services/crunch-run/crunchrun.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "context"
   5         "encoding/json"
   6         "errors"
   7         "flag"
   8         "fmt"
   9         "io"
  10         "io/ioutil"
  11         "log"
  12         "os"
  13         "os/exec"
  14         "os/signal"
  15         "path"
  16         "path/filepath"
  17         "sort"
  18         "strings"
  19         "sync"
  20         "syscall"
  21         "time"
  22
  23         "git.curoverse.com/arvados.git/lib/crunchstat"
  24         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvados"
  25         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvadosclient"
  26         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/keepclient"
  27         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/manifest"
  28
  29         dockertypes "github.com/docker/docker/api/types"
  30         dockercontainer "github.com/docker/docker/api/types/container"
  31         dockernetwork "github.com/docker/docker/api/types/network"
  32         dockerclient "github.com/docker/docker/client"
  33 )
  34
  35 // IArvadosClient is the minimal Arvados API methods used by crunch-run.
  36 type IArvadosClient interface {
  37         Create(resourceType string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  38         Get(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  39         Update(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  40         Call(method, resourceType, uuid, action string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  41         CallRaw(method string, resourceType string, uuid string, action string, parameters arvadosclient.Dict) (reader io.ReadCloser, err error)
  42         Discovery(key string) (interface{}, error)
  43 }
  44
  45 // ErrCancelled is the error returned when the container is cancelled.
  46 var ErrCancelled = errors.New("Cancelled")
  47
  48 // IKeepClient is the minimal Keep API methods used by crunch-run.
  49 type IKeepClient interface {
  50         PutHB(hash string, buf []byte) (string, int, error)
  51         ManifestFileReader(m manifest.Manifest, filename string) (keepclient.Reader, error)
  52 }
  53
  54 // NewLogWriter is a factory function to create a new log writer.
  55 type NewLogWriter func(name string) io.WriteCloser
  56
  57 type RunArvMount func(args []string, tok string) (*exec.Cmd, error)
  58
  59 type MkTempDir func(string, string) (string, error)
  60
  61 // ThinDockerClient is the minimal Docker client interface used by crunch-run.
  62 type ThinDockerClient interface {
  63         ContainerAttach(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerAttachOptions) (dockertypes.HijackedResponse, error)
  64         ContainerCreate(ctx context.Context, config *dockercontainer.Config, hostConfig *dockercontainer.HostConfig,
  65                 networkingConfig *dockernetwork.NetworkingConfig, containerName string) (dockercontainer.ContainerCreateCreatedBody, error)
  66         ContainerStart(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerStartOptions) error
  67         ContainerStop(ctx context.Context, container string, timeout *time.Duration) error
  68         ContainerWait(ctx context.Context, container string) (int64, error)
  69         ImageInspectWithRaw(ctx context.Context, image string) (dockertypes.ImageInspect, []byte, error)
  70         ImageLoad(ctx context.Context, input io.Reader, quiet bool) (dockertypes.ImageLoadResponse, error)
  71         ImageRemove(ctx context.Context, image string, options dockertypes.ImageRemoveOptions) ([]dockertypes.ImageDeleteResponseItem, error)
  72 }
  73
  74 // ThinDockerClientProxy is a proxy implementation of ThinDockerClient
  75 // that executes the docker requests on dockerclient.Client
  76 type ThinDockerClientProxy struct {
  77         Docker *dockerclient.Client
  78 }
  79
  80 // ContainerAttach invokes dockerclient.Client.ContainerAttach
  81 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerAttach(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerAttachOptions) (dockertypes.HijackedResponse, error) {
  82         return proxy.Docker.ContainerAttach(ctx, container, options)
  83 }
  84
  85 // ContainerCreate invokes dockerclient.Client.ContainerCreate
  86 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerCreate(ctx context.Context, config *dockercontainer.Config, hostConfig *dockercontainer.HostConfig,
  87         networkingConfig *dockernetwork.NetworkingConfig, containerName string) (dockercontainer.ContainerCreateCreatedBody, error) {
  88         return proxy.Docker.ContainerCreate(ctx, config, hostConfig, networkingConfig, containerName)
  89 }
  90
  91 // ContainerStart invokes dockerclient.Client.ContainerStart
  92 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerStart(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerStartOptions) error {
  93         return proxy.Docker.ContainerStart(ctx, container, options)
  94 }
  95
  96 // ContainerStop invokes dockerclient.Client.ContainerStop
  97 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerStop(ctx context.Context, container string, timeout *time.Duration) error {
  98         return proxy.Docker.ContainerStop(ctx, container, timeout)
  99 }
 100
 101 // ContainerWait invokes dockerclient.Client.ContainerWait
 102 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerWait(ctx context.Context, container string) (int64, error) {
 103         return proxy.Docker.ContainerWait(ctx, container)
 104 }
 105
 106 // ImageInspectWithRaw invokes dockerclient.Client.ImageInspectWithRaw
 107 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageInspectWithRaw(ctx context.Context, image string) (dockertypes.ImageInspect, []byte, error) {
 108         return proxy.Docker.ImageInspectWithRaw(ctx, image)
 109 }
 110
 111 // ImageLoad invokes dockerclient.Client.ImageLoad
 112 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageLoad(ctx context.Context, input io.Reader, quiet bool) (dockertypes.ImageLoadResponse, error) {
 113         return proxy.Docker.ImageLoad(ctx, input, quiet)
 114 }
 115
 116 // ImageRemove invokes dockerclient.Client.ImageRemove
 117 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageRemove(ctx context.Context, image string, options dockertypes.ImageRemoveOptions) ([]dockertypes.ImageDeleteResponseItem, error) {
 118         return proxy.Docker.ImageRemove(ctx, image, options)
 119 }
 120
 121 // ContainerRunner is the main stateful struct used for a single execution of a
 122 // container.
