sdk/cwl/tests/22466-output-glob-expressions-secondaryfile.cwl

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 cwlVersion: v1.2
   6 class: CommandLineTool
   7 label: Output glob test for bug 22466
   8
   9 $namespaces:
  10   arv: "http://arvados.org/cwl#"
  11
  12 requirements:
  13 - class: ShellCommandRequirement
  14 - class: InitialWorkDirRequirement
  15   listing:
  16   - $(inputs.input_bam)
  17 - class: InlineJavascriptRequirement
  18
  19 inputs:
  20 - id: input_bam
  21   label: Input bam
  22   type: File
  23 - id: output_bam_name
  24   label: Output BAM file name
  25   type: string?
  26   default: deduped
  27 - id: sample_id
  28   label: Sample ID
  29   type: string
  30
  31 outputs:
  32 - id: metrics_file
  33   label: Metrics file
  34   doc: File to which the duplication metrics will be written.
  35   type: File?
  36   outputBinding:
  37     glob: '*.txt'
  38 - id: deduped_bam
  39   label: Deduped BAM
  40   doc: The output file to which marked records will be written.
  41   type: File?
  42   secondaryFiles:
  43   - pattern: ^.bai
  44     required: false
  45   - pattern: .bai
  46     required: false
  47   outputBinding:
  48     glob: |-
  49       ${
  50           var ext = inputs.input_bam.nameext.slice(1)
  51           return ["*", inputs.output_bam_name, ext].join(".")
  52       }
  53
  54 arguments: [touch, fake.deduped.bam, fake.deduped.bai, metrics.txt]