sdk/cli/bin/arv-run-pipeline-instance

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 class WhRunPipelineInstance
   4 end
   5
   6 if RUBY_VERSION < '1.9.3' then
   7   abort <<-EOS
   8 #{$0.gsub(/^\.\//,'')} requires Ruby version 1.9.3 or higher.
   9   EOS
  10 end
  11
  12 begin
  13   require 'arvados'
  14   require 'rubygems'
  15   require 'json'
  16   require 'pp'
  17   require 'trollop'
  18   require 'google/api_client'
  19 rescue LoadError => l
  20   puts $:
  21   abort <<-EOS
  22 #{$0}: fatal: #{l.message}
  23 Some runtime dependencies may be missing.
  24 Try: gem install arvados pp google-api-client json trollop
  25   EOS
  26 end
  27
  28 def debuglog(message, verbosity=1)
  29   $stderr.puts "#{File.split($0).last} #{$$}: #{message}" if $debuglevel >= verbosity
  30 end
  31
  32 # Parse command line options (the kind that control the behavior of
  33 # this program, that is, not the pipeline component parameters).
  34
  35 p = Trollop::Parser.new do
  36   version __FILE__
  37   banner(<<EOF)
  38
  39 Usage:
  40   arv-run-pipeline-instance --template TEMPLATE_UUID [options] [--] [parameters]
  41   arv-run-pipeline-instance --instance INSTANCE_UUID [options] [--] [parameters]
  42
  43 Parameters:
  44   param_name=param_value
  45   param_name param_value
  46                          Set (or override) the default value for every
  47                          pipeline component parameter with the given
  48                          name.
  49
  50   component_name::param_name=param_value
  51   component_name::param_name param_value
  52   --component_name::param_name=param_value
  53   --component_name::param_name param_value
  54                          Set the value of a parameter for a single
  55                          pipeline component.
  56
  57 Options:
  58 EOF
  59   opt(:dry_run,
  60       "Do not start any new jobs or wait for existing jobs to finish. Just find out whether jobs are finished, queued, or running for each component.",
  61       :type => :boolean,
  62       :short => :n)
  63   opt(:status_text,
  64       "Store plain text status in given file.",
  65       :short => :none,
  66       :type => :string,
  67       :default => '/dev/stdout')
  68   opt(:status_json,
  69       "Store json-formatted pipeline in given file.",
  70       :short => :none,
  71       :type => :string,
  72       :default => '/dev/null')
  73   opt(:no_wait,
  74       "Do not wait for jobs to finish. Just look up status, submit new jobs if needed, and exit.",
  75       :short => :none,
  76       :type => :boolean)
  77   opt(:no_reuse,
  78       "Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline components. Submit a new job for every component.",
  79       :short => :none,
  80       :type => :boolean)
  81   opt(:debug,
  82       "Print extra debugging information on stderr.",
  83       :type => :boolean)
  84   opt(:debug_level,
  85       "Set debug verbosity level.",
  86       :short => :none,
  87       :type => :integer)
  88   opt(:template,
  89       "UUID of pipeline template, or path to local pipeline template file.",
  90       :short => :none,
  91       :type => :string)
  92   opt(:instance,
  93       "UUID of pipeline instance.",
  94       :short => :none,
  95       :type => :string)
  96   opt(:submit,
  97       "Submit the pipeline instance to the server, and exit. Let the Crunch dispatch service satisfy the components by finding/running jobs.",
  98       :short => :none,
  99       :type => :boolean)
 100   opt(:run_pipeline_here,
 101       "Manage the pipeline instance in-process. Submit jobs to Crunch as needed. Do not exit until the pipeline finishes (or fails).",
 102       :short => :none,
 103       :type => :boolean)
 104   opt(:run_jobs_here,
 105       "Run jobs in the local terminal session instead of submitting them to Crunch. Implies --run-pipeline-here. Note: this results in a significantly different job execution environment, and some Crunch features are not supported. It can be necessary to modify a pipeline in order to make it run this way.",
 106       :short => :none,
 107       :type => :boolean)
 108   opt(:run_here,
 109       "Synonym for --run-jobs-here.",
 110       :short => :none,
 111       :type => :boolean)
 112   opt(:description,
 113       "Description for the pipeline instance.",
 114       :short => :none,
 115       :type => :string)
 116   opt(:project_uuid,
 117       "UUID of the project for the pipeline instance.",
 118       short: :none,
 119       type: :string)
 120   stop_on [:'--']
 121 end
 122 $options = Trollop::with_standard_exception_handling p do
 123   p.parse ARGV
 124 end
 125 $debuglevel = $options[:debug_level] || ($options[:debug] && 1) || 0
 126
 127 $options[:run_jobs_here] ||= $options[:run_here] # old flag name
 128 $options[:run_pipeline_here] ||= $options[:run_jobs_here] # B requires A
 129
 130 if $options[:instance]
 131   if $options[:template] or $options[:submit]
 132     abort "#{$0}: syntax error: --instance cannot be combined with --template or --submit."
