sdk/go/keepclient/collectionreader.go

   1 package keepclient
   2
   3 import (
   4         "errors"
   5         "io"
   6         "os"
   7
   8         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/manifest"
   9 )
  10
  11 // ReadCloserWithLen extends io.ReadCloser with a Len() method that
  12 // returns the total number of bytes available to read.
  13 type ReadCloserWithLen interface {
  14         io.ReadCloser
  15         Len() uint64
  16 }
  17
  18 const (
  19         // After reading a data block from Keep, cfReader slices it up
  20         // and sends the slices to a buffered channel to be consumed
  21         // by the caller via Read().
  22         //
  23         // dataSliceSize is the maximum size of the slices, and
  24         // therefore the maximum number of bytes that will be returned
  25         // by a single call to Read().
  26         dataSliceSize = 1 << 20
  27 )
  28
  29 // ErrNoManifest indicates the given collection has no manifest
  30 // information (e.g., manifest_text was excluded by a "select"
  31 // parameter when retrieving the collection record).
  32 var ErrNoManifest = errors.New("Collection has no manifest")
  33
  34 // CollectionFileReader returns a ReadCloserWithLen that reads file
  35 // content from a collection. The filename must be given relative to
  36 // the root of the collection, without a leading "./".
  37 func (kc *KeepClient) CollectionFileReader(collection map[string]interface{}, filename string) (ReadCloserWithLen, error) {
  38         mText, ok := collection["manifest_text"].(string)
  39         if !ok {
  40                 return nil, ErrNoManifest
  41         }
  42         m := manifest.Manifest{Text: mText}
  43         rdrChan := make(chan *cfReader)
  44         go kc.queueSegmentsToGet(m, filename, rdrChan)
  45         r, ok := <-rdrChan
  46         if !ok {
  47                 return nil, os.ErrNotExist
  48         }
  49         return r, nil
  50 }
  51
  52 // Send segments for the specified file to r.toGet. Send a *cfReader
  53 // to rdrChan if the specified file is found (even if it's empty).
  54 // Then, close rdrChan.
  55 func (kc *KeepClient) queueSegmentsToGet(m manifest.Manifest, filename string, rdrChan chan *cfReader) {
  56         defer close(rdrChan)
  57
  58         // q is a queue of FileSegments that we have received but
  59         // haven't yet been able to send to toGet.
  60         var q []*manifest.FileSegment
  61         var r *cfReader
  62         for seg := range m.FileSegmentIterByName(filename) {
  63                 if r == nil {
  64                         // We've just discovered that the requested
  65                         // filename does appear in the manifest, so we
  66                         // can return a real reader (not nil) from
  67                         // CollectionFileReader().
  68                         r = newCFReader(kc)
  69                         rdrChan <- r
  70                 }
  71                 q = append(q, seg)
  72                 r.totalSize += uint64(seg.Len)
  73                 // Send toGet as many segments as we can until it
  74                 // blocks.
  75         Q:
  76                 for len(q) > 0 {
  77                         select {
  78                         case r.toGet <- q[0]:
  79                                 q = q[1:]
  80                         default:
  81                                 break Q
  82                         }
  83                 }
  84         }
  85         if r == nil {
  86                 // File not found.
  87                 return
  88         }
  89         close(r.countDone)
  90         for _, seg := range q {
  91                 r.toGet <- seg
  92         }
  93         close(r.toGet)
  94 }
  95
  96 type cfReader struct {
  97         keepClient *KeepClient
  98
  99         // doGet() reads FileSegments from toGet, gets the data from
 100         // Keep, and sends byte slices to toRead to be consumed by
 101         // Read().
 102         toGet chan *manifest.FileSegment
 103
 104         // toRead is a buffered channel, sized to fit one full Keep
 105         // block. This lets us verify checksums without having a
 106         // store-and-forward delay between blocks: by the time the
 107         // caller starts receiving data from block N, cfReader is
 108         // starting to fetch block N+1. A larger buffer would be
 109         // useful for a caller whose read speed varies a lot.
 110         toRead chan []byte
 111
 112         // bytes ready to send next time someone calls Read()
 113         buf []byte
 114
 115         // Total size of the file being read. Not safe to read this
 116         // until countDone is closed.
 117         totalSize uint64
 118         countDone chan struct{}
 119
 120         // First error encountered.
 121         err error
 122
 123         // errNotNil is closed IFF err contains a non-nil error.
 124         // Receiving from it will block until an error occurs.
