build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 cmd/arvados-server
  74 doc
  75 lib/cli
  76 lib/cmd
  77 lib/controller
  78 lib/crunchstat
  79 lib/dispatchcloud
  80 lib/dispatchcloud/container
  81 lib/dispatchcloud/scheduler
  82 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  83 lib/dispatchcloud/worker
  84 services/api
  85 services/arv-git-httpd
  86 services/crunchstat
  87 services/dockercleaner
  88 services/fuse
  89 services/health
  90 services/keep-web
  91 services/keepproxy
  92 services/keepstore
  93 services/keep-balance
  94 services/login-sync
  95 services/nodemanager
  96 services/nodemanager_integration
  97 services/crunch-run
  98 services/crunch-dispatch-local
  99 services/crunch-dispatch-slurm
 100 services/ws
 101 sdk/cli
 102 sdk/pam
 103 sdk/python
 104 sdk/python:py3
 105 sdk/ruby
 106 sdk/go/arvados
 107 sdk/go/arvadosclient
 108 sdk/go/auth
 109 sdk/go/dispatch
 110 sdk/go/keepclient
 111 sdk/go/health
 112 sdk/go/httpserver
 113 sdk/go/manifest
 114 sdk/go/blockdigest
 115 sdk/go/asyncbuf
 116 sdk/go/stats
 117 sdk/go/crunchrunner
 118 sdk/cwl
 119 sdk/R
 120 tools/sync-groups
 121 tools/crunchstat-summary
 122 tools/keep-exercise
 123 tools/keep-rsync
 124 tools/keep-block-check
 125
 126 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 127     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 128
 129 EOF
 130
 131 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 132 # environment that could interfere with the tests.
 133 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 134
 135 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 136 # accident.
 137 GITDIR=
 138 GOPATH=
 139 VENVDIR=
 140 VENV3DIR=
 141 PYTHONPATH=
 142 GEMHOME=
 143 PERLINSTALLBASE=
 144 R_LIBS=
 145
 146 short=
 147 only_install=
 148 temp=
 149 temp_preserve=
 150
 151 clear_temp() {
 152     if [[ -z "$temp" ]]; then
 153         # we didn't even get as far as making a temp dir
 154         :
 155     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 156         rm -rf "$temp"
 157     else
 158         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 159     fi
 160 }
 161
 162 fatal() {
 163     clear_temp
 164     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 165     exit 1
 166 }
 167
 168 exit_cleanly() {
 169     trap - INT
 170     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 171     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 172     stop_services
 173     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 174     report_outcomes
 175     clear_temp
 176     exit ${#failures}
 177 }
 178
 179 sanity_checks() {
 180     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 181         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 182     echo Checking dependencies:
 183     echo -n 'virtualenv: '
 184     virtualenv --version \
 185         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 186     echo -n 'ruby: '
 187     ruby -v \
 188         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 189     echo -n 'go: '
 190     go version \
 191         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 192     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 193         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 194     echo -n 'gcc: '
 195     gcc --version | egrep ^gcc \
 196         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 197     echo -n 'fuse.h: '
 198     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 199         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 200     echo -n 'gnutls.h: '
 201     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 202         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 203     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 204     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 205         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 206     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 207     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 208         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 209     echo -n 'nginx: '
 210     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 211         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 212     echo -n 'perl: '
 213     perl -v | grep version \
 214         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 215     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 216         echo -n "perl $mod: "
 217         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 218             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 219     done
 220     echo -n 'gitolite: '
 221     which gitolite \
 222         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 223     echo -n 'npm: '
 224     npm --version \
 225         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 226     echo -n 'cadaver: '
 227     cadaver --version | grep -w cadaver \
 228           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 229     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 230     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 231         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 232     echo -n 'libcurl curl.h: '
 233     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 234         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 235     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 236     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 237         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 238     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 239     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 240             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 241     else
 242             echo "OK"
 243     fi
 244     echo -n 'postgresql: '
 245     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 246     echo -n 'phantomjs: '
 247     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 248     echo -n 'xvfb: '
 249     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 250     echo -n 'graphviz: '
 251     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 252     echo -n 'geckodriver: '
 253     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 254
 255     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 256       # R SDK stuff
 257       echo -n 'R: '
 258       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 259       echo -n 'testthat: '
 260       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 261       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 262       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 263       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 264       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 265     fi
 266 }
 267
 268 rotate_logfile() {
 269   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 270   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 271   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 272     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 273     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 274     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 275   fi
