apps/workbench/app/views/collections/show.html.erb

   1 <%= content_for :head do %>
   2 <style>
   3 <%# https://github.com/mbostock/d3/wiki/Ordinal-Scales %>
   4 <% n=-1; %w(#1f77b4 #ff7f0e #2ca02c #d62728 #9467bd #8c564b #e377c2 #7f7f7f #bcbd22 #17becf).each do |color| %>
   5 .colorseries-10-<%= n += 1 %>, .btn.colorseries-10-<%= n %>:hover, .label.colorseries-10-<%= n %>:hover {
   6   *background-color: <%= color %>;
   7   background-color: <%= color %>;
   8   background-image: none;
   9 }
  10 <% end %>
  11 .colorseries-nil { }
  12 .label a {
  13   color: inherit;
  14 }
  15 </style>
  16 <% end %>
  17
  18 <%= render :partial => 'nav' %>
  19
  20 <ul class="nav nav-tabs">
  21   <li class="active"><a href="#files" data-toggle="tab">Files (<%= @object.files ? @object.files.size : 0 %>)</a></li>
  22   <li><a href="#provenance" data-toggle="tab">Provenance (<%= @provenance.size %>)</a></li>
  23   <li><a href="#jobs" data-toggle="tab">Jobs (<%= @provenance.size %>)</a></li>
  24   <li><a href="#sourcedata" data-toggle="tab">Source data (<%= @sourcedata.size %>)</a></li>
  25   <li><a href="#owner-groups-resources" data-toggle="tab">Owner, groups, resources</a></li>
  26 </ul>
  27
  28 <div class="tab-content">
  29   <div id="files" class="tab-pane fade in active">
  30     <table class="table table-bordered">
  31       <thead>
  32         <tr><th style="text-align:right">size (bytes)</th><th>filename</th></tr>
  33       </thead><tbody>
  34         <% if @object then @object.files.each do |file| %>
  35         <tr>
  36           <td style="text-align:right">
  37             <%= raw(human_readable_bytes_html(file[2])) %>
  38           </td><td>
  39             <%= file[0] %>/<%= file[1] %>
  40           </td>
  41         </tr>
  42         <% end; end %>
  43       </tbody>
  44     </table>
  45   </div>
  46   <div id="provenance" class="tab-pane fade">
  47     <table class="topalign table table-bordered">
  48       <thead>
  49       </thead>
  50       <tbody>
  51
  52         <% @provenance.reverse.each do |p| %>
  53         <% j = p[:job] %>
  54
  55         <% if j %>
  56
  57         <tr class="job">
  58           <td style="padding-bottom: 3em">
  59             <table class="table" style="margin-bottom: 0; background: #f0f0ff">
  60               <% j.script_parameters.each do |k,v| %>
  61               <tr>
  62                 <td style="width: 60%">
  63                   <% re = v.match(/^([0-9a-f]+)/) %>
  64                   <% justhash = (re and re[1].length == 32) ? re[1] : nil %>
  65                   <% if justhash and @output2job.has_key? justhash %>
  66                   <tt class="label colorseries-10-<%= @output2colorindex[v] %>"><%= v %></tt>
  67                   <% elsif justhash %>
  68                   <tt class="label colorseries-nil"><%= justhash %></tt><br /><span class="deemphasize"><%= v %></span>
  69                   <% else %>
  70                   <span class="deemphasize"><%= v %></span>
  71                   <% end %>
  72                 </td><td style="text-align: center; width: 20%">
  73                   <% if justhash
  74                        if @protected[justhash]
  75                          labelclass = 'success'
  76                          labeltext = 'keep'
  77                        else
  78                          labelclass = @output2job.has_key?(v) ? 'warning' : 'danger'
  79                          labeltext = 'cache'
  80                        end %>
  81
  82                   <tt class="label label-<%= labelclass %>"><%= labeltext %></tt>
  83                   <% end %>
  84                 </td><td style="width: 20%">
  85                   <%= k.to_s %>
  86                 </td>
  87               </tr>
  88               <% end %>
  89             </table>
  90             <div style="text-align: center">
  91               &darr;
  92               <br />
  93               <span class="label"><%= j.script %><br /><tt><%= link_to_if j.script_version.match(/[0-9a-f]{40}/), j.script_version, "https://redmine.clinicalfuture.com/projects/freefactories/repository/revisions/#{j.script_version}/entry/mapreduce/mr-#{j.script}" if j.script_version %></tt></span>
  94               <br />
  95               &darr;
  96               <br />
  97               <tt class="label colorseries-10-<%= @output2colorindex[p[:output]] %>"><%= p[:output] %></tt>
  98             </div>
  99           </td>
