build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
  23 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
  24                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  25                from a previous invocation if you use this option.
  26 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  27 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  28                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  29 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  30                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  31                subsequent invocations.
  32 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  33 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  34 --only-install Run specific install step
  35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
  37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  38 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests.
  39 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  40                Restrict apiserver tests to the given file
  41 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  42                Restrict Python SDK tests to the given class
  43 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  44                Restrict Workbench tests to the given file
  45 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  46                Show all log messages, even when tests pass (also works
  47                with services/keepstore_test etc.)
  48 ARVADOS_DEBUG=1
  49                Print more debug messages
  50 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  51                *_test, and other examples shown above.
  52
  53 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
  54 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  55 test suites depend on other components being installed, and installing
  56 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  57
  58 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  59 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  60
  61 More information and background:
  62
  63 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  64
  65 Available tests:
  66
  67 apps/workbench (*)
  68 apps/workbench_units (*)
  69 apps/workbench_functionals (*)
  70 apps/workbench_integration (*)
  71 apps/workbench_benchmark
  72 apps/workbench_profile
  73 cmd/arvados-client
  74 cmd/arvados-server
  75 doc
  76 lib/cli
  77 lib/cmd
  78 lib/controller
  79 lib/controller/federation
  80 lib/controller/railsproxy
  81 lib/controller/router
  82 lib/controller/rpc
  83 lib/crunchstat
  84 lib/crunch-run
  85 lib/cloud
  86 lib/cloud/azure
  87 lib/cloud/cloudtest
  88 lib/dispatchcloud
  89 lib/dispatchcloud/container
  90 lib/dispatchcloud/scheduler
  91 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  92 lib/dispatchcloud/worker
  93 lib/mount
  94 lib/service
  95 services/api
  96 services/arv-git-httpd
  97 services/crunchstat
  98 services/dockercleaner
  99 services/fuse
 100 services/fuse:py3
 101 services/health
 102 services/keep-web
 103 services/keepproxy
 104 services/keepstore
 105 services/keep-balance
 106 services/login-sync
 107 services/crunch-dispatch-local
 108 services/crunch-dispatch-slurm
 109 services/ws
 110 sdk/cli
 111 sdk/pam
 112 sdk/pam:py3
 113 sdk/python
 114 sdk/python:py3
 115 sdk/ruby
 116 sdk/go/arvados
 117 sdk/go/arvadosclient
 118 sdk/go/auth
 119 sdk/go/dispatch
 120 sdk/go/keepclient
 121 sdk/go/health
 122 sdk/go/httpserver
 123 sdk/go/manifest
 124 sdk/go/blockdigest
 125 sdk/go/asyncbuf
 126 sdk/go/stats
 127 sdk/go/crunchrunner
 128 sdk/cwl:py3
 129 sdk/R
 130 sdk/java-v2
 131 tools/sync-groups
 132 tools/crunchstat-summary
 133 tools/crunchstat-summary:py3
 134 tools/keep-exercise
 135 tools/keep-rsync
 136 tools/keep-block-check
 137
 138 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 139     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 140
 141 EOF
 142
 143 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 144 # environment that could interfere with the tests.
 145 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 146
 147 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 148 # accident.