 133   end
 134 elsif not $options[:template]
 135   puts "error: you must supply a --template or --instance."
 136   p.educate
 137   abort
 138 end
 139
 140 if $options[:run_pipeline_here] == $options[:submit]
 141   abort "#{$0}: error: you must supply --run-pipeline-here, --run-jobs-here, or --submit."
 142 end
 143
 144 # Set up the API client.
 145
 146 $arv = Arvados.new api_version: 'v1'
 147 $client = $arv.client
 148 $arvados = $arv.arvados_api
 149
 150 class PipelineInstance
 151   def self.find(uuid)
 152     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.get,
 153                              :parameters => {
 154                                :uuid => uuid
 155                              },
 156                              :authenticated => false,
 157                              :headers => {
 158                                authorization: 'OAuth2 '+$arv.config['ARVADOS_API_TOKEN']
 159                              })
 160     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 161     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 162       debuglog "Failed to get pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 163       nil
 164     else
 165       debuglog "Retrieved pipeline_instance #{j[:uuid]}"
 166       self.new(j)
 167     end
 168   end
 169   def self.create(attributes)
 170     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.create,
 171                              :body_object => {
 172                                :pipeline_instance => attributes
 173                              },
 174                              :authenticated => false,
 175                              :headers => {
 176                                authorization: 'OAuth2 '+$arv.config['ARVADOS_API_TOKEN']
 177                              })
 178     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 179     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 180       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nFailed to create pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil} #{j.inspect}"
 181     end
 182     debuglog "Created pipeline instance: #{j[:uuid]}"
 183     self.new(j)
 184   end
 185   def save
 186     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.update,
 187                              :parameters => {
 188                                :uuid => @pi[:uuid]
 189                              },
 190                              :body_object => {
 191                                :pipeline_instance => @attributes_to_update
 192                              },
 193                              :authenticated => false,
 194                              :headers => {
 195                                authorization: 'OAuth2 '+$arv.config['ARVADOS_API_TOKEN']
 196                              })
 197     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 198     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 199       debuglog "Failed to save pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 200       nil
 201     else
 202       @attributes_to_update = {}
 203       @pi = j
 204     end
 205   end
 206   def []=(x,y)
 207     @attributes_to_update[x] = y
 208     @pi[x] = y
 209   end
 210   def [](x)
 211     @pi[x]
 212   end
 213
 214   def log_stderr(msg)
 215     $arv.log.create log: {
 216       event_type: 'stderr',
 217       object_uuid: self[:uuid],
 218       owner_uuid: self[:owner_uuid],
 219       properties: {"text" => msg},
 220     }
 221   end
 222
 223   protected
 224   def initialize(j)
 225     @attributes_to_update = {}
 226     @pi = j
 227   end
 228 end
 229
 230 class JobCache
 231   def self.get(uuid)
 232     @cache ||= {}
 233     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.get,
 234                              :parameters => {
 235                                :uuid => uuid
 236                              },
 237                              :authenticated => false,
 238                              :headers => {
 239                                authorization: 'OAuth2 '+$arv.config['ARVADOS_API_TOKEN']
 240                              })
 241     @cache[uuid] = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 242   end
 243   def self.where(conditions)
 244     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.list,
 245                              :parameters => {
 246                                :limit => 10000,
 247                                :where => conditions.to_json
 248                              },
 249                              :authenticated => false,
 250                              :headers => {
 251                                authorization: 'OAuth2 '+$arv.config['ARVADOS_API_TOKEN']
 252                              })
 253     list = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 254     if list and list[:items].is_a? Array
 255       list[:items]
 256     else
 257       []
 258     end
 259   end
 260   def self.create(pipeline, component, job, create_params)
 261     @cache ||= {}
 262
 263     body = {job: no_nil_values(job)}.merge(no_nil_values(create_params))
 264
 265     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.create,
 266                              :body_object => body,
 267                              :authenticated => false,
 268                              :headers => {
 269                                authorization: 'OAuth2 '+$arv.config['ARVADOS_API_TOKEN']
 270                              })
 271     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 272     if j.is_a? Hash and j[:uuid]
 273       @cache[j[:uuid]] = j
 274     else
 275       debuglog "create job: #{j[:errors] rescue nil} with attributes #{body}", 0
 276
 277       msg = ""
 278       j[:errors].each do |err|
 279         msg += "Error creating job for component #{component}: #{err}\n"
 280       end
 281       msg += "Job submission was: #{body.to_json}"
 282
 283       pipeline.log_stderr(msg)
 284       nil
 285     end
 286   end
 287
 288   protected
 289
 290   def self.no_nil_values(hash)
 291     hash.reject { |key, value| value.nil? }
 292   end
 293 end
 294
 295 class WhRunPipelineInstance
 296   attr_reader :instance
 297
 298   def initialize(_options)
 299     @options = _options
 300   end
 301
 302   def fetch_template(template)
 303     if template.match /[^-0-9a-z]/
 304       # Doesn't look like a uuid -- use it as a filename.
