sdk/cli/bin/crunch-job

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # -*- mode: perl; perl-indent-level: 2; indent-tabs-mode: nil; -*-
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 crunch-job: Execute job steps, save snapshots as requested, collate output.
   7
   8 =head1 SYNOPSIS
   9
  10 Obtain job details from Arvados, run tasks on compute nodes (typically
  11 invoked by scheduler on controller):
  12
  13  crunch-job --job x-y-z
  14
  15 Obtain job details from command line, run tasks on local machine
  16 (typically invoked by application or developer on VM):
  17
  18  crunch-job --job '{"script_version":"/path/to/tree","script":"scriptname",...}'
  19
  20 =head1 OPTIONS
  21
  22 =over
  23
  24 =item --force-unlock
  25
  26 If the job is already locked, steal the lock and run it anyway.
  27
  28 =item --git-dir
  29
  30 Path to .git directory where the specified commit is found.
  31
  32 =item --job-api-token
  33
  34 Arvados API authorization token to use during the course of the job.
  35
  36 =item --no-clear-tmp
  37
  38 Do not clear per-job/task temporary directories during initial job
  39 setup. This can speed up development and debugging when running jobs
  40 locally.
  41
  42 =back
  43
  44 =head1 RUNNING JOBS LOCALLY
  45
  46 crunch-job's log messages appear on stderr along with the job tasks'
  47 stderr streams. The log is saved in Keep at each checkpoint and when
  48 the job finishes.
  49
  50 If the job succeeds, the job's output locator is printed on stdout.
  51
  52 While the job is running, the following signals are accepted:
  53
  54 =over
  55
  56 =item control-C, SIGINT, SIGQUIT
  57
  58 Save a checkpoint, terminate any job tasks that are running, and stop.
  59
  60 =item SIGALRM
  61
  62 Save a checkpoint and continue.
  63
  64 =item SIGHUP
  65
  66 Refresh node allocation (i.e., check whether any nodes have been added
  67 or unallocated) and attributes of the Job record that should affect
  68 behavior (e.g., cancel job if cancelled_at becomes non-nil).
  69
  70 =back
  71
  72 =cut
  73
  74
  75 use strict;
  76 use POSIX ':sys_wait_h';
  77 use POSIX qw(strftime);
  78 use Fcntl qw(F_GETFL F_SETFL O_NONBLOCK);
  79 use Arvados;
  80 use Digest::MD5 qw(md5_hex);
  81 use Getopt::Long;
  82 use IPC::Open2;
  83 use IO::Select;
  84 use File::Temp;
  85 use Fcntl ':flock';
  86 use File::Path qw( make_path );
  87
  88 use constant EX_TEMPFAIL => 75;
  89
  90 $ENV{"TMPDIR"} ||= "/tmp";
  91 unless (defined $ENV{"CRUNCH_TMP"}) {
  92   $ENV{"CRUNCH_TMP"} = $ENV{"TMPDIR"} . "/crunch-job";
  93   if ($ENV{"USER"} ne "crunch" && $< != 0) {
  94     # use a tmp dir unique for my uid
  95     $ENV{"CRUNCH_TMP"} .= "-$<";
  96   }
  97 }
  98
  99 # Create the tmp directory if it does not exist
 100 if ( ! -d $ENV{"CRUNCH_TMP"} ) {
 101   make_path $ENV{"CRUNCH_TMP"} or die "Failed to create temporary working directory: " . $ENV{"CRUNCH_TMP"};
 102 }
 103
 104 $ENV{"JOB_WORK"} = $ENV{"CRUNCH_TMP"} . "/work";
 105 $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} = "$ENV{CRUNCH_TMP}/opt";
 106 $ENV{"CRUNCH_WORK"} = $ENV{"JOB_WORK"}; # deprecated
 107 mkdir ($ENV{"JOB_WORK"});
 108
 109 my $force_unlock;
 110 my $git_dir;
 111 my $jobspec;
 112 my $job_api_token;
 113 my $no_clear_tmp;
 114 my $resume_stash;
 115 GetOptions('force-unlock' => \$force_unlock,
 116            'git-dir=s' => \$git_dir,
 117            'job=s' => \$jobspec,
 118            'job-api-token=s' => \$job_api_token,
 119            'no-clear-tmp' => \$no_clear_tmp,
 120            'resume-stash=s' => \$resume_stash,
 121     );
 122
 123 if (defined $job_api_token) {
 124   $ENV{ARVADOS_API_TOKEN} = $job_api_token;
 125 }
 126
 127 my $have_slurm = exists $ENV{SLURM_JOBID} && exists $ENV{SLURM_NODELIST};
 128 my $job_has_uuid = $jobspec =~ /^[-a-z\d]+$/;
 129 my $local_job = !$job_has_uuid;
 130
 131
 132 $SIG{'USR1'} = sub
 133 {
 134   $main::ENV{CRUNCH_DEBUG} = 1;
 135 };
 136 $SIG{'USR2'} = sub
 137 {
 138   $main::ENV{CRUNCH_DEBUG} = 0;
 139 };
 140
 141
 142
 143 my $arv = Arvados->new('apiVersion' => 'v1');
 144 my $local_logfile;
 145
 146 my $User = $arv->{'users'}->{'current'}->execute;
 147
 148 my $Job = {};
 149 my $job_id;
 150 my $dbh;
 151 my $sth;
 152 if ($job_has_uuid)
 153 {
 154   $Job = $arv->{'jobs'}->{'get'}->execute('uuid' => $jobspec);
 155   if (!$force_unlock) {
 156     # If some other crunch-job process has grabbed this job (or we see
 157     # other evidence that the job is already underway) we exit
 158     # EX_TEMPFAIL so crunch-dispatch (our parent process) doesn't
 159     # mark the job as failed.
