doc/install/install-crunch-dispatch.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: installguide
   4 title: Install the Crunch dispatcher
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   6 ...
   7
   8 The dispatcher normally runs on the same host/VM as the API server.
   9
  10 h2. Test the Arvados job queue
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  12 Crunch dispatches work from the job queue on the Arvados API server.  Before you start installing the Crunch dispatcher, now's a good time to check that the API server and Git server can coordinate to create job records.  Run these commands *on your shell server* to create a collection, and a job to calculate the MD5 checksum of every file in it:
  13
  14 <notextile>
  15 <pre><code>~$ <span class="userinput">echo 'Hello, Crunch!' | arv-put --portable-data-hash -</span>
  16 &hellip;
  17 d40c7f35d80da669afb9db1896e760ad+49
  18 ~$ <span class="userinput">read -rd $'\000' newjob &lt;&lt;EOF; arv job create --job "$newjob"
  19 {"script_parameters":{"input":"d40c7f35d80da669afb9db1896e760ad+49"},
  20  "script_version":"0988acb472849dc0",
  21  "script":"hash",
  22  "repository":"arvados"}
  23 EOF</span>
  24 </code></pre>
  25 </notextile>
  26
  27 If you get the error
  28
  29 <pre>
  30 ArgumentError: Specified script_version does not resolve to a commit
  31 </pre>
  32
  33 it often means that the API server can't read the specified repository&mdash;either because it doesn't exist, or because the user running the API server doesn't have permission to read the repository files.  Check the API server's log (@/var/www/arvados-api/current/log/production.log@) for details, and double-check the instructions in the "Git server installation guide":install-arv-git-httpd.html.
  34
  35 If everything goes well, the API server should create a job record, and your @arv@ command will output the JSON for that record.  It should have state @Queued@ and script_version @0988acb472849dc08d576ee40493e70bde2132ca@.  If the job JSON includes those fields, you can proceed to install the Crunch dispatcher and a compute node.  This job will remain queued until you install those services.
  36
  37 h2. Perl SDK dependencies
  38
  39 Install the Perl SDK on the controller.
  40
  41 * See "Perl SDK":{{site.baseurl}}/sdk/perl/index.html page for details.
  42
  43 h2. Python SDK dependencies
  44
  45 Install the Python SDK and CLI tools on controller and all compute nodes.
  46
  47 * See "Python SDK":{{site.baseurl}}/sdk/python/sdk-python.html page for details.
  48
  49 h2(#slurm). Set up SLURM
  50
  51 On the API server, install SLURM and munge, and generate a munge key.
  52
  53 On Debian-based systems:
  54
  55 <notextile>
  56 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo /usr/bin/apt-get install slurm-llnl munge</span>
  57 ~$ <span class="userinput">sudo /usr/sbin/create-munge-key</span>
  58 </code></pre>
  59 </notextile>
  60
  61 On Red Hat-based systems:
  62
  63 <notextile>
  64 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo yum install slurm munge slurm-munge</span>
  65 </code></pre>
  66 </notextile>
  67
  68 Now we need to give SLURM a configuration file.  On Debian-based systems, this is installed at @/etc/slurm-llnl/slurm.conf@.  On Red Hat-based systems, this is installed at @/etc/slurm/slurm.conf@.  Here's an example @slurm.conf@:
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  70 <notextile>
  71 <pre>
  72 ControlMachine=uuid_prefix.your.domain
  73 SlurmctldPort=6817
  74 SlurmdPort=6818
  75 AuthType=auth/munge
  76 StateSaveLocation=/tmp
  77 SlurmdSpoolDir=/tmp/slurmd
  78 SwitchType=switch/none
  79 MpiDefault=none
  80 SlurmctldPidFile=/var/run/slurmctld.pid
  81 SlurmdPidFile=/var/run/slurmd.pid
  82 ProctrackType=proctrack/pgid
  83 CacheGroups=0
  84 ReturnToService=2
  85 TaskPlugin=task/affinity
  86 #
  87 # TIMERS
  88 SlurmctldTimeout=300
  89 SlurmdTimeout=300
  90 InactiveLimit=0
  91 MinJobAge=300
  92 KillWait=30
  93 Waittime=0
  94 #
  95 # SCHEDULING
  96 SchedulerType=sched/backfill
  97 SchedulerPort=7321
  98 SelectType=select/linear
  99 FastSchedule=0
 100 #
 101 # LOGGING
 102 SlurmctldDebug=3
 103 #SlurmctldLogFile=
 104 SlurmdDebug=3
 105 #SlurmdLogFile=
 106 JobCompType=jobcomp/none
 107 #JobCompLoc=
 108 JobAcctGatherType=jobacct_gather/none
 109 #
 110 # COMPUTE NODES
 111 NodeName=DEFAULT
 112 PartitionName=DEFAULT MaxTime=INFINITE State=UP
 113
 114 NodeName=compute[0-255]
 115 PartitionName=compute Nodes=compute[0-255] Default=YES Shared=YES
 116 </pre>
 117 </notextile>
 118
 119 h3. SLURM configuration essentials
 120
 121 Whenever you change this file, you will need to update the copy _on every compute node_ as well as the controller node, and then run @sudo scontrol reconfigure@.
 122
 123 *@ControlMachine@* should be a DNS name that resolves to the SLURM controller (dispatch/API server). This must resolve correctly on all SLURM worker nodes as well as the controller itself. In general SLURM is very sensitive about all of the nodes being able to communicate with the controller _and one another_, all using the same DNS names.
