build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
  23 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
  24                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  25                from a previous invocation if you use this option.
  26 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  27 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  28                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  29 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  30                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  31                subsequent invocations.
  32 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  33 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  34 --only-install Run specific install step
  35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
  37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  38 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests. (required)
  39 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  40                Restrict apiserver tests to the given file
  41 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  42                Restrict Python SDK tests to the given class
  43 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  44                Restrict Workbench tests to the given file
  45 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  46                Show all log messages, even when tests pass (also works
  47                with services/keepstore_test etc.)
  48 ARVADOS_DEBUG=1
  49                Print more debug messages
  50 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  51                *_test, and other examples shown above.
  52
  53 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
  54 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  55 test suites depend on other components being installed, and installing
  56 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  57
  58 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  59 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  60
  61 More information and background:
  62
  63 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  64
  65 Available tests:
  66
  67 apps/workbench (*)
  68 apps/workbench_units (*)
  69 apps/workbench_functionals (*)
  70 apps/workbench_integration (*)
  71 apps/workbench_benchmark
  72 apps/workbench_profile
  73 cmd/arvados-client
  74 cmd/arvados-server
  75 doc
  76 lib/cli
  77 lib/cmd
  78 lib/controller
  79 lib/controller/federation
  80 lib/controller/railsproxy
  81 lib/controller/router
  82 lib/controller/rpc
  83 lib/crunchstat
  84 lib/crunch-run
  85 lib/cloud
  86 lib/cloud/azure
  87 lib/cloud/cloudtest
  88 lib/dispatchcloud
  89 lib/dispatchcloud/container
  90 lib/dispatchcloud/scheduler
  91 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  92 lib/dispatchcloud/worker
  93 lib/mount
  94 lib/service
  95 services/api
  96 services/arv-git-httpd
  97 services/crunchstat
  98 services/dockercleaner
  99 services/fuse
 100 services/fuse:py3
 101 services/health
 102 services/keep-web
 103 services/keepproxy
 104 services/keepstore
 105 services/keep-balance
 106 services/login-sync
 107 services/nodemanager
 108 services/nodemanager_integration
 109 services/crunch-dispatch-local
 110 services/crunch-dispatch-slurm
 111 services/ws
 112 sdk/cli
 113 sdk/pam
 114 sdk/pam:py3
 115 sdk/python
 116 sdk/python:py3
 117 sdk/ruby
 118 sdk/go/arvados
 119 sdk/go/arvadosclient
 120 sdk/go/auth
 121 sdk/go/dispatch
 122 sdk/go/keepclient
 123 sdk/go/health
 124 sdk/go/httpserver
 125 sdk/go/manifest
 126 sdk/go/blockdigest
 127 sdk/go/asyncbuf
 128 sdk/go/stats
 129 sdk/go/crunchrunner
 130 sdk/cwl
 131 sdk/R
 132 sdk/java-v2
 133 tools/sync-groups
 134 tools/crunchstat-summary
 135 tools/crunchstat-summary:py3
 136 tools/keep-exercise
 137 tools/keep-rsync
 138 tools/keep-block-check
 139
 140 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 141     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 142
 143 EOF
 144
 145 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 146 # environment that could interfere with the tests.
 147 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 148
 149 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 150 # accident.
