sdk/cli/bin/arv-run-pipeline-instance

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # == Synopsis
   4 #
   5 #  arv-run-pipeline-instance --template pipeline-template-uuid [options] [--] [parameters]
   6 #  arv-run-pipeline-instance --instance pipeline-instance-uuid [options]
   7 #
   8 # Satisfy a pipeline template by finding or submitting a mapreduce job
   9 # for each pipeline component.
  10 #
  11 # == Options
  12 #
  13 # [--template uuid] Use the specified pipeline template.
  14 #
  15 # [--template path] Load the pipeline template from the specified
  16 #                   local file.
  17 #
  18 # [--instance uuid] Use the specified pipeline instance.
  19 #
  20 # [-n, --dry-run] Do not start any new jobs or wait for existing jobs
  21 #                 to finish. Just find out whether jobs are finished,
  22 #                 queued, or running for each component
  23 #
  24 # [--submit] Do not try to satisfy any components. Just
  25 #                          create an instance, print its UUID to
  26 #                          stdout, and exit.
  27 #
  28 # [--no-wait] Make only as much progress as possible without entering
  29 #             a sleep/poll loop.
  30 #
  31 # [--no-reuse] Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline
  32 #              components. Submit a new job for every component.
  33 #
  34 # [--debug] Print extra debugging information on stderr.
  35 #
  36 # [--debug-level N] Increase amount of debugging information. Default
  37 #                   1, possible range 0..3.
  38 #
  39 # [--status-text path] Print plain text status report to a file or
  40 #                      fifo. Default: /dev/stdout
  41 #
  42 # [--status-json path] Print JSON status report to a file or
  43 #                      fifo. Default: /dev/null
  44 #
  45 # == Parameters
  46 #
  47 # [param_name=param_value]
  48 #
  49 # [param_name param_value] Set (or override) the default value for
  50 #                          every parameter with the given name.
  51 #
  52 # [component_name::param_name=param_value]
  53 # [component_name::param_name param_value]
  54 # [--component_name::param_name=param_value]
  55 # [--component_name::param_name param_value] Set the value of a
  56 #                                            parameter for a single
  57 #                                            component.
  58 #
  59 class WhRunPipelineInstance
  60 end
  61
  62 $application_version = 1.0
  63
  64 if RUBY_VERSION < '1.9.3' then
  65   abort <<-EOS
  66 #{$0.gsub(/^\.\//,'')} requires Ruby version 1.9.3 or higher.
  67   EOS
  68 end
  69
  70 $arvados_api_version = ENV['ARVADOS_API_VERSION'] || 'v1'
  71 $arvados_api_host = ENV['ARVADOS_API_HOST'] or
  72   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_HOST environment variable not set."
  73 $arvados_api_token = ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] or
  74   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_TOKEN environment variable not set."
  75
  76 begin
  77   require 'arvados'
  78   require 'rubygems'
  79   require 'json'
  80   require 'pp'
  81   require 'trollop'
  82   require 'google/api_client'
  83 rescue LoadError => l
  84   puts $:
  85   abort <<-EOS
  86 #{$0}: fatal: #{l.message}
  87 Some runtime dependencies may be missing.
  88 Try: gem install arvados pp google-api-client json trollop
  89   EOS
  90 end
  91
  92 def debuglog(message, verbosity=1)
  93   $stderr.puts "#{File.split($0).last} #{$$}: #{message}" if $debuglevel >= verbosity
  94 end
  95
  96 module Kernel
  97   def suppress_warnings
  98     original_verbosity = $VERBOSE
  99     $VERBOSE = nil
 100     result = yield
 101     $VERBOSE = original_verbosity
 102     return result
 103   end
 104 end
 105
 106 if $arvados_api_host.match /local/
 107   # You probably don't care about SSL certificate checks if you're
 108   # testing with a dev server.
 109   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 110 end
 111
 112 class Google::APIClient
 113   def discovery_document(api, version)
 114     api = api.to_s
 115     return @discovery_documents["#{api}:#{version}"] ||=
 116       begin
 117         response = self.execute!(
 118                                  :http_method => :get,
 119                                  :uri => self.discovery_uri(api, version),
 120                                  :authenticated => false
 121                                  )
 122         response.body.class == String ? JSON.parse(response.body) : response.body
 123       end
 124   end
 125 end
 126
 127
 128 # Parse command line options (the kind that control the behavior of
 129 # this program, that is, not the pipeline component parameters).
