no issue # Remove jessie-updates from sources.list as it is no longer supported
[arvados.git] / build / run-tests.sh
1 #!/bin/bash
2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
3 #
4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
5
6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
7
8 COLUMNS=80
9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
10
11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
13
14 Exit non-zero if any tests fail.
15
16 Syntax:
17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
18
19 Options:
20
21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
22 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
23 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
24                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
25                from a previous invocation if you use this option.
26 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
27 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
28                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
29 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
30                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
31                subsequent invocations.
32 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
33 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
34 --only-install Run specific install step
35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
38 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
39                (If none given, leave config files alone in source tree.)
40 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
41                Restrict apiserver tests to the given file
42 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
43                Restrict Python SDK tests to the given class
44 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
45                Restrict Workbench tests to the given file
46 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
47                Show all log messages, even when tests pass (also works
48                with services/keepstore_test etc.)
49 ARVADOS_DEBUG=1
50                Print more debug messages
51 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
52                *_test, and other examples shown above.
53
54 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
55 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
56 test suites depend on other components being installed, and installing
57 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
58
59 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
60 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
61
62 More information and background:
63
64 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
65
66 Available tests:
67
68 apps/workbench (*)
69 apps/workbench_units (*)
70 apps/workbench_functionals (*)
71 apps/workbench_integration (*)
72 apps/workbench_benchmark
73 apps/workbench_profile
74 cmd/arvados-client
75 cmd/arvados-server
76 doc
77 lib/cli
78 lib/cmd
79 lib/controller
80 lib/crunchstat
81 lib/cloud
82 lib/cloud/azure
83 lib/dispatchcloud
84 lib/dispatchcloud/container
85 lib/dispatchcloud/scheduler
86 lib/dispatchcloud/ssh_executor
87 lib/dispatchcloud/worker
88 lib/service
89 services/api
90 services/arv-git-httpd
91 services/crunchstat
92 services/dockercleaner
93 services/fuse
94 services/health
95 services/keep-web
96 services/keepproxy
97 services/keepstore
98 services/keep-balance
99 services/login-sync
100 services/nodemanager
101 services/nodemanager_integration
102 services/crunch-run
103 services/crunch-dispatch-local
104 services/crunch-dispatch-slurm
105 services/ws
106 sdk/cli
107 sdk/pam
108 sdk/python
109 sdk/python:py3
110 sdk/ruby
111 sdk/go/arvados
112 sdk/go/arvadosclient
113 sdk/go/auth
114 sdk/go/dispatch
115 sdk/go/keepclient
116 sdk/go/health
117 sdk/go/httpserver
118 sdk/go/manifest
119 sdk/go/blockdigest
120 sdk/go/asyncbuf
121 sdk/go/stats
122 sdk/go/crunchrunner
123 sdk/cwl
124 sdk/R
125 tools/sync-groups
126 tools/crunchstat-summary
127 tools/crunchstat-summary:py3
128 tools/keep-exercise
129 tools/keep-rsync
130 tools/keep-block-check
131
132 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
133     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
134
135 EOF
136
137 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
138 # environment that could interfere with the tests.
139 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
140
141 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
142 # accident.