 123 type ContainerRunner struct {
 124         Docker    ThinDockerClient
 125         ArvClient IArvadosClient
 126         Kc        IKeepClient
 127         arvados.Container
 128         ContainerConfig dockercontainer.Config
 129         dockercontainer.HostConfig
 130         token       string
 131         ContainerID string
 132         ExitCode    *int
 133         NewLogWriter
 134         loggingDone   chan bool
 135         CrunchLog     *ThrottledLogger
 136         Stdout        io.WriteCloser
 137         Stderr        *ThrottledLogger
 138         LogCollection *CollectionWriter
 139         LogsPDH       *string
 140         RunArvMount
 141         MkTempDir
 142         ArvMount       *exec.Cmd
 143         ArvMountPoint  string
 144         HostOutputDir  string
 145         CleanupTempDir []string
 146         Binds          []string
 147         OutputPDH      *string
 148         SigChan        chan os.Signal
 149         ArvMountExit   chan error
 150         finalState     string
 151
 152         statLogger   io.WriteCloser
 153         statReporter *crunchstat.Reporter
 154         statInterval time.Duration
 155         cgroupRoot   string
 156         // What we expect the container's cgroup parent to be.
 157         expectCgroupParent string
 158         // What we tell docker to use as the container's cgroup
 159         // parent. Note: Ideally we would use the same field for both
 160         // expectCgroupParent and setCgroupParent, and just make it
 161         // default to "docker". However, when using docker < 1.10 with
 162         // systemd, specifying a non-empty cgroup parent (even the
 163         // default value "docker") hits a docker bug
 164         // (https://github.com/docker/docker/issues/17126). Using two
 165         // separate fields makes it possible to use the "expect cgroup
 166         // parent to be X" feature even on sites where the "specify
 167         // cgroup parent" feature breaks.
 168         setCgroupParent string
 169
 170         cStateLock sync.Mutex
 171         cStarted   bool // StartContainer() succeeded
 172         cCancelled bool // StopContainer() invoked
 173
 174         enableNetwork string // one of "default" or "always"
 175         networkMode   string // passed through to HostConfig.NetworkMode
 176 }
 177
 178 // SetupSignals sets up signal handling to gracefully terminate the underlying
 179 // Docker container and update state when receiving a TERM, INT or QUIT signal.
 180 func (runner *ContainerRunner) SetupSignals() {
 181         runner.SigChan = make(chan os.Signal, 1)
 182         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGTERM)
 183         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGINT)
 184         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGQUIT)
 185
 186         go func(sig chan os.Signal) {
 187                 <-sig
 188                 runner.stop()
 189                 signal.Stop(sig)
 190         }(runner.SigChan)
 191 }
 192
 193 // stop the underlying Docker container.
 194 func (runner *ContainerRunner) stop() {
 195         runner.cStateLock.Lock()
 196         defer runner.cStateLock.Unlock()
 197         if runner.cCancelled {
 198                 return
 199         }
 200         runner.cCancelled = true
 201         if runner.cStarted {
 202                 timeout := time.Duration(10)
 203                 err := runner.Docker.ContainerStop(context.TODO(), runner.ContainerID, &(timeout))
 204                 if err != nil {
 205                         log.Printf("StopContainer failed: %s", err)
 206                 }
 207         }
 208 }
 209
 210 // LoadImage determines the docker image id from the container record and
 211 // checks if it is available in the local Docker image store.  If not, it loads
 212 // the image from Keep.
 213 func (runner *ContainerRunner) LoadImage() (err error) {
 214
 215         runner.CrunchLog.Printf("Fetching Docker image from collection '%s'", runner.Container.ContainerImage)
 216
 217         var collection arvados.Collection
 218         err = runner.ArvClient.Get("collections", runner.Container.ContainerImage, nil, &collection)
 219         if err != nil {
 220                 return fmt.Errorf("While getting container image collection: %v", err)
 221         }
 222         manifest := manifest.Manifest{Text: collection.ManifestText}
 223         var img, imageID string
 224         for ms := range manifest.StreamIter() {
 225                 img = ms.FileStreamSegments[0].Name
 226                 if !strings.HasSuffix(img, ".tar") {
 227                         return fmt.Errorf("First file in the container image collection does not end in .tar")
 228                 }
 229                 imageID = img[:len(img)-4]
 230         }
 231
 232         runner.CrunchLog.Printf("Using Docker image id '%s'", imageID)
 233
 234         _, _, err = runner.Docker.ImageInspectWithRaw(context.TODO(), imageID)
 235         if err != nil {
 236                 runner.CrunchLog.Print("Loading Docker image from keep")
 237
 238                 var readCloser io.ReadCloser
 239                 readCloser, err = runner.Kc.ManifestFileReader(manifest, img)
 240                 if err != nil {
 241                         return fmt.Errorf("While creating ManifestFileReader for container image: %v", err)
 242                 }
 243
 244                 response, err := runner.Docker.ImageLoad(context.TODO(), readCloser, false)
 245                 if err != nil {
 246                         return fmt.Errorf("While loading container image into Docker: %v", err)
 247                 }
 248                 response.Body.Close()
 249         } else {
 250                 runner.CrunchLog.Print("Docker image is available")
 251         }
 252
 253         runner.ContainerConfig.Image = imageID
 254
 255         return nil
 256 }
 257
 258 func (runner *ContainerRunner) ArvMountCmd(arvMountCmd []string, token string) (c *exec.Cmd, err error) {
 259         c = exec.Command("arv-mount", arvMountCmd...)
 260
 261         // Copy our environment, but override ARVADOS_API_TOKEN with
 262         // the container auth token.