 149 GITDIR=
 150 GOPATH=
 151 VENVDIR=
 152 VENV3DIR=
 153 PYTHONPATH=
 154 GEMHOME=
 155 PERLINSTALLBASE=
 156 R_LIBS=
 157 export LANG=en_US.UTF-8
 158
 159 short=
 160 only_install=
 161 temp=
 162 temp_preserve=
 163
 164 clear_temp() {
 165     if [[ -z "$temp" ]]; then
 166         # we didn't even get as far as making a temp dir
 167         :
 168     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 169         rm -rf "$temp"
 170     else
 171         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 172     fi
 173 }
 174
 175 fatal() {
 176     clear_temp
 177     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 178     exit 1
 179 }
 180
 181 exit_cleanly() {
 182     trap - INT
 183     if which create-plot-data-from-log.sh >/dev/null; then
 184         create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 185     fi
 186     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 187     stop_services
 188     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 189     report_outcomes
 190     clear_temp
 191     exit ${#failures}
 192 }
 193
 194 sanity_checks() {
 195     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
 196     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 197         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 198     [[ -z "$CONFIGSRC" ]] || [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
 199         || fatal "CONFIGSRC is $CONFIGSRC but '$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
 200     echo Checking dependencies:
 201     echo "locale: ${LANG}"
 202     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
 203         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
 204     echo -n 'virtualenv: '
 205     virtualenv --version \
 206         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 207     echo -n 'ruby: '
 208     ruby -v \
 209         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 210     echo -n 'go: '
 211     go version \
 212         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 213     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
 214         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
 215     echo -n 'gcc: '
 216     gcc --version | egrep ^gcc \
 217         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 218     echo -n 'fuse.h: '
 219     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 220         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 221     echo -n 'gnutls.h: '
 222     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 223         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 224     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 225     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 226         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 227     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 228     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 229         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 230     which netstat \
 231         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
 232     echo -n 'nginx: '
 233     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 234         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 235     echo -n 'perl: '
 236     perl -v | grep version \
 237         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 238     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 239         echo -n "perl $mod: "
 240         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 241             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 242     done
 243     echo -n 'gitolite: '
 244     which gitolite \
 245         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 246     echo -n 'npm: '
 247     npm --version \
 248         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 249     echo -n 'cadaver: '
 250     cadaver --version | grep -w cadaver \
 251           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 252     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 253     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 254         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 255     echo -n 'libcurl curl.h: '
 256     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 257         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 258     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 259     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 260         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 261     echo -n 'libpam pam_appl.h: '
 262     find /usr/include -path '*/security/pam_appl.h' | egrep --max-count=1 . \
 263         || fatal "No libpam pam_appl.h. Try: apt-get install libpam-dev"
 264     echo -n 'postgresql: '
 265     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 266     echo -n 'phantomjs: '
 267     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 268     echo -n 'xvfb: '
 269     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 270     echo -n 'graphviz: '
 271     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 272     echo -n 'geckodriver: '
 273     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 274
 275     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 276       # R SDK stuff
 277       echo -n 'R: '
 278       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 279       echo -n 'testthat: '
 280       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 281       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 282       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 283       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 284       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 285     fi
 286     echo 'procs with /dev/fuse open:'
 287     find /proc/*/fd -lname /dev/fuse 2>/dev/null | cut -d/ -f3 | xargs --no-run-if-empty ps -lywww
 288     echo 'grep fuse /proc/self/mountinfo:'
 289     grep fuse /proc/self/mountinfo
 290 }
 291
 292 rotate_logfile() {
 293   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 294   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 295   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 296     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 297     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 298     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 299   fi
 300 }
 301
 302 declare -a failures
 303 declare -A skip
 304 declare -A only
 305 declare -A testargs
 306 skip[apps/workbench_profile]=1
 307
 308 while [[ -n "$1" ]]
 309 do
 310     arg="$1"; shift
 311     case "$arg" in
 312         --help)
 313             echo >&2 "$helpmessage"
 314             echo >&2
 315             exit 1
 316             ;;
 317         --skip)
 318             skip[$1]=1; shift
 319             ;;
 320         --only)
 321             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 322             ;;
 323         --short)
 324             short=1
 325             ;;
 326         --interactive)
 327             interactive=1
 328             ;;
 329         --skip-install)
 330             skip[install]=1
 331             ;;
 332         --only-install)
 333             only_install="$1"; shift
 334             ;;
 335         --temp)
 336             temp="$1"; shift
 337             temp_preserve=1
 338             ;;
 339         --leave-temp)
 340             temp_preserve=1
 341             ;;
 342         --repeat)
 343             repeat=$((${1}+0)); shift
 344             ;;
 345         --retry)
 346             retry=1
 347             ;;
 348         *_test=*)
 349             suite="${arg%%_test=*}"
 350             args="${arg#*=}"
 351             testargs["$suite"]="$args"
 352             ;;
 353         *=*)
 354             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 355             ;;
 356         *)
 357             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 358             exit 1
 359             ;;
 360     esac
 361 done
 362
 363 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 364 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 365 NEED_SDK_R=true
 366
 367 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 368    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 369   NEED_SDK_R=false
 370 fi
 371
 372 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 373   NEED_SDK_R=false
 374 fi
 375
 376 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 377         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 378 fi
 379
 380 checkpidfile() {
 381     svc="$1"
 382     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
 383     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
 384         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
 385         echo "${svc} pid ${pid} not running"
 386         return 1
 387     fi
 388     echo "${svc} pid ${pid} ok"
 389 }
 390
 391 checkhealth() {
 392     svc="$1"
 393     base=$("${VENVDIR}/bin/python" -c "import yaml; print list(yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0]")
 394     url="$base/_health/ping"
 395     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
 396         echo "${url} failed"
 397         return 1
 398     fi
 399 }
 400
 401 checkdiscoverydoc() {
 402     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
 403     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
 404         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
 405         tail -v $WORKSPACE/tmp/railsapi.log
 406         return 1
 407     fi
 408     echo "${dd} ok"
 409 }
 410
 411 start_services() {
 412     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 413         return 0
 414     fi
 415     . "$VENVDIR/bin/activate"
 416     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, arv-git-httpd, ws, and nginx ssl proxy...'