143 GITDIR=
144 GOPATH=
145 VENVDIR=
146 VENV3DIR=
147 PYTHONPATH=
148 GEMHOME=
149 PERLINSTALLBASE=
150 R_LIBS=
151
152 short=
153 only_install=
154 temp=
155 temp_preserve=
156
157 clear_temp() {
158     if [[ -z "$temp" ]]; then
159         # we didn't even get as far as making a temp dir
160         :
161     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
162         rm -rf "$temp"
163     else
164         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
165     fi
166 }
167
168 fatal() {
169     clear_temp
170     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
171     exit 1
172 }
173
174 exit_cleanly() {
175     trap - INT
176     if which create-plot-data-from-log.sh >/dev/null; then
177         create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
178     fi
179     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
180     stop_services
181     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
182     report_outcomes
183     clear_temp
184     exit ${#failures}
185 }
186
187 sanity_checks() {
188     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
189     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
190         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
191     echo Checking dependencies:
192     echo -n 'virtualenv: '
193     virtualenv --version \
194         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
195     echo -n 'ruby: '
196     ruby -v \
197         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
198     echo -n 'go: '
199     go version \
200         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
201     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
202         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
203     echo -n 'gcc: '
204     gcc --version | egrep ^gcc \
205         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
206     echo -n 'fuse.h: '
207     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
208         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
209     echo -n 'gnutls.h: '
210     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
211         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
212     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
213     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
214         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
215     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
216     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
217         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
218     echo -n 'nginx: '
219     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
220         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
221     echo -n 'perl: '
222     perl -v | grep version \
223         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
224     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
225         echo -n "perl $mod: "
226         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
227             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
228     done
229     echo -n 'gitolite: '
230     which gitolite \
231         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
232     echo -n 'npm: '
233     npm --version \
234         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
235     echo -n 'cadaver: '
236     cadaver --version | grep -w cadaver \
237           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
238     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
239     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
240         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
241     echo -n 'libcurl curl.h: '
242     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
243         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
244     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
245     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
246         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
247     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
248     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
249             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
250     else
251             echo "OK"
252     fi
253     echo -n 'postgresql: '
254     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
255     echo -n 'phantomjs: '
256     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
257     echo -n 'xvfb: '
258     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
259     echo -n 'graphviz: '
260     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
261     echo -n 'geckodriver: '
262     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
263
264     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
265       # R SDK stuff
266       echo -n 'R: '
267       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
268       echo -n 'testthat: '
269       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
270       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
271       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
272       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
273       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
274     fi
275 }
276
277 rotate_logfile() {
278   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
279   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
280   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
281     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
282     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
283     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
284   fi
285 }
286
287 declare -a failures
288 declare -A skip
289 declare -A only
290 declare -A testargs
291 skip[apps/workbench_profile]=1
292 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
293 skip[services/nodemanager_integration]=1
294
295 while [[ -n "$1" ]]
296 do
297     arg="$1"; shift
298     case "$arg" in
299         --help)
300             echo >&2 "$helpmessage"
301             echo >&2
302             exit 1
303             ;;
304         --skip)
305             skip[$1]=1; shift
306             ;;
307         --only)
308             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
309             ;;
310         --short)
311             short=1
312             ;;
313         --interactive)
314             interactive=1
315             ;;
316         --skip-install)
317             skip[install]=1
318             ;;
319         --only-install)
320             only_install="$1"; shift
321             ;;
322         --temp)
323             temp="$1"; shift
324             temp_preserve=1
325             ;;
326         --leave-temp)
327             temp_preserve=1
328             ;;
329         --repeat)
330             repeat=$((${1}+0)); shift
331             ;;
332         --retry)
333             retry=1
334             ;;
335         *_test=*)
336             suite="${arg%%_test=*}"
337             args="${arg#*=}"
338             testargs["$suite"]="$args"
339             ;;
340         *=*)
341             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
342             ;;
343         *)
344             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
345             exit 1
346             ;;
347     esac
348 done
349
350 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
351 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
352 NEED_SDK_R=true
353
354 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
355    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
356   NEED_SDK_R=false
357 fi
358
359 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
360   NEED_SDK_R=false
361 fi
362
363 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
364         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
365 fi
366
367 start_services() {
368     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
369         return 0
370     fi
371     . "$VENVDIR/bin/activate"
372     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
373     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
374         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
375     fi
376     # Remove empty api.pid file if it exists
377     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
378         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
379     fi
380     all_services_stopped=
381     fail=0
382     cd "$WORKSPACE" \
383         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo "fail=1; false") \
384         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
385         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
386         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
387         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
388         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
389         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
390         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
391         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo "fail=1; false") \
392         && (env | egrep ^ARVADOS) \
393         || fail=1
394     deactivate
395     if [[ $fail != 0 ]]; then
396         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
397     fi
398     return $fail
399 }
400
401 stop_services() {
402     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
403         return
404     fi
405     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
406     . "$VENVDIR/bin/activate" || return
407     cd "$WORKSPACE" \
408         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
409         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
410         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
411         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
412         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
413         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
414         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
415         && all_services_stopped=1
416     deactivate
417 }
418
419 interrupt() {
420     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
421     exit_cleanly
422 }
423 trap interrupt INT
424
425 setup_ruby_environment() {
426     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
427         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
428         using_rvm=true
429     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
430         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
431         using_rvm=true
432     else
433         using_rvm=false
434     fi
435
436     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
437         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
438         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
439         # the environment to the "current gemset", which would lose
440         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
441         # programs (for example, the Workbench test suite could not
442         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
443         # rvm gemset and use it for everything.
