886 // HandleOutput sets the output, unmounts the FUSE mount, and deletes temporary directories
 887 func (runner *ContainerRunner) CaptureOutput() error {
 888         if runner.finalState != "Complete" {
 889                 return nil
 890         }
 891
 892         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; wantAPI != nil && *wantAPI {
 893                 // Output may have been set directly by the container, so
 894                 // refresh the container record to check.
 895                 err := runner.ArvClient.Get("containers", runner.Container.UUID,
 896                         nil, &runner.Container)
 897                 if err != nil {
 898                         return err
 899                 }
 900                 if runner.Container.Output != "" {
 901                         // Container output is already set.
 902                         runner.OutputPDH = &runner.Container.Output
 903                         return nil
 904                 }
 905         }
 906
 907         if runner.HostOutputDir == "" {
 908                 return nil
 909         }
 910
 911         _, err := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 912         if err != nil {
 913                 return fmt.Errorf("While checking host output path: %v", err)
 914         }
 915
 916         var manifestText string
 917
 918         collectionMetafile := fmt.Sprintf("%s/.arvados#collection", runner.HostOutputDir)
 919         _, err = os.Stat(collectionMetafile)
 920         if err != nil {
 921                 // Regular directory
 922                 cw := CollectionWriter{0, runner.Kc, nil, nil, sync.Mutex{}}
 923                 manifestText, err = cw.WriteTree(runner.HostOutputDir, runner.CrunchLog.Logger)
 924                 if err != nil {
 925                         return fmt.Errorf("While uploading output files: %v", err)
 926                 }
 927         } else {
 928                 // FUSE mount directory
 929                 file, openerr := os.Open(collectionMetafile)
 930                 if openerr != nil {
 931                         return fmt.Errorf("While opening FUSE metafile: %v", err)
 932                 }
 933                 defer file.Close()
 934
 935                 var rec arvados.Collection
 936                 err = json.NewDecoder(file).Decode(&rec)
 937                 if err != nil {
 938                         return fmt.Errorf("While reading FUSE metafile: %v", err)
 939                 }
 940                 manifestText = rec.ManifestText
 941         }
 942
 943         // Pre-populate output from the configured mount points
 944         var binds []string
 945         for bind, _ := range runner.Container.Mounts {
 946                 binds = append(binds, bind)
 947         }
 948         sort.Strings(binds)
 949
 950         for _, bind := range binds {
 951                 mnt := runner.Container.Mounts[bind]
 952
 953                 bindSuffix := strings.TrimPrefix(bind, runner.Container.OutputPath)
 954
 955                 if bindSuffix == bind || len(bindSuffix) <= 0 {
 956                         // either does not start with OutputPath or is OutputPath itself
 957                         continue
 958                 }
 959
 960                 if mnt.ExcludeFromOutput == true {
 961                         continue
 962                 }
 963
 964                 // append to manifest_text
 965                 m, err := runner.getCollectionManifestForPath(mnt, bindSuffix)
 966                 if err != nil {
 967                         return err
 968                 }
 969
 970                 manifestText = manifestText + m
 971         }
 972
 973         // Save output
 974         var response arvados.Collection
 975         manifest := manifest.Manifest{Text: manifestText}
 976         manifestText = manifest.Extract(".", ".").Text
 977         err = runner.ArvClient.Create("collections",
 978                 arvadosclient.Dict{
 979                         "ensure_unique_name": true,
 980                         "collection": arvadosclient.Dict{
 981                                 "is_trashed":    true,
 982                                 "name":          "output for " + runner.Container.UUID,
 983                                 "manifest_text": manifestText}},
 984                 &response)
 985         if err != nil {
 986                 return fmt.Errorf("While creating output collection: %v", err)
 987         }
 988         runner.OutputPDH = &response.PortableDataHash
 989         return nil
 990 }
 991
 992 var outputCollections = make(map[string]arvados.Collection)
 993
 994 // Fetch the collection for the mnt.PortableDataHash
 995 // Return the manifest_text fragment corresponding to the specified mnt.Path
 996 //  after making any required updates.
