sdk/python/tests/test_arv_get.py

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 from __future__ import absolute_import
   6 from future.utils import listitems
   7 import io
   8 import logging
   9 import mock
  10 import os
  11 import re
  12 import shutil
  13 import tempfile
  14
  15 import arvados
  16 import arvados.collection as collection
  17 import arvados.commands.get as arv_get
  18 from . import run_test_server
  19
  20 from . import arvados_testutil as tutil
  21 from .arvados_testutil import ArvadosBaseTestCase
  22
  23 class ArvadosGetTestCase(run_test_server.TestCaseWithServers,
  24                          tutil.VersionChecker,
  25                          ArvadosBaseTestCase):
  26     MAIN_SERVER = {}
  27     KEEP_SERVER = {}
  28
  29     def setUp(self):
  30         super(ArvadosGetTestCase, self).setUp()
  31         self.tempdir = tempfile.mkdtemp()
  32         self.col_loc, self.col_pdh, self.col_manifest = self.write_test_collection()
  33
  34         self.stdout = tutil.BytesIO()
  35         self.stderr = tutil.StringIO()
  36         self.loggingHandler = logging.StreamHandler(self.stderr)
  37         self.loggingHandler.setFormatter(logging.Formatter('%(levelname)s: %(message)s'))
  38         logging.getLogger().addHandler(self.loggingHandler)
  39
  40     def tearDown(self):
  41         logging.getLogger().removeHandler(self.loggingHandler)
  42         super(ArvadosGetTestCase, self).tearDown()
  43         shutil.rmtree(self.tempdir)
  44
  45     def write_test_collection(self,
  46                               strip_manifest=False,
  47                               contents = {
  48                                   'foo.txt' : 'foo',
  49                                   'bar.txt' : 'bar',
  50                                   'subdir/baz.txt' : 'baz',
  51                               }):
  52         api = arvados.api()
  53         c = collection.Collection(api_client=api)
  54         for path, data in listitems(contents):
  55             with c.open(path, 'wb') as f:
  56                 f.write(data)
  57         c.save_new()
  58
  59         api.close_connections()
  60
  61         return (c.manifest_locator(),
  62                 c.portable_data_hash(),
  63                 c.manifest_text(strip=strip_manifest))
  64
  65     def run_get(self, args):
  66         self.stdout.seek(0, 0)
  67         self.stdout.truncate(0)
  68         self.stderr.seek(0, 0)
  69         self.stderr.truncate(0)
  70         return arv_get.main(args, self.stdout, self.stderr)
  71
  72     def test_version_argument(self):
  73         with tutil.redirected_streams(
  74                 stdout=tutil.StringIO, stderr=tutil.StringIO) as (out, err):
  75             with self.assertRaises(SystemExit):
  76                 self.run_get(['--version'])
  77         self.assertVersionOutput(out, err)
  78
  79     def test_get_single_file(self):
  80         # Get the file using the collection's locator
  81         r = self.run_get(["{}/subdir/baz.txt".format(self.col_loc), '-'])
  82         self.assertEqual(0, r)
  83         self.assertEqual(b'baz', self.stdout.getvalue())
  84         # Then, try by PDH
  85         r = self.run_get(["{}/subdir/baz.txt".format(self.col_pdh), '-'])
  86         self.assertEqual(0, r)
  87         self.assertEqual(b'baz', self.stdout.getvalue())
  88
  89     def test_get_block(self):
  90         # Get raw data using a block locator
  91         blk = re.search(' (acbd18\S+\+A\S+) ', self.col_manifest).group(1)
  92         r = self.run_get([blk, '-'])
  93         self.assertEqual(0, r)
  94         self.assertEqual(b'foo', self.stdout.getvalue())
  95
  96     def test_get_multiple_files(self):
  97         # Download the entire collection to the temp directory
  98         r = self.run_get(["{}/".format(self.col_loc), self.tempdir])
  99         self.assertEqual(0, r)
 100         with open(os.path.join(self.tempdir, "foo.txt"), "r") as f:
 101             self.assertEqual("foo", f.read())
 102         with open(os.path.join(self.tempdir, "bar.txt"), "r") as f:
 103             self.assertEqual("bar", f.read())
 104         with open(os.path.join(self.tempdir, "subdir", "baz.txt"), "r") as f:
 105             self.assertEqual("baz", f.read())
 106
 107     def test_get_collection_unstripped_manifest(self):
 108         dummy_token = "+Axxxxxxx"
 109         # Get the collection manifest by UUID
 110         r = self.run_get([self.col_loc, self.tempdir])
 111         self.assertEqual(0, r)
 112         m_from_collection = re.sub(r"\+A[0-9a-f@]+", dummy_token, self.col_manifest)
 113         with open(os.path.join(self.tempdir, self.col_loc), "r") as f:
 114             # Replace manifest tokens before comparison to avoid races
 115             m_from_file = re.sub(r"\+A[0-9a-f@]+", dummy_token, f.read())
 116             self.assertEqual(m_from_collection, m_from_file)
 117         # Get the collection manifest by PDH
 118         r = self.run_get([self.col_pdh, self.tempdir])
 119         self.assertEqual(0, r)
 120         with open(os.path.join(self.tempdir, self.col_pdh), "r") as f:
 121             # Replace manifest tokens before comparison to avoid races
 122             m_from_file = re.sub(r"\+A[0-9a-f@]+", dummy_token, f.read())
 123             self.assertEqual(m_from_collection, m_from_file)
 124
 125     def test_get_collection_stripped_manifest(self):
 126         col_loc, col_pdh, col_manifest = self.write_test_collection(
 127             strip_manifest=True)
 128         # Get the collection manifest by UUID
 129         r = self.run_get(['--strip-manifest', col_loc, self.tempdir])
 130         self.assertEqual(0, r)
 131         with open(os.path.join(self.tempdir, col_loc), "r") as f:
 132             self.assertEqual(col_manifest, f.read())
 133         # Get the collection manifest by PDH
 134         r = self.run_get(['--strip-manifest', col_pdh, self.tempdir])
 135         self.assertEqual(0, r)
 136         with open(os.path.join(self.tempdir, col_pdh), "r") as f:
 137             self.assertEqual(col_manifest, f.read())
 138
 139     def test_invalid_collection(self):
 140         # Asking for an invalid collection should generate an error.