 130
 131 p = Trollop::Parser.new do
 132   version __FILE__
 133   opt(:dry_run,
 134       "Do not start any new jobs or wait for existing jobs to finish. Just find out whether jobs are finished, queued, or running for each component.",
 135       :type => :boolean,
 136       :short => :n)
 137   opt(:status_text,
 138       "Store plain text status in given file.",
 139       :short => :none,
 140       :type => :string,
 141       :default => '/dev/stdout')
 142   opt(:status_json,
 143       "Store json-formatted pipeline in given file.",
 144       :short => :none,
 145       :type => :string,
 146       :default => '/dev/null')
 147   opt(:no_wait,
 148       "Do not wait for jobs to finish. Just look up status, submit new jobs if needed, and exit.",
 149       :short => :none,
 150       :type => :boolean)
 151   opt(:no_reuse,
 152       "Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline components. Submit a new job for every component.",
 153       :short => :none,
 154       :type => :boolean)
 155   opt(:debug,
 156       "Print extra debugging information on stderr.",
 157       :type => :boolean)
 158   opt(:debug_level,
 159       "Set debug verbosity level.",
 160       :short => :none,
 161       :type => :integer)
 162   opt(:template,
 163       "UUID of pipeline template, or path to local pipeline template file.",
 164       :short => :none,
 165       :type => :string)
 166   opt(:instance,
 167       "UUID of pipeline instance.",
 168       :short => :none,
 169       :type => :string)
 170   opt(:submit,
 171       "Do not try to satisfy any components. Just create a pipeline instance and output its UUID.",
 172       :short => :none,
 173       :type => :boolean)
 174   opt(:run_here,
 175       "Manage the pipeline in process.",
 176       :short => :none,
 177       :type => :boolean)
 178   stop_on [:'--']
 179 end
 180 $options = Trollop::with_standard_exception_handling p do
 181   p.parse ARGV
 182 end
 183 $debuglevel = $options[:debug_level] || ($options[:debug] && 1) || 0
 184
 185 if $options[:instance]
 186   if $options[:template] or $options[:submit]
 187     abort "#{$0}: syntax error: --instance cannot be combined with --template or --submit."
 188   end
 189 elsif not $options[:template]
 190   abort "#{$0}: syntax error: you must supply a --template or --instance."
 191 end
 192
 193 if $options[:run_here] == $options[:submit]
 194   abort "#{$0}: syntax error: you must supply either --run-here or --submit."
 195 end
 196
 197 # Suppress SSL certificate checks if ARVADOS_API_HOST_INSECURE
 198
 199 module Kernel
 200   def suppress_warnings
 201     original_verbosity = $VERBOSE
 202     $VERBOSE = nil
 203     result = yield
 204     $VERBOSE = original_verbosity
 205     return result
 206   end
 207 end
 208
 209 if ENV['ARVADOS_API_HOST_INSECURE']
 210   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 211 end
 212
 213 # Set up the API client.
 214
 215 $client ||= Google::APIClient.
 216   new(:host => $arvados_api_host,
 217       :application_name => File.split($0).last,
 218       :application_version => $application_version.to_s)
 219 $arvados = $client.discovered_api('arvados', $arvados_api_version)
 220 $arv = Arvados.new api_version: 'v1'
 221
 222
 223 class PipelineInstance
 224   def self.find(uuid)
 225     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.get,
 226                              :parameters => {
 227                                :uuid => uuid
 228                              },
 229                              :authenticated => false,
 230                              :headers => {
 231                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 232                              })
 233     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 234     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 235       debuglog "Failed to get pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 236       nil
 237     else
 238       debuglog "Retrieved pipeline_instance #{j[:uuid]}"
 239       self.new(j)
 240     end
 241   end
 242   def self.create(attributes)
 243     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.create,
 244                              :body => {
 245                                :pipeline_instance => attributes
 246                              },
 247                              :authenticated => false,
 248                              :headers => {
 249                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 250                              })
 251     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 252     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 253       abort "Failed to create pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil} #{j.inspect}"
 254     end
 255     debuglog "Created pipeline instance: #{j[:uuid]}"
 256     self.new(j)
 257   end
 258   def save
 259     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.update,
 260                              :parameters => {
 261                                :uuid => @pi[:uuid]
 262                              },
 263                              :body => {
 264                                :pipeline_instance => @attributes_to_update.to_json
 265                              },
 266                              :authenticated => false,
 267                              :headers => {
 268                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 269                              })
 270     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 271     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 272       debuglog "Failed to save pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 273       nil
 274     else
 275       @attributes_to_update = {}
 276       @pi = j
 277     end
 278   end
 279   def []=(x,y)