 100           <td>
 101             <tt><span class="deemphasize">job:</span><br /><%= j.uuid %><br /><span class="deemphasize"><%= j.submit_id %></span></tt>
 102           </td>
 103         </tr>
 104
 105         <% else %>
 106         <tr>
 107           <td>
 108             <span class="label label-danger">lookup fail</span>
 109             <br />
 110             <tt class="deemphasize"><%= p[:target] %></tt>
 111           </td><td colspan="5">
 112           </td>
 113         </tr>
 114         <% end %>
 115
 116         <% end %>
 117
 118       </tbody>
 119     </table>
 120   </div>
 121   <div id="jobs" class="tab-pane fade">
 122     <table class="topalign table table-bordered">
 123       <thead>
 124         <tr class="contain-align-left">
 125           <th>
 126             job
 127           </th><th>
 128             version
 129           </th><th>
 130             status
 131           </th><th>
 132             start
 133           </th><th>
 134             finish
 135           </th><th>
 136             clock time
 137           </th>
 138         </tr>
 139       </thead>
 140       <tbody>
 141
 142         <% @provenance.reverse.each do |p| %>
 143         <% j = p[:job] %>
 144
 145         <% if j %>
 146
 147         <tr class="job">
 148           <td>
 149             <tt><%= j.uuid %></tt>
 150             <br />
 151             <tt class="deemphasize"><%= j.submit_id %></tt>
 152           </td><td>
 153             <%= j.script_version %>
 154           </td><td>
 155             <span class="label <%= if j.success then 'label-success'; elsif j.active then 'label-primary'; else 'label-warning'; end %>">
 156               <%= j.success || j.active ? 'ok' : 'failed' %>
 157             </span>
 158           </td><td>
 159             <%= j.started_at %>
 160           </td><td>
 161             <%= j.finished_at %>
 162           </td><td>
 163             <% if j.started_at and j.finished_at %>
 164             <%= raw(distance_of_time_in_words(j.started_at, j.finished_at).sub('about ','~').sub(' ','&nbsp;')) %>
 165             <% elsif j.started_at and j.running %>
 166             <%= raw(distance_of_time_in_words(j.started_at, Time.now).sub('about ','~').sub(' ','&nbsp;')) %> (running)
 167             <% end %>
 168           </td>
 169         </tr>
 170
 171         <% else %>
 172         <tr>
 173           <td>
 174             <span class="label label-danger">lookup fail</span>
 175             <br />
 176             <tt class="deemphasize"><%= p[:target] %></tt>
 177           </td><td colspan="4">
 178           </td>
 179         </tr>
 180         <% end %>
 181
 182         <% end %>
 183
 184       </tbody>
 185     </table>
 186   </div>
 187   <div id="sourcedata" class="tab-pane fade">
 188     <table class="table table-bordered table-striped">
 189       <thead>
 190         <tr class="contain-align-left">
 191           <th>
 192             collection
 193           </th><th class="data-size">
 194             data size
 195           </th><th>
 196             storage
 197           </th><th>
 198             origin
 199           </th>
 200         </tr>
 201       </thead>
 202       <tbody>
 203
 204         <% @sourcedata.values.each do |sourcedata| %>
 205
 206         <tr class="collection">
 207           <td>
 208             <tt class="label"><%= sourcedata[:uuid] %></tt>
 209           </td><td class="data-size">
 210             <%= raw(human_readable_bytes_html(sourcedata[:collection].data_size)) if sourcedata[:collection] and sourcedata[:collection].data_size %>
 211           </td><td>
 212             <% if @protected[sourcedata[:uuid]] %>
 213             <span class="label label-success">keep</span>
 214             <% else %>
 215             <span class="label label-danger">cache</span>
 216             <% end %>
 217           </td><td>
 218             <% if sourcedata[:data_origins] %>
 219             <% sourcedata[:data_origins].each do |data_origin| %>
 220             <span class="deemphasize"><%= data_origin[0] %></span>
 221             <%= data_origin[2] %>
 222             <br />
 223             <% end %>
 224             <% end %>
 225           </td>
 226         </tr>
 227
 228         <% end %>
 229
 230       </tbody>
 231     </table>
 232   </div>
 233   <div id="owner-groups-resources" class="tab-pane fade">
 234     <%= render :partial => 'application/orvos_object' %>
 235   </div>
 236 </div>