build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 cmd/arvados-server
  74 doc
  75 lib/cli
  76 lib/cmd
  77 lib/controller
  78 lib/crunchstat
  79 lib/dispatchcloud
  80 services/api
  81 services/arv-git-httpd
  82 services/crunchstat
  83 services/dockercleaner
  84 services/fuse
  85 services/health
  86 services/keep-web
  87 services/keepproxy
  88 services/keepstore
  89 services/keep-balance
  90 services/login-sync
  91 services/nodemanager
  92 services/nodemanager_integration
  93 services/crunch-run
  94 services/crunch-dispatch-local
  95 services/crunch-dispatch-slurm
  96 services/ws
  97 sdk/cli
  98 sdk/pam
  99 sdk/python
 100 sdk/python:py3
 101 sdk/ruby
 102 sdk/go/arvados
 103 sdk/go/arvadosclient
 104 sdk/go/dispatch
 105 sdk/go/keepclient
 106 sdk/go/health
 107 sdk/go/httpserver
 108 sdk/go/manifest
 109 sdk/go/blockdigest
 110 sdk/go/asyncbuf
 111 sdk/go/stats
 112 sdk/go/crunchrunner
 113 sdk/cwl
 114 sdk/R
 115 tools/sync-groups
 116 tools/crunchstat-summary
 117 tools/keep-exercise
 118 tools/keep-rsync
 119 tools/keep-block-check
 120
 121 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 122     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 123
 124 EOF
 125
 126 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 127 # environment that could interfere with the tests.
 128 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 129
 130 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 131 # accident.
 132 GITDIR=
 133 GOPATH=
 134 VENVDIR=
 135 VENV3DIR=
 136 PYTHONPATH=
 137 GEMHOME=
 138 PERLINSTALLBASE=
 139 R_LIBS=
 140
 141 short=
 142 only_install=
 143 temp=
 144 temp_preserve=
 145
 146 clear_temp() {
 147     if [[ -z "$temp" ]]; then
 148         # we didn't even get as far as making a temp dir
 149         :
 150     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 151         rm -rf "$temp"
 152     else
 153         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 154     fi
 155 }
 156
 157 fatal() {
 158     clear_temp
 159     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 160     exit 1
 161 }
 162
 163 exit_cleanly() {
 164     trap - INT
 165     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 166     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 167     stop_services
 168     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 169     report_outcomes
 170     clear_temp
 171     exit ${#failures}
 172 }
 173
 174 sanity_checks() {
 175     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 176         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 177     echo Checking dependencies:
 178     echo -n 'virtualenv: '
 179     virtualenv --version \
 180         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 181     echo -n 'ruby: '
 182     ruby -v \
 183         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 184     echo -n 'go: '
 185     go version \
 186         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 187     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 188         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 189     echo -n 'gcc: '
 190     gcc --version | egrep ^gcc \
 191         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 192     echo -n 'fuse.h: '
 193     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 194         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 195     echo -n 'gnutls.h: '
 196     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 197         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 198     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 199     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 200         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 201     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 202     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 203         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 204     echo -n 'nginx: '
 205     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 206         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 207     echo -n 'perl: '
 208     perl -v | grep version \
 209         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 210     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 211         echo -n "perl $mod: "
 212         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 213             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 214     done
 215     echo -n 'gitolite: '
 216     which gitolite \
 217         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 218     echo -n 'npm: '
 219     npm --version \
 220         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 221     echo -n 'cadaver: '
 222     cadaver --version | grep -w cadaver \
 223           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 224     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 225     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 226         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 227     echo -n 'libcurl curl.h: '
 228     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 229         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 230     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 231     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 232         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 233     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 234     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 235             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 236     else
 237             echo "OK"
 238     fi
 239     echo -n 'postgresql: '
 240     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 241     echo -n 'phantomjs: '
 242     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 243     echo -n 'xvfb: '
 244     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 245     echo -n 'graphviz: '
 246     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 247
 248     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 249       # R SDK stuff
 250       echo -n 'R: '
 251       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 252       echo -n 'testthat: '
 253       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 254       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 255       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 256       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 257       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 258     fi
 259 }
 260
 261 rotate_logfile() {
 262   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 263   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 264   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 265     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 266     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 267     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 268   fi
