apps/workbench/app/models/arvados_base.rb

   1 class ArvadosBase < ActiveRecord::Base
   2   self.abstract_class = true
   3   attr_accessor :attribute_sortkey
   4   attr_accessor :create_params
   5
   6   def self.arvados_api_client
   7     ArvadosApiClient.new_or_current
   8   end
   9
  10   def arvados_api_client
  11     ArvadosApiClient.new_or_current
  12   end
  13
  14   def self.uuid_infix_object_kind
  15     @@uuid_infix_object_kind ||=
  16       begin
  17         infix_kind = {}
  18         arvados_api_client.discovery[:schemas].each do |name, schema|
  19           if schema[:uuidPrefix]
  20             infix_kind[schema[:uuidPrefix]] =
  21               'arvados#' + name.to_s.camelcase(:lower)
  22           end
  23         end
  24
  25         # Recognize obsolete types.
  26         infix_kind.
  27           merge('mxsvm' => 'arvados#pipelineTemplate', # Pipeline
  28                 'uo14g' => 'arvados#pipelineInstance', # PipelineInvocation
  29                 'ldvyl' => 'arvados#group') # Project
  30       end
  31   end
  32
  33   def initialize raw_params={}, create_params={}
  34     super self.class.permit_attribute_params(raw_params)
  35     @create_params = create_params
  36     @attribute_sortkey ||= {
  37       'id' => nil,
  38       'name' => '000',
  39       'owner_uuid' => '002',
  40       'event_type' => '100',
  41       'link_class' => '100',
  42       'group_class' => '100',
  43       'tail_uuid' => '101',
  44       'head_uuid' => '102',
  45       'object_uuid' => '102',
  46       'summary' => '104',
  47       'description' => '104',
  48       'properties' => '150',
  49       'info' => '150',
  50       'created_at' => '200',
  51       'modified_at' => '201',
  52       'modified_by_user_uuid' => '202',
  53       'modified_by_client_uuid' => '203',
  54       'uuid' => '999',
  55     }
  56   end
  57
  58   def self.columns
  59     return @columns if @columns.andand.any?
  60     @columns = []
  61     @attribute_info ||= {}
  62     schema = arvados_api_client.discovery[:schemas][self.to_s.to_sym]
  63     return @columns if schema.nil?
  64     schema[:properties].each do |k, coldef|
  65       case k
  66       when :etag, :kind
  67         attr_reader k
  68       else
  69         if coldef[:type] == coldef[:type].downcase
  70           # boolean, integer, etc.
  71           @columns << column(k, coldef[:type].to_sym)
  72         else
  73           # Hash, Array
  74           @columns << column(k, :text)
  75           serialize k, coldef[:type].constantize
  76         end
  77         @attribute_info[k] = coldef
  78       end
  79     end
  80     @columns
  81   end
  82
  83   def self.column(name, sql_type = nil, default = nil, null = true)
  84     ActiveRecord::ConnectionAdapters::Column.new(name.to_s, default, sql_type.to_s, null)
  85   end
  86
  87   def self.attribute_info
  88     self.columns
  89     @attribute_info
  90   end
  91
  92   def self.find(uuid, opts={})
  93     if uuid.class != String or uuid.length < 27 then
  94       raise 'argument to find() must be a uuid string. Acceptable formats: warehouse locator or string with format xxxxx-xxxxx-xxxxxxxxxxxxxxx'
  95     end
  96
  97     if self == ArvadosBase
  98       # Determine type from uuid and defer to the appropriate subclass.
  99       return resource_class_for_uuid(uuid).find(uuid, opts)
 100     end
 101
 102     # Only do one lookup on the API side per {class, uuid, workbench
 103     # request} unless {cache: false} is given via opts.