 151 GITDIR=
 152 GOPATH=
 153 VENVDIR=
 154 VENV3DIR=
 155 PYTHONPATH=
 156 GEMHOME=
 157 PERLINSTALLBASE=
 158 R_LIBS=
 159 export LANG=en_US.UTF-8
 160
 161 short=
 162 only_install=
 163 temp=
 164 temp_preserve=
 165
 166 clear_temp() {
 167     if [[ -z "$temp" ]]; then
 168         # we didn't even get as far as making a temp dir
 169         :
 170     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 171         rm -rf "$temp"
 172     else
 173         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 174     fi
 175 }
 176
 177 fatal() {
 178     clear_temp
 179     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 180     exit 1
 181 }
 182
 183 exit_cleanly() {
 184     trap - INT
 185     if which create-plot-data-from-log.sh >/dev/null; then
 186         create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 187     fi
 188     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 189     stop_services
 190     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 191     report_outcomes
 192     clear_temp
 193     exit ${#failures}
 194 }
 195
 196 sanity_checks() {
 197     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
 198     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 199         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 200     [[ -n "$CONFIGSRC" ]] \
 201         || fatal "CONFIGSRC environment not set (see: $0 --help)"
 202     [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
 203         || fatal "'$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
 204     echo Checking dependencies:
 205     echo "locale: ${LANG}"
 206     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
 207         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
 208     echo -n 'virtualenv: '
 209     virtualenv --version \
 210         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 211     echo -n 'ruby: '
 212     ruby -v \
 213         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 214     echo -n 'go: '
 215     go version \
 216         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 217     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
 218         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
 219     echo -n 'gcc: '
 220     gcc --version | egrep ^gcc \
 221         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 222     echo -n 'fuse.h: '
 223     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 224         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 225     echo -n 'gnutls.h: '
 226     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 227         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 228     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 229     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 230         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 231     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 232     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 233         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 234     which netstat \
 235         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
 236     echo -n 'nginx: '
 237     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 238         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 239     echo -n 'perl: '
 240     perl -v | grep version \
 241         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 242     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 243         echo -n "perl $mod: "
 244         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 245             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 246     done
 247     echo -n 'gitolite: '
 248     which gitolite \
 249         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 250     echo -n 'npm: '
 251     npm --version \
 252         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 253     echo -n 'cadaver: '
 254     cadaver --version | grep -w cadaver \
 255           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 256     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 257     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 258         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 259     echo -n 'libcurl curl.h: '
 260     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 261         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 262     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 263     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 264         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 265     echo -n 'postgresql: '
 266     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 267     echo -n 'phantomjs: '
 268     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 269     echo -n 'xvfb: '
 270     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 271     echo -n 'graphviz: '
 272     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 273     echo -n 'geckodriver: '
 274     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 275
 276     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 277       # R SDK stuff
 278       echo -n 'R: '
 279       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 280       echo -n 'testthat: '
 281       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 282       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 283       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 284       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 285       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 286     fi
 287     echo 'procs with /dev/fuse open:'
 288     find /proc/*/fd -lname /dev/fuse 2>/dev/null | cut -d/ -f3 | xargs --no-run-if-empty ps -lywww
 289     echo 'grep fuse /proc/self/mountinfo:'
 290     grep fuse /proc/self/mountinfo
 291 }
 292
 293 rotate_logfile() {
 294   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 295   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 296   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 297     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 298     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 299     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 300   fi
 301 }
 302
 303 declare -a failures
 304 declare -A skip
 305 declare -A only
 306 declare -A testargs
 307 skip[apps/workbench_profile]=1
 308 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 309 skip[services/nodemanager_integration]=1
 310
 311 while [[ -n "$1" ]]
 312 do
 313     arg="$1"; shift
 314     case "$arg" in
 315         --help)
 316             echo >&2 "$helpmessage"
 317             echo >&2
 318             exit 1
 319             ;;
 320         --skip)
 321             skip[$1]=1; shift
 322             ;;
 323         --only)
 324             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 325             ;;
 326         --short)
 327             short=1
 328             ;;
 329         --interactive)
 330             interactive=1
 331             ;;
 332         --skip-install)
 333             skip[install]=1
 334             ;;
 335         --only-install)
 336             only_install="$1"; shift
 337             ;;
 338         --temp)
 339             temp="$1"; shift
 340             temp_preserve=1
 341             ;;
 342         --leave-temp)
 343             temp_preserve=1
 344             ;;
 345         --repeat)
 346             repeat=$((${1}+0)); shift
 347             ;;
 348         --retry)
 349             retry=1
 350             ;;
 351         *_test=*)
 352             suite="${arg%%_test=*}"
 353             args="${arg#*=}"
 354             testargs["$suite"]="$args"
 355             ;;
 356         *=*)
 357             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 358             ;;
 359         *)
 360             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 361             exit 1
 362             ;;
 363     esac
 364 done
 365
 366 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 367 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 368 NEED_SDK_R=true
 369
 370 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 371    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 372   NEED_SDK_R=false
 373 fi
 374
 375 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 376   NEED_SDK_R=false
 377 fi
 378
 379 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 380         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 381 fi
 382
 383 checkpidfile() {
 384     svc="$1"
 385     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
 386     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
 387         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
 388         echo "${svc} pid ${pid} not running"
 389         return 1
 390     fi
 391     echo "${svc} pid ${pid} ok"
 392 }
 393
 394 checkhealth() {
 395     svc="$1"
 396     base=$(python -c "import yaml; print list(yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0]")
 397     url="$base/_health/ping"
 398     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
 399         echo "${url} failed"
 400         return 1
 401     fi
 402 }
 403
 404 checkdiscoverydoc() {
 405     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
 406     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
 407         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
 408         tail -v $WORKSPACE/services/api/log/test.log
 409         return 1
 410     fi
 411     echo "${dd} ok"
 412 }
 413
 414 start_services() {
 415     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 416         return 0
 417     fi
 418     . "$VENVDIR/bin/activate"
 419     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, arv-git-httpd, ws, and nginx ssl proxy...'