 305       @template = JSON.parse File.read(template), :symbolize_names => true
 306     else
 307       result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_templates.get,
 308                                :parameters => {
 309                                  :uuid => template
 310                                },
 311                                :authenticated => false,
 312                                :headers => {
 313                                  authorization: 'OAuth2 '+$arv.config['ARVADOS_API_TOKEN']
 314                                })
 315       @template = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 316       if !@template[:uuid]
 317         abort "#{$0}: fatal: failed to retrieve pipeline template #{template} #{@template[:errors].inspect rescue nil}"
 318       end
 319     end
 320     self
 321   end
 322
 323   def fetch_instance(instance_uuid)
 324     @instance = PipelineInstance.find(instance_uuid)
 325     @template = @instance
 326     self
 327   end
 328
 329   def apply_parameters(params_args)
 330     params_args.shift if params_args[0] == '--'
 331     params = {}
 332     while !params_args.empty?
 333       if (re = params_args[0].match /^(--)?([^-].*?)=(.+)/)
 334         params[re[2]] = re[3]
 335         params_args.shift
 336       elsif params_args.size > 1
 337         param = params_args.shift.sub /^--/, ''
 338         params[param] = params_args.shift
 339       else
 340         abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: I do not know what to do with arg \"#{params_args[0]}\""
 341       end
 342     end
 343
 344     if not @template[:components].is_a?(Hash)
 345       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Template missing \"components\" hash"
 346     end
 347     @components = @template[:components].dup
 348
 349     bad_components = @components.each_pair.select do |cname, cspec|
 350       not cspec.is_a?(Hash)
 351     end
 352     if bad_components.any?
 353       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Components not specified with hashes: #{bad_components.map(&:first).join(', ')}"
 354     end
 355
 356     bad_components = @components.each_pair.select do |cname, cspec|
 357       not cspec[:script_parameters].is_a?(Hash)
 358     end
 359     if bad_components.any?
 360       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Components missing \"script_parameters\" hashes: #{bad_components.map(&:first).join(', ')}"
 361     end
 362
 363     errors = []
 364     @components.each do |componentname, component|
 365       component[:script_parameters].each do |parametername, parameter|
 366         parameter = { :value => parameter } unless parameter.is_a? Hash
 367         value =
 368           (params["#{componentname}::#{parametername}"] ||
 369            parameter[:value] ||
 370            (parameter[:output_of].nil? &&
 371             (params[parametername.to_s] ||
 372              parameter[:default])) ||
 373            nil)
 374         if value.nil? and
 375             ![false,'false',0,'0'].index parameter[:required]
 376           if parameter[:output_of]
 377             if not @components[parameter[:output_of].intern]
 378               errors << [componentname, parametername, "output_of refers to nonexistent component '#{parameter[:output_of]}'"]
 379             end
 380             next
 381           end
 382           errors << [componentname, parametername, "required parameter is missing"]
 383         end
 384         debuglog "parameter #{componentname}::#{parametername} == #{value}"
 385
 386         component[:script_parameters][parametername] =
 387           parameter.dup.merge(value: value)
 388       end
 389     end
 390     if !errors.empty?