 160     if ($Job->{'is_locked_by_uuid'}) {
 161       Log(undef, "Job is locked by " . $Job->{'is_locked_by_uuid'});
 162       exit EX_TEMPFAIL;
 163     }
 164     if ($Job->{'success'} ne undef) {
 165       Log(undef, "Job 'success' flag (" . $Job->{'success'} . ") is not null");
 166       exit EX_TEMPFAIL;
 167     }
 168     if ($Job->{'running'}) {
 169       Log(undef, "Job 'running' flag is already set");
 170       exit EX_TEMPFAIL;
 171     }
 172     if ($Job->{'started_at'}) {
 173       Log(undef, "Job 'started_at' time is already set (" . $Job->{'started_at'} . ")");
 174       exit EX_TEMPFAIL;
 175     }
 176   }
 177 }
 178 else
 179 {
 180   $Job = JSON::decode_json($jobspec);
 181
 182   if (!$resume_stash)
 183   {
 184     map { croak ("No $_ specified") unless $Job->{$_} }
 185     qw(script script_version script_parameters);
 186   }
 187
 188   $Job->{'is_locked_by_uuid'} = $User->{'uuid'};
 189   $Job->{'started_at'} = gmtime;
 190
 191   $Job = $arv->{'jobs'}->{'create'}->execute('job' => $Job);
 192
 193   $job_has_uuid = 1;
 194 }
 195 $job_id = $Job->{'uuid'};
 196
 197 my $keep_logfile = $job_id . '.log.txt';
 198 $local_logfile = File::Temp->new();
 199
 200 $Job->{'runtime_constraints'} ||= {};
 201 $Job->{'runtime_constraints'}->{'max_tasks_per_node'} ||= 0;
 202 my $max_ncpus = $Job->{'runtime_constraints'}->{'max_tasks_per_node'};
 203
 204
 205 Log (undef, "check slurm allocation");
 206 my @slot;
 207 my @node;
 208 # Should use $ENV{SLURM_TASKS_PER_NODE} instead of sinfo? (eg. "4(x3),2,4(x2)")
 209 my @sinfo;
 210 if (!$have_slurm)
 211 {
 212   my $localcpus = 0 + `grep -cw ^processor /proc/cpuinfo` || 1;
 213   push @sinfo, "$localcpus localhost";
 214 }
 215 if (exists $ENV{SLURM_NODELIST})
 216 {
 217   push @sinfo, `sinfo -h --format='%c %N' --nodes=\Q$ENV{SLURM_NODELIST}\E`;
 218 }
 219 foreach (@sinfo)
 220 {
 221   my ($ncpus, $slurm_nodelist) = split;
 222   $ncpus = $max_ncpus if $max_ncpus && $ncpus > $max_ncpus;
 223
 224   my @nodelist;
 225   while ($slurm_nodelist =~ s/^([^\[,]+?(\[.*?\])?)(,|$)//)
 226   {
 227     my $nodelist = $1;
 228     if ($nodelist =~ /\[((\d+)(-(\d+))?(,(\d+)(-(\d+))?)*)\]/)
 229     {
 230       my $ranges = $1;
 231       foreach (split (",", $ranges))
 232       {
 233         my ($a, $b);
 234         if (/(\d+)-(\d+)/)
 235         {
 236           $a = $1;
 237           $b = $2;
 238         }
 239         else
 240         {
 241           $a = $_;
 242           $b = $_;
 243         }
 244         push @nodelist, map {
 245           my $n = $nodelist;
 246           $n =~ s/\[[-,\d]+\]/$_/;
 247           $n;
 248         } ($a..$b);
 249       }
 250     }
 251     else
 252     {
 253       push @nodelist, $nodelist;
 254     }
 255   }
 256   foreach my $nodename (@nodelist)
 257   {
 258     Log (undef, "node $nodename - $ncpus slots");
 259     my $node = { name => $nodename,
 260                  ncpus => $ncpus,
 261                  losing_streak => 0,
 262                  hold_until => 0 };
 263     foreach my $cpu (1..$ncpus)
 264     {
 265       push @slot, { node => $node,
 266                     cpu => $cpu };
 267     }
 268   }
 269   push @node, @nodelist;
 270 }
 271
 272
 273
 274 # Ensure that we get one jobstep running on each allocated node before
 275 # we start overloading nodes with concurrent steps
 276
 277 @slot = sort { $a->{cpu} <=> $b->{cpu} } @slot;
 278
 279
 280
 281 my $jobmanager_id;
 282 if ($job_has_uuid)
 283 {
 284   # Claim this job, and make sure nobody else does
 285   unless ($Job->update_attributes('is_locked_by_uuid' => $User->{'uuid'}) &&
 286           $Job->{'is_locked_by_uuid'} == $User->{'uuid'}) {
 287     Log(undef, "Error while updating / locking job, exiting ".EX_TEMPFAIL);
 288     exit EX_TEMPFAIL;
 289   }
 290   $Job->update_attributes('started_at' => scalar gmtime,
 291                           'running' => 1,
 292                           'success' => undef,
 293                           'tasks_summary' => { 'failed' => 0,
 294                                                'todo' => 1,
 295                                                'running' => 0,
 296                                                'done' => 0 });
 297 }
 298
 299
 300 Log (undef, "start");
 301 $SIG{'INT'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 302 $SIG{'QUIT'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 303 $SIG{'TERM'} = \&croak;
 304 $SIG{'TSTP'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 305 $SIG{'ALRM'} = sub { $main::please_info = 1; };
 306 $SIG{'CONT'} = sub { $main::please_continue = 1; };
 307 $SIG{'HUP'} = sub { $main::please_refresh = 1; };
 308
 309 $main::please_freeze = 0;
 310 $main::please_info = 0;
 311 $main::please_continue = 0;
 312 $main::please_refresh = 0;
 313 my $jobsteps_must_output_keys = 0;      # becomes 1 when any task outputs a key
 314
 315 grep { $ENV{$1} = $2 if /^(NOCACHE.*?)=(.*)/ } split ("\n", $$Job{knobs});
 316 $ENV{"CRUNCH_JOB_UUID"} = $job_id;
 317 $ENV{"JOB_UUID"} = $job_id;
 318
 319
 320 my @jobstep;
 321 my @jobstep_todo = ();
 322 my @jobstep_done = ();
 323 my @jobstep_tomerge = ();
 324 my $jobstep_tomerge_level = 0;
 325 my $squeue_checked;
 326 my $squeue_kill_checked;
 327 my $output_in_keep = 0;
 328 my $latest_refresh = scalar time;
 329
 330
 331
 332 if (defined $Job->{thawedfromkey})
 333 {
 334   thaw ($Job->{thawedfromkey});
 335 }
 336 else
 337 {
 338   my $first_task = $arv->{'job_tasks'}->{'create'}->execute('job_task' => {
 339     'job_uuid' => $Job->{'uuid'},
 340     'sequence' => 0,
 341     'qsequence' => 0,
 342     'parameters' => {},
 343                                                           });
 344   push @jobstep, { 'level' => 0,
 345                    'failures' => 0,
 346                    'arvados_task' => $first_task,
 347                  };
 348   push @jobstep_todo, 0;
 349 }
 350
 351
 352 if (!$have_slurm)
 353 {
 354   must_lock_now("$ENV{CRUNCH_TMP}/.lock", "a job is already running here.");
 355 }
 356
 357
 358 my $build_script;
 359
 360
 361 $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $Job->{script_version};
 362
 363 my $skip_install = ($local_job && $Job->{script_version} =~ m{^/});
 364 if ($skip_install)
 365 {
 366   if (!defined $no_clear_tmp) {
 367     my $clear_tmp_cmd = 'rm -rf $JOB_WORK $CRUNCH_TMP/opt $CRUNCH_TMP/src*';
 368     system($clear_tmp_cmd) == 0
 369         or croak ("`$clear_tmp_cmd` failed: ".($?>>8));
 370   }
 371   $ENV{"CRUNCH_SRC"} = $Job->{script_version};
 372   for my $src_path ("$ENV{CRUNCH_SRC}/arvados/sdk/python") {
 373     if (-d $src_path) {
 374       system("virtualenv", "$ENV{CRUNCH_TMP}/opt") == 0
 375           or croak ("virtualenv $ENV{CRUNCH_TMP}/opt failed: exit ".($?>>8));
 376       system ("cd $src_path && ./build.sh && \$CRUNCH_TMP/opt/bin/python setup.py install")
 377           == 0
 378           or croak ("setup.py in $src_path failed: exit ".($?>>8));
 379     }
 380   }
 381 }
 382 else
 383 {
 384   do {
 385     local $/ = undef;
 386     $build_script = <DATA>;
 387   };
 388   Log (undef, "Install revision ".$Job->{script_version});
 389   my $nodelist = join(",", @node);
 390
 391   if (!defined $no_clear_tmp) {
 392     # Clean out crunch_tmp/work, crunch_tmp/opt, crunch_tmp/src*
 393
 394     my $cleanpid = fork();
 395     if ($cleanpid == 0)
 396     {
 397       srun (["srun", "--nodelist=$nodelist", "-D", $ENV{'TMPDIR'}],
 398             ['bash', '-c', 'if mount | grep -q $JOB_WORK/; then for i in $JOB_WORK/*keep; do /bin/fusermount -z -u $i; done; fi; sleep 1; rm -rf $JOB_WORK $CRUNCH_TMP/opt $CRUNCH_TMP/src*']);
 399       exit (1);
 400     }
 401     while (1)
 402     {
 403       last if $cleanpid == waitpid (-1, WNOHANG);
 404       freeze_if_want_freeze ($cleanpid);
 405       select (undef, undef, undef, 0.1);
 406     }
 407     Log (undef, "Clean-work-dir exited $?");
 408   }
 409
 410   # Install requested code version
 411
 412   my @execargs;
 413   my @srunargs = ("srun",
 414                   "--nodelist=$nodelist",
 415                   "-D", $ENV{'TMPDIR'}, "--job-name=$job_id");
 416
 417   $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $Job->{script_version};
 418   $ENV{"CRUNCH_SRC"} = "$ENV{CRUNCH_TMP}/src";
 419
 420   my $commit;
 421   my $git_archive;
 422   my $treeish = $Job->{'script_version'};
 423
 424   # If we're running under crunch-dispatch, it will have pulled the
 425   # appropriate source tree into its own repository, and given us that
 426   # repo's path as $git_dir. If we're running a "local" job, and a
 427   # script_version was specified, it's up to the user to provide the
 428   # full path to a local repository in Job->{repository}.