 420     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 421         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 422     fi
 423     # Remove empty api.pid file if it exists
 424     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 425         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 426     fi
 427     all_services_stopped=
 428     fail=1
 429
 430     cd "$WORKSPACE" \
 431         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 432         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 433         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 434         && checkpidfile api \
 435         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 436         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
 437         && checkpidfile nginx \
 438         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 439         && checkpidfile controller \
 440         && checkhealth Controller \
 441         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 442         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 443         && checkpidfile keepproxy \
 444         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 445         && checkpidfile keep-web \
 446         && checkhealth WebDAV \
 447         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 448         && checkpidfile arv-git-httpd \
 449         && checkhealth GitHTTP \
 450         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 451         && checkpidfile ws \
 452         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
 453         && (env | egrep ^ARVADOS) \
 454         && fail=0
 455     deactivate
 456     if [[ $fail != 0 ]]; then
 457         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 458     fi
 459     return $fail
 460 }
 461
 462 stop_services() {
 463     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
 464         return
 465     fi
 466     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
 467     . "$VENVDIR/bin/activate" || return
 468     cd "$WORKSPACE" \
 469         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 470         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 471         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 472         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 473         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 474         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 475         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
 476         && all_services_stopped=1
 477     deactivate
 478     unset ARVADOS_CONFIG
 479 }
 480
 481 interrupt() {
 482     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 483     exit_cleanly
 484 }
 485 trap interrupt INT
 486
 487 setup_ruby_environment() {
 488     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 489         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 490         using_rvm=true
 491     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 492         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 493         using_rvm=true
 494     else
 495         using_rvm=false
 496     fi
 497
 498     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 499         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 500         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 501         # the environment to the "current gemset", which would lose
 502         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 503         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 504         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 505         # rvm gemset and use it for everything.
 506
 507         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 508             || fatal 'rvm check'
 509
 510         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 511         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 512         # complaint about not being in first place already.
 513         rvm use @default 2>/dev/null
 514
 515         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 516         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 517         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 518         # ruby to the caller.
 519         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 520         rvm use "@${gemset}" --create \
 521             || fatal 'rvm gemset setup'
 522
 523         rvm env
 524         (bundle version | grep -q 2.0.2) || gem install bundler -v 2.0.2
 525         bundle="$(which bundle)"
 526         echo "$bundle"
 527         "$bundle" version | grep 2.0.2 || fatal 'install bundler'
 528     else
 529         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 530         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 531         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 532         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 533         # should be installed, and we should leave it alone.)