 280     @attributes_to_update[x] = y
 281     @pi[x] = y
 282   end
 283   def [](x)
 284     @pi[x]
 285   end
 286   protected
 287   def initialize(j)
 288     @attributes_to_update = {}
 289     @pi = j
 290   end
 291 end
 292
 293 class JobCache
 294   def self.get(uuid)
 295     @cache ||= {}
 296     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.get,
 297                              :parameters => {
 298                                :uuid => uuid
 299                              },
 300                              :authenticated => false,
 301                              :headers => {
 302                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 303                              })
 304     @cache[uuid] = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 305   end
 306   def self.where(conditions)
 307     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.list,
 308                              :parameters => {
 309                                :limit => 10000,
 310                                :where => conditions.to_json
 311                              },
 312                              :authenticated => false,
 313                              :headers => {
 314                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 315                              })
 316     list = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 317     if list and list[:items].is_a? Array
 318       list[:items]
 319     else
 320       []
 321     end
 322   end
 323   def self.create(job, create_params)
 324     @cache ||= {}
 325     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.create,
 326                              :body => {
 327                                :job => job.to_json
 328                              }.merge(create_params),
 329                              :authenticated => false,
 330                              :headers => {
 331                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 332                              })
 333     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 334     if j.is_a? Hash and j[:uuid]
 335       @cache[j[:uuid]] = j
 336     else
 337       debuglog "create job: #{j[:errors] rescue nil} with attributes #{job}", 0
 338       nil
 339     end
 340   end
 341 end
 342
 343 class WhRunPipelineInstance
 344   attr_reader :instance
 345
 346   def initialize(_options)
 347     @options = _options
 348   end
 349
 350   def fetch_template(template)
 351     if template.match /[^-0-9a-z]/
 352       # Doesn't look like a uuid -- use it as a filename.
 353       @template = JSON.parse File.read(template), :symbolize_names => true
 354       if !@template[:components]
 355         abort ("#{$0}: Template loaded from #{template} " +
 356                "does not have a \"components\" key")
 357       end
 358     else
 359       result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_templates.get,
 360                                :parameters => {
 361                                  :uuid => template
 362                                },
 363                                :authenticated => false,
 364                                :headers => {
 365                                  authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 366                                })
 367       @template = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 368       if !@template[:uuid]
 369         abort "#{$0}: fatal: failed to retrieve pipeline template #{template} #{@template[:errors].inspect rescue nil}"
 370       end
 371     end
 372     self
 373   end
 374
 375   def fetch_instance(instance_uuid)
 376     @instance = PipelineInstance.find(instance_uuid)
 377     @template = @instance
 378     self
 379   end
 380
 381   def apply_parameters(params_args)
 382     params_args.shift if params_args[0] == '--'
 383     params = {}
 384     while !params_args.empty?
 385       if (re = params_args[0].match /^(--)?([^-].*?)=(.+)/)
 386         params[re[2]] = re[3]
 387         params_args.shift
 388       elsif params_args.size > 1
 389         param = params_args.shift.sub /^--/, ''
 390         params[param] = params_args.shift
 391       else
 392         abort "Syntax error: I do not know what to do with arg \"#{params_args[0]}\""
 393       end
 394     end
 395
 396     @components = @template[:components].dup
 397
 398     errors = []
 399     @components.each do |componentname, component|
 400       component[:script_parameters].each do |parametername, parameter|
 401         parameter = { :value => parameter } unless parameter.is_a? Hash
 402         value =
 403           (params["#{componentname}::#{parametername}"] ||
 404            parameter[:value] ||
 405            (parameter[:output_of].nil? &&
 406             (params[parametername.to_s] ||
 407              parameter[:default])) ||
 408            nil)
 409         if value.nil? and
 410             ![false,'false',0,'0'].index parameter[:required]
 411           if parameter[:output_of]
 412             next
 413           end
 414           errors << [componentname, parametername, "required parameter is missing"]
 415         end
 416         debuglog "parameter #{componentname}::#{parametername} == #{value}"
 417         component[:script_parameters][parametername] = value
 418       end
 419     end
 420     if !errors.empty?
 421       abort "Errors:\n#{errors.collect { |c,p,e| "#{c}::#{p} - #{e}\n" }.join ""}"
 422     end
 423     debuglog "options=" + @options.pretty_inspect
 424     self
 425   end
 426
 427   def setup_instance
 428     if $options[:submit]
 429       @instance ||= PipelineInstance.
 430         create(:components => @components,
 431               :pipeline_template_uuid => @template[:uuid],
 432               :state => 'New')
 433     else
 434       @instance ||= PipelineInstance.