 141         r = self.run_get(['this-uuid-seems-to-be-fake', self.tempdir])
 142         self.assertNotEqual(0, r)
 143
 144     def test_invalid_file_request(self):
 145         # Asking for an inexistant file within a collection should generate an error.
 146         r = self.run_get(["{}/im-not-here.txt".format(self.col_loc), self.tempdir])
 147         self.assertNotEqual(0, r)
 148
 149     def test_invalid_destination(self):
 150         # Asking to place the collection's files on a non existant directory
 151         # should generate an error.
 152         r = self.run_get([self.col_loc, "/fake/subdir/"])
 153         self.assertNotEqual(0, r)
 154
 155     def test_preexistent_destination(self):
 156         # Asking to place a file with the same path as a local one should
 157         # generate an error and avoid overwrites.
 158         with open(os.path.join(self.tempdir, "foo.txt"), "w") as f:
 159             f.write("another foo")
 160         r = self.run_get(["{}/foo.txt".format(self.col_loc), self.tempdir])
 161         self.assertNotEqual(0, r)
 162         with open(os.path.join(self.tempdir, "foo.txt"), "r") as f:
 163             self.assertEqual("another foo", f.read())
 164
 165     def test_no_progress_when_stderr_not_a_tty(self):
 166         # Create a collection with a big file (>64MB) to force the progress
 167         # to be printed
 168         c = collection.Collection()
 169         with c.open('bigfile.txt', 'wb') as f:
 170             for _ in range(65):
 171                 f.write("x" * 1024 * 1024)
 172         c.save_new()
 173         tmpdir = self.make_tmpdir()
 174         # Simulate a TTY stderr
 175         stderr = mock.MagicMock()
 176         stdout = tutil.BytesIO()
 177
 178         # Confirm that progress is written to stderr when is a tty
 179         stderr.isatty.return_value = True
 180         r = arv_get.main(['{}/bigfile.txt'.format(c.manifest_locator()),
 181                           '{}/bigfile.txt'.format(tmpdir)],
 182                          stdout, stderr)
 183         self.assertEqual(0, r)
 184         self.assertEqual(b'', stdout.getvalue())
 185         self.assertTrue(stderr.write.called)
 186
 187         # Clean up and reset stderr mock
 188         os.remove('{}/bigfile.txt'.format(tmpdir))
 189         stderr = mock.MagicMock()
 190         stdout = tutil.BytesIO()
 191
 192         # Confirm that progress is not written to stderr when isn't a tty
 193         stderr.isatty.return_value = False
 194         r = arv_get.main(['{}/bigfile.txt'.format(c.manifest_locator()),
 195                           '{}/bigfile.txt'.format(tmpdir)],
 196                          stdout, stderr)
 197         self.assertEqual(0, r)
 198         self.assertEqual(b'', stdout.getvalue())
 199         self.assertFalse(stderr.write.called)
 200
 201     request_id_regex = r'INFO: X-Request-Id: req-[a-z0-9]{20}\n'
 202
 203     def test_request_id_logging_on(self):
 204         r = self.run_get(["-v", "{}/".format(self.col_loc), self.tempdir])
 205         self.assertEqual(0, r)
 206         self.assertRegex(self.stderr.getvalue(), self.request_id_regex)
 207
 208     def test_request_id_logging_off(self):
 209         r = self.run_get(["{}/".format(self.col_loc), self.tempdir])
 210         self.assertEqual(0, r)
 211         self.assertNotRegex(self.stderr.getvalue(), self.request_id_regex)