sdk/python/arvados/commands/run.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import argparse
   5 import json
   6 import re
   7 import os
   8 import stat
   9 import put
  10 import time
  11 #import arvados.command.ws as ws
  12 import subprocess
  13 import logging
  14
  15 logger = logging.getLogger('arvados.arv-run')
  16
  17 arvrun_parser = argparse.ArgumentParser()
  18 arvrun_parser.add_argument('--dry-run', action="store_true")
  19 arvrun_parser.add_argument('--local', action="store_true")
  20 arvrun_parser.add_argument('--docker-image', type=str, default="arvados/jobs")
  21 arvrun_parser.add_argument('--git-dir', type=str, default="")
  22 arvrun_parser.add_argument('args', nargs=argparse.REMAINDER)
  23
  24 class UploadFile(object):
  25     def __init__(self, prefix, fn):
  26         self.prefix = prefix
  27         self.fn = fn
  28
  29 def is_in_collection(root, branch):
  30     if root == "/":
  31         return (None, None)
  32     fn = os.path.join(root, ".arvados#collection")
  33     if os.path.exists(fn):
  34         with file(fn, 'r') as f:
  35             c = json.load(f)
  36         return (c["portable_data_hash"], branch)
  37     else:
  38         sp = os.path.split(root)
  39         return is_in_collection(sp[0], os.path.join(sp[1], branch))
  40
  41 def statfile(prefix, fn):
  42     absfn = os.path.abspath(fn)
  43     if os.path.exists(absfn):
  44         st = os.stat(absfn)
  45         if stat.S_ISREG(st.st_mode):
  46             sp = os.path.split(absfn)
  47             (pdh, branch) = is_in_collection(sp[0], sp[1])
  48             if pdh:
  49                 return "%s$(file %s/%s)" % (prefix, pdh, branch)
  50             else:
  51                 # trim leading '/' for path prefix test later
  52                 return UploadFile(prefix, absfn[1:])
  53     return prefix+fn
  54
  55 def main(arguments=None):
  56     args = arvrun_parser.parse_args(arguments)
  57
  58     reading_into = 2
  59
  60     slots = [[], [], []]
  61     for c in args.args:
  62         if c == '>':
  63             reading_into = 0
  64         elif c == '<':
  65             reading_into = 1
  66         elif c == '|':
  67             reading_into = len(slots)
  68             slots.append([])
  69         else:
  70             slots[reading_into].append(c)
  71
  72     if slots[0] and len(slots[0]) > 1:
  73         logger.error("Can only specify a single stdout file (run-command substitutions are permitted)")
  74         return
  75
  76     patterns = [re.compile("(--[^=]+=)(.*)"),
  77                 re.compile("(-[^=]+=)(.*)"),
  78                 re.compile("(-.)(.+)")]
  79
  80     for command in slots[1:]:
  81         for i in xrange(0, len(command)):
  82             a = command[i]
  83             if a[0] == '-':
  84                 # parameter starts with '-' so it might be a command line
  85                 # parameter with a file name, do some pattern matching
  86                 matched = False
  87                 for p in patterns:
  88                     m = p.match(a)
  89                     if m:
  90                         command[i] = statfile(m.group(1), m.group(2))
  91                         break
  92             else:
  93                 # parameter might be a file, so test it
  94                 command[i] = statfile('', a)
  95
  96     n = True
  97     pathprefix = "/"
  98     files = [c for command in slots[1:] for c in command if isinstance(c, UploadFile)]
  99     if len(files) > 0:
 100         # Find the smallest path prefix that includes all the files that need to be uploaded.
 101         # This starts at the root and iteratively removes common parent directory prefixes
 102         # until all file pathes no longer have a common parent.
 103         while n:
 104             pathstep = None
 105             for c in files:
 106                 if pathstep is None:
 107                     sp = c.fn.split('/')
 108                     if len(sp) < 2:
 109                         # no parent directories left
 110                         n = False
 111                         break
 112                     # path step takes next directory
 113                     pathstep = sp[0] + "/"
 114                 else:
 115                     # check if pathstep is common prefix for all files
 116                     if not c.fn.startswith(pathstep):
 117                         n = False
 118                         break
 119             if n:
 120                 # pathstep is common parent directory for all files, so remove the prefix
 121                 # from each path
 122                 pathprefix += pathstep
 123                 for c in files:
 124                     c.fn = c.fn[len(pathstep):]
 125
 126         os.chdir(pathprefix)
 127
 128         if args.dry_run:
 129             print("cd %s" % pathprefix)
 130             print("arv-put \"%s\"" % '" "'.join([c.fn for c in files]))
 131             pdh = "$(input)"
 132         else:
 133             pdh = put.main(["--portable-data-hash"]+[c.fn for c in files])
 134
 135         for i in xrange(1, len(slots)):
 136             slots[i] = [("%s$(file %s/%s)" % (c.prefix, pdh, c.fn)) if isinstance(c, UploadFile) else c for c in slots[i]]
 137
 138     component = {
 139         "script": "run-command",
 140         "script_version": "3609-arv-run",
 141         "repository": "arvados",
 142         "script_parameters": {
 143             "command": slots[2:]
 144         },
 145         "runtime_constraints": {
 146             "docker_image": args.docker_image
 147         }
 148     }
 149
 150     task_foreach = []
 151
 152     if slots[0]:
 153         component["script_parameters"]["task.stdout"] = slots[0][0]
 154     if slots[1]:
 155         task_foreach.append("stdin")
 156         component["script_parameters"]["stdin"] = slots[1]
 157         component["script_parameters"]["task.stdin"] = "$(stdin)"\
 158
 159     if task_foreach:
 160         component["script_parameters"]["task.foreach"] = task_foreach
 161
 162     pipeline = {
 163         "name": "",
 164         "components": {
 165             "command": component
 166         },
 167         "state":"RunningOnServer"
 168     }
 169
 170     if args.dry_run:
 171         print(json.dumps(pipeline, indent=4))
 172     elif args.local:
 173         subprocess.call(["arv-crunch-job", "--job", json.dumps(component), "--git-dir", args.git_dir])
 174     else:
 175         api = arvados.api('v1')
 176         pi = api.pipeline_instances().create(body=pipeline).execute()
 177         #ws.main(["--pipeline", pi["uuid"]])
 178
 179 if __name__ == '__main__':
 180     main()