doc/user/tutorials/tutorial-new-pipeline.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: "Writing a multi-step pipeline"
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   7 A pipeline in Arvados is a collection of crunch scripts, in which the output from one script may be used as the input to another script.
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   9 {% include 'tutorial_expectations' %}
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  12 First, use @arv create pipeline_template@ to create an empty template. This will open the template record in an interactive text editor (as specified by $EDITOR or $VISUAL, otherwise defaults to @nano@).
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  14 <notextile>
  15 <pre><code>~$ <span class="userinput">arv create pipeline_template</span>
  16 </code></pre>
  17 </notextile>
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  19 Replace the empty fields with the following content:
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  21 <notextile>{% code 'tutorial_bwa_pipeline' as javascript %}</notextile>
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  23 Your new pipeline template will appear on the Workbench "Pipeline&nbsp;templates":https://{{ site.arvados_workbench_host }}/pipeline_templates page.
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  25 For more information and examples for writing pipelines, see the "pipeline template reference":{{site.baseurl}}/api/schema/PipelineTemplate.html