 534
 535         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 536             user_gempath="$(gem env gempath)"
 537             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 538         fi
 539         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 540
 541         # When we build and install our own gems, we install them in our
 542         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 543         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 544         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 545
 546         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 547         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 548         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 549
 550         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 551         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 552         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 553         bundle="$(gem env gempath | cut -f1 -d:)/bin/bundle"
 554         (
 555             export HOME=$GEMHOME
 556             ("$bundle" version | grep -q 2.0.2) \
 557                 || gem install --user bundler -v 2.0.2
 558             "$bundle" version | grep 2.0.2
 559         ) || fatal 'install bundler'
 560     fi
 561 }
 562
 563 with_test_gemset() {
 564     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 565         "$@"
 566     else
 567         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 568     fi
 569 }
 570
 571 gem_uninstall_if_exists() {
 572     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 573         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 574     fi
 575 }
 576
 577 setup_virtualenv() {
 578     local venvdest="$1"; shift
 579     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 580         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 581     elif [[ -n "$short" ]]; then
 582         return
 583     fi
 584     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 585         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 586         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 587     else
 588         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 589     fi
 590 }
 591
 592 initialize() {
 593     sanity_checks
 594
 595     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 596
 597     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 598     cd "$WORKSPACE"
 599     find -name '*.pyc' -delete
 600
 601     if [[ -z "$temp" ]]; then
 602         temp="$(mktemp -d)"
 603     fi
 604
 605     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 606     for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 607     do
 608         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 609             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 610         fi
 611         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 612             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 613         fi
 614     done
 615
 616     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 617
 618     export PERLINSTALLBASE
 619     export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 620
 621     export R_LIBS
 622
 623     export GOPATH
 624     # Make sure our compiled binaries under test override anything
 625     # else that might be in the environment.
 626     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
 627
 628     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 629     # that happens even if we don't end up running services that set up
 630     # logging.
 631     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 632     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 633
 634     unset http_proxy https_proxy no_proxy
 635
 636     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 637     # whine a lot.
 638     setup_ruby_environment
 639
 640     echo "PATH is $PATH"
 641 }
 642
 643 install_env() {
 644     go mod download || fatal "Go deps failed"
 645     which goimports >/dev/null || go get golang.org/x/tools/cmd/goimports || fatal "Go setup failed"
 646
 647     setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 648     . "$VENVDIR/bin/activate"
 649
 650     # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 651     pip install --no-cache-dir PyYAML future httplib2 \
 652         || fatal "`pip install PyYAML future httplib2` failed"
 653
 654     # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 655     # install" won't pick it up by default.
 656     if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 657         pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 658             || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 659             || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 660     fi
 661
 662     # Deactivate Python 2 virtualenv
 663     deactivate
 664
 665     # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 666     # Otherwise, skip dependent tests.
 667     PYTHON3=$(which python3)
 668     if [[ ${?} = 0 ]]; then
 669         setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 670     else
 671         PYTHON3=
 672         cat >&2 <<EOF
 673
 674 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 675
 676 EOF
 677     fi
 678 }
 679
 680 retry() {
 681     remain="${repeat}"
 682     while :
 683     do
 684         if ${@}; then
 685             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 686                 remain=$((${remain}-1))
 687                 title "(repeating ${remain} more times)"
 688             else
 689                 break
 690             fi
 691         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 692             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 693             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 694             then
 695                 break
 696             fi
 697         else
 698             break
 699         fi
 700     done
 701 }
 702
 703 do_test() {
 704     case "${1}" in
 705         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 706             suite=apps/workbench
 707             ;;
 708         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 709             suite=services/nodemanager_suite
 710             ;;
 711         *)
 712             suite="${1}"
 713             ;;
 714     esac
 715     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
 716               -n "${skip[$1]}" || \
 717               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
 718         return 0
 719     fi
 720     case "${1}" in
 721         services/api)
 722             stop_services
 723             check_arvados_config "$1"
 724             ;;
 725         gofmt | doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cloud/cloudtest | lib/cmd | lib/dispatchcloud/ssh_executor | lib/dispatchcloud/worker)
 726             check_arvados_config "$1"
 727             # don't care whether services are running
 728             ;;
 729         *)
 730             check_arvados_config "$1"
 731             if ! start_services; then
 732                 checkexit 1 "$1 tests"
 733                 title "test $1 -- failed to start services"
 734                 return 1
 735             fi
 736             ;;
 737     esac
 738     retry do_test_once ${@}
 739 }
 740
 741 go_ldflags() {
 742     version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}
 743     echo "-X git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd.version=${version} -X main.version=${version}"
 744 }
 745
 746 do_test_once() {
 747     unset result
 748
 749     title "test $1"
 750     timer_reset
 751
 752     result=
 753     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 754     if ! . "$VENVDIR/bin/activate"
 755     then
 756         result=1
 757     elif [[ "$2" == "go" ]]
 758     then
 759         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 760         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 761         # We do "go install" here to catch compilation errors
 762         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 763         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 764         # compilation errors.