 276 }
 277
 278 declare -a failures
 279 declare -A skip
 280 declare -A only
 281 declare -A testargs
 282 skip[apps/workbench_profile]=1
 283 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 284 skip[services/nodemanager_integration]=1
 285
 286 while [[ -n "$1" ]]
 287 do
 288     arg="$1"; shift
 289     case "$arg" in
 290         --help)
 291             echo >&2 "$helpmessage"
 292             echo >&2
 293             exit 1
 294             ;;
 295         --skip)
 296             skip[$1]=1; shift
 297             ;;
 298         --only)
 299             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 300             ;;
 301         --short)
 302             short=1
 303             ;;
 304         --skip-install)
 305             only_install=nothing
 306             ;;
 307         --only-install)
 308             only_install="$1"; shift
 309             ;;
 310         --temp)
 311             temp="$1"; shift
 312             temp_preserve=1
 313             ;;
 314         --leave-temp)
 315             temp_preserve=1
 316             ;;
 317         --repeat)
 318             repeat=$((${1}+0)); shift
 319             ;;
 320         --retry)
 321             retry=1
 322             ;;
 323         *_test=*)
 324             suite="${arg%%_test=*}"
 325             args="${arg#*=}"
 326             testargs["$suite"]="$args"
 327             ;;
 328         *=*)
 329             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 330             ;;
 331         *)
 332             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 333             exit 1
 334             ;;
 335     esac
 336 done
 337
 338 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 339 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 340 NEED_SDK_R=true
 341
 342 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 343    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 344   NEED_SDK_R=false
 345 fi
 346
 347 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 348   NEED_SDK_R=false
 349 fi
 350
 351 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 352         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 353 fi
 354
 355 start_services() {
 356     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 357     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 358         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 359     fi
 360     # Remove empty api.pid file if it exists
 361     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 362         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 363     fi
 364     cd "$WORKSPACE" \
 365         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo fail=1) \
 366         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 367         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 368         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 369         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 370         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 371         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 372         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 373         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo fail=1) \
 374         && (env | egrep ^ARVADOS)
 375     if [[ -n "$fail" ]]; then
 376        return 1
 377     fi
 378 }
 379
 380 stop_services() {
 381     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 382         return
 383     fi
 384     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 385     cd "$WORKSPACE" \
 386         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 387         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 388         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 389         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 390         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 391         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 392         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 393 }
 394
 395 interrupt() {
 396     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 397     exit_cleanly
 398 }
 399 trap interrupt INT
 400
 401 sanity_checks
 402
 403 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 404
 405 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 406     # Jenkins expects us to use this by default.
 407     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 408 fi
 409
 410 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 411 cd "$WORKSPACE"
 412 find -name '*.pyc' -delete
 413
 414 if [[ -z "$temp" ]]; then
 415     temp="$(mktemp -d)"
 416 fi
 417
 418 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 419 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 420 do
 421     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 422         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 423     fi
 424     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 425         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 426     fi
 427 done
 428
 429 rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 430
 431 setup_ruby_environment() {
 432     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 433         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 434         using_rvm=true
 435     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 436         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 437         using_rvm=true
 438     else
 439         using_rvm=false
 440     fi
 441
 442     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 443         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 444         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 445         # the environment to the "current gemset", which would lose
 446         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 447         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 448         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 449         # rvm gemset and use it for everything.
 450
 451         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 452             || fatal 'rvm check'
 453
 454         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 455         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 456         # complaint about not being in first place already.
 457         rvm use @default 2>/dev/null
 458
 459         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 460         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 461         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 462         # ruby to the caller.
 463         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 464         rvm use "@${gemset}" --create \
 465             || fatal 'rvm gemset setup'
 466
 467         rvm env
 468     else
 469         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 470         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 471         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 472         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 473         # should be installed, and we should leave it alone.)