 263         c.Env = nil
 264         for _, s := range os.Environ() {
 265                 if !strings.HasPrefix(s, "ARVADOS_API_TOKEN=") {
 266                         c.Env = append(c.Env, s)
 267                 }
 268         }
 269         c.Env = append(c.Env, "ARVADOS_API_TOKEN="+token)
 270
 271         nt := NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("arv-mount"))
 272         c.Stdout = nt
 273         c.Stderr = nt
 274
 275         err = c.Start()
 276         if err != nil {
 277                 return nil, err
 278         }
 279
 280         statReadme := make(chan bool)
 281         runner.ArvMountExit = make(chan error)
 282
 283         keepStatting := true
 284         go func() {
 285                 for keepStatting {
 286                         time.Sleep(100 * time.Millisecond)
 287                         _, err = os.Stat(fmt.Sprintf("%s/by_id/README", runner.ArvMountPoint))
 288                         if err == nil {
 289                                 keepStatting = false
 290                                 statReadme <- true
 291                         }
 292                 }
 293                 close(statReadme)
 294         }()
 295
 296         go func() {
 297                 runner.ArvMountExit <- c.Wait()
 298                 close(runner.ArvMountExit)
 299         }()
 300
 301         select {
 302         case <-statReadme:
 303                 break
 304         case err := <-runner.ArvMountExit:
 305                 runner.ArvMount = nil
 306                 keepStatting = false
 307                 return nil, err
 308         }
 309
 310         return c, nil
 311 }
 312
 313 func (runner *ContainerRunner) SetupArvMountPoint(prefix string) (err error) {
 314         if runner.ArvMountPoint == "" {
 315                 runner.ArvMountPoint, err = runner.MkTempDir("", prefix)
 316         }
 317         return
 318 }
 319
 320 func (runner *ContainerRunner) SetupMounts() (err error) {
 321         err = runner.SetupArvMountPoint("keep")
 322         if err != nil {
 323                 return fmt.Errorf("While creating keep mount temp dir: %v", err)
 324         }
 325
 326         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, runner.ArvMountPoint)
 327
 328         pdhOnly := true
 329         tmpcount := 0
 330         arvMountCmd := []string{"--foreground", "--allow-other", "--read-write"}
 331
 332         if runner.Container.RuntimeConstraints.KeepCacheRAM > 0 {
 333                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--file-cache", fmt.Sprintf("%d", runner.Container.RuntimeConstraints.KeepCacheRAM))
 334         }
 335
 336         collectionPaths := []string{}
 337         runner.Binds = nil
 338         needCertMount := true
 339
 340         var binds []string
 341         for bind, _ := range runner.Container.Mounts {
 342                 binds = append(binds, bind)
 343         }
 344         sort.Strings(binds)
 345
 346         for _, bind := range binds {
 347                 mnt := runner.Container.Mounts[bind]
 348                 if bind == "stdout" {
 349                         // Is it a "file" mount kind?
 350                         if mnt.Kind != "file" {
 351                                 return fmt.Errorf("Unsupported mount kind '%s' for stdout. Only 'file' is supported.", mnt.Kind)
 352                         }
 353
 354                         // Does path start with OutputPath?
 355                         prefix := runner.Container.OutputPath
 356                         if !strings.HasSuffix(prefix, "/") {
 357                                 prefix += "/"
 358                         }
 359                         if !strings.HasPrefix(mnt.Path, prefix) {
 360                                 return fmt.Errorf("Stdout path does not start with OutputPath: %s, %s", mnt.Path, prefix)
 361                         }
 362                 }
 363
 364                 if bind == "/etc/arvados/ca-certificates.crt" {
 365                         needCertMount = false
 366                 }
 367
 368                 if strings.HasPrefix(bind, runner.Container.OutputPath+"/") && bind != runner.Container.OutputPath+"/" {
 369                         if mnt.Kind != "collection" {
 370                                 return fmt.Errorf("Only mount points of kind 'collection' are supported underneath the output_path: %v", bind)
 371                         }
 372                 }
 373
 374                 switch {
 375                 case mnt.Kind == "collection":
 376                         var src string
 377                         if mnt.UUID != "" && mnt.PortableDataHash != "" {
 378                                 return fmt.Errorf("Cannot specify both 'uuid' and 'portable_data_hash' for a collection mount")
 379                         }
 380                         if mnt.UUID != "" {
 381                                 if mnt.Writable {
 382                                         return fmt.Errorf("Writing to existing collections currently not permitted.")
 383                                 }
 384                                 pdhOnly = false
 385                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.UUID)
 386                         } else if mnt.PortableDataHash != "" {
 387                                 if mnt.Writable {
 388                                         return fmt.Errorf("Can never write to a collection specified by portable data hash")
 389                                 }
 390                                 idx := strings.Index(mnt.PortableDataHash, "/")
 391                                 if idx > 0 {
 392                                         mnt.Path = path.Clean(mnt.PortableDataHash[idx:])
 393                                         mnt.PortableDataHash = mnt.PortableDataHash[0:idx]
 394                                         runner.Container.Mounts[bind] = mnt
 395                                 }
 396                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.PortableDataHash)
 397                                 if mnt.Path != "" && mnt.Path != "." {
 398                                         if strings.HasPrefix(mnt.Path, "./") {
 399                                                 mnt.Path = mnt.Path[2:]
 400                                         } else if strings.HasPrefix(mnt.Path, "/") {
 401                                                 mnt.Path = mnt.Path[1:]
 402                                         }
 403                                         src += "/" + mnt.Path
 404                                 }
 405                         } else {
 406                                 src = fmt.Sprintf("%s/tmp%d", runner.ArvMountPoint, tmpcount)
 407                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-tmp")
 408                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, fmt.Sprintf("tmp%d", tmpcount))
 409                                 tmpcount += 1
 410                         }
 411                         if mnt.Writable {
 412                                 if bind == runner.Container.OutputPath {
 413                                         runner.HostOutputDir = src
 414                                 } else if strings.HasPrefix(bind, runner.Container.OutputPath+"/") {
 415                                         return fmt.Errorf("Writable mount points are not permitted underneath the output_path: %v", bind)
 416                                 }
 417                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", src, bind))
 418                         } else {
 419                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s:ro", src, bind))
 420                         }
 421                         collectionPaths = append(collectionPaths, src)
 422
 423                 case mnt.Kind == "tmp" && bind == runner.Container.OutputPath:
 424                         runner.HostOutputDir, err = runner.MkTempDir("", "")
 425                         if err != nil {
 426                                 return fmt.Errorf("While creating mount temp dir: %v", err)
 427                         }
 428                         st, staterr := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 429                         if staterr != nil {
 430                                 return fmt.Errorf("While Stat on temp dir: %v", staterr)
 431                         }
 432                         err = os.Chmod(runner.HostOutputDir, st.Mode()|os.ModeSetgid|0777)
 433                         if staterr != nil {
 434                                 return fmt.Errorf("While Chmod temp dir: %v", err)
 435                         }
 436                         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, runner.HostOutputDir)
 437                         runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", runner.HostOutputDir, bind))
 438
 439                 case mnt.Kind == "tmp":
 440                         runner.Binds = append(runner.Binds, bind)
 441
 442                 case mnt.Kind == "json":
 443                         jsondata, err := json.Marshal(mnt.Content)
 444                         if err != nil {
 445                                 return fmt.Errorf("encoding json data: %v", err)
 446                         }
 447                         // Create a tempdir with a single file
 448                         // (instead of just a tempfile): this way we
 449                         // can ensure the file is world-readable
 450                         // inside the container, without having to
 451                         // make it world-readable on the docker host.