444
445         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
446             || fatal 'rvm check'
447
448         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
449         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
450         # complaint about not being in first place already.
451         rvm use @default 2>/dev/null
452
453         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
454         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
455         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
456         # ruby to the caller.
457         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
458         rvm use "@${gemset}" --create \
459             || fatal 'rvm gemset setup'
460
461         rvm env
462     else
463         # When our "bundle install"s need to install new gems to
464         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
465         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
466         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
467         # should be installed, and we should leave it alone.)
468
469         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
470             user_gempath="$(gem env gempath)"
471             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
472         fi
473         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
474
475         # When we build and install our own gems, we install them in our
476         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
477         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
478         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
479
480         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
481         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
482         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
483
484         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
485         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
486         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
487     fi
488     bundle config || gem install bundler \
489         || fatal 'install bundler'
490 }
491
492 with_test_gemset() {
493     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
494         "$@"
495     else
496         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
497     fi
498 }
499
500 gem_uninstall_if_exists() {
501     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
502         gem uninstall --force --all --executables "$1"
503     fi
504 }
505
506 setup_virtualenv() {
507     local venvdest="$1"; shift
508     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
509         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
510     elif [[ -n "$short" ]]; then
511         return
512     fi
513     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
514         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
515         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
516     else
517         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
518     fi
519     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
520     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
521 }
522
523 initialize() {
524     sanity_checks
525
526     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
527
528     if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
529         # Jenkins expects us to use this by default.
530         CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
531     fi
532
533     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
534     cd "$WORKSPACE"
535     find -name '*.pyc' -delete
536
537     if [[ -z "$temp" ]]; then
538         temp="$(mktemp -d)"
539     fi
540
541     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
542     for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
543     do
544         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
545             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
546         fi
547         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
548             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
549         fi
550     done
551
552     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
553
554     export PERLINSTALLBASE
555     export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
556
557     export R_LIBS
558
559     export GOPATH
560
561     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
562     # that happens even if we don't end up running services that set up
563     # logging.
564     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
565     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
566
567     unset http_proxy https_proxy no_proxy
568
569
570     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
571     # whine a lot.
572     setup_ruby_environment
573
574     echo "PATH is $PATH"
575 }
576
577 install_env() {
578     (
579         set -e
580         mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
581         if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
582             for d in \
583                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
584                     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
585                     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
586                 [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
587             done
588         fi
589         for d in \
590             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
591                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
592             [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
593         done
594         ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
595         go get -v github.com/kardianos/govendor
596         cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
597         if [[ -n "$short" ]]; then
598             go get -v -d ...
599             "$GOPATH/bin/govendor" sync
600         else
601             # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
602             # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
603             # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
604             rm -rf vendor/*/
605             go get -v -d ...
606             "$GOPATH/bin/govendor" sync
607             [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
608                 || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
609
610 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
611
612 ";
613         fi
614     ) || fatal "Go setup failed"
615
616     setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
617     . "$VENVDIR/bin/activate"
618
619     # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
620     pip install --no-cache-dir PyYAML \
621         || fatal "pip install PyYAML failed"
622
623     # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
624     # install" won't pick it up by default.
625     if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
626         pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
627             || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
628             || fatal "pip install apache-libcloud failed"
629     fi
630
631     # Deactivate Python 2 virtualenv
632     deactivate
633
634     # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
635     # Otherwise, skip dependent tests.
