Merge branch '2107-update-documentation'
[arvados.git] / doc / user / topics / tutorial-job-debug.html.textile.liquid
1 ---
2 layout: default
3 navsection: userguide
4 title: "Debugging a Crunch script"
5 ...
6
7 To test changes to a script by running a job, the change must be pushed into @git@, the job queued asynchronously, and the actual execution may be run on any compute server.  As a result, debugging a script can be difficult and time consuming.  This tutorial demonstrates using @arv-crunch-job@ to run your job in your local VM.  This avoids the job queue and allows you to execute the script from your uncomitted git tree.
8
9 *This tutorial assumes that you are "logged into an Arvados VM instance":{{site.baseurl}}/user/getting_started/ssh-access.html#login, and have a "working environment.":{{site.baseurl}}/user/getting_started/check-environment.html*
10
11 This tutorial uses *@you@* to denote your username.  Replace *@you@* with your user name in all the following examples.
12
13 h2. Create a new script
14
15 Change to your git directory and create a new script in "crunch_scripts/".
16
17 <notextile>
18 <pre><code>~$ <span class="userinput">cd <b>you</b>/crunch_scripts</span>
19 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;hello-world.py &lt;&lt;EOF
20 #!/usr/bin/env python
21
22 print "hello world"
23 EOF</span>
24 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">chmod +x hello-world.py</span>
25 </code></pre>
26 </notextile>
27
28 h2. Using arv-crunch-job to run the job in your VM
29
30 Instead of a git commit hash, we provide the path to the directory in the "script_version" parameter.  The script specified in "script" will actually be searched for in the "crunch_scripts/" subdirectory of the directory specified "script_version".  Although we are running the script locally, the script still requires access to the Arvados API server and Keep storage service. The job will be recorded in the Arvados job history, and visible in Workbench.
31
32 <notextile>
33 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;~/the_job &lt;&lt;EOF
34 {
35  "script":"hello-world.py",
36  "script_version":"/home/<b>you</b>/<b>you</b>",
37  "script_parameters":{}
38 }
39 EOF</span>
40 ~/<b>you</b>/crunch_scripts</span>$ <span class="userinput">arv-crunch-job --job "$(cat ~/the_job)"</span>
41 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  check slurm allocation
42 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  node localhost - 1 slots
43 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  start
44 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  script hello-world.py
45 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  script_version /home/<b>you</b>/<b>you</b>
46 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  script_parameters {}
47 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  runtime_constraints {"max_tasks_per_node":0}
48 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  start level 0
49 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  status: 0 done, 0 running, 1 todo
50 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 job_task qr1hi-ot0gb-4zdajby8cjmlguh
51 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 child 29834 started on localhost.1
52 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  status: 0 done, 1 running, 0 todo
53 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 stderr hello world
54 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 child 29834 on localhost.1 exit 0 signal 0 success=
55 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 failure (#1, permanent) after 0 seconds
56 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 output 
57 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  Every node has failed -- giving up on this round
58 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  wait for last 0 children to finish
59 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  status: 0 done, 0 running, 0 todo
60 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  Freeze not implemented
61 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  collate
62 2013-12-12_21:36:43 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  output d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e+0
63 2013-12-12_21:36:44 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827  meta key is c00bfbd58e6f58ce3bebdd47f745a70f+1857
64 </code></pre>
65 </notextile>
66
67 This is the line of interest:
68
69 bc. 2013-12-12_21:36:42 qr1hi-8i9sb-okzukfzkpbrnhst 29827 0 stderr hello world
70
71 The script's output is captured in the log, which is useful for print statement debugging. However, although this script returned a status code of 0 (success), the job failed.  Why?  For a job to complete successfully scripts must explicitly add their output to Keep, and then tell Arvados about it.  Here is a second try:
72
73 <notextile>
74 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;hello-world-fixed.py &lt;&lt;EOF
75 #!/usr/bin/env python
76
77 import arvados
78
79 # Create a new collection
80 out = arvados.CollectionWriter()
81
82 # Set the name of the file in the collection to write to
83 out.set_current_file_name('hello.txt')
84
85 # Actually output our text
86 out.write('hello world')
87
88 # Commit the collection to Keep
89 out_collection = out.finish()
90
91 # Tell Arvados which Keep object is our output
92 arvados.current_task().set_output(out_collection)
93
94 # Done!
95 EOF</span>
96 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">chmod +x hello-world-fixed.py</span>
97 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;~/the_job &lt;&lt;EOF
98 {
99  "script":"hello-world-fixed.py",
100  "script_version":"/home/<b>you</b>/<b>you</b>",
101  "script_parameters":{}
102 }
103 EOF</span>
104 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv-crunch-job --job "$(cat ~/the_job)"</span>
105 2013-12-12_21:56:59 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  check slurm allocation
106 2013-12-12_21:56:59 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  node localhost - 1 slots
107 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  start
108 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  script hello-world.py
109 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  script_version /home/<b>you</b>/<b>you</b>
110 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  script_parameters {}
111 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  runtime_constraints {"max_tasks_per_node":0}
112 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  start level 0
113 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  status: 0 done, 0 running, 1 todo
114 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 job_task qr1hi-ot0gb-u8g594ct0wt7f3f
115 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 child 31585 started on localhost.1
116 2013-12-12_21:57:00 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  status: 0 done, 1 running, 0 todo
117 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 child 31585 on localhost.1 exit 0 signal 0 success=true
118 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 success in 1 seconds
119 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578 0 output 576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53
120 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  wait for last 0 children to finish
121 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  status: 1 done, 0 running, 0 todo
122 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  Freeze not implemented
123 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  collate
124 2013-12-12_21:57:02 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  output 576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53
125 2013-12-12_21:57:03 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  finish
126 2013-12-12_21:57:04 qr1hi-8i9sb-79260ykfew5trzl 31578  meta key is 9f937693334d0c9234ccc1f808ee7117+1761
127 </code></pre>
128 </notextile>
129
130 The job succeeded, with output in Keep object @576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53@.  Let's look at our output:
131
132 <notextile>
133 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv keep get 576c44d762ba241b0a674aa43152b52a+53/hello.txt</span>
134 hello world
135 </code></pre>
136 </notextile>
137
138 h3. Location of temporary files
139
140 Crunch job tasks are supplied with @TASK_WORK@ and @JOB_WORK@ environment variables, to be used as scratch space.  When running in local development mode using @arv-crunch-job@, Crunch sets these variables to point to directory called @crunch-job-{USERID}@ in @TMPDIR@ (or @/tmp@ if @TMPDIR@ is not set).
141
142 * Set @TMPDIR@ to @/scratch@ to make Crunch use a directory like @/scratch/crunch-job-{USERID}/@ for temporary space.
143
144 * Set @CRUNCH_TMP@ to @/scratch/foo@ to make Crunch use @/scratch/foo/@ for temporary space (omitting the default @crunch-job-{USERID}@ leaf name)
145
146 h3. Testing job scripts without SDKs and Keep access
147
148 Read and write data to @/tmp/@ instead of Keep. This only works with the Python SDK.
149
150 notextile. <pre><code>~$ <span class="userinput">export KEEP_LOCAL_STORE=/tmp</span></code></pre>
151