 269 }
 270
 271 declare -a failures
 272 declare -A skip
 273 declare -A testargs
 274 skip[apps/workbench_profile]=1
 275 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 276 skip[services/nodemanager_integration]=1
 277
 278 while [[ -n "$1" ]]
 279 do
 280     arg="$1"; shift
 281     case "$arg" in
 282         --help)
 283             echo >&2 "$helpmessage"
 284             echo >&2
 285             exit 1
 286             ;;
 287         --skip)
 288             skip[$1]=1; shift
 289             ;;
 290         --only)
 291             only="$1"; skip[$1]=""; shift
 292             ;;
 293         --short)
 294             short=1
 295             ;;
 296         --skip-install)
 297             only_install=nothing
 298             ;;
 299         --only-install)
 300             only_install="$1"; shift
 301             ;;
 302         --temp)
 303             temp="$1"; shift
 304             temp_preserve=1
 305             ;;
 306         --leave-temp)
 307             temp_preserve=1
 308             ;;
 309         --repeat)
 310             repeat=$((${1}+0)); shift
 311             ;;
 312         --retry)
 313             retry=1
 314             ;;
 315         *_test=*)
 316             suite="${arg%%_test=*}"
 317             args="${arg#*=}"
 318             testargs["$suite"]="$args"
 319             ;;
 320         *=*)
 321             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 322             ;;
 323         *)
 324             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 325             exit 1
 326             ;;
 327     esac
 328 done
 329
 330 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 331 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 332 NEED_SDK_R=true
 333
 334 if [[ ! -z "${only}" && "${only}" != "sdk/R" ]]; then
 335   NEED_SDK_R=false
 336 fi
 337
 338 if [[ ! -z "${skip}" && "${skip}" == "sdk/R" ]]; then
 339   NEED_SDK_R=false
 340 fi
 341
 342 start_services() {
 343     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 344     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 345         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 346     fi
 347     # Remove empty api.pid file if it exists
 348     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 349         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 350     fi
 351     cd "$WORKSPACE" \
 352         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo fail=1) \
 353         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 354         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 355         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 356         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 357         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 358         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 359         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 360         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo fail=1) \
 361         && (env | egrep ^ARVADOS)
 362     if [[ -n "$fail" ]]; then
 363        return 1
 364     fi
 365 }
 366
 367 stop_services() {
 368     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 369         return
 370     fi
 371     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 372     cd "$WORKSPACE" \
 373         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 374         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 375         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 376         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 377         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 378         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 379         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 380 }
 381
 382 interrupt() {
 383     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 384     exit_cleanly
 385 }
 386 trap interrupt INT
 387
 388 sanity_checks
 389
 390 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 391
 392 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 393     # Jenkins expects us to use this by default.
 394     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 395 fi
 396
 397 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 398 cd "$WORKSPACE"
 399 find -name '*.pyc' -delete
 400
 401 if [[ -z "$temp" ]]; then
 402     temp="$(mktemp -d)"
 403 fi
 404
 405 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 406 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 407 do
 408     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 409         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 410     fi
 411     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 412         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 413     fi
 414 done
 415
 416 rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 417
 418 setup_ruby_environment() {
 419     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 420         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 421         using_rvm=true
 422     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 423         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 424         using_rvm=true
 425     else
 426         using_rvm=false
 427     fi
 428
 429     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 430         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 431         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 432         # the environment to the "current gemset", which would lose
 433         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 434         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 435         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 436         # rvm gemset and use it for everything.
 437
 438         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 439             || fatal 'rvm check'
 440
 441         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 442         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 443         # complaint about not being in first place already.
 444         rvm use @default 2>/dev/null
 445
 446         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 447         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 448         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 449         # ruby to the caller.
 450         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 451         rvm use "@${gemset}" --create \
 452             || fatal 'rvm gemset setup'
 453
 454         rvm env
 455     else
 456         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 457         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 458         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 459         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 460         # should be installed, and we should leave it alone.)