 452                         tmpdir, err := runner.MkTempDir("", "")
 453                         if err != nil {
 454                                 return fmt.Errorf("creating temp dir: %v", err)
 455                         }
 456                         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, tmpdir)
 457                         tmpfn := filepath.Join(tmpdir, "mountdata.json")
 458                         err = ioutil.WriteFile(tmpfn, jsondata, 0644)
 459                         if err != nil {
 460                                 return fmt.Errorf("writing temp file: %v", err)
 461                         }
 462                         runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s:ro", tmpfn, bind))
 463                 }
 464         }
 465
 466         if runner.HostOutputDir == "" {
 467                 return fmt.Errorf("Output path does not correspond to a writable mount point")
 468         }
 469
 470         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; needCertMount && wantAPI != nil && *wantAPI {
 471                 for _, certfile := range arvadosclient.CertFiles {
 472                         _, err := os.Stat(certfile)
 473                         if err == nil {
 474                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:/etc/arvados/ca-certificates.crt:ro", certfile))
 475                                 break
 476                         }
 477                 }
 478         }
 479
 480         if pdhOnly {
 481                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-pdh", "by_id")
 482         } else {
 483                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-id", "by_id")
 484         }
 485         arvMountCmd = append(arvMountCmd, runner.ArvMountPoint)
 486
 487         token, err := runner.ContainerToken()
 488         if err != nil {
 489                 return fmt.Errorf("could not get container token: %s", err)
 490         }
 491
 492         runner.ArvMount, err = runner.RunArvMount(arvMountCmd, token)
 493         if err != nil {
 494                 return fmt.Errorf("While trying to start arv-mount: %v", err)
 495         }
 496
 497         for _, p := range collectionPaths {
 498                 _, err = os.Stat(p)
 499                 if err != nil {
 500                         return fmt.Errorf("While checking that input files exist: %v", err)
 501                 }
 502         }
 503
 504         return nil
 505 }
 506
 507 func (runner *ContainerRunner) ProcessDockerAttach(containerReader io.Reader) {
 508         // Handle docker log protocol
 509         // https://docs.docker.com/engine/reference/api/docker_remote_api_v1.15/#attach-to-a-container
 510
 511         header := make([]byte, 8)
 512         for {
 513                 _, readerr := io.ReadAtLeast(containerReader, header, 8)
 514
 515                 if readerr == nil {
 516                         readsize := int64(header[7]) | (int64(header[6]) << 8) | (int64(header[5]) << 16) | (int64(header[4]) << 24)
 517                         if header[0] == 1 {
 518                                 // stdout
 519                                 _, readerr = io.CopyN(runner.Stdout, containerReader, readsize)
 520                         } else {
 521                                 // stderr
 522                                 _, readerr = io.CopyN(runner.Stderr, containerReader, readsize)
 523                         }
 524                 }
 525
 526                 if readerr != nil {
 527                         if readerr != io.EOF {
 528                                 runner.CrunchLog.Printf("While reading docker logs: %v", readerr)
 529                         }
 530
 531                         closeerr := runner.Stdout.Close()
 532                         if closeerr != nil {
 533                                 runner.CrunchLog.Printf("While closing stdout logs: %v", closeerr)
 534                         }
 535
 536                         closeerr = runner.Stderr.Close()
 537                         if closeerr != nil {
 538                                 runner.CrunchLog.Printf("While closing stderr logs: %v", closeerr)
 539                         }
 540
 541                         if runner.statReporter != nil {
 542                                 runner.statReporter.Stop()
 543                                 closeerr = runner.statLogger.Close()
 544                                 if closeerr != nil {
 545                                         runner.CrunchLog.Printf("While closing crunchstat logs: %v", closeerr)
 546                                 }
 547                         }
 548
 549                         runner.loggingDone <- true
 550                         close(runner.loggingDone)
 551                         return
 552                 }
 553         }
 554 }
 555
 556 func (runner *ContainerRunner) StartCrunchstat() {
 557         runner.statLogger = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("crunchstat"))
 558         runner.statReporter = &crunchstat.Reporter{
 559                 CID:          runner.ContainerID,
 560                 Logger:       log.New(runner.statLogger, "", 0),
 561                 CgroupParent: runner.expectCgroupParent,
 562                 CgroupRoot:   runner.cgroupRoot,
 563                 PollPeriod:   runner.statInterval,
 564         }
 565         runner.statReporter.Start()
 566 }
 567
 568 type infoCommand struct {
 569         label string
 570         cmd   []string
 571 }
 572
 573 // Gather node information and store it on the log for debugging
 574 // purposes.
 575 func (runner *ContainerRunner) LogNodeInfo() (err error) {
 576         w := runner.NewLogWriter("node-info")
 577         logger := log.New(w, "node-info", 0)
 578
 579         commands := []infoCommand{
 580                 infoCommand{
 581                         label: "Host Information",
 582                         cmd:   []string{"uname", "-a"},
 583                 },
 584                 infoCommand{
 585                         label: "CPU Information",
 586                         cmd:   []string{"cat", "/proc/cpuinfo"},
 587                 },
 588                 infoCommand{
 589                         label: "Memory Information",
 590                         cmd:   []string{"cat", "/proc/meminfo"},
 591                 },
 592                 infoCommand{
 593                         label: "Disk Space",
 594                         cmd:   []string{"df", "-m", "/", os.TempDir()},
 595                 },
 596                 infoCommand{
 597                         label: "Disk INodes",
 598                         cmd:   []string{"df", "-i", "/", os.TempDir()},
 599                 },
 600         }
 601
 602         // Run commands with informational output to be logged.