 125         errNotNil chan struct{}
 126
 127         // rdrClosed is closed IFF the reader's Close() method has
 128         // been called. Any goroutines associated with the reader will
 129         // stop and free up resources when they notice this channel is
 130         // closed.
 131         rdrClosed chan struct{}
 132 }
 133
 134 func (r *cfReader) Read(outbuf []byte) (int, error) {
 135         if r.Error() != nil {
 136                 // Short circuit: the caller might as well find out
 137                 // now that we hit an error, even if there's buffered
 138                 // data we could return.
 139                 return 0, r.Error()
 140         }
 141         for len(r.buf) == 0 {
 142                 // Private buffer was emptied out by the last Read()
 143                 // (or this is the first Read() and r.buf is nil).
 144                 // Read from r.toRead until we get a non-empty slice
 145                 // or hit an error.
 146                 var ok bool
 147                 r.buf, ok = <-r.toRead
 148                 if r.Error() != nil {
 149                         // Error encountered while waiting for bytes
 150                         return 0, r.Error()
 151                 } else if !ok {
 152                         // No more bytes to read, no error encountered
 153                         return 0, io.EOF
 154                 }
 155         }
 156         // Copy as much as possible from our private buffer to the
 157         // caller's buffer
 158         n := len(r.buf)
 159         if len(r.buf) > len(outbuf) {
 160                 n = len(outbuf)
 161         }
 162         copy(outbuf[:n], r.buf[:n])
 163
 164         // Next call to Read() will continue where we left off
 165         r.buf = r.buf[n:]
 166
 167         return n, nil
 168 }
 169
 170 // Close releases resources. It returns a non-nil error if an error
 171 // was encountered by the reader.
 172 func (r *cfReader) Close() error {
 173         close(r.rdrClosed)
 174         return r.Error()
 175 }
 176
 177 // Error returns an error if one has been encountered, otherwise
 178 // nil. It is safe to call from any goroutine.
 179 func (r *cfReader) Error() error {
 180         select {
 181         case <-r.errNotNil:
 182                 return r.err
 183         default:
 184                 return nil
 185         }
 186 }
 187
 188 // Len returns the total number of bytes in the file being read. If
 189 // necessary, it waits for manifest parsing to finish.
 190 func (r *cfReader) Len() uint64 {
 191         // Wait for all segments to be counted
 192         <-r.countDone
 193         return r.totalSize
 194 }
 195
 196 func (r *cfReader) doGet() {
 197         defer close(r.toRead)
 198 GET:
 199         for fs := range r.toGet {
 200                 rdr, _, _, err := r.keepClient.Get(fs.Locator)
 201                 if err != nil {
 202                         r.err = err
 203                         close(r.errNotNil)
 204                         return
 205                 }
 206                 var buf = make([]byte, fs.Offset+fs.Len)
 207                 _, err = io.ReadFull(rdr, buf)
 208                 if err != nil {
 209                         r.err = err
 210                         close(r.errNotNil)
 211                         return
 212                 }
 213                 for bOff, bLen := fs.Offset, dataSliceSize; bOff < fs.Offset+fs.Len && bLen > 0; bOff += bLen {
 214                         if bOff+bLen > fs.Offset+fs.Len {
 215                                 bLen = fs.Offset + fs.Len - bOff
 216                         }
 217                         select {
 218                         case r.toRead <- buf[bOff : bOff+bLen]:
 219                         case <-r.rdrClosed:
 220                                 // Reader is closed: no point sending
 221                                 // anything more to toRead.
 222                                 break GET
 223                         }
 224                 }
 225                 // It is possible that r.rdrClosed is closed but we
 226                 // never noticed because r.toRead was also ready in
 227                 // every select{} above. Here we check before wasting
 228                 // a keepclient.Get() call.
 229                 select {
 230                 case <-r.rdrClosed:
 231                         break GET
 232                 default:
 233                 }
 234         }
 235         // In case we exited the above loop early: before returning,
 236         // drain the toGet channel so its sender doesn't sit around
 237         // blocking forever.
 238         for _ = range r.toGet {
 239         }
 240 }
 241
 242 func newCFReader(kc *KeepClient) (r *cfReader) {
 243         r = new(cfReader)
 244         r.keepClient = kc
 245         r.rdrClosed = make(chan struct{})
 246         r.errNotNil = make(chan struct{})
 247         r.toGet = make(chan *manifest.FileSegment, 2)
 248         r.toRead = make(chan []byte, (BLOCKSIZE+dataSliceSize-1)/dataSliceSize)
 249         r.countDone = make(chan struct{})
 250         go r.doGet()
 251         return
 252 }