636     PYTHON3=$(which python3)
637     if [[ ${?} = 0 ]]; then
638         setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
639     else
640         PYTHON3=
641         cat >&2 <<EOF
642
643 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
644
645 EOF
646     fi
647
648     if ! which bundler >/dev/null
649     then
650         gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
651     fi
652 }
653
654 retry() {
655     remain="${repeat}"
656     while :
657     do
658         if ${@}; then
659             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
660                 remain=$((${remain}-1))
661                 title "(repeating ${remain} more times)"
662             else
663                 break
664             fi
665         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
666             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
667             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
668             then
669                 break
670             fi
671         else
672             break
673         fi
674     done
675 }
676
677 do_test() {
678     case "${1}" in
679         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
680             suite=apps/workbench
681             ;;
682         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
683             suite=services/nodemanager_suite
684             ;;
685         *)
686             suite="${1}"
687             ;;
688     esac
689     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
690               -n "${skip[$1]}" || \
691               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
692         return 0
693     fi
694     case "${1}" in
695         services/api)
696             stop_services
697             ;;
698         doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cmd | lib/dispatchcloud/ssh_executor | lib/dispatchcloud/worker)
699             # don't care whether services are running
700             ;;
701         *)
702             if ! start_services; then
703                 title "test $1 -- failed to start services"
704                 return 1
705             fi
706             ;;
707     esac
708     retry do_test_once ${@}
709 }
710
711 do_test_once() {
712     unset result
713
714     title "test $1"
715     timer_reset
716
717     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
718     if ! . "$VENVDIR/bin/activate"
719     then
720         result=1
721     elif [[ "$2" == "go" ]]
722     then
723         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
724         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
725         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
726         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
727         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
728         # compilation errors.
729         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
730             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
731             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
732             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
733         then
734             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
735             # does:
736             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
737         else
738             # The above form gets verbose even when testargs is
739             # empty, so use this form in such cases:
740             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
741         fi
742         result=${result:-$?}
743         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
744         then
745             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
746             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
747         fi
748     elif [[ "$2" == "pip" ]]
749     then
750         tries=0
751         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
752         do
753             tries=$((${tries}+1))
754             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
755             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
756             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
757             result=$?
758             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
759             then
760                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
761                 continue
762             else
763                 break
764             fi
765         done
766     elif [[ "$2" != "" ]]
767     then
768         "test_$2"
769     else
770         "test_$1"
771     fi
772     result=${result:-$?}
773     checkexit $result "$1 tests"
774     title "test $1 -- `timer`"
775     return $result
776 }
777
778 do_install() {
779     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
780         return 0
781     fi
782     retry do_install_once ${@}
783 }
784
785 do_install_once() {
786     title "install $1"
787     timer_reset
788
789     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
790     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENVDIR/bin/activate"; then
791         result=1
792     elif [[ "$2" == "go" ]]
793     then
794         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
795     elif [[ "$2" == "pip" ]]
796     then
797         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
798         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
799
800         # Need to change to a different directory after creating
801         # the source dist package to avoid a pip bug.
802         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
803
804         # Also need to install twice, because if it believes the package is
805         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
806         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
807         # install" ensures that we've actually installed the local package
808         # we just built.
809         cd "$WORKSPACE/$1" \
810             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
811             && cd "$WORKSPACE" \
812             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
813             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
814     elif [[ "$2" != "" ]]
815     then
816         "install_$2"
817     else
818         "install_$1"
819     fi
820     result=${result:-$?}
821     checkexit $result "$1 install"
822     title "install $1 -- `timer`"
823     return $result
824 }
825
826 bundle_install_trylocal() {
827     (
828         set -e
829         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
830         if ! bundle install --local --no-deployment; then
831             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
832             bundle install --no-deployment
833         fi
834         bundle package --all
835     )
836 }
837
838 install_doc() {
839     cd "$WORKSPACE/doc" \
840         && bundle_install_trylocal \
841         && rm -rf .site
842 }
843
844 install_gem() {
845     gemname=$1
846     srcpath=$2
847     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
848         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
849         && bundle_install_trylocal \
850         && gem build "$gemname.gemspec" \
851         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
852 }
853
854 install_sdk/ruby() {
855     install_gem arvados sdk/ruby
856 }
857
858 install_sdk/R() {
859   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
860     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
861        && Rscript --vanilla install_deps.R
862   fi
863 }
864
865 install_sdk/perl() {
866     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
867         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
868         && make install INSTALLDIRS=perl
869 }
870
871 install_sdk/cli() {
872     install_gem arvados-cli sdk/cli
873 }
874
875 install_services/login-sync() {
876     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
877 }
878
879 install_services/api() {
880     cd "$WORKSPACE/services/api" \
881         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
882
883     rm -f config/environments/test.rb
884     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
885
886     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
887     then
888         for f in database.yml
889         do
890             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
891         done
892     fi
893
894     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
895     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
896     # is a postgresql superuser.