 429   #
 430   # TODO: Accept URLs too, not just local paths. Use git-ls-remote and
 431   # git-archive --remote where appropriate.
 432   #
 433   # TODO: Accept a locally-hosted Arvados repository by name or
 434   # UUID. Use arvados.v1.repositories.list or .get to figure out the
 435   # appropriate fetch-url.
 436   my $repo = $git_dir || $ENV{'CRUNCH_DEFAULT_GIT_DIR'} || $Job->{'repository'};
 437
 438   $ENV{"CRUNCH_SRC_URL"} = $repo;
 439
 440   if (-d "$repo/.git") {
 441     # We were given a working directory, but we are only interested in
 442     # the index.
 443     $repo = "$repo/.git";
 444   }
 445
 446   # If this looks like a subversion r#, look for it in git-svn commit messages
 447
 448   if ($treeish =~ m{^\d{1,4}$}) {
 449     my $gitlog = `git --git-dir=\Q$repo\E log --pretty="format:%H" --grep="git-svn-id:.*\@"\Q$treeish\E" " master`;
 450     chomp $gitlog;
 451     Log(undef, "git Subversion search exited $?");
 452     if (($? == 0) && ($gitlog =~ /^[a-f0-9]{40}$/)) {
 453       $commit = $gitlog;
 454       Log(undef, "Using commit $commit for Subversion revision $treeish");
 455     }
 456   }
 457
 458   # If that didn't work, try asking git to look it up as a tree-ish.
 459
 460   if (!defined $commit) {
 461     my $found = `git --git-dir=\Q$repo\E rev-list -1 ''\Q$treeish\E`;
 462     chomp $found;
 463     Log(undef, "git rev-list exited $? with result '$found'");
 464     if (($? == 0) && ($found =~ /^[0-9a-f]{40}$/s)) {
 465       $commit = $found;
 466       Log(undef, "Using commit $commit for tree-ish $treeish");
 467       if ($commit ne $treeish) {
 468         # Make sure we record the real commit id in the database,
 469         # frozentokey, logs, etc. -- instead of an abbreviation or a
 470         # branch name which can become ambiguous or point to a
 471         # different commit in the future.
 472         $Job->{'script_version'} = $commit;
 473         !$job_has_uuid or
 474             $Job->update_attributes('script_version' => $commit) or
 475             croak("Error while updating job");
 476       }
 477     }
 478   }
 479
 480   if (defined $commit) {
 481     $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $commit;
 482     @execargs = ("sh", "-c",
 483                  "mkdir -p $ENV{CRUNCH_INSTALL} && cd $ENV{CRUNCH_TMP} && perl -");
 484     $git_archive = `git --git-dir=\Q$repo\E archive ''\Q$commit\E`;
 485     croak("git archive failed: exit " . ($? >> 8)) if ($? != 0);
 486   }
 487   else {
 488     croak ("could not figure out commit id for $treeish");
 489   }
 490
 491   # Note: this section is almost certainly unnecessary if we're
 492   # running tasks in docker containers.
 493   my $installpid = fork();
 494   if ($installpid == 0)
 495   {
 496     srun (\@srunargs, \@execargs, {}, $build_script . $git_archive);
 497     exit (1);
 498   }
 499   while (1)
 500   {
 501     last if $installpid == waitpid (-1, WNOHANG);
 502     freeze_if_want_freeze ($installpid);
 503     select (undef, undef, undef, 0.1);
 504   }
 505   Log (undef, "Install exited $?");
 506 }
 507
 508 if (!$have_slurm)
 509 {
 510   # Grab our lock again (we might have deleted and re-created CRUNCH_TMP above)
 511   must_lock_now("$ENV{CRUNCH_TMP}/.lock", "a job is already running here.");
 512 }
 513
 514 # If this job requires a Docker image, install that.
 515 my $docker_bin = "/usr/bin/docker.io";
 516 my ($docker_locator, $docker_stream, $docker_hash);
 517 if ($docker_locator = $Job->{docker_image_locator}) {
 518   ($docker_stream, $docker_hash) = find_docker_image($docker_locator);
 519   if (!$docker_hash)
 520   {
 521     croak("No Docker image hash found from locator $docker_locator");
 522   }
 523   $docker_stream =~ s/^\.//;
 524   my $docker_install_script = qq{
 525 if ! $docker_bin images -q --no-trunc | grep -qxF \Q$docker_hash\E; then
 526     arv-get \Q$docker_locator$docker_stream/$docker_hash.tar\E | $docker_bin load
 527 fi
 528 };
 529   my $docker_pid = fork();
 530   if ($docker_pid == 0)
 531   {
 532     srun (["srun", "--nodelist=" . join(',', @node)],
 533           ["/bin/sh", "-ec", $docker_install_script]);
 534     exit ($?);
 535   }
 536   while (1)
 537   {
 538     last if $docker_pid == waitpid (-1, WNOHANG);
 539     freeze_if_want_freeze ($docker_pid);
 540     select (undef, undef, undef, 0.1);
 541   }
 542   if ($? != 0)
 543   {
 544     croak("Installing Docker image from $docker_locator returned exit code $?");
 545   }
 546 }
 547
 548 foreach (qw (script script_version script_parameters runtime_constraints))
 549 {
 550   Log (undef,
 551        "$_ " .