 461
 462         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 463             user_gempath="$(gem env gempath)"
 464             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 465         fi
 466         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 467
 468         # When we build and install our own gems, we install them in our
 469         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 470         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 471         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 472
 473         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 474         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 475         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 476
 477         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 478         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 479         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 480     fi
 481     bundle config || gem install bundler \
 482         || fatal 'install bundler'
 483 }
 484
 485 with_test_gemset() {
 486     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 487         "$@"
 488     else
 489         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 490     fi
 491 }
 492
 493 gem_uninstall_if_exists() {
 494     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 495         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 496     fi
 497 }
 498
 499 setup_virtualenv() {
 500     local venvdest="$1"; shift
 501     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 502         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 503     elif [[ -n "$short" ]]; then
 504         return
 505     fi
 506     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 507         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 508         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 509     else
 510         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 511     fi
 512     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 513     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 514 }
 515
 516 export PERLINSTALLBASE
 517 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 518
 519 export R_LIBS
 520
 521 export GOPATH
 522 (
 523     set -e
 524     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 525     rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "${temp}/GOPATH"
 526     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 527         for d in \
 528             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 529                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 530                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 531             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 532         done
 533     fi
 534     for d in \
 535         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 536         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 537         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 538     done
 539     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 540     go get -v github.com/kardianos/govendor
 541     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 542     if [[ -n "$short" ]]; then
 543         go get -v -d ...
 544         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 545     else
 546         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
 547         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
 548         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
 549         rm -rf vendor/*/
 550         go get -v -d ...
 551         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 552         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 553             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 554
 555 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
 556
 557 ";
 558     fi
 559 ) || fatal "Go setup failed"
 560
 561 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 562 . "$VENVDIR/bin/activate"
 563
 564 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 565 pip install --no-cache-dir PyYAML \
 566     || fatal "pip install PyYAML failed"
 567
 568 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 569 # install" won't pick it up by default.
 570 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 571     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 572         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 573         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 574 fi
 575
 576 # Deactivate Python 2 virtualenv
 577 deactivate
 578
 579 declare -a pythonstuff
 580 pythonstuff=(
 581     sdk/pam
 582     sdk/python
 583     sdk/python:py3
 584     sdk/cwl
 585     services/dockercleaner:py3
 586     services/fuse
 587     services/nodemanager
 588     tools/crunchstat-summary
 589     )
 590
 591 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 592 # Otherwise, skip dependent tests.
 593 PYTHON3=$(which python3)
 594 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 595     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 596 else
 597     PYTHON3=
 598     cat >&2 <<EOF
 599
 600 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 601
 602 EOF
 603 fi
 604
 605 # Reactivate Python 2 virtualenv
 606 . "$VENVDIR/bin/activate"
 607
 608 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 609 # whine a lot.
 610 setup_ruby_environment
 611
 612 echo "PATH is $PATH"
 613
 614 if ! which bundler >/dev/null
 615 then
 616     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 617 fi
 618
 619 # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 620 # that happens even if we don't end up running services that set up
 621 # logging.
 622 mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 623 touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 624
 625 retry() {
 626     remain="${repeat}"
 627     while :
 628     do
 629         if ${@}; then
 630             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 631                 remain=$((${remain}-1))
 632                 title "Repeating ${remain} more times"
 633             else
 634                 break
 635             fi
 636         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 637             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 638             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 639             then
 640                 break
 641             fi
 642         else
 643             break
 644         fi
 645     done
 646 }
 647
 648 do_test() {
 649     case "${1}" in
 650         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 651             suite=apps/workbench
 652             ;;
 653         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 654             suite=services/nodemanager_suite
 655             ;;
 656         *)
 657             suite="${1}"
 658             ;;
 659     esac
 660     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 661               (-z "${only}" || "${only}" == "${suite}" || \
 662                    "${only}" == "${1}") ||
 663                   "${only}" == "${2}" ]]; then
 664         retry do_test_once ${@}
 665     else
 666         title "Skipping ${1} tests"
 667     fi
 668 }
 669
 670 do_test_once() {
 671     unset result
 672
 673     title "Running $1 tests"
 674     timer_reset
 675     if [[ "$2" == "go" ]]
 676     then
 677         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 678         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 679         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 680         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 681         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 682         # compilation errors.