 603         var out []byte
 604         for _, command := range commands {
 605                 out, err = exec.Command(command.cmd[0], command.cmd[1:]...).CombinedOutput()
 606                 if err != nil {
 607                         return fmt.Errorf("While running command %q: %v",
 608                                 command.cmd, err)
 609                 }
 610                 logger.Println(command.label)
 611                 for _, line := range strings.Split(string(out), "\n") {
 612                         logger.Println(" ", line)
 613                 }
 614         }
 615
 616         err = w.Close()
 617         if err != nil {
 618                 return fmt.Errorf("While closing node-info logs: %v", err)
 619         }
 620         return nil
 621 }
 622
 623 // Get and save the raw JSON container record from the API server
 624 func (runner *ContainerRunner) LogContainerRecord() (err error) {
 625         w := &ArvLogWriter{
 626                 runner.ArvClient,
 627                 runner.Container.UUID,
 628                 "container",
 629                 runner.LogCollection.Open("container.json"),
 630         }
 631         // Get Container record JSON from the API Server
 632         reader, err := runner.ArvClient.CallRaw("GET", "containers", runner.Container.UUID, "", nil)
 633         if err != nil {
 634                 return fmt.Errorf("While retrieving container record from the API server: %v", err)
 635         }
 636         defer reader.Close()
 637         // Read the API server response as []byte
 638         json_bytes, err := ioutil.ReadAll(reader)
 639         if err != nil {
 640                 return fmt.Errorf("While reading container record API server response: %v", err)
 641         }
 642         // Decode the JSON []byte
 643         var cr map[string]interface{}
 644         if err = json.Unmarshal(json_bytes, &cr); err != nil {
 645                 return fmt.Errorf("While decoding the container record JSON response: %v", err)
 646         }
 647         // Re-encode it using indentation to improve readability
 648         enc := json.NewEncoder(w)
 649         enc.SetIndent("", "    ")
 650         if err = enc.Encode(cr); err != nil {
 651                 return fmt.Errorf("While logging the JSON container record: %v", err)
 652         }
 653         err = w.Close()
 654         if err != nil {
 655                 return fmt.Errorf("While closing container.json log: %v", err)
 656         }
 657         return nil
 658 }
 659
 660 // AttachLogs connects the docker container stdout and stderr logs to the
 661 // Arvados logger which logs to Keep and the API server logs table.
 662 func (runner *ContainerRunner) AttachStreams() (err error) {
 663
 664         runner.CrunchLog.Print("Attaching container streams")
 665
 666         response, err := runner.Docker.ContainerAttach(context.TODO(), runner.ContainerID,
 667                 dockertypes.ContainerAttachOptions{Stream: true, Stdout: true, Stderr: true})
 668         if err != nil {
 669                 return fmt.Errorf("While attaching container stdout/stderr streams: %v", err)
 670         }
 671
 672         runner.loggingDone = make(chan bool)
 673
 674         if stdoutMnt, ok := runner.Container.Mounts["stdout"]; ok {
 675                 stdoutPath := stdoutMnt.Path[len(runner.Container.OutputPath):]
 676                 index := strings.LastIndex(stdoutPath, "/")
 677                 if index > 0 {
 678                         subdirs := stdoutPath[:index]
 679                         if subdirs != "" {
 680                                 st, err := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 681                                 if err != nil {
 682                                         return fmt.Errorf("While Stat on temp dir: %v", err)
 683                                 }
 684                                 stdoutPath := path.Join(runner.HostOutputDir, subdirs)
 685                                 err = os.MkdirAll(stdoutPath, st.Mode()|os.ModeSetgid|0777)
 686                                 if err != nil {
 687                                         return fmt.Errorf("While MkdirAll %q: %v", stdoutPath, err)
 688                                 }
 689                         }
 690                 }
 691                 stdoutFile, err := os.Create(path.Join(runner.HostOutputDir, stdoutPath))
 692                 if err != nil {
 693                         return fmt.Errorf("While creating stdout file: %v", err)
 694                 }
 695                 runner.Stdout = stdoutFile
 696         } else {
 697                 runner.Stdout = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stdout"))
 698         }
 699         runner.Stderr = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stderr"))
 700
 701         go runner.ProcessDockerAttach(response.Reader)
 702
 703         return nil
 704 }
 705
 706 // CreateContainer creates the docker container.
 707 func (runner *ContainerRunner) CreateContainer() error {
 708         runner.CrunchLog.Print("Creating Docker container")
 709
 710         runner.ContainerConfig.Cmd = runner.Container.Command
 711         if runner.Container.Cwd != "." {
 712                 runner.ContainerConfig.WorkingDir = runner.Container.Cwd
 713         }
 714
 715         for k, v := range runner.Container.Environment {
 716                 runner.ContainerConfig.Env = append(runner.ContainerConfig.Env, k+"="+v)
 717         }
 718
 719         runner.HostConfig = dockercontainer.HostConfig{
 720                 Binds:  runner.Binds,
 721                 Cgroup: dockercontainer.CgroupSpec(runner.setCgroupParent),
 722                 LogConfig: dockercontainer.LogConfig{
 723                         Type: "none",
 724                 },
 725         }
 726
 727         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; wantAPI != nil && *wantAPI {
 728                 tok, err := runner.ContainerToken()
 729                 if err != nil {
 730                         return err
 731                 }
 732                 runner.ContainerConfig.Env = append(runner.ContainerConfig.Env,
 733                         "ARVADOS_API_TOKEN="+tok,
 734                         "ARVADOS_API_HOST="+os.Getenv("ARVADOS_API_HOST"),
 735                         "ARVADOS_API_HOST_INSECURE="+os.Getenv("ARVADOS_API_HOST_INSECURE"),
 736                 )
 737                 runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode(runner.networkMode)
 738         } else {
 739                 if runner.enableNetwork == "always" {
 740                         runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode(runner.networkMode)
 741                 } else {
 742                         runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode("none")
 743                 }
 744         }
 745
 746         createdBody, err := runner.Docker.ContainerCreate(context.TODO(), &runner.ContainerConfig, &runner.HostConfig, nil, runner.Container.UUID)
 747         if err != nil {
 748                 return fmt.Errorf("While creating container: %v", err)
 749         }
 750
 751         runner.ContainerID = createdBody.ID
 752
 753         return runner.AttachStreams()
 754 }
 755
 756 // StartContainer starts the docker container created by CreateContainer.
 757 func (runner *ContainerRunner) StartContainer() error {
 758         runner.CrunchLog.Printf("Starting Docker container id '%s'", runner.ContainerID)
 759         runner.cStateLock.Lock()
 760         defer runner.cStateLock.Unlock()
 761         if runner.cCancelled {
 762                 return ErrCancelled
 763         }
 764         err := runner.Docker.ContainerStart(context.TODO(), runner.ContainerID,
 765                 dockertypes.ContainerStartOptions{})
 766         if err != nil {
 767                 return fmt.Errorf("could not start container: %v", err)
 768         }
 769         runner.cStarted = true
 770         return nil
 771 }
 772
 773 // WaitFinish waits for the container to terminate, capture the exit code, and
 774 // close the stdout/stderr logging.