 391       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nErrors:\n#{errors.collect { |c,p,e| "#{c}::#{p} - #{e}\n" }.join ""}"
 392     end
 393     debuglog "options=" + @options.pretty_inspect
 394     self
 395   end
 396
 397   def setup_instance
 398     if @instance
 399       @instance[:properties][:run_options] ||= {}
 400       if @options[:no_reuse]
 401         # override properties of existing instance
 402         @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse] = false
 403       else
 404         # Default to "enable reuse" if not specified. (This code path
 405         # can go away when old clients go away.)
 406         if @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse].nil?
 407           @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse] = true
 408         end
 409       end
 410     else
 411       description = $options[:description] ||
 412                     ("Created at #{Time.now.localtime}" + (@template[:name].andand.size.andand>0 ? " using the pipeline template *#{@template[:name]}*" : ""))
 413       instance_body = {
 414         components: @components,
 415         properties: {
 416           run_options: {
 417             enable_job_reuse: !@options[:no_reuse]
 418           }
 419         },
 420         pipeline_template_uuid: @template[:uuid],
 421         description: description,
 422         state: ($options[:submit] ? 'RunningOnServer' : 'RunningOnClient')
 423       }
 424       if @options[:project_uuid]
 425         instance_body[:owner_uuid] = @options[:project_uuid]
 426       end
 427       @instance = PipelineInstance.create(instance_body)
 428     end
 429     self
 430   end
 431
 432   def run
 433     moretodo = true
 434     interrupted = false
 435
 436     if @instance[:started_at].nil?
 437       @instance[:started_at] = Time.now
 438     end
 439
 440     job_creation_failed = 0
 441     while moretodo
 442       moretodo = false
 443       @components.each do |cname, c|
 444         job = nil
 445         owner_uuid = @instance[:owner_uuid]
 446         # Is the job satisfying this component already known to be
 447         # finished? (Already meaning "before we query API server about
 448         # the job's current state")
 449         c_already_finished = (c[:job] &&
 450                               c[:job][:uuid] &&
 451                               ["Complete", "Failed", "Cancelled"].include?(c[:job][:state]))
 452         if !c[:job] and
 453             c[:script_parameters].select { |pname, p| p.is_a? Hash and p[:output_of]}.empty?
 454           # No job yet associated with this component and is component inputs
 455           # are fully specified (any output_of script_parameters are resolved
 456           # to real value)
 457           my_submit_id = "instance #{@instance[:uuid]} rand #{rand(2**64).to_s(36)}"
 458           job = JobCache.create(@instance, cname, {
 459             :script => c[:script],
 460             :script_parameters => Hash[c[:script_parameters].map do |key, spec|
 461                                          [key, spec[:value]]
 462                                        end],
 463             :script_version => c[:script_version],
 464             :repository => c[:repository],
 465             :nondeterministic => c[:nondeterministic],
 466             :runtime_constraints => c[:runtime_constraints],
 467             :owner_uuid => owner_uuid,
 468             :is_locked_by_uuid => (@options[:run_jobs_here] ? owner_uuid : nil),
 469             :submit_id => my_submit_id,
 470             :state => (if @options[:run_jobs_here] then "Running" else "Queued" end)
 471           }, {
 472             # This is the right place to put these attributes when
 473             # dealing with new API servers.
 474             :minimum_script_version => c[:minimum_script_version],
 475             :exclude_script_versions => c[:exclude_minimum_script_versions],
 476             :find_or_create => (@instance[:properties][:run_options].andand[:enable_job_reuse] &&
 477                                 !c[:nondeterministic]),
 478             :filters => c[:filters]
 479           })
 480           if job
 481             debuglog "component #{cname} new job #{job[:uuid]}"
 482             c[:job] = job
 483             c[:run_in_process] = (@options[:run_jobs_here] and
 484                                   job[:submit_id] == my_submit_id)
 485           else
 486             debuglog "component #{cname} new job failed", 0
 487             job_creation_failed += 1
 488           end
 489         end
 490
 491         if c[:job] and c[:run_in_process] and not ["Complete", "Failed", "Cancelled"].include? c[:job][:state]
 492           report_status
 493           begin
 494             require 'open3'
 495             Open3.popen3("arv-crunch-job", "--force-unlock",
 496                          "--job", c[:job][:uuid]) do |stdin, stdout, stderr, wait_thr|
 497               debuglog "arv-crunch-job pid #{wait_thr.pid} started", 0
 498               stdin.close
 499               while true
 500                 rready, wready, = IO.select([stdout, stderr], [])
 501                 break if !rready[0]
 502                 begin
 503                   buf = rready[0].read_nonblock(2**20)
 504                 rescue EOFError
 505                   break
 506                 end
 507                 (rready[0] == stdout ? $stdout : $stderr).write(buf)
 508               end
 509               stdout.close
 510               stderr.close
 511               debuglog "arv-crunch-job pid #{wait_thr.pid} exit #{wait_thr.value.to_i}", 0
 512             end
 513             if not $arv.job.get(uuid: c[:job][:uuid])[:finished_at]
 514               raise Exception.new("arv-crunch-job did not set finished_at.")
