apps/workbench/app/models/arvados_base.rb

   1 class ArvadosBase < ActiveRecord::Base
   2   self.abstract_class = true
   3   attr_accessor :attribute_sortkey
   4   attr_accessor :create_params
   5
   6   def self.arvados_api_client
   7     ArvadosApiClient.new_or_current
   8   end
   9
  10   def arvados_api_client
  11     ArvadosApiClient.new_or_current
  12   end
  13
  14   def self.uuid_infix_object_kind
  15     @@uuid_infix_object_kind ||=
  16       begin
  17         infix_kind = {}
  18         arvados_api_client.discovery[:schemas].each do |name, schema|
  19           if schema[:uuidPrefix]
  20             infix_kind[schema[:uuidPrefix]] =
  21               'arvados#' + name.to_s.camelcase(:lower)
  22           end
  23         end
  24
  25         # Recognize obsolete types.
  26         infix_kind.
  27           merge('mxsvm' => 'arvados#pipelineTemplate', # Pipeline
  28                 'uo14g' => 'arvados#pipelineInstance', # PipelineInvocation
  29                 'ldvyl' => 'arvados#group') # Project
  30       end
  31   end
  32
  33   def initialize raw_params={}, create_params={}
  34     super self.class.permit_attribute_params(raw_params)
  35     @create_params = create_params
  36     @attribute_sortkey ||= {
  37       'id' => nil,
  38       'name' => '000',
  39       'owner_uuid' => '002',
  40       'event_type' => '100',
  41       'link_class' => '100',
  42       'group_class' => '100',
  43       'tail_uuid' => '101',
  44       'head_uuid' => '102',
  45       'object_uuid' => '102',
  46       'summary' => '104',
  47       'description' => '104',
  48       'properties' => '150',
  49       'info' => '150',
  50       'created_at' => '200',
  51       'modified_at' => '201',
  52       'modified_by_user_uuid' => '202',
  53       'modified_by_client_uuid' => '203',
  54       'uuid' => '999',
  55     }
  56   end
  57
  58   def self.columns
  59     return @columns if @columns.andand.any?
  60     @columns = []
  61     @attribute_info ||= {}
  62     schema = arvados_api_client.discovery[:schemas][self.to_s.to_sym]
  63     return @columns if schema.nil?
  64     schema[:properties].each do |k, coldef|
  65       case k
  66       when :etag, :kind
  67         attr_reader k
  68       else
  69         if coldef[:type] == coldef[:type].downcase
  70           # boolean, integer, etc.
  71           @columns << column(k, coldef[:type].to_sym)
  72         else
  73           # Hash, Array
  74           @columns << column(k, :text)
  75           serialize k, coldef[:type].constantize
  76         end
  77         @attribute_info[k] = coldef
  78       end
  79     end
  80     @columns
  81   end
  82
  83   def self.column(name, sql_type = nil, default = nil, null = true)
  84     ActiveRecord::ConnectionAdapters::Column.new(name.to_s, default, sql_type.to_s, null)
  85   end
  86
  87   def self.attribute_info
  88     self.columns
  89     @attribute_info
  90   end
  91
  92   def self.find(uuid, opts={})
  93     if uuid.class != String or uuid.length < 27 then
  94       raise 'argument to find() must be a uuid string. Acceptable formats: warehouse locator or string with format xxxxx-xxxxx-xxxxxxxxxxxxxxx'
  95     end
  96
  97     if self == ArvadosBase
  98       # Determine type from uuid and defer to the appropriate subclass.
  99       return resource_class_for_uuid(uuid).find(uuid, opts)
 100     end
 101
 102     # Only do one lookup on the API side per {class, uuid, workbench
 103     # request} unless {cache: false} is given via opts.
 104     cache_key = "request_#{Thread.current.object_id}_#{self.to_s}_#{uuid}"
 105     if opts[:cache] == false
 106       Rails.cache.write cache_key, arvados_api_client.api(self, '/' + uuid)
 107     end
 108     hash = Rails.cache.fetch cache_key do
 109       arvados_api_client.api(self, '/' + uuid)
 110     end
 111     new.private_reload(hash)
 112   end
 113
 114   def self.find?(*args)
 115     find(*args) rescue nil
 116   end
 117
 118   def self.order(*args)
 119     ArvadosResourceList.new(self).order(*args)
 120   end
 121
 122   def self.filter(*args)
 123     ArvadosResourceList.new(self).filter(*args)
 124   end
 125
 126   def self.where(*args)
 127     ArvadosResourceList.new(self).where(*args)
 128   end
 129
 130   def self.limit(*args)
 131     ArvadosResourceList.new(self).limit(*args)
 132   end
 133
 134   def self.select(*args)
 135     ArvadosResourceList.new(self).select(*args)
 136   end
 137
 138   def self.eager(*args)
 139     ArvadosResourceList.new(self).eager(*args)
 140   end
 141
 142   def self.all(*args)
 143     ArvadosResourceList.new(self).all(*args)
 144   end
 145
 146   def self.permit_attribute_params raw_params
 147     # strong_parameters does not provide security in Workbench: anyone
 148     # who can get this far can just as well do a call directly to our
 149     # database (Arvados) with the same credentials we use.