 775 func (runner *ContainerRunner) WaitFinish() error {
 776         runner.CrunchLog.Print("Waiting for container to finish")
 777
 778         waitDocker, err := runner.Docker.ContainerWait(context.TODO(), runner.ContainerID)
 779         if err != nil {
 780                 return fmt.Errorf("container wait: %v", err)
 781         }
 782
 783         runner.CrunchLog.Printf("Container exited with code: %v", waitDocker)
 784         code := int(waitDocker)
 785         runner.ExitCode = &code
 786
 787         waitMount := runner.ArvMountExit
 788         select {
 789         case err := <-waitMount:
 790                 runner.CrunchLog.Printf("arv-mount exited before container finished: %v", err)
 791                 waitMount = nil
 792                 runner.stop()
 793         default:
 794         }
 795
 796         // wait for stdout/stderr to complete
 797         <-runner.loggingDone
 798
 799         return nil
 800 }
 801
 802 // HandleOutput sets the output, unmounts the FUSE mount, and deletes temporary directories
 803 func (runner *ContainerRunner) CaptureOutput() error {
 804         if runner.finalState != "Complete" {
 805                 return nil
 806         }
 807
 808         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; wantAPI != nil && *wantAPI {
 809                 // Output may have been set directly by the container, so
 810                 // refresh the container record to check.
 811                 err := runner.ArvClient.Get("containers", runner.Container.UUID,
 812                         nil, &runner.Container)
 813                 if err != nil {
 814                         return err
 815                 }
 816                 if runner.Container.Output != "" {
 817                         // Container output is already set.
 818                         runner.OutputPDH = &runner.Container.Output
 819                         return nil
 820                 }
 821         }
 822
 823         if runner.HostOutputDir == "" {
 824                 return nil
 825         }
 826
 827         _, err := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 828         if err != nil {
 829                 return fmt.Errorf("While checking host output path: %v", err)
 830         }
 831
 832         var manifestText string
 833
 834         collectionMetafile := fmt.Sprintf("%s/.arvados#collection", runner.HostOutputDir)
 835         _, err = os.Stat(collectionMetafile)
 836         if err != nil {
 837                 // Regular directory
 838                 cw := CollectionWriter{0, runner.Kc, nil, nil, sync.Mutex{}}
 839                 manifestText, err = cw.WriteTree(runner.HostOutputDir, runner.CrunchLog.Logger)
 840                 if err != nil {
 841                         return fmt.Errorf("While uploading output files: %v", err)
 842                 }
 843         } else {
 844                 // FUSE mount directory
 845                 file, openerr := os.Open(collectionMetafile)
 846                 if openerr != nil {
 847                         return fmt.Errorf("While opening FUSE metafile: %v", err)
 848                 }
 849                 defer file.Close()
 850
 851                 var rec arvados.Collection
 852                 err = json.NewDecoder(file).Decode(&rec)
 853                 if err != nil {
 854                         return fmt.Errorf("While reading FUSE metafile: %v", err)
 855                 }
 856                 manifestText = rec.ManifestText
 857         }
 858
 859         // Pre-populate output from the configured mount points
 860         var binds []string
 861         for bind, _ := range runner.Container.Mounts {
 862                 binds = append(binds, bind)
 863         }
 864         sort.Strings(binds)
 865
 866         for _, bind := range binds {
 867                 mnt := runner.Container.Mounts[bind]
 868
 869                 bindSuffix := strings.TrimPrefix(bind, runner.Container.OutputPath)
 870
 871                 if bindSuffix == bind || len(bindSuffix) <= 0 {
 872                         // either does not start with OutputPath or is OutputPath itself
 873                         continue
 874                 }
 875
 876                 if mnt.ExcludeFromOutput == true {
 877                         continue
 878                 }
 879
 880                 // append to manifest_text
 881                 m, err := runner.getCollectionManifestForPath(mnt, bindSuffix)
 882                 if err != nil {
 883                         return err
 884                 }
 885
 886                 manifestText = manifestText + m
 887         }
 888
 889         // Save output
 890         var response arvados.Collection
 891         manifest := manifest.Manifest{Text: manifestText}
 892         manifestText = manifest.Extract(".", ".").Text
 893         err = runner.ArvClient.Create("collections",
 894                 arvadosclient.Dict{
 895                         "ensure_unique_name": true,
 896                         "collection": arvadosclient.Dict{
 897                                 "is_trashed":    true,
 898                                 "name":          "output for " + runner.Container.UUID,
 899                                 "manifest_text": manifestText}},
 900                 &response)
 901         if err != nil {
 902                 return fmt.Errorf("While creating output collection: %v", err)
 903         }
 904         runner.OutputPDH = &response.PortableDataHash
 905         return nil
 906 }
 907
 908 var outputCollections = make(map[string]arvados.Collection)
 909
 910 // Fetch the collection for the mnt.PortableDataHash
 911 // Return the manifest_text fragment corresponding to the specified mnt.Path
 912 //  after making any required updates.
 913 //  Ex:
 914 //    If mnt.Path is not specified,
 915 //      return the entire manifest_text after replacing any "." with bindSuffix
 916 //    If mnt.Path corresponds to one stream,
 917 //      return the manifest_text for that stream after replacing that stream name with bindSuffix
 918 //    Otherwise, check if a filename in any one stream is being sought. Return the manifest_text
 919 //      for that stream after replacing stream name with bindSuffix minus the last word
 920 //      and the file name with last word of the bindSuffix
 921 //  Allowed path examples:
 922 //    "path":"/"
 923 //    "path":"/subdir1"
 924 //    "path":"/subdir1/subdir2"
 925 //    "path":"/subdir/filename" etc
 926 func (runner *ContainerRunner) getCollectionManifestForPath(mnt arvados.Mount, bindSuffix string) (string, error) {
 927         collection := outputCollections[mnt.PortableDataHash]
 928         if collection.PortableDataHash == "" {
 929                 err := runner.ArvClient.Get("collections", mnt.PortableDataHash, nil, &collection)
 930                 if err != nil {
 931                         return "", fmt.Errorf("While getting collection for %v: %v", mnt.PortableDataHash, err)
 932                 }
 933                 outputCollections[mnt.PortableDataHash] = collection
 934         }
 935
 936         if collection.ManifestText == "" {
 937                 runner.CrunchLog.Printf("No manifest text for collection %v", collection.PortableDataHash)
 938                 return "", nil
 939         }
 940
 941         mft := manifest.Manifest{Text: collection.ManifestText}
 942         extracted := mft.Extract(mnt.Path, bindSuffix)
 943         if extracted.Err != nil {
 944                 return "", fmt.Errorf("Error parsing manifest for %v: %v", mnt.PortableDataHash, extracted.Err.Error())
 945         }
 946         return extracted.Text, nil
 947 }
 948
 949 func (runner *ContainerRunner) CleanupDirs() {
 950         if runner.ArvMount != nil {
 951                 umount := exec.Command("fusermount", "-z", "-u", runner.ArvMountPoint)
 952                 umnterr := umount.Run()
 953                 if umnterr != nil {
 954                         runner.CrunchLog.Printf("While running fusermount: %v", umnterr)
 955                 }
 956
 957                 mnterr := <-runner.ArvMountExit
 958                 if mnterr != nil {
 959                         runner.CrunchLog.Printf("Arv-mount exit error: %v", mnterr)
 960                 }
 961         }
 962
 963         for _, tmpdir := range runner.CleanupTempDir {
 964                 rmerr := os.RemoveAll(tmpdir)
 965                 if rmerr != nil {
 966                         runner.CrunchLog.Printf("While cleaning up temporary directory %s: %v", tmpdir, rmerr)
 967                 }
 968         }
 969 }
 970
 971 // CommitLogs posts the collection containing the final container logs.