 417     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 418         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 419     fi
 420     # Remove empty api.pid file if it exists
 421     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 422         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 423     fi
 424     all_services_stopped=
 425     fail=1
 426
 427     cd "$WORKSPACE" \
 428         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 429         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 430         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 431         && checkpidfile api \
 432         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 433         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
 434         && checkpidfile nginx \
 435         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 436         && checkpidfile controller \
 437         && checkhealth Controller \
 438         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 439         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 440         && checkpidfile keepproxy \
 441         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 442         && checkpidfile keep-web \
 443         && checkhealth WebDAV \
 444         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 445         && checkpidfile arv-git-httpd \
 446         && checkhealth GitHTTP \
 447         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 448         && checkpidfile ws \
 449         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
 450         && (env | egrep ^ARVADOS) \
 451         && fail=0
 452     deactivate
 453     if [[ $fail != 0 ]]; then
 454         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 455     fi
 456     return $fail
 457 }
 458
 459 stop_services() {
 460     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
 461         return
 462     fi
 463     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
 464     . "$VENVDIR/bin/activate" || return
 465     cd "$WORKSPACE" \
 466         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 467         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 468         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 469         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 470         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 471         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 472         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
 473         && all_services_stopped=1
 474     deactivate
 475     unset ARVADOS_CONFIG
 476 }
 477
 478 interrupt() {
 479     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 480     exit_cleanly
 481 }
 482 trap interrupt INT
 483
 484 setup_ruby_environment() {
 485     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 486         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 487         using_rvm=true
 488     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 489         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 490         using_rvm=true
 491     else
 492         using_rvm=false
 493     fi
 494
 495     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 496         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 497         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 498         # the environment to the "current gemset", which would lose
 499         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 500         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 501         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 502         # rvm gemset and use it for everything.
 503
 504         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 505             || fatal 'rvm check'
 506
 507         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 508         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 509         # complaint about not being in first place already.
 510         rvm use @default 2>/dev/null
 511
 512         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 513         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 514         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 515         # ruby to the caller.
 516         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 517         rvm use "@${gemset}" --create \
 518             || fatal 'rvm gemset setup'
 519
 520         rvm env
 521         (bundle version | grep -q 2.0.2) || gem install bundler -v 2.0.2
 522         bundle="$(which bundle)"
 523         echo "$bundle"
 524         "$bundle" version | grep 2.0.2 || fatal 'install bundler'
 525     else
 526         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 527         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 528         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 529         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 530         # should be installed, and we should leave it alone.)
 531
 532         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 533             user_gempath="$(gem env gempath)"
 534             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 535         fi
 536         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 537
 538         # When we build and install our own gems, we install them in our
 539         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 540         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 541         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 542
 543         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 544         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 545         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 546
 547         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 548         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 549         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 550         bundle="$(gem env gempath | cut -f1 -d:)/bin/bundle"
 551         (
 552             export HOME=$GEMHOME
 553             bundlers="$(gem list --details bundler)"
 554             versions=(1.11.0 1.17.3 2.0.2)
 555             for v in ${versions[@]}; do
 556                 if ! echo "$bundlers" | fgrep -q "($v)"; then
 557                     gem install --user $(for v in ${versions[@]}; do echo bundler:${v}; done)
 558                     break
 559                 fi
 560             done
 561             "$bundle" version | tee /dev/stderr | grep -q 'version 2'
 562         ) || fatal 'install bundler'
 563     fi
 564 }
 565
 566 with_test_gemset() {
 567     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 568         "$@"
 569     else
 570         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 571     fi
 572 }
 573
 574 gem_uninstall_if_exists() {
 575     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 576         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 577     fi
 578 }
 579
 580 setup_virtualenv() {
 581     local venvdest="$1"; shift
 582     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 583         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 584     elif [[ -n "$short" ]]; then
 585         return
 586     fi
 587     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 588         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 589         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 590     else
 591         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 592     fi
 593 }
 594
 595 initialize() {
 596     # If dependencies like ruby, go, etc. are installed in
 597     # /var/lib/arvados -- presumably by "arvados-server install" --
 598     # then we want to use those versions, instead of whatever happens
 599     # to be installed in /usr.
