services/workbench2/src/lib/cwl-svg/plugins/arrange/arrange.ts

   1 import {GraphNode}                                                  from '../../graph/graph-node';
   2 import {Workflow}                                                   from '../../graph/workflow';
   3 import {SVGUtils}                                                   from '../../utils/svg-utils';
   4 import {GraphChange, SVGPlugin}                                     from '../plugin';
   5 import {
   6     StepModel,
   7     WorkflowInputParameterModel,
   8     WorkflowOutputParameterModel
   9 } from "cwlts/models";
  10
  11 export class SVGArrangePlugin implements SVGPlugin {
  12     private workflow: Workflow;
  13     private svgRoot: SVGSVGElement;
  14     private onBeforeChange: () => void;
  15     private onAfterChange: (updates: NodePositionUpdates) => void;
  16     private triggerAfterRender: () => void;
  17
  18     registerWorkflow(workflow: Workflow): void {
  19         this.workflow = workflow;
  20         this.svgRoot  = workflow.svgRoot;
  21     }
  22
  23
  24     registerOnBeforeChange(fn: (change: GraphChange) => void): void {
  25         this.onBeforeChange = () => fn({type: "arrange"});
  26     }
  27
  28     registerOnAfterChange(fn: (change: GraphChange) => void): void {
  29         this.onAfterChange = () => fn({type: "arrange"});
  30     }
  31
  32     registerOnAfterRender(fn: (change: GraphChange) => void): void {
  33         this.triggerAfterRender = () => fn({type: "arrange"});
  34     }
  35
  36     afterRender(): void {
  37         const model     = this.workflow.model;
  38         const arr = [] as Array<WorkflowInputParameterModel | WorkflowOutputParameterModel | StepModel>;
  39         const drawables = arr.concat(
  40             model.steps || [],
  41             model.inputs || [],
  42             model.outputs || []
  43         );
  44
  45         for (const node of drawables) {
  46             if (node.isVisible) {
  47                 const missingCoordinate = isNaN(parseInt(node.customProps["sbg:x"], 10));
  48                 if (missingCoordinate) {
  49                     this.arrange();
  50                     return;
  51                 }
  52             }
  53         }
  54     }
  55
  56     arrange() {
  57
  58         this.onBeforeChange();
  59
  60         // We need to reset all transformations on the workflow for now.
  61         // @TODO Make arranging work without this
  62         this.workflow.resetTransform();
  63
  64         // We need main graph and dangling nodes separately, they will be distributed differently
  65         const {mainGraph, danglingNodes} = this.makeNodeGraphs();
  66
  67         // Create an array of columns, each containing a list of NodeIOs
  68         const columns = this.distributeNodesIntoColumns(mainGraph);
  69
  70         // Get total area in which we will fit the graph, and per-column dimensions
  71         const {distributionArea, columnDimensions} = this.calculateColumnSizes(columns);
  72
  73         // This will be the vertical middle around which the graph should be centered
  74         const verticalBaseline = distributionArea.height / 2;
  75
  76         let xOffset    = 0;
  77         let maxYOffset = 0;
  78
  79         // Here we will store positions for each node that is to be updated.
  80         // This should then be emitted as an afterChange event.