 765         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1" && \
 766             cd "$WORKSPACE/$1" && \
 767             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 768         then
 769             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 770             # does:
 771             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 772         else
 773             # The above form gets verbose even when testargs is
 774             # empty, so use this form in such cases:
 775             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.arvados.org/arvados.git/$1"
 776         fi
 777         result=${result:-$?}
 778         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 779         then
 780             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 781             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 782         fi
 783         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
 784     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 785     then
 786         tries=0
 787         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 788         do
 789             tries=$((${tries}+1))
 790             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 791             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 792             if [[ -e "${3}activate" ]]; then
 793                 . "${3}activate"
 794             fi
 795             python setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 796             result=$?
 797             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 798             then
 799                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 800                 continue
 801             else
 802                 break
 803             fi
 804         done
 805     elif [[ "$2" != "" ]]
 806     then
 807         "test_$2"
 808     else
 809         "test_$1"
 810     fi
 811     result=${result:-$?}
 812     checkexit $result "$1 tests"
 813     title "test $1 -- `timer`"
 814     return $result
 815 }
 816
 817 check_arvados_config() {
 818     if [[ "$1" = "env" ]] ; then
 819         return
 820     fi
 821     if [[ -z "$ARVADOS_CONFIG" ]] ; then
 822         # Create config file.  The run_test_server script requires PyYAML,
 823         # so virtualenv needs to be active.  Downstream steps like
 824         # workbench install which require a valid config.yml.
 825         if [[ ! -s "$VENVDIR/bin/activate" ]] ; then
 826             install_env
 827         fi
 828         . "$VENVDIR/bin/activate"
 829         cd "$WORKSPACE"
 830         eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
 831         deactivate
 832     fi
 833 }
 834
 835 do_install() {
 836     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
 837         return 0
 838     fi
 839     check_arvados_config "$1"
 840     retry do_install_once ${@}
 841 }
 842
 843 do_install_once() {
 844     title "install $1"
 845     timer_reset
 846
 847     result=
 848     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 849     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENVDIR/bin/activate"; then
 850         result=1
 851     elif [[ "$2" == "go" ]]
 852     then
 853         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1"
 854     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 855     then
 856         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 857         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 858
 859         # Need to change to a different directory after creating
 860         # the source dist package to avoid a pip bug.
 861         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 862
 863         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 864         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 865         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 866         # install" ensures that we've actually installed the local package
 867         # we just built.
 868         cd "$WORKSPACE/$1" \
 869             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 870             && cd "$WORKSPACE" \
 871             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 872             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 873     elif [[ "$2" != "" ]]
 874     then
 875         "install_$2"
 876     else
 877         "install_$1"
 878     fi
 879     result=${result:-$?}
 880     checkexit $result "$1 install"
 881     title "install $1 -- `timer`"
 882     return $result
 883 }
 884
 885 bundle_install_trylocal() {
 886     (
 887         set -e
 888         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 889         if ! "$bundle" install --local --no-deployment; then
 890             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 891             "$bundle" install --no-deployment
 892         fi
 893         "$bundle" package --all
 894     )
 895 }
 896
 897 install_doc() {
 898     cd "$WORKSPACE/doc" \
 899         && bundle_install_trylocal \
 900         && rm -rf .site
 901 }
 902
 903 install_gem() {
 904     gemname=$1
 905     srcpath=$2
 906     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 907         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 908         && bundle_install_trylocal \
 909         && gem build "$gemname.gemspec" \
 910         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 911 }
 912
 913 install_sdk/ruby() {
 914     install_gem arvados sdk/ruby
 915 }
 916
 917 install_sdk/R() {
 918   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 919     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 920        && Rscript --vanilla install_deps.R
 921   fi
 922 }
 923
 924 install_sdk/perl() {
 925     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 926         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 927         && make install INSTALLDIRS=perl
 928 }
 929
 930 install_sdk/cli() {
 931     install_gem arvados-cli sdk/cli
 932 }
 933
 934 install_services/login-sync() {
 935     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 936 }
 937
 938 install_services/api() {
 939     stop_services
 940     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 941         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 942             || return 1
 943
 944     rm -f config/environments/test.rb
 945     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 946
 947     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 948     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 949     # is a postgresql superuser.