 600     PATH="/var/lib/arvados/bin:${PATH}"
 601     sanity_checks
 602
 603     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 604
 605     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 606     cd "$WORKSPACE"
 607     find -name '*.pyc' -delete
 608
 609     if [[ -z "$temp" ]]; then
 610         temp="$(mktemp -d)"
 611     fi
 612
 613     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 614     for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 615     do
 616         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 617             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 618         fi
 619         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 620             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 621         fi
 622     done
 623
 624     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 625
 626     export PERLINSTALLBASE
 627     export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 628
 629     export R_LIBS
 630
 631     export GOPATH
 632     # Make sure our compiled binaries under test override anything
 633     # else that might be in the environment.
 634     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
 635
 636     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 637     # that happens even if we don't end up running services that set up
 638     # logging.
 639     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 640     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 641
 642     unset http_proxy https_proxy no_proxy
 643
 644     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 645     # whine a lot.
 646     setup_ruby_environment
 647
 648     echo "PATH is $PATH"
 649 }
 650
 651 install_env() {
 652     go mod download || fatal "Go deps failed"
 653     which goimports >/dev/null || go get golang.org/x/tools/cmd/goimports || fatal "Go setup failed"
 654
 655     setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 656     . "$VENVDIR/bin/activate"
 657
 658     # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 659     (
 660         set -e
 661         "${VENVDIR}/bin/pip" install PyYAML
 662         "${VENV3DIR}/bin/pip" install PyYAML
 663         cd "$WORKSPACE/sdk/python"
 664         python setup.py install
 665     ) || fatal "installing PyYAML and sdk/python failed"
 666
 667     # Deactivate Python 2 virtualenv
 668     deactivate
 669
 670     # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 671     # Otherwise, skip dependent tests.
 672     PYTHON3=$(which python3)
 673     if [[ ${?} = 0 ]]; then
 674         setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 675     else
 676         PYTHON3=
 677         cat >&2 <<EOF
 678
 679 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 680
 681 EOF
 682     fi
 683 }
 684
 685 retry() {
 686     remain="${repeat}"
 687     while :
 688     do
 689         if ${@}; then
 690             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 691                 remain=$((${remain}-1))
 692                 title "(repeating ${remain} more times)"
 693             else
 694                 break
 695             fi
 696         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 697             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 698             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 699             then
 700                 break
 701             fi
 702         else
 703             break
 704         fi
 705     done
 706 }
 707
 708 do_test() {
 709     case "${1}" in
 710         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 711             suite=apps/workbench
 712             ;;
 713         *)
 714             suite="${1}"
 715             ;;
 716     esac
 717     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
 718               -n "${skip[$1]}" || \
 719               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
 720         return 0
 721     fi
 722     case "${1}" in
 723         services/api)
 724             stop_services
 725             check_arvados_config "$1"
 726             ;;
 727         gofmt | doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cloud/cloudtest | lib/cmd | lib/dispatchcloud/ssh_executor | lib/dispatchcloud/worker)
 728             check_arvados_config "$1"
 729             # don't care whether services are running
 730             ;;
 731         *)
 732             check_arvados_config "$1"
 733             if ! start_services; then
 734                 checkexit 1 "$1 tests"
 735                 title "test $1 -- failed to start services"
 736                 return 1
 737             fi
 738             ;;
 739     esac
 740     retry do_test_once ${@}
 741 }
 742
 743 go_ldflags() {
 744     version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}
 745     echo "-X git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd.version=${version} -X main.version=${version}"
 746 }
 747
 748 do_test_once() {
 749     unset result
 750
 751     title "test $1"
 752     timer_reset
 753
 754     result=
 755     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 756     if ! . "$VENVDIR/bin/activate"
 757     then
 758         result=1
 759     elif [[ "$2" == "go" ]]
 760     then
 761         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 762         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 763         # We do "go install" here to catch compilation errors
 764         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 765         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 766         # compilation errors.