 683         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 684             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 685             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 686             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 687         then
 688             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 689             # does:
 690             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 691         else
 692             # The above form gets verbose even when testargs is
 693             # empty, so use this form in such cases:
 694             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 695         fi
 696         result=${result:-$?}
 697         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 698         then
 699             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 700             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 701         fi
 702     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 703     then
 704         tries=0
 705         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 706         do
 707             tries=$((${tries}+1))
 708             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 709             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 710             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 711             result=$?
 712             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 713             then
 714                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 715                 continue
 716             else
 717                 break
 718             fi
 719         done
 720     elif [[ "$2" != "" ]]
 721     then
 722         "test_$2"
 723     else
 724         "test_$1"
 725     fi
 726     result=${result:-$?}
 727     checkexit $result "$1 tests"
 728     title "End of $1 tests (`timer`)"
 729     return $result
 730 }
 731
 732 do_install() {
 733   skipit=false
 734
 735   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" ]]; then
 736       retry do_install_once ${@}
 737   else
 738       skipit=true
 739   fi
 740
 741   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 742     title "Skipping $1 install"
 743   fi
 744 }
 745
 746 do_install_once() {
 747     title "Running $1 install"
 748     timer_reset
 749     if [[ "$2" == "go" ]]
 750     then
 751         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 752     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 753     then
 754         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 755         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 756
 757         # Need to change to a different directory after creating
 758         # the source dist package to avoid a pip bug.
 759         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 760
 761         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 762         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 763         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 764         # install" ensures that we've actually installed the local package
 765         # we just built.
 766         cd "$WORKSPACE/$1" \
 767             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 768             && cd "$WORKSPACE" \
 769             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 770             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 771     elif [[ "$2" != "" ]]
 772     then
 773         "install_$2"
 774     else
 775         "install_$1"
 776     fi
 777     result=$?
 778     checkexit $result "$1 install"
 779     title "End of $1 install (`timer`)"
 780     return $result
 781 }
 782
 783 bundle_install_trylocal() {
 784     (
 785         set -e
 786         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 787         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 788             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 789             bundle install --no-deployment
 790         fi
 791         bundle package --all
 792     )
 793 }
 794
 795 install_doc() {
 796     cd "$WORKSPACE/doc" \
 797         && bundle_install_trylocal \
 798         && rm -rf .site
 799 }
 800 do_install doc
 801
 802 install_gem() {
 803     gemname=$1
 804     srcpath=$2
 805     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 806         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 807         && bundle_install_trylocal \
 808         && gem build "$gemname.gemspec" \
 809         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 810 }
 811
 812 install_ruby_sdk() {
 813     install_gem arvados sdk/ruby
 814 }
 815 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 816
 817 install_R_sdk() {
 818   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 819     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 820        && Rscript --vanilla install_deps.R
 821   fi
 822 }
 823 do_install sdk/R R_sdk
 824
 825 install_perl_sdk() {
 826     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 827         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 828         && make install INSTALLDIRS=perl
 829 }
 830 do_install sdk/perl perl_sdk
 831
 832 install_cli() {
 833     install_gem arvados-cli sdk/cli
 834 }
 835 do_install sdk/cli cli
 836
 837 install_login-sync() {
 838     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 839 }
 840 do_install services/login-sync login-sync
 841
 842 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 843 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 844 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 845 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 846 # keepproxy).
 847 for p in "${pythonstuff[@]}"
 848 do
 849     dir=${p%:py3}
 850     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 851         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 852             do_install ${dir} pip
 853         fi
 854     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 855         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 856             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 857         fi
 858     fi
 859 done
 860
 861 install_apiserver() {
 862     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 863         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 864
 865     rm -f config/environments/test.rb
 866     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 867
 868     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 869     then
 870         for f in database.yml
 871         do
 872             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 873         done
 874     fi
 875
 876     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 877     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 878     # is a postgresql superuser.