 972 func (runner *ContainerRunner) CommitLogs() error {
 973         runner.CrunchLog.Print(runner.finalState)
 974         runner.CrunchLog.Close()
 975
 976         // Closing CrunchLog above allows it to be committed to Keep at this
 977         // point, but re-open crunch log with ArvClient in case there are any
 978         // other further (such as failing to write the log to Keep!) while
 979         // shutting down
 980         runner.CrunchLog = NewThrottledLogger(&ArvLogWriter{runner.ArvClient, runner.Container.UUID,
 981                 "crunch-run", nil})
 982
 983         if runner.LogsPDH != nil {
 984                 // If we have already assigned something to LogsPDH,
 985                 // we must be closing the re-opened log, which won't
 986                 // end up getting attached to the container record and
 987                 // therefore doesn't need to be saved as a collection
 988                 // -- it exists only to send logs to other channels.
 989                 return nil
 990         }
 991
 992         mt, err := runner.LogCollection.ManifestText()
 993         if err != nil {
 994                 return fmt.Errorf("While creating log manifest: %v", err)
 995         }
 996
 997         var response arvados.Collection
 998         err = runner.ArvClient.Create("collections",
 999                 arvadosclient.Dict{
1000                         "ensure_unique_name": true,
1001                         "collection": arvadosclient.Dict{
1002                                 "is_trashed":    true,
1003                                 "name":          "logs for " + runner.Container.UUID,
1004                                 "manifest_text": mt}},
1005                 &response)
1006         if err != nil {
1007                 return fmt.Errorf("While creating log collection: %v", err)
1008         }
1009         runner.LogsPDH = &response.PortableDataHash
1010         return nil
1011 }
1012
1013 // UpdateContainerRunning updates the container state to "Running"
1014 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerRunning() error {
1015         runner.cStateLock.Lock()
1016         defer runner.cStateLock.Unlock()
1017         if runner.cCancelled {
1018                 return ErrCancelled
1019         }
1020         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.Container.UUID,
1021                 arvadosclient.Dict{"container": arvadosclient.Dict{"state": "Running"}}, nil)
1022 }
1023
1024 // ContainerToken returns the api_token the container (and any
1025 // arv-mount processes) are allowed to use.
1026 func (runner *ContainerRunner) ContainerToken() (string, error) {
1027         if runner.token != "" {
1028                 return runner.token, nil
1029         }
1030
1031         var auth arvados.APIClientAuthorization
1032         err := runner.ArvClient.Call("GET", "containers", runner.Container.UUID, "auth", nil, &auth)
1033         if err != nil {
1034                 return "", err
1035         }
1036         runner.token = auth.APIToken
1037         return runner.token, nil
1038 }
1039
1040 // UpdateContainerComplete updates the container record state on API
1041 // server to "Complete" or "Cancelled"
1042 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerFinal() error {
1043         update := arvadosclient.Dict{}
1044         update["state"] = runner.finalState
1045         if runner.LogsPDH != nil {
1046                 update["log"] = *runner.LogsPDH
1047         }
1048         if runner.finalState == "Complete" {
1049                 if runner.ExitCode != nil {
1050                         update["exit_code"] = *runner.ExitCode
1051                 }
1052                 if runner.OutputPDH != nil {
1053                         update["output"] = *runner.OutputPDH
1054                 }
1055         }
1056         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.Container.UUID, arvadosclient.Dict{"container": update}, nil)
1057 }
1058
1059 // IsCancelled returns the value of Cancelled, with goroutine safety.
1060 func (runner *ContainerRunner) IsCancelled() bool {
1061         runner.cStateLock.Lock()
1062         defer runner.cStateLock.Unlock()
1063         return runner.cCancelled
1064 }
1065
1066 // NewArvLogWriter creates an ArvLogWriter
1067 func (runner *ContainerRunner) NewArvLogWriter(name string) io.WriteCloser {
1068         return &ArvLogWriter{runner.ArvClient, runner.Container.UUID, name, runner.LogCollection.Open(name + ".txt")}
1069 }
1070
1071 // Run the full container lifecycle.
1072 func (runner *ContainerRunner) Run() (err error) {
1073         runner.CrunchLog.Printf("Executing container '%s'", runner.Container.UUID)
1074
1075         hostname, hosterr := os.Hostname()
1076         if hosterr != nil {
1077                 runner.CrunchLog.Printf("Error getting hostname '%v'", hosterr)
1078         } else {
1079                 runner.CrunchLog.Printf("Executing on host '%s'", hostname)
1080         }
1081
1082         // Clean up temporary directories _after_ finalizing
1083         // everything (if we've made any by then)
1084         defer runner.CleanupDirs()
1085
1086         runner.finalState = "Queued"
1087
1088         defer func() {
1089                 // checkErr prints e (unless it's nil) and sets err to
1090                 // e (unless err is already non-nil). Thus, if err
1091                 // hasn't already been assigned when Run() returns,
1092                 // this cleanup func will cause Run() to return the
1093                 // first non-nil error that is passed to checkErr().