 104     cache_key = "request_#{Thread.current.object_id}_#{self.to_s}_#{uuid}"
 105     if opts[:cache] == false
 106       Rails.cache.write cache_key, arvados_api_client.api(self, '/' + uuid)
 107     end
 108     hash = Rails.cache.fetch cache_key do
 109       arvados_api_client.api(self, '/' + uuid)
 110     end
 111     new.private_reload(hash)
 112   end
 113
 114   def self.find?(*args)
 115     find(*args) rescue nil
 116   end
 117
 118   def self.order(*args)
 119     ArvadosResourceList.new(self).order(*args)
 120   end
 121
 122   def self.filter(*args)
 123     ArvadosResourceList.new(self).filter(*args)
 124   end
 125
 126   def self.where(*args)
 127     ArvadosResourceList.new(self).where(*args)
 128   end
 129
 130   def self.limit(*args)
 131     ArvadosResourceList.new(self).limit(*args)
 132   end
 133
 134   def self.select(*args)
 135     ArvadosResourceList.new(self).select(*args)
 136   end
 137
 138   def self.eager(*args)
 139     ArvadosResourceList.new(self).eager(*args)
 140   end
 141
 142   def self.all(*args)
 143     ArvadosResourceList.new(self).all(*args)
 144   end
 145
 146   def self.permit_attribute_params raw_params
 147     # strong_parameters does not provide security in Workbench: anyone
 148     # who can get this far can just as well do a call directly to our
 149     # database (Arvados) with the same credentials we use.
 150     #
 151     # The following permit! is necessary even with
 152     # "ActionController::Parameters.permit_all_parameters = true",
 153     # because permit_all does not permit nested attributes.
 154     ActionController::Parameters.new(raw_params).permit!
 155   end
 156
 157   def self.create raw_params={}, create_params={}
 158     x = super(permit_attribute_params(raw_params))
 159     x.create_params = create_params
 160     x
 161   end
 162
 163   def update_attributes raw_params={}
 164     super(self.class.permit_attribute_params(raw_params))
 165   end
 166
 167   def save
 168     obdata = {}
 169     self.class.columns.each do |col|
 170       obdata[col.name.to_sym] = self.send(col.name.to_sym)
 171     end
 172     obdata.delete :id
 173     postdata = { self.class.to_s.underscore => obdata }
 174     if etag
 175       postdata['_method'] = 'PUT'
 176       obdata.delete :uuid
 177       resp = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid, postdata)
 178     else
 179       postdata.merge!(@create_params) if @create_params
 180       resp = arvados_api_client.api(self.class, '', postdata)
 181     end
 182     return false if !resp[:etag] || !resp[:uuid]
 183
 184     # set read-only non-database attributes
 185     @etag = resp[:etag]
 186     @kind = resp[:kind]
 187
 188     # attributes can be modified during "save" -- we should update our copies
 189     resp.keys.each do |attr|
 190       if self.respond_to? "#{attr}=".to_sym
 191         self.send(attr.to_s + '=', resp[attr.to_sym])
 192       end
 193     end
 194
 195     @new_record = false
 196
 197     self
 198   end
 199
 200   def save!
 201     self.save or raise Exception.new("Save failed")
 202   end
 203
 204   def destroy
 205     if etag || uuid
 206       postdata = { '_method' => 'DELETE' }
 207       resp = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid, postdata)
 208       resp[:etag] && resp[:uuid] && resp
 209     else
 210       true
 211     end
 212   end
 213
 214   def links(*args)
 215     o = {}
 216     o.merge!(args.pop) if args[-1].is_a? Hash
 217     o[:link_class] ||= args.shift
 218     o[:name] ||= args.shift
 219     o[:tail_uuid] = self.uuid
 220     if all_links
 221       return all_links.select do |m|
 222         ok = true
 223         o.each do |k,v|
 224           if !v.nil?
 225             test_v = m.send(k)
 226             if (v.respond_to?(:uuid) ? v.uuid : v.to_s) != (test_v.respond_to?(:uuid) ? test_v.uuid : test_v.to_s)
 227               ok = false
 228             end
 229           end
 230         end
 231         ok
 232       end
 233     end
 234     @links = arvados_api_client.api Link, '', { _method: 'GET', where: o, eager: true }
 235     @links = arvados_api_client.unpack_api_response(@links)
 236   end
 237
 238   def all_links
 239     return @all_links if @all_links
 240     res = arvados_api_client.api Link, '', {
 241       _method: 'GET',
 242       where: {
 243         tail_kind: self.kind,
 244         tail_uuid: self.uuid
 245       },
 246       eager: true
 247     }
 248     @all_links = arvados_api_client.unpack_api_response(res)
 249   end
 250
 251   def reload
 252     private_reload(self.uuid)
 253   end
 254
 255   def private_reload(uuid_or_hash)
 256     raise "No such object" if !uuid_or_hash
 257     if uuid_or_hash.is_a? Hash
 258       hash = uuid_or_hash
 259     else
 260       hash = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid_or_hash)
 261     end
 262     hash.each do |k,v|
 263       if self.respond_to?(k.to_s + '=')
 264         self.send(k.to_s + '=', v)
 265       else
 266         # When ArvadosApiClient#schema starts telling us what to expect
 267         # in API responses (not just the server side database
 268         # columns), this sort of awfulness can be avoided:
 269         self.instance_variable_set('@' + k.to_s, v)
 270         if !self.respond_to? k
 271           singleton = class << self; self end
 272           singleton.send :define_method, k, lambda { instance_variable_get('@' + k.to_s) }
 273         end
 274       end
 275     end
 276     @all_links = nil
 277     @new_record = false
 278     self
 279   end
 280
 281   def to_param
 282     uuid
 283   end
 284
 285   def initialize_copy orig
 286     super
 287     forget_uuid!
