docker/java-bwa-samtools/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs
   2 MAINTAINER Peter Amstutz <peter.amstutz@curoverse.com>
   3
   4 USER root
   5
   6 RUN apt-get update -qq
   7 RUN apt-get install -qqy openjdk-7-jre-headless && \
   8     cd /tmp && \
   9     curl --location http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2 -o bwa-0.7.9a.tar.bz2 && \
  10     tar xjf bwa-0.7.9a.tar.bz2 && \
  11     cd bwa-0.7.9a && \
  12     make && \
  13     (find . -executable -type f -print0 | xargs -0 -I {} mv {} /usr/local/bin) && \
  14     rm -r /tmp/bwa-0.7.9a* && \
  15     cd /tmp && \
  16     curl --location http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2 -o samtools-0.1.19.tar.bz2 && \
  17     tar xjf samtools-0.1.19.tar.bz2 && \
  18     cd samtools-0.1.19 && \
  19     make && \
  20     (find . -executable -type f -print0 | xargs -0 -I {} mv {} /usr/local/bin) && \
  21     rm -r /tmp/samtools-0.1.19*
  22
  23 USER crunch