 552        (ref($Job->{$_}) ? JSON::encode_json($Job->{$_}) : $Job->{$_}));
 553 }
 554 foreach (split (/\n/, $Job->{knobs}))
 555 {
 556   Log (undef, "knob " . $_);
 557 }
 558
 559
 560
 561 $main::success = undef;
 562
 563
 564
 565 ONELEVEL:
 566
 567 my $thisround_succeeded = 0;
 568 my $thisround_failed = 0;
 569 my $thisround_failed_multiple = 0;
 570
 571 @jobstep_todo = sort { $jobstep[$a]->{level} <=> $jobstep[$b]->{level}
 572                        or $a <=> $b } @jobstep_todo;
 573 my $level = $jobstep[$jobstep_todo[0]]->{level};
 574 Log (undef, "start level $level");
 575
 576
 577
 578 my %proc;
 579 my @freeslot = (0..$#slot);
 580 my @holdslot;
 581 my %reader;
 582 my $progress_is_dirty = 1;
 583 my $progress_stats_updated = 0;
 584
 585 update_progress_stats();
 586
 587
 588
 589 THISROUND:
 590 for (my $todo_ptr = 0; $todo_ptr <= $#jobstep_todo; $todo_ptr ++)
 591 {
 592   my $id = $jobstep_todo[$todo_ptr];
 593   my $Jobstep = $jobstep[$id];
 594   if ($Jobstep->{level} != $level)
 595   {
 596     next;
 597   }
 598
 599   pipe $reader{$id}, "writer" or croak ($!);
 600   my $flags = fcntl ($reader{$id}, F_GETFL, 0) or croak ($!);
 601   fcntl ($reader{$id}, F_SETFL, $flags | O_NONBLOCK) or croak ($!);
 602
 603   my $childslot = $freeslot[0];
 604   my $childnode = $slot[$childslot]->{node};
 605   my $childslotname = join (".",
 606                             $slot[$childslot]->{node}->{name},
 607                             $slot[$childslot]->{cpu});
 608   my $childpid = fork();
 609   if ($childpid == 0)
 610   {
 611     $SIG{'INT'} = 'DEFAULT';
 612     $SIG{'QUIT'} = 'DEFAULT';
 613     $SIG{'TERM'} = 'DEFAULT';
 614
 615     foreach (values (%reader))
 616     {
 617       close($_);
 618     }
 619     fcntl ("writer", F_SETFL, 0) or croak ($!); # no close-on-exec
 620     open(STDOUT,">&writer");
 621     open(STDERR,">&writer");
 622
 623     undef $dbh;
 624     undef $sth;
 625
 626     delete $ENV{"GNUPGHOME"};
 627     $ENV{"TASK_UUID"} = $Jobstep->{'arvados_task'}->{'uuid'};
 628     $ENV{"TASK_QSEQUENCE"} = $id;
 629     $ENV{"TASK_SEQUENCE"} = $level;
 630     $ENV{"JOB_SCRIPT"} = $Job->{script};
 631     while (my ($param, $value) = each %{$Job->{script_parameters}}) {
 632       $param =~ tr/a-z/A-Z/;
 633       $ENV{"JOB_PARAMETER_$param"} = $value;
 634     }
 635     $ENV{"TASK_SLOT_NODE"} = $slot[$childslot]->{node}->{name};
 636     $ENV{"TASK_SLOT_NUMBER"} = $slot[$childslot]->{cpu};
 637     $ENV{"TASK_WORK"} = $ENV{"JOB_WORK"}."/$id.$$";
 638     $ENV{"HOME"} = $ENV{"TASK_WORK"};
 639     $ENV{"TASK_KEEPMOUNT"} = $ENV{"TASK_WORK"}.".keep";
 640     $ENV{"TASK_TMPDIR"} = $ENV{"TASK_WORK"}; # deprecated
 641     $ENV{"CRUNCH_NODE_SLOTS"} = $slot[$childslot]->{node}->{ncpus};
 642     $ENV{"PATH"} = $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} . "/bin:" . $ENV{"PATH"};
 643
 644     $ENV{"GZIP"} = "-n";
 645
 646     my @srunargs = (
 647       "srun",
 648       "--nodelist=".$childnode->{name},
 649       qw(-n1 -c1 -N1 -D), $ENV{'TMPDIR'},
 650       "--job-name=$job_id.$id.$$",
 651         );
 652     my $build_script_to_send = "";
 653     my $command =
 654         "if [ -e $ENV{TASK_WORK} ]; then rm -rf $ENV{TASK_WORK}; fi; "
 655         ."mkdir -p $ENV{CRUNCH_TMP} $ENV{JOB_WORK} $ENV{TASK_WORK} $ENV{TASK_KEEPMOUNT} "
 656         ."&& cd $ENV{CRUNCH_TMP} ";
 657     if ($build_script)
 658     {
 659       $build_script_to_send = $build_script;
 660       $command .=
 661           "&& perl -";
 662     }
 663     $command .= "&& exec arv-mount --by-id --allow-other $ENV{TASK_KEEPMOUNT} --exec ";
 664     if ($docker_hash)
 665     {
 666       $command .= "crunchstat -cgroup-root=/sys/fs/cgroup -cgroup-parent=docker -cgroup-cid=$ENV{TASK_WORK}/docker.cid -poll=10000 ";
 667       $command .= "$docker_bin run --rm=true --attach=stdout --attach=stderr --user=crunch --cidfile=$ENV{TASK_WORK}/docker.cid ";
 668       # Dynamically configure the container to use the host system as its
 669       # DNS server.  Get the host's global addresses from the ip command,
 670       # and turn them into docker --dns options using gawk.
 671       $command .=
 672           q{$(ip -o address show scope global |
 673               gawk 'match($4, /^([0-9\.:]+)\//, x){print "--dns", x[1]}') };
 674       $command .= "--volume=\Q$ENV{CRUNCH_SRC}:/tmp/crunch-src:ro\E ";
 675       $command .= "--volume=\Q$ENV{TASK_KEEPMOUNT}:/keep:ro\E ";
 676       $command .= "--env=\QHOME=/home/crunch\E ";
 677       while (my ($env_key, $env_val) = each %ENV)
 678       {
 679         if ($env_key =~ /^(ARVADOS|JOB|TASK)_/) {
 680           if ($env_key eq "TASK_WORK") {
 681             $command .= "--env=\QTASK_WORK=/tmp/crunch-job\E ";
 682           }
 683           elsif ($env_key eq "TASK_KEEPMOUNT") {
 684             $command .= "--env=\QTASK_KEEPMOUNT=/keep\E ";
 685           }
 686           else {
 687             $command .= "--env=\Q$env_key=$env_val\E ";
 688           }
 689         }
 690       }
 691       $command .= "--env=\QCRUNCH_NODE_SLOTS=$ENV{CRUNCH_NODE_SLOTS}\E ";
 692       $command .= "--env=\QCRUNCH_SRC=/tmp/crunch-src\E ";
 693       $command .= "\Q$docker_hash\E ";
 694       $command .= "stdbuf --output=0 --error=0 ";
 695       $command .= "/tmp/crunch-src/crunch_scripts/" . $Job->{"script"};
 696     } else {
 697       # Non-docker run
 698       $command .= "crunchstat -cgroup-root=/sys/fs/cgroup -poll=10000 ";
 699       $command .= "stdbuf --output=0 --error=0 ";
 700       $command .= "$ENV{CRUNCH_SRC}/crunch_scripts/" . $Job->{"script"};
 701     }
 702
 703     my @execargs = ('bash', '-c', $command);
 704     srun (\@srunargs, \@execargs, undef, $build_script_to_send);
 705     # exec() failed, we assume nothing happened.
