Merge branch 'master' into 3373-improve-gatk3-snv-pipeline
[arvados.git] / docker / jobs / Dockerfile
1 FROM arvados/base
2 MAINTAINER Brett Smith <brett@curoverse.com>
3
4 # Install dependencies and set up system.
5 # The FUSE packages help ensure that we can install the Python SDK (arv-mount).
6 RUN /usr/bin/apt-get install -q -y python-dev python-llfuse python-pip \
7       libio-socket-ssl-perl libjson-perl liburi-perl libwww-perl dtrx \
8       fuse libattr1-dev libfuse-dev && \
9     /usr/sbin/adduser --disabled-password \
10       --gecos 'Crunch execution user' crunch && \
11     /usr/bin/install --directory --owner=crunch --group=crunch --mode=0700 /keep /tmp/crunch-src /tmp/crunch-job && \
12     /bin/ln -s /usr/src/arvados /usr/local/src/arvados
13
14 # Install Arvados packages.
15 RUN (find /usr/src/arvados/sdk -name '*.gem' -print0 | \
16       xargs -0rn 1 /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default gem install) && \
17     cd /usr/src/arvados/services/fuse && \
18     python setup.py install && \
19     cd /usr/src/arvados/sdk/python && \
20     python setup.py install
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22 USER crunch