  81         const nodePositionUpdates = {} as NodePositionUpdates;
  82
  83         columns.forEach((column, index) => {
  84             const colSize = columnDimensions[index];
  85             let yOffset   = verticalBaseline - (colSize.height / 2) - column[0].rect.height / 2;
  86
  87             column.forEach(node => {
  88                 yOffset += node.rect.height / 2;
  89
  90                 const matrix = SVGUtils.createMatrix().translate(xOffset, yOffset);
  91
  92                 yOffset += node.rect.height / 2;
  93
  94                 if (yOffset > maxYOffset) {
  95                     maxYOffset = yOffset;
  96                 }
  97
  98                 node.el.setAttribute("transform", SVGUtils.matrixToTransformAttr(matrix));
  99
 100                 nodePositionUpdates[node.connectionID] = {
 101                     x: matrix.e,
 102                     y: matrix.f
 103                 };
 104
 105             });
 106
 107             xOffset += colSize.width;
 108         });
 109
 110         const danglingNodeKeys = Object.keys(danglingNodes).sort((a, b) => {
 111
 112             const aIsInput  = a.startsWith("out/");
 113             const aIsOutput = a.startsWith("in/");
 114             const bIsInput  = b.startsWith("out/");
 115             const bIsOutput = b.startsWith("in/");
 116
 117             const lowerA = a.toLowerCase();
 118             const lowerB = b.toLowerCase();
 119
 120             if (aIsOutput) {
 121
 122                 if (bIsOutput) {
 123                     return lowerB.localeCompare(lowerA);
 124                 }
 125                 else {
 126                     return 1;
 127                 }
 128             } else if (aIsInput) {
 129                 if (bIsOutput) {
 130                     return -1;
 131                 }
 132                 if (bIsInput) {
 133                     return lowerB.localeCompare(lowerA);
 134                 }
 135                 else {
 136                     return 1;
 137                 }
 138             } else {
 139                 if (!bIsOutput && !bIsInput) {
 140                     return lowerB.localeCompare(lowerA);
 141                 }
 142                 else {
 143                     return -1;
 144                 }
 145             }
 146         });
 147
 148         const danglingNodeMarginOffset = 30;
 149         const danglingNodeSideLength   = GraphNode.radius * 5;
 150
 151         let maxNodeHeightInRow = 0;
 152         let row                = 0;
 153         const indexWidthMap      = new Map<number, number>();
 154         const rowMaxHeightMap    = new Map<number, number>();
 155
 156         xOffset = 0;
 157
 158         const danglingRowAreaWidth = Math.max(distributionArea.width, danglingNodeSideLength * 3);
 159         danglingNodeKeys.forEach((connectionID, index) => {
 160             const el   = danglingNodes[connectionID] as SVGGElement;
 161             const rect = el.firstElementChild!.getBoundingClientRect();
 162             indexWidthMap.set(index, rect.width);
 163
 164             if (xOffset === 0) {
 165                 xOffset -= rect.width / 2;
 166             }
 167             if (rect.height > maxNodeHeightInRow) {
 168                 maxNodeHeightInRow = rect.height;
 169             }
 170             xOffset += rect.width + danglingNodeMarginOffset + Math.max(150 - rect.width, 0);
 171
 172             if (xOffset >= danglingRowAreaWidth && index < danglingNodeKeys.length - 1) {
 173                 rowMaxHeightMap.set(row++, maxNodeHeightInRow);
 174                 maxNodeHeightInRow = 0;
 175                 xOffset            = 0;
 176             }
 177         });
 178
 179         rowMaxHeightMap.set(row, maxNodeHeightInRow);
 180         let colYOffset = maxYOffset;
 181         xOffset        = 0;
 182         row            = 0;
 183
 184         danglingNodeKeys.forEach((connectionID, index) => {
 185             const el        = danglingNodes[connectionID] as SVGGElement;
 186             const width     = indexWidthMap.get(index)!;
 187             const rowHeight = rowMaxHeightMap.get(row)!;
 188             let left        = xOffset + width / 2;
 189             const top       = colYOffset
 190                 + danglingNodeMarginOffset
 191                 + Math.ceil(rowHeight / 2)
 192                 + ((xOffset === 0 ? 0 : left) / danglingRowAreaWidth) * danglingNodeSideLength;
 193
 194             if (xOffset === 0) {
 195                 left -= width / 2;
 196                 xOffset -= width / 2;
 197             }
 198             xOffset += width + danglingNodeMarginOffset + Math.max(150 - width, 0);
 199
 200             const matrix = SVGUtils.createMatrix().translate(left, top);
 201             el.setAttribute("transform", SVGUtils.matrixToTransformAttr(matrix));
 202
 203             nodePositionUpdates[connectionID] = {x: matrix.e, y: matrix.f};
 204
 205             if (xOffset >= danglingRowAreaWidth) {
 206                 colYOffset += Math.ceil(rowHeight) + danglingNodeMarginOffset;
 207                 xOffset            = 0;
 208                 maxNodeHeightInRow = 0;