 435         create(:components => @components,
 436              :pipeline_template_uuid => @template[:uuid],
 437              :state => 'RunningOnClient')
 438     end
 439     self
 440   end
 441
 442   def run
 443     moretodo = true
 444     interrupted = false
 445
 446     # check if the pipeline os owned by a group
 447     owner_uuid = nil
 448     group_result = $client.execute(:api_method => $arvados.groups.get,
 449                                :parameters => {
 450                                  :uuid => @instance[:owner_uuid]
 451                                },
 452                                :authenticated => false,
 453                                :headers => {
 454                                  authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 455                                })
 456     group = JSON.parse group_result.body, :symbolize_names => true
 457     if group[:uuid]
 458       owner_uuid = group[:uuid]
 459     end
 460
 461     while moretodo
 462       moretodo = false
 463       @components.each do |cname, c|
 464         job = nil
 465         # Is the job satisfying this component already known to be
 466         # finished? (Already meaning "before we query API server about
 467         # the job's current state")
 468         c_already_finished = (c[:job] &&
 469                               c[:job][:uuid] &&
 470                               !c[:job][:success].nil?)
 471         if !c[:job] and
 472             c[:script_parameters].select { |pname, p| p.is_a? Hash and p[:output_of]}.empty?
 473           # No job yet associated with this component and is component inputs
 474           # are fully specified (any output_of script_parameters are resolved
 475           # to real value)
 476           job = JobCache.create({
 477             :script => c[:script],
 478             :script_parameters => c[:script_parameters],
 479             :script_version => c[:script_version],
 480             :repository => c[:repository],
 481             :nondeterministic => c[:nondeterministic],
 482             :output_is_persistent => c[:output_is_persistent] || false,
 483             :owner_uuid => owner_uuid,
 484             # TODO: Delete the following three attributes when
 485             # supporting pre-20140418 API servers is no longer
 486             # important. New API servers take these as flags that
 487             # control behavior of create, rather than job attributes.
 488             :minimum_script_version => c[:minimum_script_version],
 489             :exclude_script_versions => c[:exclude_minimum_script_versions],
 490             :no_reuse => @options[:no_reuse] || c[:nondeterministic],
 491           }, {
 492             # This is the right place to put these attributes when
 493             # dealing with new API servers.
 494             :minimum_script_version => c[:minimum_script_version],
 495             :exclude_script_versions => c[:exclude_minimum_script_versions],
 496             :find_or_create => !(@options[:no_reuse] || c[:nondeterministic]),
 497           })
 498           if job
 499             debuglog "component #{cname} new job #{job[:uuid]}"
 500             c[:job] = job
 501           else
 502             debuglog "component #{cname} new job failed"
 503           end
 504         end
 505
 506         if c[:job] and c[:job][:uuid]
 507           if (c[:job][:running] or
 508               not (c[:job][:finished_at] or c[:job][:cancelled_at]))
 509             # Job is running so update copy of job record
 510             c[:job] = JobCache.get(c[:job][:uuid])
 511           end
 512
 513           if c[:job][:success]
 514             # Populate script_parameters of other components waiting for
 515             # this job
 516             @components.each do |c2name, c2|
 517               c2[:script_parameters].each do |pname, p|
 518                 if p.is_a? Hash and p[:output_of] == cname.to_s
 519                   debuglog "parameter #{c2name}::#{pname} == #{c[:job][:output]}"
 520                   c2[:script_parameters][pname] = c[:job][:output]
 521                   moretodo = true
 522                 end
 523               end
 524             end
 525             unless c_already_finished
 526               # This is my first time discovering that the job
 527               # succeeded. (At the top of this loop, I was still
 528               # waiting for it to finish.)
 529               if c[:output_is_persistent]
 530                 # I need to make sure a resources/wants link is in
 531                 # place to protect the output from garbage
 532                 # collection. (Normally Crunch does this for me, but
 533                 # here I might be reusing the output of someone else's
 534                 # job and I need to make sure it's understood that the
 535                 # output is valuable to me, too.)
 536                 wanted = c[:job][:output]
 537                 debuglog "checking for existing persistence link for #{wanted}"
 538                 @my_user_uuid ||= $arv.user.current[:uuid]
 539                 links = $arv.link.list(limit: 1,
 540                                        filters:
 541                                        [%w(link_class = resources),
 542                                         %w(name = wants),
 543                                         %w(tail_uuid =) + [@my_user_uuid],
 544                                         %w(head_uuid =) + [wanted]
 545                                        ])[:items]
 546                 if links.any?