 767         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1" && \
 768             cd "$WORKSPACE/$1" && \
 769             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 770         then
 771             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 772             # does:
 773             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 774         else
 775             # The above form gets verbose even when testargs is
 776             # empty, so use this form in such cases:
 777             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.arvados.org/arvados.git/$1"
 778         fi
 779         result=${result:-$?}
 780         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 781         then
 782             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 783             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 784         fi
 785         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
 786     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 787     then
 788         tries=0
 789         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 790         do
 791             tries=$((${tries}+1))
 792             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 793             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 794             if [[ -e "${3}activate" ]]; then
 795                 . "${3}activate"
 796             fi
 797             python setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 798             result=$?
 799             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 800             then
 801                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 802                 continue
 803             else
 804                 break
 805             fi
 806         done
 807     elif [[ "$2" != "" ]]
 808     then
 809         "test_$2"
 810     else
 811         "test_$1"
 812     fi
 813     result=${result:-$?}
 814     checkexit $result "$1 tests"
 815     title "test $1 -- `timer`"
 816     return $result
 817 }
 818
 819 check_arvados_config() {
 820     if [[ "$1" = "env" ]] ; then
 821         return
 822     fi
 823     if [[ -z "$ARVADOS_CONFIG" ]] ; then
 824         # Create config file.  The run_test_server script requires PyYAML,
 825         # so virtualenv needs to be active.  Downstream steps like
 826         # workbench install which require a valid config.yml.
 827         if [[ ! -s "$VENVDIR/bin/activate" ]] ; then
 828             install_env
 829         fi
 830         . "$VENVDIR/bin/activate"
 831         cd "$WORKSPACE"
 832         eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
 833         deactivate
 834     fi
 835 }
 836
 837 do_install() {
 838     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
 839         return 0
 840     fi
 841     check_arvados_config "$1"
 842     retry do_install_once ${@}
 843 }
 844
 845 do_install_once() {
 846     title "install $1"
 847     timer_reset
 848
 849     result=
 850     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 851     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENVDIR/bin/activate"; then
 852         result=1
 853     elif [[ "$2" == "go" ]]
 854     then
 855         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1"
 856     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 857     then
 858         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 859         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 860
 861         # Need to change to a different directory after creating
 862         # the source dist package to avoid a pip bug.
 863         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 864
 865         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 866         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 867         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 868         # install" ensures that we've actually installed the local package
 869         # we just built.
 870         cd "$WORKSPACE/$1" \
 871             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 872             && cd "$WORKSPACE" \
 873             && "${3}pip" install --no-cache-dir "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 874             && "${3}pip" install --no-cache-dir --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 875     elif [[ "$2" != "" ]]
 876     then
 877         "install_$2"
 878     else
 879         "install_$1"
 880     fi
 881     result=${result:-$?}
 882     checkexit $result "$1 install"
 883     title "install $1 -- `timer`"
 884     return $result
 885 }
 886
 887 bundle_install_trylocal() {
 888     (
 889         set -e
 890         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 891         if ! "$bundle" install --local --no-deployment; then
 892             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 893             "$bundle" install --no-deployment
 894         fi
 895         "$bundle" package
 896     )
 897 }
 898
 899 install_doc() {
 900     cd "$WORKSPACE/doc" \
 901         && bundle_install_trylocal \
 902         && rm -rf .site
 903 }
 904
 905 install_gem() {
 906     gemname=$1
 907     srcpath=$2
 908     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 909         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 910         && bundle_install_trylocal \
 911         && gem build "$gemname.gemspec" \
 912         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 913 }
 914
 915 install_sdk/ruby() {
 916     install_gem arvados sdk/ruby
 917 }
 918
 919 install_sdk/R() {
 920   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 921     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 922        && Rscript --vanilla install_deps.R
 923   fi
 924 }
 925
 926 install_sdk/perl() {
 927     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 928         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 929         && make install INSTALLDIRS=perl
 930 }
 931
 932 install_sdk/cli() {
 933     install_gem arvados-cli sdk/cli
 934 }
 935
 936 install_services/login-sync() {
 937     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 938 }
 939
 940 install_services/api() {
 941     stop_services
 942     check_arvados_config "services/api"
 943     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 944         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 945             || return 1
 946
 947     rm -f config/environments/test.rb
 948     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 949
 950     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 951     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 952     # is a postgresql superuser.