 288   end
 289
 290   def attributes_for_display
 291     self.attributes.reject { |k,v|
 292       attribute_sortkey.has_key?(k) and !attribute_sortkey[k]
 293     }.sort_by { |k,v|
 294       attribute_sortkey[k] or k
 295     }
 296   end
 297
 298   def class_for_display
 299     self.class.to_s.underscore.humanize
 300   end
 301
 302   def self.class_for_display
 303     self.to_s.underscore.humanize
 304   end
 305
 306   def self.creatable?
 307     current_user
 308   end
 309
 310   def self.goes_in_projects?
 311     false
 312   end
 313
 314   def editable?
 315     (current_user and current_user.is_active and
 316      (current_user.is_admin or
 317       current_user.uuid == self.owner_uuid or
 318       new_record? or
 319       (writable_by.include? current_user.uuid rescue false)))
 320   end
 321
 322   def attribute_editable?(attr, ever=nil)
 323     if "created_at modified_at modified_by_user_uuid modified_by_client_uuid updated_at".index(attr.to_s)
 324       false
 325     elsif not (current_user.andand.is_active)
 326       false
 327     elsif attr == 'uuid'
 328       current_user.is_admin
 329     elsif ever
 330       true
 331     else
 332       editable?
 333     end
 334   end
 335
 336   def self.resource_class_for_uuid(uuid, opts={})
 337     if uuid.is_a? ArvadosBase
 338       return uuid.class
 339     end
 340     unless uuid.is_a? String
 341       return nil
 342     end
 343     if opts[:class].is_a? Class
 344       return opts[:class]
 345     end
 346     if uuid.match /^[0-9a-f]{32}(\+[^,]+)*(,[0-9a-f]{32}(\+[^,]+)*)*$/
 347       return Collection
 348     end
 349     resource_class = nil
 350     uuid.match /^[0-9a-z]{5}-([0-9a-z]{5})-[0-9a-z]{15}$/ do |re|
 351       resource_class ||= arvados_api_client.
 352         kind_class(self.uuid_infix_object_kind[re[1]])
 353     end
 354     if opts[:referring_object] and
 355         opts[:referring_attr] and
 356         opts[:referring_attr].match /_uuid$/
 357       resource_class ||= arvados_api_client.
 358         kind_class(opts[:referring_object].
 359                    attributes[opts[:referring_attr].
 360                               sub(/_uuid$/, '_kind')])
 361     end
 362     resource_class
 363   end
 364
 365   def resource_param_name
 366     self.class.to_s.underscore
 367   end
 368
 369   def friendly_link_name
 370     (name if self.respond_to? :name) || default_name
 371   end
 372
 373   def content_summary
 374     self.class_for_display
 375   end
 376
 377   def selection_label
 378     friendly_link_name
 379   end
 380
 381   def self.default_name
 382     self.to_s.underscore.humanize
 383   end
 384
 385   def controller
 386     (self.class.to_s.pluralize + 'Controller').constantize
 387   end
 388
 389   def controller_name
 390     self.class.to_s.tableize
 391   end
 392
 393   # Placeholder for name when name is missing or empty
 394   def default_name
 395     if self.respond_to? :name
 396       "New #{class_for_display.downcase}"
 397     else
 398       uuid
 399     end
 400   end
 401
 402   def owner
 403     ArvadosBase.find(owner_uuid) rescue nil
 404   end
 405
 406   protected
 407
 408   def forget_uuid!
 409     self.uuid = nil
 410     @etag = nil
 411     self
 412   end
 413
 414   def self.current_user
 415     Thread.current[:user] ||= User.current if Thread.current[:arvados_api_token]
 416     Thread.current[:user]
 417   end
 418   def current_user
 419     self.class.current_user
 420   end
 421 end