 950     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 951         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname']") \
 952         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 953
 954     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 955
 956     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 957     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 958         (
 959             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 960             set -ex
 961             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 962             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 963         ) || return 1
 964     fi
 965
 966     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 967         && rm -rf tmp/git \
 968         && mkdir -p tmp/git \
 969         && cd tmp/git \
 970         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 971         && mkdir -p internal.git \
 972         && git --git-dir internal.git init \
 973             || return 1
 974
 975
 976     (cd "$WORKSPACE/services/api"
 977      export RAILS_ENV=test
 978      if "$bundle" exec rails db:environment:set ; then
 979         "$bundle" exec rake db:drop
 980      fi
 981      "$bundle" exec rake db:setup \
 982          && "$bundle" exec rake db:fixtures:load
 983     )
 984 }
 985
 986 declare -a pythonstuff
 987 pythonstuff=(
 988     sdk/pam
 989     sdk/python
 990     sdk/python:py3
 991     sdk/cwl
 992     sdk/cwl:py3
 993     services/dockercleaner:py3
 994     services/fuse
 995     services/fuse:py3
 996     services/nodemanager
 997     tools/crunchstat-summary
 998     tools/crunchstat-summary:py3
 999 )
1000
1001 declare -a gostuff
1002 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git grep -lw func | grep \\.go | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
1003
1004 install_apps/workbench() {
1005     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1006         && mkdir -p tmp/cache \
1007         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
1008         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets "$bundle" exec rake npm:install
1009 }
1010
1011 test_doc() {
1012     (
1013         set -e
1014         cd "$WORKSPACE/doc"
1015         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
1016         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
1017         # do much good!
1018         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ "$bundle" exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
1019     )
1020 }
1021
1022 test_gofmt() {
1023     cd "$WORKSPACE" || return 1
1024     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
1025     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
1026 }
1027
1028 test_services/api() {
1029     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1030     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1031         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake test TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[services/api]}
1032 }
1033
1034 test_sdk/ruby() {
1035     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1036         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1037 }
1038
1039 test_sdk/R() {
1040   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1041     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1042         && Rscript --vanilla run_test.R
1043   fi
1044 }
1045
1046 test_sdk/cli() {
1047     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1048         && mkdir -p /tmp/keep \
1049         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1050 }
1051
1052 test_sdk/java-v2() {
1053     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test
1054 }
1055
1056 test_services/login-sync() {
1057     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1058         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1059 }
1060
1061 test_services/nodemanager_integration() {
1062     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1063         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1064 }
1065
1066 test_apps/workbench_units() {
1067     local TASK="test:units"
1068     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1069         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_units]}
1070 }
1071
1072 test_apps/workbench_functionals() {
1073     local TASK="test:functionals"
1074     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1075         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_functionals]}
1076 }
1077
1078 test_apps/workbench_integration() {
1079     local TASK="test:integration"
1080     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1081         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_integration]}
1082 }
1083
1084 test_apps/workbench_benchmark() {
1085     local TASK="test:benchmark"
1086     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1087         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1088 }
1089
1090 test_apps/workbench_profile() {
1091     local TASK="test:profile"
1092     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1093         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_profile]}
1094 }
1095
1096 install_deps() {
1097     # Install parts needed by test suites
1098     do_install env
1099     do_install cmd/arvados-server go
1100     do_install sdk/cli
1101     do_install sdk/perl
1102     do_install sdk/python pip
1103     do_install sdk/python pip3
1104     do_install sdk/ruby
1105     do_install services/api
1106     do_install services/arv-git-httpd go
1107     do_install services/keepproxy go
1108     do_install services/keepstore go
1109     do_install services/keep-web go
1110     do_install services/ws go
1111 }
1112
1113 install_all() {
1114     do_install env
1115     do_install doc
1116     do_install sdk/ruby
1117     do_install sdk/R
1118     do_install sdk/perl
1119     do_install sdk/cli
1120     do_install services/login-sync