 953     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 954         && test_database=$("${VENVDIR}/bin/python" -c "import yaml; print yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname']") \
 955         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 956
 957     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 958
 959     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 960     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 961         (
 962             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 963             set -ex
 964             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 965             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 966         ) || return 1
 967     fi
 968
 969     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 970         && rm -rf tmp/git \
 971         && mkdir -p tmp/git \
 972         && cd tmp/git \
 973         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 974         && mkdir -p internal.git \
 975         && git --git-dir internal.git init \
 976             || return 1
 977
 978     (
 979         set -e
 980         cd "$WORKSPACE/services/api"
 981         export RAILS_ENV=test
 982         if "$bundle" exec rails db:environment:set ; then
 983             "$bundle" exec rake db:drop
 984         fi
 985         "$bundle" exec rake db:setup
 986         "$bundle" exec rake db:fixtures:load
 987     ) || return 1
 988 }
 989
 990 declare -a pythonstuff
 991 pythonstuff=(
 992     sdk/pam
 993     sdk/python
 994     sdk/python:py3
 995     sdk/cwl:py3
 996     services/dockercleaner:py3
 997     services/fuse
 998     services/fuse:py3
 999     tools/crunchstat-summary
1000     tools/crunchstat-summary:py3
1001 )
1002
1003 declare -a gostuff
1004 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git grep -lw func | grep \\.go | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
1005
1006 install_apps/workbench() {
1007     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1008         && mkdir -p tmp/cache \
1009         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
1010         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets "$bundle" exec rake npm:install
1011 }
1012
1013 test_doc() {
1014     (
1015         set -e
1016         cd "$WORKSPACE/doc"
1017         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
1018         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
1019         # do much good!
1020         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ "$bundle" exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
1021     )
1022 }
1023
1024 test_gofmt() {
1025     cd "$WORKSPACE" || return 1
1026     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
1027     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
1028 }
1029
1030 test_services/api() {
1031     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1032     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1033         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake test TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[services/api]}
1034 }
1035
1036 test_sdk/ruby() {
1037     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1038         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1039 }
1040
1041 test_sdk/R() {
1042   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1043     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1044         && Rscript --vanilla run_test.R
1045   fi
1046 }
1047
1048 test_sdk/cli() {
1049     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1050         && mkdir -p /tmp/keep \
1051         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1052 }
1053
1054 test_sdk/java-v2() {
1055     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test ${testargs[sdk/java-v2]}
1056 }
1057
1058 test_services/login-sync() {
1059     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1060         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1061 }
1062
1063 test_apps/workbench_units() {
1064     local TASK="test:units"
1065     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1066         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_units]}
1067 }
1068
1069 test_apps/workbench_functionals() {
1070     local TASK="test:functionals"
1071     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1072         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_functionals]}
1073 }
1074
1075 test_apps/workbench_integration() {
1076     local TASK="test:integration"
1077     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1078         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_integration]}
1079 }
1080
1081 test_apps/workbench_benchmark() {
1082     local TASK="test:benchmark"
1083     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1084         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1085 }
1086
1087 test_apps/workbench_profile() {
1088     local TASK="test:profile"
1089     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1090         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_profile]}
1091 }
1092
1093 install_deps() {
1094     # Install parts needed by test suites
1095     do_install env
1096     do_install cmd/arvados-server go
1097     do_install sdk/cli
1098     do_install sdk/perl
1099     do_install sdk/python pip
1100     do_install sdk/python pip "${VENV3DIR}/bin/"
1101     do_install sdk/ruby
1102     do_install services/api
1103     do_install services/arv-git-httpd go
1104     do_install services/keepproxy go
1105     do_install services/keepstore go
1106     do_install services/keep-web go
1107     do_install services/ws go
1108 }
1109
1110 install_all() {
1111     do_install env
1112     do_install doc
1113     do_install sdk/ruby
1114     do_install sdk/R
1115     do_install sdk/perl
1116     do_install sdk/cli
1117     do_install services/login-sync
1118     for p in "${pythonstuff[@]}"
1119     do
1120         dir=${p%:py3}
1121         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1122             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1123                 do_install ${dir} pip