 209                 row++;
 210             }
 211         });
 212
 213         this.workflow.redrawEdges();
 214         this.workflow.fitToViewport();
 215
 216         this.onAfterChange(nodePositionUpdates);
 217         this.triggerAfterRender();
 218
 219         for (const id in nodePositionUpdates) {
 220             const pos       = nodePositionUpdates[id];
 221             const nodeModel = this.workflow.model.findById(id);
 222             if (!nodeModel.customProps) {
 223                 nodeModel.customProps = {};
 224             }
 225
 226             Object.assign(nodeModel.customProps, {
 227                 "sbg:x": pos.x,
 228                 "sbg:y": pos.y
 229             });
 230         }
 231
 232         return nodePositionUpdates;
 233     }
 234
 235     /**
 236      * Calculates column dimensions and total graph area
 237      * @param {NodeIO[][]} columns
 238      */
 239     private calculateColumnSizes(columns: NodeIO[][]): {
 240         columnDimensions: {
 241             width: number,
 242             height: number
 243         }[],
 244         distributionArea: {
 245             width: number,
 246             height: number
 247         }
 248     } {
 249         const distributionArea = {width: 0, height: 0};
 250         const columnDimensions: any[] = [];
 251
 252         for (let i = 1; i < columns.length; i++) {
 253
 254             let width  = 0;
 255             let height = 0;
 256
 257             for (let j = 0; j < columns[i].length; j++) {
 258                 const entry = columns[i][j];
 259
 260                 height += entry.rect.height;
 261
 262                 if (width < entry.rect.width) {
 263                     width = entry.rect.width;
 264                 }
 265             }
 266
 267             columnDimensions[i] = {height, width};
 268
 269             distributionArea.width += width;
 270             if (height > distributionArea.height) {
 271                 distributionArea.height = height;
 272             }
 273         }
 274
 275         return {
 276             columnDimensions,
 277             distributionArea
 278         };
 279
 280     }
 281
 282     /**
 283      * Maps node's connectionID to a 1-indexed column number
 284      */
 285     private distributeNodesIntoColumns(graph: NodeMap): Array<NodeIO[]> {
 286         const idToZoneMap   = {};
 287         const sortedNodeIDs = Object.keys(graph).sort((a, b) => b.localeCompare(a));
 288         const zones         = [] as any[];
 289
 290         for (let i = 0; i < sortedNodeIDs.length; i++) {
 291             const nodeID = sortedNodeIDs[i];
 292             const node   = graph[nodeID];
 293
 294             // For outputs and steps, we calculate the zone as a longest path you can take to them
 295             if (node.type !== "input") {
 296                 idToZoneMap[nodeID] = this.traceLongestNodePathLength(node, graph);
 297             } else {
 298                 //
 299                 // Longest trace methods would put all inputs in the first column,
 300                 // but we want it just behind the leftmost step that it is connected to
 301                 // So instead of:
 302                 //
 303                 // (input)<----------------->(step)---
 304                 // (input)<---------->(step)----------
 305                 //
 306                 // It should be:
 307                 //
 308                 // ---------------(input)<--->(step)---
 309                 // --------(input)<-->(step)-----------
 310                 //
 311
 312                 let closestNodeZone = Infinity;
 313                 for (let i = 0; i < node.outputs.length; i++) {
 314                     const successorNodeZone = idToZoneMap[node.outputs[i]];
 315
 316                     if (successorNodeZone < closestNodeZone) {
 317                         closestNodeZone = successorNodeZone;
 318                     }
 319                 }
 320                 if (closestNodeZone === Infinity) {
 321                     idToZoneMap[nodeID] = 1;
 322                 } else {
 323                     idToZoneMap[nodeID] = closestNodeZone - 1;
 324                 }
 325
 326             }
 327
 328             const zone = idToZoneMap[nodeID];
 329             zones[zone] || (zones[zone] = []);
 330
 331             zones[zone].push(graph[nodeID]);
 332         }
 333
 334         return zones;
 335
 336     }
 337
 338     /**
 339      * Finds all nodes in the graph, and indexes them by their "data-connection-id" attribute
 340      */
 341     private indexNodesByID(): { [dataConnectionID: string]: SVGGElement } {
 342         const indexed = {};
 343         const nodes   = this.svgRoot.querySelectorAll(".node");
 344
 345         for (let i = 0; i < nodes.length; i++) {
 346             indexed[nodes[i].getAttribute("data-connection-id")!] = nodes[i];
 347         }
 348
 349         return indexed;
 350     }
 351
 352     /**
 353      * Finds length of the longest possible path from the graph root to a node.
 354      * Lengths are 1-indexed. When a node has no predecessors, it will have length of 1.
