crunch_scripts/rtg-snp

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import os
   5 import re
   6 import sys
   7 import pyrtg
   8
   9 this_job = arvados.current_job()
  10 this_task = arvados.current_task()
  11 ref_dir = arvados.util.collection_extract(
  12     collection = this_job['script_parameters']['reference'],
  13     path = 'reference',
  14     decompress = False)
  15 input_dir = arvados.util.collection_extract(
  16     collection = this_job['script_parameters']['input'],
  17     path = 'input')
  18 bam_files = map(lambda f: os.path.join(input_dir, f),
  19                 filter(lambda f: re.search(r'^(.*/)?alignments.bam$', f),
  20                        arvados.util.listdir_recursive(input_dir)))
  21 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'out')
  22 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  23
  24 # call sequence variants
  25 pyrtg.run_rtg('snp', out_dir,
  26               ['-t', ref_dir] + bam_files)
  27
  28 # store output
  29 out = arvados.CollectionWriter()
  30 out.write_directory_tree(out_dir, max_manifest_depth=0)
  31 this_task.set_output(out.finish())