 515             end
 516           rescue Exception => e
 517             debuglog "Interrupted (#{e}). Failing job.", 0
 518             $arv.job.update(uuid: c[:job][:uuid],
 519                             job: {
 520                               state: "Failed"
 521                             })
 522           end
 523         end
 524
 525         if c[:job] and c[:job][:uuid]
 526           if ["Running", "Queued"].include?(c[:job][:state])
 527             # Job is running (or may be soon) so update copy of job record
 528             c[:job] = JobCache.get(c[:job][:uuid])
 529           end
 530
 531           if c[:job][:state] == "Complete"
 532             # Populate script_parameters of other components waiting for
 533             # this job
 534             @components.each do |c2name, c2|
 535               c2[:script_parameters].each do |pname, p|
 536                 if p.is_a? Hash and p[:output_of] == cname.to_s
 537                   debuglog "parameter #{c2name}::#{pname} == #{c[:job][:output]}"
 538                   c2[:script_parameters][pname] = {value: c[:job][:output]}
 539                   moretodo = true
 540                 end
 541               end
 542             end
 543             unless c_already_finished
 544               # This is my first time discovering that the job
 545               # succeeded. (At the top of this loop, I was still
 546               # waiting for it to finish.)
 547
 548               if @instance[:name].andand.length.andand > 0
 549                 pipeline_name = @instance[:name]
 550               elsif @template.andand[:name].andand.length.andand > 0
 551                 pipeline_name = @template[:name]
 552               else
 553                 pipeline_name = @instance[:uuid]
 554               end
 555               if c[:output_name] != false
 556                 # Create a collection located in the same project as the pipeline with the contents of the output.
 557                 portable_data_hash = c[:job][:output]
 558                 collections = $arv.collection.list(limit: 1,
 559                                                    filters: [['portable_data_hash', '=', portable_data_hash]],
 560                                                    select: ["portable_data_hash", "manifest_text"]
 561                                                    )[:items]
 562                 if collections.any?
 563                   name = c[:output_name] || "Output #{portable_data_hash[0..7]} of #{cname} of #{pipeline_name}"
 564
 565                   # check if there is a name collision.
 566                   name_collisions = $arv.collection.list(filters: [["owner_uuid", "=", owner_uuid],
 567                                                                    ["name", "=", name]])[:items]
 568
 569                   newcollection_actual = nil
 570                   if name_collisions.any? and name_collisions.first[:portable_data_hash] == portable_data_hash
 571                     # There is already a collection with the same name and the
 572                     # same contents, so just point to that.
 573                     newcollection_actual = name_collisions.first
 574                   end
 575
 576                   if newcollection_actual.nil?
 577                     # Did not find a collection with the same name (or the
 578                     # collection has a different portable data hash) so create
 579                     # a new collection with ensure_unique_name: true.
 580                     newcollection = {
 581                       owner_uuid: owner_uuid,
 582                       name: name,
 583                       portable_data_hash: collections.first[:portable_data_hash],
 584                       manifest_text: collections.first[:manifest_text]
 585                     }
 586                     debuglog "Creating collection #{newcollection}", 0
 587                     newcollection_actual = $arv.collection.create collection: newcollection, ensure_unique_name: true
 588                   end
 589
 590                   c[:output_uuid] = newcollection_actual[:uuid]
 591                 else
 592                   debuglog "Could not find a collection with portable data hash #{portable_data_hash}", 0
 593                 end
 594               end
 595             end
 596           elsif ["Queued", "Running"].include? c[:job][:state]
 597             # Job is running or queued to run, so indicate that pipeline
 598             # should continue to run
 599             moretodo = true
 600           elsif c[:job][:state] == "Cancelled"
 601             debuglog "component #{cname} job #{c[:job][:uuid]} cancelled."
 602             moretodo = false
 603           elsif c[:job][:state] == "Failed"
 604             moretodo = false
 605           end
 606         end
 607       end
 608       @instance[:components] = @components
 609       report_status
 610
 611       if @options[:no_wait]
 612         moretodo = false
 613       end
 614
 615       # If job creation fails, just give up on this pipeline instance.
