sdk/cwl/tests/arvados-tests.sh

   1 #!/bin/sh
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5
   6 if ! arv-get d7514270f356df848477718d58308cc4+94 > /dev/null ; then
   7     arv-put --portable-data-hash testdir/*
   8 fi
   9 if ! arv-get f225e6259bdd63bc7240599648dde9f1+97 > /dev/null ; then
  10     arv-put --portable-data-hash hg19/*
  11 fi
  12 if ! arv-get 4d8a70b1e63b2aad6984e40e338e2373+69 > /dev/null ; then
  13     arv-put --portable-data-hash secondaryFiles/hello.txt*
  14 fi
  15 if ! arv-get 20850f01122e860fb878758ac1320877+71 > /dev/null ; then
  16     arv-put --portable-data-hash samples/sample1_S01_R1_001.fastq.gz
  17 fi
  18
  19 exec cwltest --test arvados-tests.yml --tool arvados-cwl-runner $@ -- --disable-reuse --compute-checksum --api=containers