1094                 checkErr := func(e error) {
1095                         if e == nil {
1096                                 return
1097                         }
1098                         runner.CrunchLog.Print(e)
1099                         if err == nil {
1100                                 err = e
1101                         }
1102                 }
1103
1104                 // Log the error encountered in Run(), if any
1105                 checkErr(err)
1106
1107                 if runner.finalState == "Queued" {
1108                         runner.CrunchLog.Close()
1109                         runner.UpdateContainerFinal()
1110                         return
1111                 }
1112
1113                 if runner.IsCancelled() {
1114                         runner.finalState = "Cancelled"
1115                         // but don't return yet -- we still want to
1116                         // capture partial output and write logs
1117                 }
1118
1119                 checkErr(runner.CaptureOutput())
1120                 checkErr(runner.CommitLogs())
1121                 checkErr(runner.UpdateContainerFinal())
1122
1123                 // The real log is already closed, but then we opened
1124                 // a new one in case we needed to log anything while
1125                 // finalizing.
1126                 runner.CrunchLog.Close()
1127         }()
1128
1129         err = runner.ArvClient.Get("containers", runner.Container.UUID, nil, &runner.Container)
1130         if err != nil {
1131                 err = fmt.Errorf("While getting container record: %v", err)
1132                 return
1133         }
1134
1135         // setup signal handling
1136         runner.SetupSignals()
1137
1138         // check for and/or load image
1139         err = runner.LoadImage()
1140         if err != nil {
1141                 runner.finalState = "Cancelled"
1142                 err = fmt.Errorf("While loading container image: %v", err)
1143                 return
1144         }
1145
1146         // set up FUSE mount and binds
1147         err = runner.SetupMounts()
1148         if err != nil {
1149                 runner.finalState = "Cancelled"
1150                 err = fmt.Errorf("While setting up mounts: %v", err)
1151                 return
1152         }
1153
1154         err = runner.CreateContainer()
1155         if err != nil {
1156                 return
1157         }
1158
1159         // Gather and record node information
1160         err = runner.LogNodeInfo()
1161         if err != nil {
1162                 return
1163         }
1164         // Save container.json record on log collection
1165         err = runner.LogContainerRecord()
1166         if err != nil {
1167                 return
1168         }
1169
1170         runner.StartCrunchstat()
1171
1172         if runner.IsCancelled() {
1173                 return
1174         }
1175
1176         err = runner.UpdateContainerRunning()
1177         if err != nil {
1178                 return
1179         }
1180         runner.finalState = "Cancelled"
1181
1182         err = runner.StartContainer()
1183         if err != nil {
1184                 return
1185         }
1186
1187         err = runner.WaitFinish()
1188         if err == nil {
1189                 runner.finalState = "Complete"
1190         }
1191         return
1192 }
1193
1194 // NewContainerRunner creates a new container runner.
1195 func NewContainerRunner(api IArvadosClient,
1196         kc IKeepClient,
1197         docker ThinDockerClient,
1198         containerUUID string) *ContainerRunner {
1199
1200         cr := &ContainerRunner{ArvClient: api, Kc: kc, Docker: docker}
1201         cr.NewLogWriter = cr.NewArvLogWriter
1202         cr.RunArvMount = cr.ArvMountCmd
1203         cr.MkTempDir = ioutil.TempDir
1204         cr.LogCollection = &CollectionWriter{0, kc, nil, nil, sync.Mutex{}}
1205         cr.Container.UUID = containerUUID
1206         cr.CrunchLog = NewThrottledLogger(cr.NewLogWriter("crunch-run"))
1207         cr.CrunchLog.Immediate = log.New(os.Stderr, containerUUID+" ", 0)
1208         return cr
1209 }
1210
1211 func main() {
1212         statInterval := flag.Duration("crunchstat-interval", 10*time.Second, "sampling period for periodic resource usage reporting")
1213         cgroupRoot := flag.String("cgroup-root", "/sys/fs/cgroup", "path to sysfs cgroup tree")
1214         cgroupParent := flag.String("cgroup-parent", "docker", "name of container's parent cgroup (ignored if -cgroup-parent-subsystem is used)")
1215         cgroupParentSubsystem := flag.String("cgroup-parent-subsystem", "", "use current cgroup for given subsystem as parent cgroup for container")
1216         caCertsPath := flag.String("ca-certs", "", "Path to TLS root certificates")
1217         enableNetwork := flag.String("container-enable-networking", "default",
1218                 `Specify if networking should be enabled for container.  One of 'default', 'always':
1219         default: only enable networking if container requests it.
1220         always:  containers always have networking enabled
1221         `)
1222         networkMode := flag.String("container-network-mode", "default",
1223                 `Set networking mode for container.  Corresponds to Docker network mode (--net).
1224         `)
1225         flag.Parse()
1226
1227         containerId := flag.Arg(0)
1228
1229         if *caCertsPath != "" {
1230                 arvadosclient.CertFiles = []string{*caCertsPath}
1231         }
1232
1233         api, err := arvadosclient.MakeArvadosClient()
1234         if err != nil {
1235                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1236         }
1237         api.Retries = 8
1238
1239         var kc *keepclient.KeepClient
1240         kc, err = keepclient.MakeKeepClient(api)
1241         if err != nil {
1242                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1243         }
1244         kc.Retries = 4
1245
1246         var docker *dockerclient.Client
1247         // API version 1.21 corresponds to Docker 1.9, which is currently the
1248         // minimum version we want to support.
1249         docker, err = dockerclient.NewClient(dockerclient.DefaultDockerHost, "1.21", nil, nil)
1250         if err != nil {
1251                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1252         }
1253
1254         dockerClientProxy := ThinDockerClientProxy{Docker: docker}
1255
1256         cr := NewContainerRunner(api, kc, dockerClientProxy, containerId)
1257         cr.statInterval = *statInterval
1258         cr.cgroupRoot = *cgroupRoot
1259         cr.expectCgroupParent = *cgroupParent
1260         cr.enableNetwork = *enableNetwork
1261         cr.networkMode = *networkMode
1262         if *cgroupParentSubsystem != "" {
1263                 p := findCgroup(*cgroupParentSubsystem)
1264                 cr.setCgroupParent = p
1265                 cr.expectCgroupParent = p
1266         }
1267
1268         err = cr.Run()
1269         if err != nil {
1270                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1271         }
1272
1273 }