 150     #
 151     # The following permit! is necessary even with
 152     # "ActionController::Parameters.permit_all_parameters = true",
 153     # because permit_all does not permit nested attributes.
 154     ActionController::Parameters.new(raw_params).permit!
 155   end
 156
 157   def self.create raw_params={}, create_params={}
 158     x = super(permit_attribute_params(raw_params))
 159     x.create_params = create_params
 160     x
 161   end
 162
 163   def update_attributes raw_params={}
 164     super(self.class.permit_attribute_params(raw_params))
 165   end
 166
 167   def save
 168     obdata = {}
 169     self.class.columns.each do |col|
 170       unless self.send(col.name.to_sym).nil? and !self.changed.include?(col.name)
 171           obdata[col.name.to_sym] = self.send(col.name.to_sym)
 172       end
 173     end
 174     obdata.delete :id
 175     postdata = { self.class.to_s.underscore => obdata }
 176     if etag
 177       postdata['_method'] = 'PUT'
 178       obdata.delete :uuid
 179       resp = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid, postdata)
 180     else
 181       postdata.merge!(@create_params) if @create_params
 182       resp = arvados_api_client.api(self.class, '', postdata)
 183     end
 184     return false if !resp[:etag] || !resp[:uuid]
 185
 186     # set read-only non-database attributes
 187     @etag = resp[:etag]
 188     @kind = resp[:kind]
 189
 190     # attributes can be modified during "save" -- we should update our copies
 191     resp.keys.each do |attr|
 192       if self.respond_to? "#{attr}=".to_sym
 193         self.send(attr.to_s + '=', resp[attr.to_sym])
 194       end
 195     end
 196
 197     @new_record = false
 198
 199     self
 200   end
 201
 202   def save!
 203     self.save or raise Exception.new("Save failed")
 204   end
 205
 206   def destroy
 207     if etag || uuid
 208       postdata = { '_method' => 'DELETE' }
 209       resp = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid, postdata)
 210       resp[:etag] && resp[:uuid] && resp
 211     else
 212       true
 213     end
 214   end
 215
 216   def links(*args)
 217     o = {}
 218     o.merge!(args.pop) if args[-1].is_a? Hash
 219     o[:link_class] ||= args.shift
 220     o[:name] ||= args.shift
 221     o[:tail_uuid] = self.uuid
 222     if all_links
 223       return all_links.select do |m|
 224         ok = true
 225         o.each do |k,v|
 226           if !v.nil?
 227             test_v = m.send(k)
 228             if (v.respond_to?(:uuid) ? v.uuid : v.to_s) != (test_v.respond_to?(:uuid) ? test_v.uuid : test_v.to_s)
 229               ok = false
 230             end
 231           end
 232         end
 233         ok
 234       end
 235     end
 236     @links = arvados_api_client.api Link, '', { _method: 'GET', where: o, eager: true }
 237     @links = arvados_api_client.unpack_api_response(@links)
 238   end
 239
 240   def all_links
 241     return @all_links if @all_links
 242     res = arvados_api_client.api Link, '', {
 243       _method: 'GET',
 244       where: {
 245         tail_kind: self.kind,
 246         tail_uuid: self.uuid
 247       },
 248       eager: true
 249     }
 250     @all_links = arvados_api_client.unpack_api_response(res)
 251   end
 252
 253   def reload
 254     private_reload(self.uuid)
 255   end
 256
 257   def private_reload(uuid_or_hash)
 258     raise "No such object" if !uuid_or_hash
 259     if uuid_or_hash.is_a? Hash
 260       hash = uuid_or_hash
 261     else
 262       hash = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid_or_hash)
 263     end
 264     hash.each do |k,v|
 265       if self.respond_to?(k.to_s + '=')
 266         self.send(k.to_s + '=', v)
 267       else
 268         # When ArvadosApiClient#schema starts telling us what to expect
 269         # in API responses (not just the server side database
 270         # columns), this sort of awfulness can be avoided:
 271         self.instance_variable_set('@' + k.to_s, v)
 272         if !self.respond_to? k
 273           singleton = class << self; self end
 274           singleton.send :define_method, k, lambda { instance_variable_get('@' + k.to_s) }
 275         end
 276       end
 277     end
 278     @all_links = nil
 279     @new_record = false
 280     self
 281   end
 282
 283   def to_param
 284     uuid
 285   end
 286
 287   def initialize_copy orig
 288     super
 289     forget_uuid!