1121     for p in "${pythonstuff[@]}"
1122     do
1123         dir=${p%:py3}
1124         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1125             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1126                 do_install ${dir} pip
1127             fi
1128         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1129             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1130                 do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1131             fi
1132         fi
1133     done
1134     for g in "${gostuff[@]}"
1135     do
1136         do_install "$g" go
1137     done
1138     do_install services/api
1139     do_install apps/workbench
1140 }
1141
1142 test_all() {
1143     stop_services
1144     do_test services/api
1145
1146     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1147     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1148     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1149         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1150         exit_cleanly
1151     fi
1152
1153     do_test gofmt
1154     do_test doc
1155     do_test sdk/ruby
1156     do_test sdk/R
1157     do_test sdk/cli
1158     do_test services/login-sync
1159     do_test sdk/java-v2
1160     do_test services/nodemanager_integration
1161     for p in "${pythonstuff[@]}"
1162     do
1163         dir=${p%:py3}
1164         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1165             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1166                 do_test ${dir} pip
1167             fi
1168         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1169             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1170                 do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1171             fi
1172         fi
1173     done
1174
1175     for g in "${gostuff[@]}"
1176     do
1177         do_test "$g" go
1178     done
1179     do_test apps/workbench_units
1180     do_test apps/workbench_functionals
1181     do_test apps/workbench_integration
1182     do_test apps/workbench_benchmark
1183     do_test apps/workbench_profile
1184 }
1185
1186 help_interactive() {
1187     echo "== Interactive commands:"
1188     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1189     echo "test TARGET"
1190     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1191     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1192     echo "install TARGET"
1193     echo "install env            (go/python libs)"
1194     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1195     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1196     echo "exit"
1197     echo "== Test targets:"
1198     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1199 }
1200
1201 initialize
1202
1203 declare -A testfuncargs=()
1204 for g in "${gostuff[@]}"; do
1205     testfuncargs[$g]="$g go"
1206 done
1207 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1208     dir=${p%:py3}
1209     testfuncargs[$dir]="$dir pip $VENVDIR/bin/"
1210     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1211 done
1212
1213 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1214 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1215 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1216 testfuncargs["apps/workbench_units"]="apps/workbench_units"
1217 testfuncargs["apps/workbench_functionals"]="apps/workbench_functionals"
1218 testfuncargs["apps/workbench_integration"]="apps/workbench_integration"
1219 testfuncargs["apps/workbench_benchmark"]="apps/workbench_benchmark"
1220 testfuncargs["apps/workbench_profile"]="apps/workbench_profile"
1221
1222 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1223     install_all
1224     test_all
1225 else
1226     skip=()
1227     only=()
1228     only_install=()
1229     if [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1230     setnextcmd() {
1231         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1232             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1233             # and pre-populating the command will only cause trouble
1234             nextcmd=
1235         elif [[ ! -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then
1236             nextcmd="install deps"
1237         else
1238             nextcmd=""
1239         fi
1240     }
1241     echo
1242     help_interactive
1243     nextcmd="install deps"
1244     setnextcmd
1245     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1246     history -r
1247     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1248         history -s "$nextcmd"
1249         history -w
1250         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1251         target="${target%/}"
1252         target="${target/\/:/:}"
1253         case "${verb}" in
1254             "exit" | "quit")
1255                 exit_cleanly
1256                 ;;
1257             "reset")
1258                 stop_services
1259                 ;;
1260             "test" | "install")
1261                 case "$target" in
1262                     "")
1263                         help_interactive
1264                         ;;
1265                     all | deps)
1266                         ${verb}_${target}
1267                         ;;
1268                     *)
1269                         testargs["$target"]="${opts}"
1270                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1271                         tt="${tt:-$target}"
1272                         do_$verb $tt
1273                         ;;
1274                 esac
1275                 ;;
1276             "" | "help" | *)
1277                 help_interactive
1278                 ;;
1279         esac
1280         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1281             report_outcomes
1282             successes=()
1283             failures=()
1284         fi
1285         cd "$WORKSPACE"
1286         setnextcmd
1287     done
1288     echo
1289 fi
1290 exit_cleanly