 706     Log(undef, "srun() failed on build script");
 707     die;
 708   }
 709   close("writer");
 710   if (!defined $childpid)
 711   {
 712     close $reader{$id};
 713     delete $reader{$id};
 714     next;
 715   }
 716   shift @freeslot;
 717   $proc{$childpid} = { jobstep => $id,
 718                        time => time,
 719                        slot => $childslot,
 720                        jobstepname => "$job_id.$id.$childpid",
 721                      };
 722   croak ("assert failed: \$slot[$childslot]->{'pid'} exists") if exists $slot[$childslot]->{pid};
 723   $slot[$childslot]->{pid} = $childpid;
 724
 725   Log ($id, "job_task ".$Jobstep->{'arvados_task'}->{'uuid'});
 726   Log ($id, "child $childpid started on $childslotname");
 727   $Jobstep->{starttime} = time;
 728   $Jobstep->{node} = $childnode->{name};
 729   $Jobstep->{slotindex} = $childslot;
 730   delete $Jobstep->{stderr};
 731   delete $Jobstep->{finishtime};
 732
 733   $Jobstep->{'arvados_task'}->{started_at} = strftime "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ", gmtime($Jobstep->{starttime});
 734   $Jobstep->{'arvados_task'}->save;
 735
 736   splice @jobstep_todo, $todo_ptr, 1;
 737   --$todo_ptr;
 738
 739   $progress_is_dirty = 1;
 740
 741   while (!@freeslot
 742          ||
 743          (@slot > @freeslot && $todo_ptr+1 > $#jobstep_todo))
 744   {
 745     last THISROUND if $main::please_freeze;
 746     if ($main::please_info)
 747     {
 748       $main::please_info = 0;
 749       freeze();
 750       collate_output();
 751       save_meta(1);
 752       update_progress_stats();
 753     }
 754     my $gotsome
 755         = readfrompipes ()
 756         + reapchildren ();
 757     if (!$gotsome)
 758     {
 759       check_refresh_wanted();
 760       check_squeue();
 761       update_progress_stats();
 762       select (undef, undef, undef, 0.1);
 763     }
 764     elsif (time - $progress_stats_updated >= 30)
 765     {
 766       update_progress_stats();
 767     }
 768     if (($thisround_failed_multiple >= 8 && $thisround_succeeded == 0) ||
 769         ($thisround_failed_multiple >= 16 && $thisround_failed_multiple > $thisround_succeeded))
 770     {
 771       my $message = "Repeated failure rate too high ($thisround_failed_multiple/"
 772           .($thisround_failed+$thisround_succeeded)
 773           .") -- giving up on this round";
 774       Log (undef, $message);
 775       last THISROUND;
 776     }
 777
 778     # move slots from freeslot to holdslot (or back to freeslot) if necessary
 779     for (my $i=$#freeslot; $i>=0; $i--) {
 780       if ($slot[$freeslot[$i]]->{node}->{hold_until} > scalar time) {
 781         push @holdslot, (splice @freeslot, $i, 1);
 782       }
 783     }
 784     for (my $i=$#holdslot; $i>=0; $i--) {
 785       if ($slot[$holdslot[$i]]->{node}->{hold_until} <= scalar time) {
 786         push @freeslot, (splice @holdslot, $i, 1);
 787       }
 788     }
 789
 790     # give up if no nodes are succeeding
 791     if (!grep { $_->{node}->{losing_streak} == 0 &&
 792                     $_->{node}->{hold_count} < 4 } @slot) {
 793       my $message = "Every node has failed -- giving up on this round";
 794       Log (undef, $message);
 795       last THISROUND;
 796     }
 797   }
 798 }
 799
 800
 801 push @freeslot, splice @holdslot;
 802 map { $slot[$freeslot[$_]]->{node}->{losing_streak} = 0 } (0..$#freeslot);
 803
 804
 805 Log (undef, "wait for last ".(scalar keys %proc)." children to finish");
 806 while (%proc)
 807 {
 808   if ($main::please_continue) {
 809     $main::please_continue = 0;
 810     goto THISROUND;
 811   }
 812   $main::please_info = 0, freeze(), collate_output(), save_meta(1) if $main::please_info;
 813   readfrompipes ();
 814   if (!reapchildren())
 815   {
 816     check_refresh_wanted();
 817     check_squeue();
 818     update_progress_stats();
 819     select (undef, undef, undef, 0.1);
 820     killem (keys %proc) if $main::please_freeze;
 821   }
 822 }
 823
 824 update_progress_stats();
 825 freeze_if_want_freeze();
 826
 827
 828 if (!defined $main::success)
 829 {
 830   if (@jobstep_todo &&
 831       $thisround_succeeded == 0 &&
 832       ($thisround_failed == 0 || $thisround_failed > 4))
 833   {
 834     my $message = "stop because $thisround_failed tasks failed and none succeeded";
 835     Log (undef, $message);
 836     $main::success = 0;
 837   }
 838   if (!@jobstep_todo)
 839   {
 840     $main::success = 1;
 841   }
 842 }
 843
 844 goto ONELEVEL if !defined $main::success;
 845
 846
 847 release_allocation();
 848 freeze();
 849 my $collated_output = &collate_output();
 850
 851 if ($job_has_uuid) {
 852   $Job->update_attributes('running' => 0,
 853                           'success' => $collated_output && $main::success,
 854                           'finished_at' => scalar gmtime)
 855 }
 856
 857 if (!$collated_output) {
 858   Log(undef, "output undef");
 859 }
 860 else {
 861   eval {
 862     open(my $orig_manifest, '-|', 'arv-get', $collated_output)
 863         or die "failed to get collated manifest: $!";
 864     my $orig_manifest_text = '';
 865     while (my $manifest_line = <$orig_manifest>) {
 866       $orig_manifest_text .= $manifest_line;
 867     }
 868     my $output = $arv->{'collections'}->{'create'}->execute('collection' => {
 869       'manifest_text' => $orig_manifest_text,
 870     });
 871     Log(undef, "output uuid " . $output->{uuid});
 872     Log(undef, "output hash " . $output->{portable_data_hash});
 873     $Job->update_attributes('output' => $output->{portable_data_hash}) if $job_has_uuid;
 874   };
 875   if ($@) {
 876     Log (undef, "Failed to register output manifest: $@");
 877   }
 878 }
 879
 880 Log (undef, "finish");
 881
 882 save_meta();
 883 exit ($Job->{'success'} ? 1 : 0);
 884
 885
 886
 887 sub update_progress_stats
 888 {
 889   $progress_stats_updated = time;
 890   return if !$progress_is_dirty;
 891   my ($todo, $done, $running) = (scalar @jobstep_todo,
 892                                  scalar @jobstep_done,
 893                                  scalar @slot - scalar @freeslot - scalar @holdslot);
 894   $Job->{'tasks_summary'} ||= {};
 895   $Job->{'tasks_summary'}->{'todo'} = $todo;
 896   $Job->{'tasks_summary'}->{'done'} = $done;
 897   $Job->{'tasks_summary'}->{'running'} = $running;
 898   if ($job_has_uuid) {
 899     $Job->update_attributes('tasks_summary' => $Job->{'tasks_summary'});
 900   }
 901   Log (undef, "status: $done done, $running running, $todo todo");
 902   $progress_is_dirty = 0;
 903 }
 904
 905
 906
 907 sub reapchildren
 908 {
 909   my $pid = waitpid (-1, WNOHANG);
 910   return 0 if $pid <= 0;
 911
 912   my $whatslot = ($slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{name}
 913                   . "."