 474
 475         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 476             user_gempath="$(gem env gempath)"
 477             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 478         fi
 479         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 480
 481         # When we build and install our own gems, we install them in our
 482         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 483         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 484         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 485
 486         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 487         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 488         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 489
 490         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 491         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 492         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 493     fi
 494     bundle config || gem install bundler \
 495         || fatal 'install bundler'
 496 }
 497
 498 with_test_gemset() {
 499     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 500         "$@"
 501     else
 502         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 503     fi
 504 }
 505
 506 gem_uninstall_if_exists() {
 507     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 508         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 509     fi
 510 }
 511
 512 setup_virtualenv() {
 513     local venvdest="$1"; shift
 514     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 515         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 516     elif [[ -n "$short" ]]; then
 517         return
 518     fi
 519     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 520         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 521         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 522     else
 523         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 524     fi
 525     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 526     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 527 }
 528
 529 export PERLINSTALLBASE
 530 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 531
 532 export R_LIBS
 533
 534 export GOPATH
 535 (
 536     set -e
 537     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 538     rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "${temp}/GOPATH"
 539     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 540         for d in \
 541             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 542                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 543                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 544             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 545         done
 546     fi
 547     for d in \
 548         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 549         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 550         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 551     done
 552     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 553     go get -v github.com/kardianos/govendor
 554     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 555     if [[ -n "$short" ]]; then
 556         go get -v -d ...
 557         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 558     else
 559         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
 560         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
 561         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
 562         rm -rf vendor/*/
 563         go get -v -d ...
 564         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 565         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 566             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 567
 568 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
 569
 570 ";
 571     fi
 572 ) || fatal "Go setup failed"
 573
 574 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 575 . "$VENVDIR/bin/activate"
 576
 577 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 578 pip install --no-cache-dir PyYAML \
 579     || fatal "pip install PyYAML failed"
 580
 581 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 582 # install" won't pick it up by default.
 583 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 584     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 585         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 586         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 587 fi
 588
 589 # Deactivate Python 2 virtualenv
 590 deactivate
 591
 592 declare -a pythonstuff
 593 pythonstuff=(
 594     sdk/pam
 595     sdk/python
 596     sdk/python:py3
 597     sdk/cwl
 598     services/dockercleaner:py3
 599     services/fuse
 600     services/nodemanager
 601     tools/crunchstat-summary
 602     )
 603
 604 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 605 # Otherwise, skip dependent tests.
 606 PYTHON3=$(which python3)
 607 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 608     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 609 else
 610     PYTHON3=
 611     cat >&2 <<EOF
 612
 613 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 614
 615 EOF
 616 fi
 617
 618 # Reactivate Python 2 virtualenv
 619 . "$VENVDIR/bin/activate"
 620
 621 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 622 # whine a lot.
 623 setup_ruby_environment
 624
 625 echo "PATH is $PATH"
 626
 627 if ! which bundler >/dev/null
 628 then
 629     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 630 fi
 631
 632 # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 633 # that happens even if we don't end up running services that set up
 634 # logging.
 635 mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 636 touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 637
 638 retry() {
 639     remain="${repeat}"
 640     while :
 641     do
 642         if ${@}; then
 643             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 644                 remain=$((${remain}-1))
 645                 title "Repeating ${remain} more times"
 646             else
 647                 break
 648             fi
 649         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 650             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 651             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 652             then
 653                 break
 654             fi
 655         else
 656             break
 657         fi
 658     done
 659 }
 660
 661 do_test() {
 662     case "${1}" in
 663         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 664             suite=apps/workbench
 665             ;;
 666         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 667             suite=services/nodemanager_suite
 668             ;;
 669         *)
 670             suite="${1}"
 671             ;;
 672     esac
 673     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 674               (${#only[@]} -eq 0 || ${only[$suite]} -eq 1 || \
 675                    ${only[$1]} -eq 1) ||
 676                   ${only[$2]} -eq 1 ]]; then
 677         retry do_test_once ${@}
 678     else
 679         title "Skipping ${1} tests"
 680     fi
 681 }
 682
 683 do_test_once() {
 684     unset result
 685
 686     title "Running $1 tests"
 687     timer_reset
 688     if [[ "$2" == "go" ]]
 689     then
 690         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 691         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 692         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 693         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 694         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 695         # compilation errors.