 547                   debuglog "link already exists, uuid #{links.first[:uuid]}"
 548                 else
 549                   newlink = $arv.link.create link: \
 550                   {
 551                     link_class: 'resources',
 552                     name: 'wants',
 553                     tail_kind: 'arvados#user',
 554                     tail_uuid: @my_user_uuid,
 555                     head_kind: 'arvados#collection',
 556                     head_uuid: wanted,
 557                     owner_uuid: owner_uuid
 558                   }
 559                   debuglog "added link, uuid #{newlink[:uuid]}"
 560                 end
 561               end
 562             end
 563           elsif c[:job][:running] ||
 564               (!c[:job][:started_at] && !c[:job][:cancelled_at])
 565             # Job is still running
 566             moretodo = true
 567           elsif c[:job][:cancelled_at]
 568             debuglog "component #{cname} job #{c[:job][:uuid]} cancelled."
 569           end
 570         end
 571       end
 572       @instance[:components] = @components
 573       report_status
 574
 575       if @options[:no_wait]
 576         moretodo = false
 577       end
 578
 579       if moretodo
 580         begin
 581           sleep 10
 582         rescue Interrupt
 583           debuglog "interrupt", 0
 584           interrupted = true
 585           break
 586         end
 587       end
 588     end
 589
 590     ended = 0
 591     succeeded = 0
 592     failed = 0
 593     @components.each do |cname, c|
 594       if c[:job]
 595         if c[:job][:finished_at]
 596           ended += 1
 597           if c[:job][:success] == true
 598             succeeded += 1
 599           elsif c[:job][:success] == false
 600             failed += 1
 601           end
 602         end
 603       end
 604     end
 605
 606     success = (succeeded == @components.length)
 607
 608     if interrupted
 609      if success
 610         @instance[:state] = 'Complete'
 611      else
 612         @instance[:state] = 'Paused'
 613       end
 614     else
 615       if ended == @components.length or failed > 0
 616         @instance[:state] = success ? 'Complete' : 'Failed'
 617       end
 618     end
 619
 620     # set components_summary
 621     components_summary = {"todo" => @components.length - ended, "done" => succeeded, "failed" => failed}
 622     @instance[:components_summary] = components_summary
 623
 624     @instance.save
 625   end
 626
 627   def cleanup
 628     if @instance and @instance[:state] == 'RunningOnClient'
 629       @instance[:state] = 'Paused'
 630       @instance.save
 631     end
 632   end
 633
 634   def uuid
 635     @instance[:uuid]
 636   end
 637
 638   protected
 639
 640   def report_status
 641     @instance.save
 642
 643     if @options[:status_json] != '/dev/null'
 644       File.open(@options[:status_json], 'w') do |f|
 645         f.puts @components.pretty_inspect
 646       end
 647     end
 648
 649     if @options[:status_text] != '/dev/null'
 650       File.open(@options[:status_text], 'w') do |f|
 651         f.puts ""
 652         f.puts "#{Time.now} -- pipeline_instance #{@instance[:uuid]}"
 653         namewidth = @components.collect { |cname, c| cname.size }.max
 654         @components.each do |cname, c|
 655           jstatus = if !c[:job]
 656                       "-"
 657                     elsif c[:job][:running]
 658                       "#{c[:job][:tasks_summary].inspect}"
 659                     elsif c[:job][:success]
 660                       c[:job][:output]
 661                     elsif c[:job][:cancelled_at]
 662                       "cancelled #{c[:job][:cancelled_at]}"
 663                     elsif c[:job][:finished_at]
 664                       "failed #{c[:job][:finished_at]}"
 665                     elsif c[:job][:started_at]
 666                       "started #{c[:job][:started_at]}"
 667                     else
 668                       "queued #{c[:job][:created_at]}"
 669                     end
 670           f.puts "#{cname.to_s.ljust namewidth} #{c[:job] ? c[:job][:uuid] : '-'.ljust(27)} #{jstatus}"
 671         end
 672       end
 673     end
 674   end
 675 end
 676
 677 runner = WhRunPipelineInstance.new($options)
 678 begin
 679   if $options[:template]
 680     runner.fetch_template($options[:template])
 681   else
 682     runner.fetch_instance($options[:instance])
 683   end
 684   runner.apply_parameters(p.leftovers)
 685   runner.setup_instance
 686   if $options[:submit]
 687     runner.instance.save
 688     puts runner.instance[:uuid]
 689   else
 690     runner.run
 691   end
 692 rescue Exception => e
 693   runner.cleanup
 694   raise e
 695 end