 914                   . $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{cpu});
 915   my $jobstepid = $proc{$pid}->{jobstep};
 916   my $elapsed = time - $proc{$pid}->{time};
 917   my $Jobstep = $jobstep[$jobstepid];
 918
 919   my $childstatus = $?;
 920   my $exitvalue = $childstatus >> 8;
 921   my $exitinfo = sprintf("exit %d signal %d%s",
 922                          $exitvalue,
 923                          $childstatus & 127,
 924                          ($childstatus & 128 ? ' core dump' : ''));
 925   $Jobstep->{'arvados_task'}->reload;
 926   my $task_success = $Jobstep->{'arvados_task'}->{success};
 927
 928   Log ($jobstepid, "child $pid on $whatslot $exitinfo success=$task_success");
 929
 930   if (!defined $task_success) {
 931     # task did not indicate one way or the other --> fail
 932     $Jobstep->{'arvados_task'}->{success} = 0;
 933     $Jobstep->{'arvados_task'}->save;
 934     $task_success = 0;
 935   }
 936
 937   if (!$task_success)
 938   {
 939     my $temporary_fail;
 940     $temporary_fail ||= $Jobstep->{node_fail};
 941     $temporary_fail ||= ($exitvalue == 111);
 942
 943     ++$thisround_failed;
 944     ++$thisround_failed_multiple if $Jobstep->{'failures'} >= 1;
 945
 946     # Check for signs of a failed or misconfigured node
 947     if (++$slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{losing_streak} >=
 948         2+$slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{ncpus}) {
 949       # Don't count this against jobstep failure thresholds if this
 950       # node is already suspected faulty and srun exited quickly
 951       if ($slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{hold_until} &&
 952           $elapsed < 5) {
 953         Log ($jobstepid, "blaming failure on suspect node " .
 954              $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{name});
 955         $temporary_fail ||= 1;
 956       }
 957       ban_node_by_slot($proc{$pid}->{slot});
 958     }
 959
 960     Log ($jobstepid, sprintf('failure (#%d, %s) after %d seconds',
 961                              ++$Jobstep->{'failures'},
 962                              $temporary_fail ? 'temporary ' : 'permanent',
 963                              $elapsed));
 964
 965     if (!$temporary_fail || $Jobstep->{'failures'} >= 3) {
 966       # Give up on this task, and the whole job
 967       $main::success = 0;
 968       $main::please_freeze = 1;
 969     }
 970     else {
 971       # Put this task back on the todo queue
 972       push @jobstep_todo, $jobstepid;
 973     }
 974     $Job->{'tasks_summary'}->{'failed'}++;
 975   }
 976   else
 977   {
 978     ++$thisround_succeeded;
 979     $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{losing_streak} = 0;
 980     $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{hold_until} = 0;
 981     push @jobstep_done, $jobstepid;
 982     Log ($jobstepid, "success in $elapsed seconds");
 983   }
 984   $Jobstep->{exitcode} = $childstatus;
 985   $Jobstep->{finishtime} = time;
 986   $Jobstep->{'arvados_task'}->{finished_at} = strftime "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ", gmtime($Jobstep->{finishtime});
 987   $Jobstep->{'arvados_task'}->save;
 988   process_stderr ($jobstepid, $task_success);
 989   Log ($jobstepid, "output " . $Jobstep->{'arvados_task'}->{output});
 990
 991   close $reader{$jobstepid};
 992   delete $reader{$jobstepid};
 993   delete $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{pid};
 994   push @freeslot, $proc{$pid}->{slot};
 995   delete $proc{$pid};
 996
 997   if ($task_success) {
 998     # Load new tasks
 999     my $newtask_list = [];
1000     my $newtask_results;
1001     do {
1002       $newtask_results = $arv->{'job_tasks'}->{'list'}->execute(
1003         'where' => {
1004           'created_by_job_task_uuid' => $Jobstep->{'arvados_task'}->{uuid}
1005         },
1006         'order' => 'qsequence',
1007         'offset' => scalar(@$newtask_list),
1008       );
1009       push(@$newtask_list, @{$newtask_results->{items}});
1010     } while (@{$newtask_results->{items}});
1011     foreach my $arvados_task (@$newtask_list) {
1012       my $jobstep = {
1013         'level' => $arvados_task->{'sequence'},
1014         'failures' => 0,
1015         'arvados_task' => $arvados_task
1016       };
1017       push @jobstep, $jobstep;
1018       push @jobstep_todo, $#jobstep;
1019     }
1020   }
1021
1022   $progress_is_dirty = 1;
1023   1;
1024 }
1025
1026 sub check_refresh_wanted
1027 {
1028   my @stat = stat $ENV{"CRUNCH_REFRESH_TRIGGER"};
1029   if (@stat && $stat[9] > $latest_refresh) {
1030     $latest_refresh = scalar time;
1031     if ($job_has_uuid) {
1032       my $Job2 = $arv->{'jobs'}->{'get'}->execute('uuid' => $jobspec);
1033       for my $attr ('cancelled_at',
1034                     'cancelled_by_user_uuid',
1035                     'cancelled_by_client_uuid') {
1036         $Job->{$attr} = $Job2->{$attr};
1037       }
1038       if ($Job->{'cancelled_at'}) {
1039         Log (undef, "Job cancelled at " . $Job->{cancelled_at} .
1040              " by user " . $Job->{cancelled_by_user_uuid});
1041         $main::success = 0;
1042         $main::please_freeze = 1;
1043       }
1044     }
1045   }
1046 }
1047
1048 sub check_squeue
1049 {
1050   # return if the kill list was checked <4 seconds ago
1051   if (defined $squeue_kill_checked && $squeue_kill_checked > time - 4)
1052   {
1053     return;
1054   }
1055   $squeue_kill_checked = time;
1056
1057   # use killem() on procs whose killtime is reached
1058   for (keys %proc)
1059   {
1060     if (exists $proc{$_}->{killtime}
1061         && $proc{$_}->{killtime} <= time)
1062     {
1063       killem ($_);
1064     }
1065   }
1066
1067   # return if the squeue was checked <60 seconds ago
1068   if (defined $squeue_checked && $squeue_checked > time - 60)
1069   {
1070     return;
1071   }
1072   $squeue_checked = time;
1073
1074   if (!$have_slurm)
1075   {
1076     # here is an opportunity to check for mysterious problems with local procs
1077     return;
1078   }
1079
1080   # get a list of steps still running
1081   my @squeue = `squeue -s -h -o '%i %j' && echo ok`;
1082   chop @squeue;
1083   if ($squeue[-1] ne "ok")
1084   {
1085     return;
1086   }
1087   pop @squeue;
1088
1089   # which of my jobsteps are running, according to squeue?
1090   my %ok;
1091   foreach (@squeue)
1092   {
1093     if (/^(\d+)\.(\d+) (\S+)/)
1094     {
1095       if ($1 eq $ENV{SLURM_JOBID})
1096       {
1097         $ok{$3} = 1;
1098       }
1099     }
1100   }
1101
1102   # which of my active child procs (>60s old) were not mentioned by squeue?
1103   foreach (keys %proc)
1104   {
1105     if ($proc{$_}->{time} < time - 60
1106         && !exists $ok{$proc{$_}->{jobstepname}}
1107         && !exists $proc{$_}->{killtime})
1108     {
1109       # kill this proc if it hasn't exited in 30 seconds
1110       $proc{$_}->{killtime} = time + 30;
1111     }
1112   }
1113 }
1114
1115
1116 sub release_allocation
1117 {
1118   if ($have_slurm)
1119   {
1120     Log (undef, "release job allocation");
1121     system "scancel $ENV{SLURM_JOBID}";
1122   }
1123 }
1124
1125
1126 sub readfrompipes
1127 {
1128   my $gotsome = 0;
1129   foreach my $job (keys %reader)
1130   {
1131     my $buf;
1132     while (0 < sysread ($reader{$job}, $buf, 8192))
1133     {
1134       print STDERR $buf if $ENV{CRUNCH_DEBUG};
1135       $jobstep[$job]->{stderr} .= $buf;
1136       preprocess_stderr ($job);
1137       if (length ($jobstep[$job]->{stderr}) > 16384)
1138       {
1139         substr ($jobstep[$job]->{stderr}, 0, 8192) = "";
1140       }
1141       $gotsome = 1;
1142     }
1143   }
1144   return $gotsome;
1145 }
1146
1147
1148 sub preprocess_stderr
1149 {
1150   my $job = shift;
1151
1152   while ($jobstep[$job]->{stderr} =~ /^(.*?)\n/) {
1153     my $line = $1;
1154     substr $jobstep[$job]->{stderr}, 0, 1+length($line), "";
1155     Log ($job, "stderr $line");
1156     if ($line =~ /srun: error: (SLURM job $ENV{SLURM_JOB_ID} has expired|Unable to confirm allocation for job $ENV{SLURM_JOB_ID})/) {
1157       # whoa.
