sdk/cwl/tests/test_job.py

   1 import unittest
   2 import mock
   3 import arvados_cwl
   4
   5 class TestJob(unittest.TestCase):
   6
   7     # The test passes no builder.resources
   8     # Hence the default resources will apply: {'cores': 1, 'ram': 1024, 'outdirSize': 1024, 'tmpdirSize': 1024}
   9     def test_run(self):
  10         runner = mock.MagicMock()
  11         tool = {
  12             "inputs": [],
  13             "outputs": [],
  14             "baseCommand": "ls"
  15         }
  16         arvtool = arvados_cwl.ArvadosCommandTool(runner, tool)
  17         arvtool.formatgraph = None
  18         for j in arvtool.job({}, "", mock.MagicMock()):
  19             j.run()
  20         runner.api.jobs().create.assert_called_with(body={
  21             'runtime_constraints': {},
  22             'script_parameters': {
  23                 'tasks': [{
  24                     'task.env': {'TMPDIR': '$(task.tmpdir)'},
  25                     'command': ['ls']
  26                 }],
  27                 'crunchrunner': '83db29f08544e1c319572a6bd971088a+140/crunchrunner'
  28             },
  29             'script_version': 'master',
  30             'minimum_script_version': '9e5b98e8f5f4727856b53447191f9c06e3da2ba6',
  31             'repository': 'arvados',
  32             'script': 'crunchrunner',
  33             'runtime_constraints': {
  34                 'min_cores_per_node': 1,
  35                 'min_ram_mb_per_node': 1024,
  36                 'min_scratch_mb_per_node': 2048 # tmpdirSize + outdirSize
  37             }
  38         }, find_or_create=True)
  39
  40     # The test passes some fields in builder.resources
  41     # For the remaining fields, the defaults will apply: {'cores': 1, 'ram': 1024, 'outdirSize': 1024, 'tmpdirSize': 1024}
  42     def test_resource_requirements(self):
  43         runner = mock.MagicMock()
  44         tool = {
  45             "inputs": [],
  46             "outputs": [],
  47             "hints": [{
  48                 "class": "ResourceRequirement",
  49                 "coresMin": 3,
  50                 "ramMin": 3000,
  51                 "tmpdirMin": 4000
  52             }],
  53             "baseCommand": "ls"
  54         }
  55         arvtool = arvados_cwl.ArvadosCommandTool(runner, tool)
  56         arvtool.formatgraph = None
  57         for j in arvtool.job({}, "", mock.MagicMock()):
  58             j.run()
  59         runner.api.jobs().create.assert_called_with(body={
  60             'runtime_constraints': {},
  61             'script_parameters': {
  62                 'tasks': [{
  63                     'task.env': {'TMPDIR': '$(task.tmpdir)'},
  64                     'command': ['ls']
  65                 }],
  66                 'crunchrunner': '83db29f08544e1c319572a6bd971088a+140/crunchrunner'
  67             },
  68             'script_version': 'master',
  69             'minimum_script_version': '9e5b98e8f5f4727856b53447191f9c06e3da2ba6',
  70             'repository': 'arvados',
  71             'script': 'crunchrunner',
  72             'runtime_constraints': {
  73                 'min_cores_per_node': 3,
  74                 'min_ram_mb_per_node': 3000,
  75                 'min_scratch_mb_per_node': 5024 # tmpdirSize + outdirSize
  76             }
  77         }, find_or_create=True)