 997 //  Ex:
 998 //    If mnt.Path is not specified,
 999 //      return the entire manifest_text after replacing any "." with bindSuffix
1000 //    If mnt.Path corresponds to one stream,
1001 //      return the manifest_text for that stream after replacing that stream name with bindSuffix
1002 //    Otherwise, check if a filename in any one stream is being sought. Return the manifest_text
1003 //      for that stream after replacing stream name with bindSuffix minus the last word
1004 //      and the file name with last word of the bindSuffix
1005 //  Allowed path examples:
1006 //    "path":"/"
1007 //    "path":"/subdir1"
1008 //    "path":"/subdir1/subdir2"
1009 //    "path":"/subdir/filename" etc
1010 func (runner *ContainerRunner) getCollectionManifestForPath(mnt arvados.Mount, bindSuffix string) (string, error) {
1011         collection := outputCollections[mnt.PortableDataHash]
1012         if collection.PortableDataHash == "" {
1013                 err := runner.ArvClient.Get("collections", mnt.PortableDataHash, nil, &collection)
1014                 if err != nil {
1015                         return "", fmt.Errorf("While getting collection for %v: %v", mnt.PortableDataHash, err)
1016                 }
1017                 outputCollections[mnt.PortableDataHash] = collection
1018         }
1019
1020         if collection.ManifestText == "" {
1021                 runner.CrunchLog.Printf("No manifest text for collection %v", collection.PortableDataHash)
1022                 return "", nil
1023         }
1024
1025         mft := manifest.Manifest{Text: collection.ManifestText}
1026         extracted := mft.Extract(mnt.Path, bindSuffix)
1027         if extracted.Err != nil {
1028                 return "", fmt.Errorf("Error parsing manifest for %v: %v", mnt.PortableDataHash, extracted.Err.Error())
1029         }
1030         return extracted.Text, nil
1031 }
1032
1033 func (runner *ContainerRunner) CleanupDirs() {
1034         if runner.ArvMount != nil {
1035                 umount := exec.Command("fusermount", "-z", "-u", runner.ArvMountPoint)
1036                 umnterr := umount.Run()
1037                 if umnterr != nil {
1038                         runner.CrunchLog.Printf("While running fusermount: %v", umnterr)
1039                 }
1040
1041                 mnterr := <-runner.ArvMountExit
1042                 if mnterr != nil {
1043                         runner.CrunchLog.Printf("Arv-mount exit error: %v", mnterr)
1044                 }
1045         }
1046
1047         for _, tmpdir := range runner.CleanupTempDir {
1048                 rmerr := os.RemoveAll(tmpdir)
1049                 if rmerr != nil {
1050                         runner.CrunchLog.Printf("While cleaning up temporary directory %s: %v", tmpdir, rmerr)
1051                 }
1052         }
1053 }
1054
1055 // CommitLogs posts the collection containing the final container logs.
1056 func (runner *ContainerRunner) CommitLogs() error {
1057         runner.CrunchLog.Print(runner.finalState)
1058         runner.CrunchLog.Close()
1059
1060         // Closing CrunchLog above allows it to be committed to Keep at this
1061         // point, but re-open crunch log with ArvClient in case there are any
1062         // other further (such as failing to write the log to Keep!) while
1063         // shutting down
1064         runner.CrunchLog = NewThrottledLogger(&ArvLogWriter{ArvClient: runner.ArvClient,
1065                 UUID: runner.Container.UUID, loggingStream: "crunch-run", writeCloser: nil})
1066
1067         if runner.LogsPDH != nil {
1068                 // If we have already assigned something to LogsPDH,
1069                 // we must be closing the re-opened log, which won't
1070                 // end up getting attached to the container record and
1071                 // therefore doesn't need to be saved as a collection
1072                 // -- it exists only to send logs to other channels.
1073                 return nil
1074         }
1075
1076         mt, err := runner.LogCollection.ManifestText()
1077         if err != nil {
1078                 return fmt.Errorf("While creating log manifest: %v", err)
1079         }
1080
1081         var response arvados.Collection
1082         err = runner.ArvClient.Create("collections",
1083                 arvadosclient.Dict{
1084                         "ensure_unique_name": true,
1085                         "collection": arvadosclient.Dict{
1086                                 "is_trashed":    true,
1087                                 "name":          "logs for " + runner.Container.UUID,
1088                                 "manifest_text": mt}},
1089                 &response)
1090         if err != nil {
1091                 return fmt.Errorf("While creating log collection: %v", err)
1092         }
1093         runner.LogsPDH = &response.PortableDataHash
1094         return nil
1095 }
1096
1097 // UpdateContainerRunning updates the container state to "Running"
1098 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerRunning() error {
1099         runner.cStateLock.Lock()
1100         defer runner.cStateLock.Unlock()
1101         if runner.cCancelled {
1102                 return ErrCancelled
1103         }
1104         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.Container.UUID,
1105                 arvadosclient.Dict{"container": arvadosclient.Dict{"state": "Running"}}, nil)
1106 }
1107
1108 // ContainerToken returns the api_token the container (and any
1109 // arv-mount processes) are allowed to use.