1124             fi
1125         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1126             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1127                 do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1128             fi
1129         fi
1130     done
1131     for g in "${gostuff[@]}"
1132     do
1133         do_install "$g" go
1134     done
1135     do_install services/api
1136     do_install apps/workbench
1137 }
1138
1139 test_all() {
1140     stop_services
1141     do_test services/api
1142
1143     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1144     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1145     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1146         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1147         exit_cleanly
1148     fi
1149
1150     do_test gofmt
1151     do_test doc
1152     do_test sdk/ruby
1153     do_test sdk/R
1154     do_test sdk/cli
1155     do_test services/login-sync
1156     do_test sdk/java-v2
1157     for p in "${pythonstuff[@]}"
1158     do
1159         dir=${p%:py3}
1160         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1161             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1162                 do_test ${dir} pip
1163             fi
1164         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1165             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1166                 do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1167             fi
1168         fi
1169     done
1170
1171     for g in "${gostuff[@]}"
1172     do
1173         do_test "$g" go
1174     done
1175     do_test apps/workbench_units
1176     do_test apps/workbench_functionals
1177     do_test apps/workbench_integration
1178     do_test apps/workbench_benchmark
1179     do_test apps/workbench_profile
1180 }
1181
1182 help_interactive() {
1183     echo "== Interactive commands:"
1184     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1185     echo "test TARGET"
1186     echo "10 test TARGET         (run test 10 times)"
1187     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1188     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1189     echo "install TARGET"
1190     echo "install env            (go/python libs)"
1191     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1192     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1193     echo "exit"
1194     echo "== Test targets:"
1195     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1196 }
1197
1198 initialize
1199
1200 declare -A testfuncargs=()
1201 for g in "${gostuff[@]}"; do
1202     testfuncargs[$g]="$g go"
1203 done
1204 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1205     dir=${p%:py3}
1206     testfuncargs[$dir]="$dir pip $VENVDIR/bin/"
1207     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1208 done
1209
1210 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1211 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1212 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1213 testfuncargs["apps/workbench_units"]="apps/workbench_units"
1214 testfuncargs["apps/workbench_functionals"]="apps/workbench_functionals"
1215 testfuncargs["apps/workbench_integration"]="apps/workbench_integration"
1216 testfuncargs["apps/workbench_benchmark"]="apps/workbench_benchmark"
1217 testfuncargs["apps/workbench_profile"]="apps/workbench_profile"
1218
1219 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1220     install_all
1221     test_all
1222 else
1223     skip=()
1224     only=()
1225     only_install=()
1226     if [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1227     setnextcmd() {
1228         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1229             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1230             # and pre-populating the command will only cause trouble
1231             nextcmd=
1232         elif [[ ! -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then
1233             nextcmd="install deps"
1234         else
1235             nextcmd=""
1236         fi
1237     }
1238     echo
1239     help_interactive
1240     nextcmd="install deps"
1241     setnextcmd
1242     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1243     history -r
1244     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1245         history -s "$nextcmd"
1246         history -w
1247         count=1
1248         if [[ "${nextcmd}" =~ ^[0-9] ]]; then
1249           read count nextcmd <<<"${nextcmd}"
1250         fi
1251         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1252         target="${target%/}"
1253         target="${target/\/:/:}"
1254         case "${verb}" in
1255             "exit" | "quit")
1256                 exit_cleanly
1257                 ;;
1258             "reset")
1259                 stop_services
1260                 ;;
1261             "test" | "install")
1262                 case "$target" in
1263                     "")
1264                         help_interactive
1265                         ;;
1266                     all | deps)
1267                         ${verb}_${target}
1268                         ;;
1269                     *)
1270                         argstarget=${target%:py3}
1271                         testargs["$argstarget"]="${opts}"
1272                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1273                         tt="${tt:-$target}"
1274                         while [ $count -gt 0 ]; do
1275                           do_$verb $tt
1276                           let "count=count-1"
1277                         done
1278                         ;;
1279                 esac
1280                 ;;
1281             "" | "help" | *)
1282                 help_interactive
1283                 ;;
1284         esac
1285         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1286             report_outcomes
1287             successes=()
1288             failures=()
1289         fi
1290         cd "$WORKSPACE"
1291         setnextcmd
1292     done
1293     echo
1294 fi
1295 exit_cleanly