897     cd "$WORKSPACE/services/api" \
898         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
899         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
900
901     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
902
903     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
904     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
905         (
906             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
907             set -ex
908             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
909             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
910         ) || return 1
911     fi
912
913     cd "$WORKSPACE/services/api" \
914         && rm -rf tmp/git \
915         && mkdir -p tmp/git \
916         && cd tmp/git \
917         && tar xf ../../test/test.git.tar \
918         && mkdir -p internal.git \
919         && git --git-dir internal.git init \
920             || return 1
921
922     cd "$WORKSPACE/services/api" \
923         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
924         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
925         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
926 }
927
928 declare -a pythonstuff
929 pythonstuff=(
930     sdk/pam
931     sdk/python
932     sdk/python:py3
933     sdk/cwl
934     sdk/cwl:py3
935     services/dockercleaner:py3
936     services/fuse
937     services/nodemanager
938     tools/crunchstat-summary
939 )
940
941 declare -a gostuff
942 gostuff=(
943     cmd/arvados-client
944     cmd/arvados-server
945     lib/cli
946     lib/cmd
947     lib/controller
948     lib/crunchstat
949     lib/cloud
950     lib/cloud/azure
951     lib/cloud/ec2
952     lib/dispatchcloud
953     lib/dispatchcloud/container
954     lib/dispatchcloud/scheduler
955     lib/dispatchcloud/ssh_executor
956     lib/dispatchcloud/worker
957     lib/service
958     sdk/go/arvados
959     sdk/go/arvadosclient
960     sdk/go/auth
961     sdk/go/blockdigest
962     sdk/go/dispatch
963     sdk/go/health
964     sdk/go/httpserver
965     sdk/go/manifest
966     sdk/go/asyncbuf
967     sdk/go/crunchrunner
968     sdk/go/stats
969     services/arv-git-httpd
970     services/crunchstat
971     services/health
972     services/keep-web
973     services/keepstore
974     sdk/go/keepclient
975     services/keep-balance
976     services/keepproxy
977     services/crunch-dispatch-local
978     services/crunch-dispatch-slurm
979     services/crunch-run
980     services/ws
981     tools/keep-block-check
982     tools/keep-exercise
983     tools/keep-rsync
984     tools/sync-groups
985 )
986
987 install_apps/workbench() {
988     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
989         && mkdir -p tmp/cache \
990         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
991         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
992 }
993
994 test_doc() {
995     (
996         set -e
997         cd "$WORKSPACE/doc"
998         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
999         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
1000         # do much good!