1158       $main::please_freeze = 1;
1159     }
1160     elsif ($line =~ /srun: error: (Node failure on|Unable to create job step) /) {
1161       $jobstep[$job]->{node_fail} = 1;
1162       ban_node_by_slot($jobstep[$job]->{slotindex});
1163     }
1164   }
1165 }
1166
1167
1168 sub process_stderr
1169 {
1170   my $job = shift;
1171   my $task_success = shift;
1172   preprocess_stderr ($job);
1173
1174   map {
1175     Log ($job, "stderr $_");
1176   } split ("\n", $jobstep[$job]->{stderr});
1177 }
1178
1179 sub fetch_block
1180 {
1181   my $hash = shift;
1182   my ($keep, $child_out, $output_block);
1183
1184   my $cmd = "arv-get \Q$hash\E";
1185   open($keep, '-|', $cmd) or die "fetch_block: $cmd: $!";
1186   $output_block = '';
1187   while (1) {
1188     my $buf;
1189     my $bytes = sysread($keep, $buf, 1024 * 1024);
1190     if (!defined $bytes) {
1191       die "reading from arv-get: $!";
1192     } elsif ($bytes == 0) {
1193       # sysread returns 0 at the end of the pipe.
1194       last;
1195     } else {
1196       # some bytes were read into buf.
1197       $output_block .= $buf;
1198     }
1199   }
1200   close $keep;
1201   return $output_block;
1202 }
1203
1204 sub collate_output
1205 {
1206   Log (undef, "collate");
1207
1208   my ($child_out, $child_in);
1209   my $pid = open2($child_out, $child_in, 'arv-put', '--raw');
1210   my $joboutput;
1211   for (@jobstep)
1212   {
1213     next if (!exists $_->{'arvados_task'}->{'output'} ||
1214              !$_->{'arvados_task'}->{'success'});
1215     my $output = $_->{'arvados_task'}->{output};
1216     if ($output !~ /^[0-9a-f]{32}(\+\S+)*$/)
1217     {
1218       $output_in_keep ||= $output =~ / [0-9a-f]{32}\S*\+K/;
1219       print $child_in $output;
1220     }
1221     elsif (@jobstep == 1)
1222     {
1223       $joboutput = $output;
1224       last;
1225     }
1226     elsif (defined (my $outblock = fetch_block ($output)))
1227     {
1228       $output_in_keep ||= $outblock =~ / [0-9a-f]{32}\S*\+K/;
1229       print $child_in $outblock;
1230     }
1231     else
1232     {
1233       Log (undef, "XXX fetch_block($output) failed XXX");
1234       $main::success = 0;
1235     }
1236   }
1237   $child_in->close;
1238
1239   if (!defined $joboutput) {
1240     my $s = IO::Select->new($child_out);
1241     if ($s->can_read(120)) {
1242       sysread($child_out, $joboutput, 64 * 1024 * 1024);
1243       chomp($joboutput);
1244     } else {
1245       Log (undef, "timed out reading from 'arv-put'");
1246     }
1247   }
1248   waitpid($pid, 0);
1249
1250   return $joboutput;
1251 }
1252
1253
1254 sub killem
1255 {
1256   foreach (@_)
1257   {
1258     my $sig = 2;                # SIGINT first
1259     if (exists $proc{$_}->{"sent_$sig"} &&
1260         time - $proc{$_}->{"sent_$sig"} > 4)
1261     {
1262       $sig = 15;                # SIGTERM if SIGINT doesn't work
1263     }
1264     if (exists $proc{$_}->{"sent_$sig"} &&
1265         time - $proc{$_}->{"sent_$sig"} > 4)
1266     {
1267       $sig = 9;                 # SIGKILL if SIGTERM doesn't work
1268     }
1269     if (!exists $proc{$_}->{"sent_$sig"})
1270     {
1271       Log ($proc{$_}->{jobstep}, "sending 2x signal $sig to pid $_");
1272       kill $sig, $_;
1273       select (undef, undef, undef, 0.1);
1274       if ($sig == 2)
1275       {
1276         kill $sig, $_;     # srun wants two SIGINT to really interrupt
1277       }
1278       $proc{$_}->{"sent_$sig"} = time;
1279       $proc{$_}->{"killedafter"} = time - $proc{$_}->{"time"};
1280     }
1281   }
1282 }
1283
1284
1285 sub fhbits
1286 {
1287   my($bits);
1288   for (@_) {
1289     vec($bits,fileno($_),1) = 1;
1290   }
1291   $bits;
1292 }
1293
1294
1295 sub Log                         # ($jobstep_id, $logmessage)
1296 {
1297   if ($_[1] =~ /\n/) {
1298     for my $line (split (/\n/, $_[1])) {
1299       Log ($_[0], $line);
1300     }
1301     return;
1302   }
1303   my $fh = select STDERR; $|=1; select $fh;
1304   my $message = sprintf ("%s %d %s %s", $job_id, $$, @_);
1305   $message =~ s{([^ -\176])}{"\\" . sprintf ("%03o", ord($1))}ge;
1306   $message .= "\n";
1307   my $datetime;
1308   if ($local_logfile || -t STDERR) {
1309     my @gmtime = gmtime;
1310     $datetime = sprintf ("%04d-%02d-%02d_%02d:%02d:%02d",
1311                          $gmtime[5]+1900, $gmtime[4]+1, @gmtime[3,2,1,0]);
1312   }
1313   print STDERR ((-t STDERR) ? ($datetime." ".$message) : $message);
1314
1315   if ($local_logfile) {
1316     print $local_logfile $datetime . " " . $message;
1317   }
1318 }
1319
1320
1321 sub croak
1322 {
1323   my ($package, $file, $line) = caller;
1324   my $message = "@_ at $file line $line\n";
1325   Log (undef, $message);
1326   freeze() if @jobstep_todo;
1327   collate_output() if @jobstep_todo;
1328   cleanup();
1329   save_meta() if $local_logfile;
1330   die;
1331 }
1332
1333
1334 sub cleanup
1335 {
1336   return if !$job_has_uuid;
1337   $Job->update_attributes('running' => 0,
1338                           'success' => 0,
1339                           'finished_at' => scalar gmtime);
1340 }
1341
1342
1343 sub save_meta
1344 {
1345   my $justcheckpoint = shift; # false if this will be the last meta saved
1346   return if $justcheckpoint;  # checkpointing is not relevant post-Warehouse.pm
1347
1348   $local_logfile->flush;
1349   my $cmd = "arv-put --portable-data-hash --filename ''\Q$keep_logfile\E "
1350       . quotemeta($local_logfile->filename);
1351   my $loglocator = `$cmd`;
1352   die "system $cmd failed: $?" if $?;
1353   chomp($loglocator);
1354
1355   $local_logfile = undef;   # the temp file is automatically deleted
1356   Log (undef, "log manifest is $loglocator");
1357   $Job->{'log'} = $loglocator;
1358   $Job->update_attributes('log', $loglocator) if $job_has_uuid;
1359 }
1360
1361
1362 sub freeze_if_want_freeze
1363 {
1364   if ($main::please_freeze)
1365   {
1366     release_allocation();
1367     if (@_)
1368     {
1369       # kill some srun procs before freeze+stop