 696         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 697             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 698             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 699             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 700         then
 701             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 702             # does:
 703             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 704         else
 705             # The above form gets verbose even when testargs is
 706             # empty, so use this form in such cases:
 707             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 708         fi
 709         result=${result:-$?}
 710         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 711         then
 712             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 713             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 714         fi
 715     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 716     then
 717         tries=0
 718         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 719         do
 720             tries=$((${tries}+1))
 721             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 722             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 723             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 724             result=$?
 725             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 726             then
 727                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 728                 continue
 729             else
 730                 break
 731             fi
 732         done
 733     elif [[ "$2" != "" ]]
 734     then
 735         "test_$2"
 736     else
 737         "test_$1"
 738     fi
 739     result=${result:-$?}
 740     checkexit $result "$1 tests"
 741     title "End of $1 tests (`timer`)"
 742     return $result
 743 }
 744
 745 do_install() {
 746   skipit=false
 747
 748   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" || "${only_install}" == "${2}" ]]; then
 749       retry do_install_once ${@}
 750   else
 751       skipit=true
 752   fi
 753
 754   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 755     title "Skipping $1 install"
 756   fi
 757 }
 758
 759 do_install_once() {
 760     title "Running $1 install"
 761     timer_reset
 762     if [[ "$2" == "go" ]]
 763     then
 764         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 765     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 766     then
 767         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 768         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 769
 770         # Need to change to a different directory after creating
 771         # the source dist package to avoid a pip bug.
 772         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 773
 774         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 775         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 776         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 777         # install" ensures that we've actually installed the local package
 778         # we just built.
 779         cd "$WORKSPACE/$1" \
 780             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 781             && cd "$WORKSPACE" \
 782             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 783             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 784     elif [[ "$2" != "" ]]
 785     then
 786         "install_$2"
 787     else
 788         "install_$1"
 789     fi
 790     result=$?
 791     checkexit $result "$1 install"
 792     title "End of $1 install (`timer`)"
 793     return $result
 794 }
 795
 796 bundle_install_trylocal() {
 797     (
 798         set -e
 799         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 800         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 801             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 802             bundle install --no-deployment
 803         fi
 804         bundle package --all
 805     )
 806 }
 807
 808 install_doc() {
 809     cd "$WORKSPACE/doc" \
 810         && bundle_install_trylocal \
 811         && rm -rf .site
 812 }
 813 do_install doc
 814
 815 install_gem() {
 816     gemname=$1
 817     srcpath=$2
 818     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 819         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 820         && bundle_install_trylocal \
 821         && gem build "$gemname.gemspec" \
 822         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 823 }
 824
 825 install_ruby_sdk() {
 826     install_gem arvados sdk/ruby
 827 }
 828 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 829
 830 install_R_sdk() {
 831   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 832     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 833        && Rscript --vanilla install_deps.R
 834   fi
 835 }
 836 do_install sdk/R R_sdk
 837
 838 install_perl_sdk() {
 839     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 840         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 841         && make install INSTALLDIRS=perl
 842 }
 843 do_install sdk/perl perl_sdk
 844
 845 install_cli() {
 846     install_gem arvados-cli sdk/cli
 847 }
 848 do_install sdk/cli cli
 849
 850 install_login-sync() {
 851     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 852 }
 853 do_install services/login-sync login-sync
 854
 855 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 856 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 857 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 858 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 859 # keepproxy).
 860 for p in "${pythonstuff[@]}"
 861 do
 862     dir=${p%:py3}
 863     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 864         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 865             do_install ${dir} pip
 866         fi
 867     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 868         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 869             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 870         fi
 871     fi
 872 done
 873
 874 install_apiserver() {
 875     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 876         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 877
 878     rm -f config/environments/test.rb
 879     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 880
 881     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 882     then
 883         for f in database.yml
 884         do
 885             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 886         done
 887     fi
 888
 889     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 890     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 891     # is a postgresql superuser.