1001         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
1002     )
1003 }
1004
1005 test_services/api() {
1006     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1007     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1008         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
1009 }
1010
1011 test_sdk/ruby() {
1012     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1013         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1014 }
1015
1016 test_sdk/R() {
1017   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1018     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1019         && Rscript --vanilla run_test.R
1020   fi
1021 }
1022
1023 test_sdk/cli() {
1024     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1025         && mkdir -p /tmp/keep \
1026         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1027 }
1028
1029 test_services/login-sync() {
1030     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1031         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1032 }
1033
1034 test_services/nodemanager_integration() {
1035     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1036         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1037 }
1038
1039 test_apps/workbench_units() {
1040     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1041         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1042 }
1043
1044 test_apps/workbench_functionals() {
1045     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1046         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1047 }
1048
1049 test_apps/workbench_integration() {
1050     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1051         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1052 }
1053
1054 test_apps/workbench_benchmark() {
1055     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1056         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1057 }
1058
1059 test_apps/workbench_profile() {
1060     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1061         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1062 }
1063
1064 install_deps() {
1065     # Install parts needed by test suites
1066     do_install env
1067     do_install cmd/arvados-server go
1068     do_install sdk/cli
1069     do_install sdk/perl
1070     do_install sdk/python pip
1071     do_install sdk/ruby
1072     do_install services/api
1073     do_install services/arv-git-httpd go
1074     do_install services/keepproxy go
1075     do_install services/keepstore go
1076     do_install services/keep-web go
1077     do_install services/ws go
1078 }
1079
1080 install_all() {
1081     do_install env
1082     do_install doc
1083     do_install sdk/ruby
1084     do_install sdk/R
1085     do_install sdk/perl
1086     do_install sdk/cli
1087     do_install services/login-sync
1088     for p in "${pythonstuff[@]}"
1089     do
1090         dir=${p%:py3}
1091         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1092             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1093                 do_install ${dir} pip
1094             fi
1095         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1096             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1097                 do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1098             fi
1099         fi
1100     done
1101     do_install services/api
1102     for g in "${gostuff[@]}"
1103     do
1104         do_install "$g" go
1105     done
1106     do_install apps/workbench
1107 }
1108
1109 test_all() {
1110     stop_services
1111     do_test services/api
1112
1113     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1114     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1115     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1116         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1117         exit_cleanly
1118     fi
1119
1120     do_test doc
1121     do_test sdk/ruby
1122     do_test sdk/R
1123     do_test sdk/cli
1124     do_test services/login-sync
1125     do_test services/nodemanager_integration
1126     for p in "${pythonstuff[@]}"
1127     do
1128         dir=${p%:py3}
1129         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1130             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1131                 do_test ${dir} pip
1132             fi
1133         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1134             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1135                 do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1136             fi
1137         fi
1138     done
1139
1140     for g in "${gostuff[@]}"
1141     do
1142         do_test "$g" go
1143     done
1144     do_test apps/workbench_units
1145     do_test apps/workbench_functionals
1146     do_test apps/workbench_integration
1147     do_test apps/workbench_benchmark
1148     do_test apps/workbench_profile
1149 }
1150
1151 help_interactive() {
1152     echo "== Interactive commands:"
1153     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1154     echo "test TARGET"
1155     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1156     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1157     echo "install TARGET"
1158     echo "install env            (go/python libs)"
1159     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1160     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1161     echo "exit"
1162     echo "== Test targets:"
1163     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1164 }
1165
1166 initialize
1167
1168 declare -A testfuncargs=()
1169 for g in "${gostuff[@]}"; do
1170     testfuncargs[$g]="$g go"
1171 done
1172 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1173     dir=${p%:py3}
1174     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1175         testfuncargs[$p]="$dir pip $VENVDIR/bin/"
1176     else
1177         testfuncargs[$p]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1178     fi
1179 done
1180
1181 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1182     install_all
1183     test_all
1184 else
1185     skip=()
1186     only=()
1187     only_install=()
1188     if [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1189     setnextcmd() {
1190         if [[ "$nextcmd" != "install deps" ]]; then
1191             :
1192         elif [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then
1193             nextcmd="test lib/cmd"
1194         else
1195             nextcmd="install deps"
1196         fi
1197     }
1198     echo
1199     help_interactive
1200     nextcmd="install deps"
1201     setnextcmd
1202     while read -p 'What next? ' -e -i "${nextcmd}" nextcmd; do
1203         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1204         case "${verb}" in
1205             "" | "help")
1206                 help_interactive
1207                 ;;
1208             "exit" | "quit")
1209                 exit_cleanly
1210                 ;;
1211             "reset")
1212                 stop_services
1213                 ;;
1214             *)
1215                 target="${target%/}"
1216                 testargs["$target"]="${opts}"
1217                 case "$target" in
1218                     all | deps)
1219                         ${verb}_${target}
1220                         ;;
1221                     *)
1222                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1223                         tt="${tt:-$target}"
1224                         do_$verb $tt
1225                         ;;
1226                 esac
1227                 ;;
1228         esac
1229         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1230             report_outcomes
1231             successes=()
1232             failures=()
1233         fi
1234         cd "$WORKSPACE"
1235         setnextcmd
1236     done
1237     echo
1238 fi
1239 exit_cleanly