Merge branch 'master' into 3618-column-ordering
[arvados.git] / docker / java-bwa-samtools / Dockerfile
1 FROM arvados/jobs
2 MAINTAINER Peter Amstutz <peter.amstutz@curoverse.com>
3
4 USER root
5
6 RUN apt-get update -qq
7 RUN apt-get install -qqy openjdk-7-jre-headless && \
8     cd /tmp && \
9     curl --location http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2 -o bwa-0.7.9a.tar.bz2 && \
10     tar xjf bwa-0.7.9a.tar.bz2 && \
11     cd bwa-0.7.9a && \
12     make && \
13     (find . -executable -type f -print0 | xargs -0 -I {} mv {} /usr/local/bin) && \
14     rm -r /tmp/bwa-0.7.9a* && \
15     cd /tmp && \
16     curl --location http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2 -o samtools-0.1.19.tar.bz2 && \
17     tar xjf samtools-0.1.19.tar.bz2 && \
18     cd samtools-0.1.19 && \
19     make && \
20     (find . -executable -type f -print0 | xargs -0 -I {} mv {} /usr/local/bin) && \
21     rm -r /tmp/samtools-0.1.19*
22
23 USER crunch