 355      */
 356     private traceLongestNodePathLength(node: NodeIO, nodeGraph: any, visited = new Set<NodeIO>()): number {
 357
 358         visited.add(node);
 359
 360         if (node.inputs.length === 0) {
 361             return 1;
 362         }
 363
 364         const inputPathLengths: any[] = [];
 365
 366         for (let i = 0; i < node.inputs.length; i++) {
 367             const el = nodeGraph[node.inputs[i]];
 368
 369             if (visited.has(el)) {
 370                 continue;
 371             }
 372
 373             inputPathLengths.push(this.traceLongestNodePathLength(el, nodeGraph, visited));
 374         }
 375
 376         return Math.max(...inputPathLengths) + 1;
 377     }
 378
 379     private makeNodeGraphs(): {
 380         mainGraph: NodeMap,
 381         danglingNodes: { [nodeID: string]: SVGGElement }
 382     } {
 383
 384         // We need all nodes in order to find the dangling ones, those will be sorted separately
 385         const allNodes = this.indexNodesByID();
 386
 387         // Make a graph representation where you can trace inputs and outputs from/to connection ids
 388         const nodeGraph = {} as NodeMap;
 389
 390         // Edges are the main source of information from which we will distribute nodes
 391         const edges = this.svgRoot.querySelectorAll(".edge");
 392
 393         for (let i = 0; i < edges.length; i++) {
 394
 395             const edge = edges[i];
 396
 397             const sourceConnectionID      = edge.getAttribute("data-source-connection")!;
 398             const destinationConnectionID = edge.getAttribute("data-destination-connection")!;
 399
 400             const [sourceSide, sourceNodeID, sourcePortID]                = sourceConnectionID.split("/");
 401             const [destinationSide, destinationNodeID, destinationPortID] = destinationConnectionID.split("/");
 402
 403             // Both source and destination are considered to be steps by default
 404             let sourceType      = "step";
 405             let destinationType = "step";
 406
 407             // Ports have the same node and port ids
 408             if (sourceNodeID === sourcePortID) {
 409                 sourceType = sourceSide === "in" ? "output" : "input";
 410             }
 411
 412             if (destinationNodeID === destinationPortID) {
 413                 destinationType = destinationSide === "in" ? "output" : "input";
 414             }
 415
 416             // Initialize keys on graph if they don't exist
 417             const sourceNode      = this.svgRoot.querySelector(`.node[data-id="${sourceNodeID}"]`) as SVGGElement;
 418             const destinationNode = this.svgRoot.querySelector(`.node[data-id="${destinationNodeID}"]`) as SVGGElement;
 419
 420             const sourceNodeConnectionID      = sourceNode.getAttribute("data-connection-id")!;
 421             const destinationNodeConnectionID = destinationNode.getAttribute("data-connection-id")!;
 422
 423             // Source and destination of this edge are obviously not dangling, so we can remove them
 424             // from the set of potentially dangling nodes
 425             delete allNodes[sourceNodeConnectionID];
 426             delete allNodes[destinationNodeConnectionID];
 427
 428             // Ensure that the source node has its entry in the node graph
 429             (nodeGraph[sourceNodeID] || (nodeGraph[sourceNodeID] = {
 430                 inputs: [],
 431                 outputs: [],
 432                 type: sourceType,
 433                 connectionID: sourceNodeConnectionID,
 434                 el: sourceNode,
 435                 rect: sourceNode.getBoundingClientRect()
 436             }));
 437
 438             // Ensure that the source node has its entry in the node graph
 439             (nodeGraph[destinationNodeID] || (nodeGraph[destinationNodeID] = {
 440                 inputs: [],
 441                 outputs: [],
 442                 type: destinationType,
 443                 connectionID: destinationNodeConnectionID,
 444                 el: destinationNode,
 445                 rect: destinationNode.getBoundingClientRect()
 446             }));
 447
 448             nodeGraph[sourceNodeID].outputs.push(destinationNodeID);
 449             nodeGraph[destinationNodeID].inputs.push(sourceNodeID);
 450         }
 451
 452         return {
 453             mainGraph: nodeGraph,
 454             danglingNodes: allNodes
 455         };
 456     }
 457 }
 458
 459
 460 export type NodeIO = {
 461     inputs: string[],
 462     outputs: string[],
 463     connectionID: string,
 464     el: SVGGElement,
 465     rect: ClientRect,
 466     type: "step" | "input" | "output" | string
 467 };
 468 export type NodeMap = { [connectionID: string]: NodeIO }
 469
 470 export type NodePositionUpdates = { [connectionID: string]: { x: number, y: number } };