 892     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 893         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 894         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 895
 896     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 897
 898     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 899     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 900         (
 901             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 902             set -ex
 903             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 904             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 905         ) || return 1
 906     fi
 907
 908     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 909         && rm -rf tmp/git \
 910         && mkdir -p tmp/git \
 911         && cd tmp/git \
 912         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 913         && mkdir -p internal.git \
 914         && git --git-dir internal.git init \
 915             || return 1
 916
 917     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 918         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 919         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 920         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 921 }
 922 do_install services/api apiserver
 923
 924 declare -a gostuff
 925 gostuff=(
 926     cmd/arvados-client
 927     cmd/arvados-server
 928     lib/cli
 929     lib/cmd
 930     lib/controller
 931     lib/crunchstat
 932     lib/dispatchcloud
 933     lib/dispatchcloud/container
 934     lib/dispatchcloud/scheduler
 935     lib/dispatchcloud/ssh_executor
 936     lib/dispatchcloud/worker
 937     sdk/go/arvados
 938     sdk/go/arvadosclient
 939     sdk/go/auth
 940     sdk/go/blockdigest
 941     sdk/go/dispatch
 942     sdk/go/health
 943     sdk/go/httpserver
 944     sdk/go/manifest
 945     sdk/go/asyncbuf
 946     sdk/go/crunchrunner
 947     sdk/go/stats
 948     services/arv-git-httpd
 949     services/crunchstat
 950     services/health
 951     services/keep-web
 952     services/keepstore
 953     sdk/go/keepclient
 954     services/keep-balance
 955     services/keepproxy
 956     services/crunch-dispatch-local
 957     services/crunch-dispatch-slurm
 958     services/crunch-run
 959     services/ws
 960     tools/keep-block-check
 961     tools/keep-exercise
 962     tools/keep-rsync
 963     tools/sync-groups
 964 )
 965 for g in "${gostuff[@]}"
 966 do
 967     do_install "$g" go
 968 done
 969
 970 install_workbench() {
 971     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 972         && mkdir -p tmp/cache \
 973         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 974         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 975 }
 976 do_install apps/workbench workbench
 977
 978 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 979
 980 test_doclinkchecker() {
 981     (
 982         set -e
 983         cd "$WORKSPACE/doc"
 984         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 985         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 986         # do much good!
 987         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 988     )
 989 }
 990 do_test doc doclinkchecker
 991
 992 stop_services
 993
 994 test_apiserver() {
 995     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 996     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 997         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 998 }
 999 do_test services/api apiserver
1000
1001 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1002 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1003 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1004   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1005   exit_cleanly
1006 fi
1007
1008 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
1009
1010 test_ruby_sdk() {
1011     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1012         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1013 }
1014 do_test sdk/ruby ruby_sdk
1015
1016 test_R_sdk() {
1017   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1018     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1019         && Rscript --vanilla run_test.R
1020   fi
1021 }
1022
1023 do_test sdk/R R_sdk
1024
1025 test_cli() {
1026     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1027         && mkdir -p /tmp/keep \
1028         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1029 }
1030 do_test sdk/cli cli
1031
1032 test_login-sync() {
1033     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1034         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1035 }
1036 do_test services/login-sync login-sync
1037
1038 test_nodemanager_integration() {
1039     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1040         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1041 }
1042 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1043
1044 for p in "${pythonstuff[@]}"
1045 do
1046     dir=${p%:py3}
1047     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1048         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1049             do_test ${dir} pip
1050         fi
1051     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1052         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1053             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1054         fi
1055     fi
1056 done
1057
1058 for g in "${gostuff[@]}"
1059 do
1060     do_test "$g" go
1061 done
1062
1063 test_workbench_units() {
1064     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1065         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1066 }
1067 do_test apps/workbench_units workbench_units
1068
1069 test_workbench_functionals() {
1070     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1071         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1072 }
1073 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1074
1075 test_workbench_integration() {
1076     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1077         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1078 }
1079 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1080
1081
1082 test_workbench_benchmark() {
1083     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1084         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1085 }
1086 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1087
1088 test_workbench_profile() {
1089     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1090         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1091 }
1092 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1093
1094 exit_cleanly