tools/copy-tutorial/copy-tutorial.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -e -o pipefail
   7
   8 if test -z "$1" ; then
   9   echo "$0: Copies Arvados tutorial resources from public data cluster (jutro)"
  10   echo "Usage: copy-tutorial.sh <tutorial>"
  11   echo "<tutorial> is which tutorial to copy, one of:"
  12   echo " bwa-mem        Tutorial from https://doc.arvados.org/user/tutorials/tutorial-workflow-workbench.html"
  13   echo " whole-genome   Whole genome variant calling tutorial workflow (large)"
  14   exit
  15 fi
  16
  17 if test -z "ARVADOS_API_HOST" ; then
  18     echo "Please set ARVADOS_API_HOST to the destination cluster"
  19     exit
  20 fi
  21
  22 src=jutro
  23 tutorial=$1
  24
  25 if ! test -f $HOME/.config/arvados/jutro.conf ; then
  26     # Set it up with the anonymous user token.
  27     echo "ARVADOS_API_HOST=jutro.arvadosapi.com" > $HOME/.config/arvados/jutro.conf
  28     echo "ARVADOS_API_TOKEN=v2/jutro-gj3su-e2o9x84aeg7q005/22idg1m3zna4qe4id3n0b9aw86t72jdw8qu1zj45aboh1mm4ej" >> $HOME/.config/arvados/jutro.conf
  29     exit 1
  30 fi
  31
  32 echo
  33 echo "Copying from public data cluster (jutro) to $ARVADOS_API_HOST"
  34 echo
  35
  36 make_project() {
  37     name="$1"
  38     owner="$2"
  39     if test -z "$owner" ; then
  40         owner=$(arv --format=uuid user current)
  41     fi
  42     project_uuid=$(arv --format=uuid group list --filters '[["name", "=", "'"$name"'"], ["owner_uuid", "=", "'$owner'"]]')
  43     if test -z "$project_uuid" ; then
  44         project_uuid=$(arv --format=uuid group create --group '{"name":"'"$name"'", "group_class": "project", "owner_uuid": "'$owner'"}')
  45
  46     fi
  47     echo $project_uuid
  48 }
  49
  50 copy_jobs_image() {
  51     if ! arv-keepdocker | grep "arvados/jobs *latest" ; then
  52         arv-copy --project-uuid=$parent_project jutro-4zz18-sxmit0qs6i9n2s4
  53     fi
  54 }
  55
  56 parent_project=$(make_project "Tutorial projects")
  57 copy_jobs_image
  58
  59 if test "$tutorial" = "bwa-mem" ; then
  60     echo
  61     echo "Copying bwa mem tutorial"
  62     echo
  63
  64     arv-copy --project-uuid=$parent_project jutro-j7d0g-rehmt1w5v2p2drp
  65
  66     echo
  67     echo "Finished, data copied to \"User guide resources\" at $parent_project"
  68     echo "You can now go to Workbench and choose 'Run a process' and then select 'bwa-mem.cwl'"
  69     echo
  70 fi
  71
  72 if test "$tutorial" = "whole-genome" ; then
  73     echo
  74     echo "Copying whole genome variant calling tutorial"
  75     echo
  76
  77     arv-copy --project-uuid=$parent_project jutro-j7d0g-n2g87m02rsl4cx2
  78
  79     echo
  80     echo "Finished, data copied to \"WGS Processing Tutorial\" at $parent_project"
  81     echo "You can now go to Workbench and choose 'Run a process' and then select 'WGS Processing Tutorial'"
  82     echo
  83 fi