 124
 125 *@NodeName=compute[0-255]@* establishes that the hostnames of the worker nodes will be compute0, compute1, etc. through compute255.
 126 * There are several ways to compress sequences of names, like @compute[0-9,80,100-110]@. See the "hostlist" discussion in the @slurm.conf(5)@ and @scontrol(1)@ man pages for more information.
 127 * It is not necessary for all of the nodes listed here to be alive in order for SLURM to work, although you should make sure the DNS entries exist. It is easiest to define lots of hostnames up front, assigning them to real nodes and updating your DNS records as the nodes appear. This minimizes the frequency of @slurm.conf@ updates and use of @scontrol reconfigure@.
 128
 129 Each hostname in @slurm.conf@ must also resolve correctly on all SLURM worker nodes as well as the controller itself. Furthermore, the hostnames used in the configuration file must match the hostnames reported by @hostname@ or @hostname -s@ on the nodes themselves. This applies to the ControlMachine as well as the worker nodes.
 130
 131 For example:
 132 * In @slurm.conf@ on control and worker nodes: @ControlMachine=uuid_prefix.your.domain@
 133 * In @slurm.conf@ on control and worker nodes: @NodeName=compute[0-255]@
 134 * In @/etc/resolv.conf@ on control and worker nodes: @search uuid_prefix.your.domain@
 135 * On the control node: @hostname@ reports @uuid_prefix.your.domain@
 136 * On worker node 123: @hostname@ reports @compute123.uuid_prefix.your.domain@
 137
 138 h3. Automatic hostname assignment
 139
 140 If your worker node bootstrapping script (see "Installing a compute node":install-compute-node.html) does not send the worker's current hostname, the API server will choose an unused hostname from the set given in @application.yml@, which defaults to @compute[0-255]@.
 141
 142 If it is not feasible to give your compute nodes hostnames like compute0, compute1, etc., you can accommodate other naming schemes with a bit of extra configuration.
 143
 144 If you want Arvados to assign names to your nodes with a different consecutive numeric series like @{worker1-0000, worker1-0001, worker1-0002}@, add an entry to @application.yml@; see @/var/www/arvados-api/current/config/application.default.yml@ for details. Example:
 145 * In @application.yml@: <code>assign_node_hostname: worker1-%<slot_number>04d</code>
 146 * In @slurm.conf@: <code>NodeName=worker1-[0000-0255]</code>
 147
 148 If your worker hostnames are already assigned by other means, and the full set of names is known in advance, have your worker node bootstrapping script (see "Installing a compute node":install-compute-node.html) send its current hostname, rather than expect Arvados to assign one.
 149 * In @application.yml@: <code>assign_node_hostname: false</code>
 150 * In @slurm.conf@: <code>NodeName=alice,bob,clay,darlene</code>
 151
 152 If your worker hostnames are already assigned by other means, but the full set of names is _not_ known in advance, you can use the @slurm.conf@ and @application.yml@ settings in the previous example, but you must also update @slurm.conf@ (both on the controller and on all worker nodes) and run @sudo scontrol reconfigure@ whenever a new node comes online.
 153
 154 h2. Enable SLURM job dispatch
 155
 156 In your API server's @application.yml@ configuration file, add the line @crunch_job_wrapper: :slurm_immediate@ under the appropriate section.  (The second colon is not a typo.  It denotes a Ruby symbol.)
 157
 158 h2. Crunch user account
 159
 160 Run @sudo adduser crunch@.  The crunch user should have the same UID, GID, and home directory on all compute nodes and on the dispatcher (API server).
 161
 162 h2. Run the Crunch dispatcher service
 163
 164 To dispatch Arvados jobs:
 165
 166 * The API server script @crunch-dispatch.rb@ must be running.
 167 * @crunch-job@ needs the installation path of the Perl SDK in its @PERLLIB@.
 168 * @crunch-job@ needs the @ARVADOS_API_HOST@ (and, if necessary, @ARVADOS_API_HOST_INSECURE@) environment variable set.
 169
 170 Install runit to monitor the Crunch dispatch daemon.  {% include 'install_runit' %}
 171
 172 Install the script below as the run script for the Crunch dispatch service, modifying it as directed by the comments.
 173
 174 <notextile>
 175 <pre><code>#!/bin/sh
 176 set -e
 177
 178 rvmexec=""
 179 ## Uncomment this line if you use RVM:
 180 #rvmexec="/usr/local/rvm/bin/rvm-exec default"
 181
 182 export ARVADOS_API_HOST=<span class="userinput">uuid_prefix.your.domain</span>
 183 export CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE=/var/lock/crunch-dispatch
 184 export HOME=$(pwd)
 185 export RAILS_ENV=production
 186
 187 ## Uncomment and edit this line if your compute nodes have cgroup info
 188 ## somewhere other than /sys/fs/cgroup (e.g., "/cgroup" for CentOS 7)
 189 #export CRUNCH_CGROUP_ROOT="/sys/fs/cgroup"
 190
 191 ## Uncomment this line if your cluster uses self-signed SSL certificates:
 192 #export ARVADOS_API_HOST_INSECURE=yes
 193
 194 # This is the path to docker on your compute nodes. You might need to
 195 # change it to "docker", "/opt/bin/docker", etc.
 196 export CRUNCH_JOB_DOCKER_BIN=<span class="userinput">docker.io</span>
 197
 198 fuser -TERM -k $CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE || true
 199 cd /var/www/arvados-api/current
 200 exec $rvmexec bundle exec ./script/crunch-dispatch.rb 2>&1
 201 </code></pre>
 202 </notextile>