 290   end
 291
 292   def attributes_for_display
 293     self.attributes.reject { |k,v|
 294       attribute_sortkey.has_key?(k) and !attribute_sortkey[k]
 295     }.sort_by { |k,v|
 296       attribute_sortkey[k] or k
 297     }
 298   end
 299
 300   def class_for_display
 301     self.class.to_s.underscore.humanize
 302   end
 303
 304   def self.class_for_display
 305     self.to_s.underscore.humanize
 306   end
 307
 308   # Array of strings that are names of attributes that should be rendered as textile.
 309   def textile_attributes
 310     []
 311   end
 312
 313   def self.creatable?
 314     current_user
 315   end
 316
 317   def self.goes_in_projects?
 318     false
 319   end
 320
 321   # can this class of object be copied into a project?
 322   # override to false on indivudal model classes for which this should not be true
 323   def self.copies_to_projects?
 324     self.goes_in_projects?
 325   end
 326
 327   def editable?
 328     (current_user and current_user.is_active and
 329      (current_user.is_admin or
 330       current_user.uuid == self.owner_uuid or
 331       new_record? or
 332       (writable_by.include? current_user.uuid rescue false)))
 333   end
 334
 335   def attribute_editable?(attr, ever=nil)
 336     if %w(created_at modified_at modified_by_user_uuid modified_by_client_uuid updated_at).include? attr.to_s
 337       false
 338     elsif not (current_user.andand.is_active)
 339       false
 340     elsif attr == 'uuid'
 341       current_user.is_admin
 342     elsif ever
 343       true
 344     else
 345       editable?
 346     end
 347   end
 348
 349   def self.resource_class_for_uuid(uuid, opts={})
 350     if uuid.is_a? ArvadosBase
 351       return uuid.class
 352     end
 353     unless uuid.is_a? String
 354       return nil
 355     end
 356     if opts[:class].is_a? Class
 357       return opts[:class]
 358     end
 359     if uuid.match /^[0-9a-f]{32}(\+[^,]+)*(,[0-9a-f]{32}(\+[^,]+)*)*$/
 360       return Collection
 361     end
 362     resource_class = nil
 363     uuid.match /^[0-9a-z]{5}-([0-9a-z]{5})-[0-9a-z]{15}$/ do |re|
 364       resource_class ||= arvados_api_client.
 365         kind_class(self.uuid_infix_object_kind[re[1]])
 366     end
 367     if opts[:referring_object] and
 368         opts[:referring_attr] and
 369         opts[:referring_attr].match /_uuid$/
 370       resource_class ||= arvados_api_client.
 371         kind_class(opts[:referring_object].
 372                    attributes[opts[:referring_attr].
 373                               sub(/_uuid$/, '_kind')])
 374     end
 375     resource_class
 376   end
 377
 378   def resource_param_name
 379     self.class.to_s.underscore
 380   end
 381
 382   def friendly_link_name
 383     (name if self.respond_to? :name) || default_name
 384   end
 385
 386   def content_summary
 387     self.class_for_display
 388   end
 389
 390   def selection_label
 391     friendly_link_name
 392   end
 393
 394   def self.default_name
 395     self.to_s.underscore.humanize
 396   end
 397
 398   def controller
 399     (self.class.to_s.pluralize + 'Controller').constantize
 400   end
 401
 402   def controller_name
 403     self.class.to_s.tableize
 404   end
 405
 406   # Placeholder for name when name is missing or empty
 407   def default_name
 408     if self.respond_to? :name
 409       "New #{class_for_display.downcase}"
 410     else
 411       uuid
 412     end
 413   end
 414
 415   def owner
 416     ArvadosBase.find(owner_uuid) rescue nil
 417   end
 418
 419   protected
 420
 421   def forget_uuid!
 422     self.uuid = nil
 423     @etag = nil
 424     self
 425   end
 426
 427   def self.current_user
 428     Thread.current[:user] ||= User.current if Thread.current[:arvados_api_token]
 429     Thread.current[:user]
 430   end
 431   def current_user
 432     self.class.current_user
 433   end
 434 end