 616       if job_creation_failed > 0
 617         moretodo = false
 618       end
 619
 620       if moretodo
 621         begin
 622           sleep 10
 623         rescue Interrupt
 624           debuglog "interrupt", 0
 625           interrupted = true
 626           break
 627         end
 628       end
 629     end
 630
 631     c_in_state = @components.values.group_by { |c|
 632       c[:job] and c[:job][:state]
 633     }
 634     succeeded = c_in_state["Complete"].andand.count || 0
 635     failed = (c_in_state["Failed"].andand.count || 0) + (c_in_state["Cancelled"].andand.count || 0)
 636     ended = succeeded + failed
 637
 638     success = (succeeded == @components.length)
 639
 640     # A job create call failed. Just give up.
 641     if job_creation_failed > 0
 642       debuglog "job creation failed - giving up on this pipeline instance", 0
 643       success = false
 644       failed += 1
 645     end
 646
 647     if interrupted
 648      if success
 649         @instance[:state] = 'Complete'
 650      else
 651         @instance[:state] = 'Paused'
 652       end
 653     else
 654       if ended == @components.length or failed > 0
 655         @instance[:state] = success ? 'Complete' : 'Failed'
 656       end
 657     end
 658
 659     if @instance[:finished_at].nil? and ['Complete', 'Failed'].include? @instance[:state]
 660       @instance[:finished_at] = Time.now
 661     end
 662
 663     debuglog "pipeline instance state is #{@instance[:state]}"
 664
 665     # set components_summary
 666     components_summary = {"todo" => @components.length - ended, "done" => succeeded, "failed" => failed}
 667     @instance[:components_summary] = components_summary
 668
 669     @instance.save
 670   end
 671
 672   def cleanup
 673     if @instance and @instance[:state] == 'RunningOnClient'
 674       @instance[:state] = 'Paused'
 675       @instance.save
 676     end
 677   end
 678
 679   def uuid
 680     @instance[:uuid]
 681   end
 682
 683   protected
 684
 685   def report_status
 686     @instance.save
 687
 688     if @options[:status_json] != '/dev/null'
 689       File.open(@options[:status_json], 'w') do |f|
 690         f.puts @components.pretty_inspect
 691       end
 692     end
 693
 694     if @options[:status_text] != '/dev/null'
 695       File.open(@options[:status_text], 'w') do |f|
 696         f.puts ""
 697         f.puts "#{Time.now} -- pipeline_instance #{@instance[:uuid]}"
 698         namewidth = @components.collect { |cname, c| cname.size }.max
 699         @components.each do |cname, c|
 700           jstatus = if !c[:job]
 701                       "-"
 702                     else case c[:job][:state]
 703                          when "Running"
 704                            "#{c[:job][:tasks_summary].inspect}"
 705                          when "Complete"
 706                            c[:job][:output]
 707                          when "Cancelled"
 708                            "cancelled #{c[:job][:cancelled_at]}"
 709                          when "Failed"
 710                            "failed #{c[:job][:finished_at]}"
 711                          when "Queued"
 712                            "queued #{c[:job][:created_at]}"
 713                          end
 714                     end
 715           f.puts "#{cname.to_s.ljust namewidth} #{c[:job] ? c[:job][:uuid] : '-'.ljust(27)} #{jstatus}"
 716         end
 717       end
 718     end
 719   end
 720
 721   def abort(msg)
 722     if @instance
 723       if ["New", "Ready", "RunningOnClient",
 724           "RunningOnServer"].include?(@instance[:state])
 725         @instance[:state] = "Failed"
 726         @instance[:finished_at] = Time.now
 727         @instance.save
 728       end
 729       @instance.log_stderr(msg)
 730     end
 731     Kernel::abort(msg)
 732   end
 733 end
 734
 735 runner = WhRunPipelineInstance.new($options)
 736 begin
 737   if $options[:template]
 738     runner.fetch_template($options[:template])
 739   else
 740     runner.fetch_instance($options[:instance])
 741   end
 742   runner.apply_parameters(p.leftovers)
 743   runner.setup_instance
 744   if $options[:submit]
 745     runner.instance.save
 746     puts runner.instance[:uuid]
 747   else
 748     runner.run
 749   end
 750 rescue Exception => e
 751   runner.cleanup
 752   raise e
 753 end