1370       map { $proc{$_} = {} } @_;
1371       while (%proc)
1372       {
1373         killem (keys %proc);
1374         select (undef, undef, undef, 0.1);
1375         my $died;
1376         while (($died = waitpid (-1, WNOHANG)) > 0)
1377         {
1378           delete $proc{$died};
1379         }
1380       }
1381     }
1382     freeze();
1383     collate_output();
1384     cleanup();
1385     save_meta();
1386     exit 0;
1387   }
1388 }
1389
1390
1391 sub freeze
1392 {
1393   Log (undef, "Freeze not implemented");
1394   return;
1395 }
1396
1397
1398 sub thaw
1399 {
1400   croak ("Thaw not implemented");
1401 }
1402
1403
1404 sub freezequote
1405 {
1406   my $s = shift;
1407   $s =~ s/\\/\\\\/g;
1408   $s =~ s/\n/\\n/g;
1409   return $s;
1410 }
1411
1412
1413 sub freezeunquote
1414 {
1415   my $s = shift;
1416   $s =~ s{\\(.)}{$1 eq "n" ? "\n" : $1}ge;
1417   return $s;
1418 }
1419
1420
1421 sub srun
1422 {
1423   my $srunargs = shift;
1424   my $execargs = shift;
1425   my $opts = shift || {};
1426   my $stdin = shift;
1427   my $args = $have_slurm ? [@$srunargs, @$execargs] : $execargs;
1428   print STDERR (join (" ",
1429                       map { / / ? "'$_'" : $_ }
1430                       (@$args)),
1431                 "\n")
1432       if $ENV{CRUNCH_DEBUG};
1433
1434   if (defined $stdin) {
1435     my $child = open STDIN, "-|";
1436     defined $child or die "no fork: $!";
1437     if ($child == 0) {
1438       print $stdin or die $!;
1439       close STDOUT or die $!;
1440       exit 0;
1441     }
1442   }
1443
1444   return system (@$args) if $opts->{fork};
1445
1446   exec @$args;
1447   warn "ENV size is ".length(join(" ",%ENV));
1448   die "exec failed: $!: @$args";
1449 }
1450
1451
1452 sub ban_node_by_slot {
1453   # Don't start any new jobsteps on this node for 60 seconds
1454   my $slotid = shift;
1455   $slot[$slotid]->{node}->{hold_until} = 60 + scalar time;
1456   $slot[$slotid]->{node}->{hold_count}++;
1457   Log (undef, "backing off node " . $slot[$slotid]->{node}->{name} . " for 60 seconds");
1458 }
1459
1460 sub must_lock_now
1461 {
1462   my ($lockfile, $error_message) = @_;
1463   open L, ">", $lockfile or croak("$lockfile: $!");
1464   if (!flock L, LOCK_EX|LOCK_NB) {
1465     croak("Can't lock $lockfile: $error_message\n");
1466   }
1467 }
1468
1469 sub find_docker_image {
1470   # Given a Keep locator, check to see if it contains a Docker image.
1471   # If so, return its stream name and Docker hash.
1472   # If not, return undef for both values.
1473   my $locator = shift;
1474   my ($streamname, $filename);
1475   if (my $image = $arv->{collections}->{get}->execute(uuid => $locator)) {
1476     foreach my $line (split(/\n/, $image->{manifest_text})) {
1477       my @tokens = split(/\s+/, $line);
1478       next if (!@tokens);
1479       $streamname = shift(@tokens);
1480       foreach my $filedata (grep(/^\d+:\d+:/, @tokens)) {
1481         if (defined($filename)) {
1482           return (undef, undef);  # More than one file in the Collection.
1483         } else {
1484           $filename = (split(/:/, $filedata, 3))[2];
1485         }
1486       }
1487     }
1488   }
1489   if (defined($filename) and ($filename =~ /^([0-9A-Fa-f]{64})\.tar$/)) {
1490     return ($streamname, $1);
1491   } else {
1492     return (undef, undef);
1493   }
1494 }
1495
1496 __DATA__
1497 #!/usr/bin/perl
1498
1499 # checkout-and-build
1500
1501 use Fcntl ':flock';
1502 use File::Path qw( make_path );
1503
1504 my $destdir = $ENV{"CRUNCH_SRC"};
1505 my $commit = $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"};
1506 my $repo = $ENV{"CRUNCH_SRC_URL"};
1507 my $task_work = $ENV{"TASK_WORK"};
1508
1509 for my $dir ($destdir, $task_work) {
1510     if ($dir) {
1511         make_path $dir;
1512         -e $dir or die "Failed to create temporary directory ($dir): $!";
1513     }
1514 }
1515
1516 open L, ">", "$destdir.lock" or die "$destdir.lock: $!";
1517 flock L, LOCK_EX;
1518 if (readlink ("$destdir.commit") eq $commit && -d $destdir) {
1519     if (@ARGV) {
1520         exec(@ARGV);
1521         die "Cannot exec `@ARGV`: $!";
1522     } else {
1523         exit 0;
1524     }
1525 }
1526
1527 unlink "$destdir.commit";
1528 open STDOUT, ">", "$destdir.log";
1529 open STDERR, ">&STDOUT";
1530
1531 mkdir $destdir;
1532 my @git_archive_data = <DATA>;
1533 if (@git_archive_data) {
1534   open TARX, "|-", "tar", "-C", $destdir, "-xf", "-";
1535   print TARX @git_archive_data;
1536   if(!close(TARX)) {
1537     die "'tar -C $destdir -xf -' exited $?: $!";
1538   }
1539 }
1540
1541 my $pwd;
1542 chomp ($pwd = `pwd`);
1543 my $install_dir = $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} || "$pwd/opt";
1544 mkdir $install_dir;
1545
1546 for my $src_path ("$destdir/arvados/sdk/python") {
1547   if (-d $src_path) {
1548     shell_or_die ("virtualenv", $install_dir);
1549     shell_or_die ("cd $src_path && ./build.sh && $install_dir/bin/python setup.py install");
1550   }
1551 }
1552
1553 if (-e "$destdir/crunch_scripts/install") {
1554     shell_or_die ("$destdir/crunch_scripts/install", $install_dir);
1555 } elsif (!-e "./install.sh" && -e "./tests/autotests.sh") {
1556     # Old version
1557     shell_or_die ("./tests/autotests.sh", $install_dir);
1558 } elsif (-e "./install.sh") {
1559     shell_or_die ("./install.sh", $install_dir);
1560 }
1561
1562 if ($commit) {
1563     unlink "$destdir.commit.new";
1564     symlink ($commit, "$destdir.commit.new") or die "$destdir.commit.new: $!";
1565     rename ("$destdir.commit.new", "$destdir.commit") or die "$destdir.commit: $!";
1566 }
1567
1568 close L;
1569
1570 if (@ARGV) {
1571     exec(@ARGV);
1572     die "Cannot exec `@ARGV`: $!";
1573 } else {
1574     exit 0;
1575 }
1576
1577 sub shell_or_die
1578 {
1579   if ($ENV{"DEBUG"}) {
1580     print STDERR "@_\n";
1581   }
1582   system (@_) == 0
1583       or die "@_ failed: $! exit 0x".sprintf("%x",$?);
1584 }
1585
1586 __DATA__