 879     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 880         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 881         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 882
 883     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 884
 885     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 886     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 887         (
 888             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 889             set -ex
 890             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 891             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 892         ) || return 1
 893     fi
 894
 895     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 896         && rm -rf tmp/git \
 897         && mkdir -p tmp/git \
 898         && cd tmp/git \
 899         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 900         && mkdir -p internal.git \
 901         && git --git-dir internal.git init \
 902             || return 1
 903
 904     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 905         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 906         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 907         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 908 }
 909 do_install services/api apiserver
 910
 911 declare -a gostuff
 912 gostuff=(
 913     cmd/arvados-client
 914     cmd/arvados-server
 915     lib/cli
 916     lib/cmd
 917     lib/controller
 918     lib/crunchstat
 919     lib/dispatchcloud
 920     sdk/go/arvados
 921     sdk/go/arvadosclient
 922     sdk/go/blockdigest
 923     sdk/go/dispatch
 924     sdk/go/health
 925     sdk/go/httpserver
 926     sdk/go/manifest
 927     sdk/go/asyncbuf
 928     sdk/go/crunchrunner
 929     sdk/go/stats
 930     services/arv-git-httpd
 931     services/crunchstat
 932     services/health
 933     services/keep-web
 934     services/keepstore
 935     sdk/go/keepclient
 936     services/keep-balance
 937     services/keepproxy
 938     services/crunch-dispatch-local
 939     services/crunch-dispatch-slurm
 940     services/crunch-run
 941     services/ws
 942     tools/keep-block-check
 943     tools/keep-exercise
 944     tools/keep-rsync
 945     tools/sync-groups
 946 )
 947 for g in "${gostuff[@]}"
 948 do
 949     do_install "$g" go
 950 done
 951
 952 install_workbench() {
 953     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 954         && mkdir -p tmp/cache \
 955         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 956         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 957 }
 958 do_install apps/workbench workbench
 959
 960 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 961
 962 test_doclinkchecker() {
 963     (
 964         set -e
 965         cd "$WORKSPACE/doc"
 966         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 967         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 968         # do much good!
 969         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 970     )
 971 }
 972 do_test doc doclinkchecker
 973
 974 stop_services
 975
 976 test_apiserver() {
 977     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 978     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 979         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 980 }
 981 do_test services/api apiserver
 982
 983 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 984 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 985 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 986   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 987   exit_cleanly
 988 fi
 989
 990 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 991
 992 test_ruby_sdk() {
 993     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 994         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 995 }
 996 do_test sdk/ruby ruby_sdk
 997
 998 test_R_sdk() {
 999   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1000     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1001         && Rscript --vanilla run_test.R
1002   fi
1003 }
1004
1005 do_test sdk/R R_sdk
1006
1007 test_cli() {
1008     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1009         && mkdir -p /tmp/keep \
1010         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1011 }
1012 do_test sdk/cli cli
1013
1014 test_login-sync() {
1015     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1016         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1017 }
1018 do_test services/login-sync login-sync
1019
1020 test_nodemanager_integration() {
1021     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1022         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1023 }
1024 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1025
1026 for p in "${pythonstuff[@]}"
1027 do
1028     dir=${p%:py3}
1029     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1030         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1031             do_test ${dir} pip
1032         fi
1033     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1034         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1035             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1036         fi
1037     fi
1038 done
1039
1040 for g in "${gostuff[@]}"
1041 do
1042     do_test "$g" go
1043 done
1044
1045 test_workbench_units() {
1046     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1047         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1048 }
1049 do_test apps/workbench_units workbench_units
1050
1051 test_workbench_functionals() {
1052     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1053         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1054 }
1055 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1056
1057 test_workbench_integration() {
1058     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1059         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1060 }
1061 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1062
1063
1064 test_workbench_benchmark() {
1065     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1066         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1067 }
1068 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1069
1070 test_workbench_profile() {
1071     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1072         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1073 }
1074 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1075
1076 exit_cleanly