doc/user/tutorials/tutorial-job-debug.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 navmenu: Tutorials
   5 title: "Debugging a Crunch script"
   6
   7 ...
   8
   9 h1. Debugging a Crunch script
  10
  11 To test changes to a script by running a job, the change must be pushed into @git@, the job queued asynchronously, and the actual execution may be run on any compute server.  As a result, debugging a script can be difficult and time consuming.  This tutorial demonstrates using @arv-crunch-job@ to run your job in your local VM.  This avoids the job queue and allows you to execute the script from your uncomitted git tree.
  12
  13 *This tutorial assumes that you are "logged into an Arvados VM instance":{{site.baseurl}}/user/getting_started/ssh-access.html#login, and have a "working environment.":{{site.baseurl}}/user/getting_started/check-environment.html*
  14
  15 This tutorial uses _you_ to denote your username.  Replace _you_ with your user name in all the following examples.
  16
  17 h2. Create a new script
  18
  19 Change to your git directory and create a new script in "crunch_scripts/".
  20
  21 <notextile>
  22 <pre><code>~$ <span class="userinput">cd <b>you</b>/crunch_scripts</span>
  23 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;hello-world.py &lt;&lt;EOF
  24 #!/usr/bin/env python
  25
  26 print "hello world"
  27 EOF</span>
  28 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">chmod +x hello-world.py</span>
  29 </code></pre>
  30 </notextile>
  31
  32 h2. Using arv-crunch-job to run the job in your VM
  33
  34 Instead of a git commit hash, we provide the path to the directory in the "script_version" parameter.  The script specified in "script" will actually be searched for in the "crunch_scripts/" subdirectory of the directory specified "script_version".  Although we are running the script locally, the script still requires access to the Arvados API server and Keep storage service. The job will be recorded in the Arvados job history, and visible in Workbench.
  35
  36 <notextile>
  37 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;~/the_job &lt;&lt;EOF
  38 {
  39  "script":"hello-world.py",
  40  "script_version":"/home/you/you",
  41  "script_parameters":{}
  42 }
  43 EOF</span>
  44 ~/<b>you</b>/crunch_scripts</span>$ <span class="userinput">arv-crunch-job --job "$(cat ~/the_job)"</span>
  45 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  check slurm allocation
  46 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  node localhost - 1 slots
  47 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  start
  48 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  script hello-world.py
  49 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  script_version /home/you/you
  50 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  script_parameters {}
  51 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  runtime_constraints {"max_tasks_per_node":0}
  52 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  start level 0
  53 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  status: 0 done, 0 running, 1 todo
  54 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 job_task qr1hi-ot0gb-4zdajby8cjmlguh
  55 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 child 29834 started on localhost.1
  56 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  status: 0 done, 1 running, 0 todo
  57 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 stderr hello world
  58 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 child 29834 on localhost.1 exit 0 signal 0 success=
  59 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 failure (#1, permanent) after 0 seconds
  60 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 output
  61 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  Every node has failed -- giving up on this round
  62 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  wait for last 0 children to finish
  63 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  status: 0 done, 0 running, 0 todo
  64 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  Freeze not implemented
  65 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  collate
  66 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  output d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e+0
  67 2013-12-12_21:36:44 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  meta key is c00bfbd58e6f58ce3bebdd47f745a70f+1857
  68 </code></pre>
  69 </notextile>
  70
  71 This is the line of interest:
  72
  73 bc. 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 stderr hello world
  74
  75 The script's output is captured in the log, which is useful for print statement debugging. However, although this script returned a status code of 0 (success), the job failed.  Why?  For a job to complete successfully scripts must explicitly add their output to Keep, and then tell Arvados about it.  Here is a second try:
  76
  77 <notextile>
  78 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;hello-world-fixed.py &lt;&lt;EOF
  79 #!/usr/bin/env python
  80
  81 import arvados
  82
  83 # Create a new collection
  84 out = arvados.CollectionWriter()
  85
  86 # Set the name of the file in the collection to write to
  87 out.set_current_file_name('hello.txt')
  88
  89 # Actually output our text
  90 out.write('hello world')
  91
  92 # Commit the collection to Keep
  93 out_collection = out.finish()
  94
  95 # Tell Arvados which Keep object is our output
  96 arvados.current_task().set_output(out_collection)
  97
  98 # Done!
  99 EOF</span>
 100 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">chmod +x hello-world-fixed.py</span>
 101 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;~/the_job &lt;&lt;EOF
 102 {
 103  "script":"hello-world-fixed.py",
 104  "script_version":"/home/you/you",
 105  "script_parameters":{}
 106 }
 107 EOF</span>
 108 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv-crunch-job --job "$(cat ~/the_job)"</span>
 109 2013-12-12_21:56:59 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  check slurm allocation
 110 2013-12-12_21:56:59 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  node localhost - 1 slots
 111 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  start
 112 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  script hello-world-fixed.py
 113 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  script_version /home/you/you
 114 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  script_parameters {}
 115 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  runtime_constraints {"max_tasks_per_node":0}
 116 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  start level 0
 117 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  status: 0 done, 0 running, 1 todo
 118 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 job_task qr1hi-ot0gb-u8g594ct0wt7f3f
 119 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 child 31585 started on localhost.1
 120 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  status: 0 done, 1 running, 0 todo
 121 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 child 31585 on localhost.1 exit 0 signal 0 success=true
 122 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 success in 1 seconds
 123 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 output 576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53
 124 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  wait for last 0 children to finish
 125 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  status: 1 done, 0 running, 0 todo
 126 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  Freeze not implemented
 127 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  collate
 128 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  output 576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53
 129 WARNING:root:API lookup failed for collection 576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53 (<class 'apiclient.errors.HttpError'>: <HttpError 404 when requesting https://qr1hi.arvadosapi.com/arvados/v1/collections/576c44d762ba241b0a674aa43152b52a%2B53?alt=json returned "Not Found">)
 130 2013-12-12_21:57:03 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  finish
 131 </code></pre>
 132 </notextile>
 133
 134 (The WARNING issued near the end of the script may be safely ignored here; it is the Arvados SDK letting you know that it could not find a collection named @576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53@ and that it is going to try looking up a block by that name instead.)
 135
 136 The job succeeded, with output in Keep object @576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53@.  Let's look at our output:
 137
 138 <notextile>
 139 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv keep get 576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53/hello.txt</span>
 140 hello world
 141 </code></pre>
 142 </notextile>
 143
 144 h3. Location of temporary files
 145
 146 Crunch job tasks are supplied with @TASK_WORK@ and @JOB_WORK@ environment variables, to be used as scratch space.  When running in local development mode using @arv-crunch-job@, Crunch sets these variables to point to directory called @crunch-job-{USERID}@ in @TMPDIR@ (or @/tmp@ if @TMPDIR@ is not set).
 147
 148 * Set @TMPDIR@ to @/scratch@ to make Crunch use a directory like @/scratch/crunch-job-{USERID}/@ for temporary space.
 149
 150 * Set @CRUNCH_TMP@ to @/scratch/foo@ to make Crunch use @/scratch/foo/@ for temporary space (omitting the default @crunch-job-{USERID}@ leaf name)
 151
 152 h3. Testing job scripts without SDKs and Keep access
 153
 154 Read and write data to @/tmp/@ instead of Keep. This only works with the Python SDK.
 155
 156 notextile. <pre><code>~$ <span class="userinput">export KEEP_LOCAL_STORE=/tmp</span></code></pre>
 157
 158 Next, "parallel tasks.":tutorial-parallel.html