1110 func (runner *ContainerRunner) ContainerToken() (string, error) {
1111         if runner.token != "" {
1112                 return runner.token, nil
1113         }
1114
1115         var auth arvados.APIClientAuthorization
1116         err := runner.ArvClient.Call("GET", "containers", runner.Container.UUID, "auth", nil, &auth)
1117         if err != nil {
1118                 return "", err
1119         }
1120         runner.token = auth.APIToken
1121         return runner.token, nil
1122 }
1123
1124 // UpdateContainerComplete updates the container record state on API
1125 // server to "Complete" or "Cancelled"
1126 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerFinal() error {
1127         update := arvadosclient.Dict{}
1128         update["state"] = runner.finalState
1129         if runner.LogsPDH != nil {
1130                 update["log"] = *runner.LogsPDH
1131         }
1132         if runner.finalState == "Complete" {
1133                 if runner.ExitCode != nil {
1134                         update["exit_code"] = *runner.ExitCode
1135                 }
1136                 if runner.OutputPDH != nil {
1137                         update["output"] = *runner.OutputPDH
1138                 }
1139         }
1140         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.Container.UUID, arvadosclient.Dict{"container": update}, nil)
1141 }
1142
1143 // IsCancelled returns the value of Cancelled, with goroutine safety.
1144 func (runner *ContainerRunner) IsCancelled() bool {
1145         runner.cStateLock.Lock()
1146         defer runner.cStateLock.Unlock()
1147         return runner.cCancelled
1148 }
1149
1150 // NewArvLogWriter creates an ArvLogWriter
1151 func (runner *ContainerRunner) NewArvLogWriter(name string) io.WriteCloser {
1152         return &ArvLogWriter{ArvClient: runner.ArvClient, UUID: runner.Container.UUID, loggingStream: name, writeCloser: runner.LogCollection.Open(name + ".txt")}
1153 }
1154
1155 // Run the full container lifecycle.
1156 func (runner *ContainerRunner) Run() (err error) {
1157         runner.CrunchLog.Printf("Executing container '%s'", runner.Container.UUID)
1158
1159         hostname, hosterr := os.Hostname()
1160         if hosterr != nil {
1161                 runner.CrunchLog.Printf("Error getting hostname '%v'", hosterr)
1162         } else {
1163                 runner.CrunchLog.Printf("Executing on host '%s'", hostname)
1164         }
1165
1166         // Clean up temporary directories _after_ finalizing
1167         // everything (if we've made any by then)
1168         defer runner.CleanupDirs()
1169
1170         runner.finalState = "Queued"
1171
1172         defer func() {
1173                 // checkErr prints e (unless it's nil) and sets err to
1174                 // e (unless err is already non-nil). Thus, if err
1175                 // hasn't already been assigned when Run() returns,
1176                 // this cleanup func will cause Run() to return the
1177                 // first non-nil error that is passed to checkErr().
1178                 checkErr := func(e error) {
1179                         if e == nil {
1180                                 return
1181                         }
1182                         runner.CrunchLog.Print(e)
1183                         if err == nil {
1184                                 err = e
1185                         }
1186                 }
1187
1188                 // Log the error encountered in Run(), if any
1189                 checkErr(err)
1190
1191                 if runner.finalState == "Queued" {
1192                         runner.CrunchLog.Close()
1193                         runner.UpdateContainerFinal()
1194                         return
1195                 }
1196
1197                 if runner.IsCancelled() {
1198                         runner.finalState = "Cancelled"
1199                         // but don't return yet -- we still want to
1200                         // capture partial output and write logs
1201                 }
1202
1203                 checkErr(runner.CaptureOutput())
1204                 checkErr(runner.CommitLogs())
1205                 checkErr(runner.UpdateContainerFinal())
1206
1207                 // The real log is already closed, but then we opened
1208                 // a new one in case we needed to log anything while
1209                 // finalizing.
1210                 runner.CrunchLog.Close()
1211         }()
1212
1213         err = runner.ArvClient.Get("containers", runner.Container.UUID, nil, &runner.Container)
1214         if err != nil {
1215                 err = fmt.Errorf("While getting container record: %v", err)
1216                 return
1217         }
1218
1219         // setup signal handling
1220         runner.SetupSignals()
1221
1222         // check for and/or load image
1223         err = runner.LoadImage()
1224         if err != nil {
1225                 runner.finalState = "Cancelled"
1226                 err = fmt.Errorf("While loading container image: %v", err)
1227                 return
1228         }
1229
1230         // set up FUSE mount and binds
1231         err = runner.SetupMounts()
1232         if err != nil {
1233                 runner.finalState = "Cancelled"
1234                 err = fmt.Errorf("While setting up mounts: %v", err)
1235                 return
1236         }
1237
1238         err = runner.CreateContainer()
1239         if err != nil {
1240                 return
1241         }
1242
1243         // Gather and record node information
1244         err = runner.LogNodeInfo()
1245         if err != nil {
1246                 return
1247         }
1248         // Save container.json record on log collection
1249         err = runner.LogContainerRecord()
1250         if err != nil {
1251                 return
1252         }
1253
1254         runner.StartCrunchstat()
1255
1256         if runner.IsCancelled() {
1257                 return
1258         }
1259
1260         err = runner.UpdateContainerRunning()
1261         if err != nil {
1262                 return
1263         }
1264         runner.finalState = "Cancelled"
1265
1266         err = runner.StartContainer()
1267         if err != nil {
1268                 return
1269         }
1270
1271         err = runner.WaitFinish()
1272         if err == nil {
1273                 runner.finalState = "Complete"
1274         }
1275         return
1276 }
1277
1278 // NewContainerRunner creates a new container runner.
1279 func NewContainerRunner(api IArvadosClient,
1280         kc IKeepClient,
1281         docker ThinDockerClient,
1282         containerUUID string) *ContainerRunner {
1283
1284         cr := &ContainerRunner{ArvClient: api, Kc: kc, Docker: docker}
1285         cr.NewLogWriter = cr.NewArvLogWriter
1286         cr.RunArvMount = cr.ArvMountCmd
1287         cr.MkTempDir = ioutil.TempDir
1288         cr.LogCollection = &CollectionWriter{0, kc, nil, nil, sync.Mutex{}}
1289         cr.Container.UUID = containerUUID
1290         cr.CrunchLog = NewThrottledLogger(cr.NewLogWriter("crunch-run"))
1291         cr.CrunchLog.Immediate = log.New(os.Stderr, containerUUID+" ", 0)
1292         return cr
1293 }
1294
1295 func main() {
1296         statInterval := flag.Duration("crunchstat-interval", 10*time.Second, "sampling period for periodic resource usage reporting")
1297         cgroupRoot := flag.String("cgroup-root", "/sys/fs/cgroup", "path to sysfs cgroup tree")
1298         cgroupParent := flag.String("cgroup-parent", "docker", "name of container's parent cgroup (ignored if -cgroup-parent-subsystem is used)")
1299         cgroupParentSubsystem := flag.String("cgroup-parent-subsystem", "", "use current cgroup for given subsystem as parent cgroup for container")
1300         caCertsPath := flag.String("ca-certs", "", "Path to TLS root certificates")
1301         enableNetwork := flag.String("container-enable-networking", "default",
1302                 `Specify if networking should be enabled for container.  One of 'default', 'always':
1303         default: only enable networking if container requests it.
1304         always:  containers always have networking enabled
1305         `)
1306         networkMode := flag.String("container-network-mode", "default",
1307                 `Set networking mode for container.  Corresponds to Docker network mode (--net).
1308         `)
1309         flag.Parse()
1310
1311         containerId := flag.Arg(0)
1312
1313         if *caCertsPath != "" {
1314                 arvadosclient.CertFiles = []string{*caCertsPath}
1315         }
1316
1317         api, err := arvadosclient.MakeArvadosClient()
1318         if err != nil {
1319                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1320         }
1321         api.Retries = 8
1322
1323         var kc *keepclient.KeepClient
1324         kc, err = keepclient.MakeKeepClient(api)
1325         if err != nil {
1326                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1327         }
1328         kc.Retries = 4
1329
1330         var docker *dockerclient.Client
1331         // API version 1.21 corresponds to Docker 1.9, which is currently the
1332         // minimum version we want to support.
1333         docker, err = dockerclient.NewClient(dockerclient.DefaultDockerHost, "1.21", nil, nil)
1334         if err != nil {
1335                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1336         }
1337
1338         dockerClientProxy := ThinDockerClientProxy{Docker: docker}
1339
1340         cr := NewContainerRunner(api, kc, dockerClientProxy, containerId)
1341         cr.statInterval = *statInterval
1342         cr.cgroupRoot = *cgroupRoot
1343         cr.expectCgroupParent = *cgroupParent
1344         cr.enableNetwork = *enableNetwork
1345         cr.networkMode = *networkMode
1346         if *cgroupParentSubsystem != "" {
1347                 p := findCgroup(*cgroupParentSubsystem)
1348                 cr.setCgroupParent = p
1349                 cr.expectCgroupParent = p
1350         }
1351
1352         err = cr.Run()
1353         if err != nil {
1354                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1355         }
1356
1357 }